Vacunas de péptidos para cánceres de pulmón que expresan polipéptidos TTK, URLC10 o KOC1.

Un péptido de los siguientes (A) o (B):

(A) un péptido de menos de 15 aminoácidos que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO:

89;

(B) un péptido de menos de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de linfocitos T citotóxicos, en donde dicho péptido comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 89, en la que 1 o 2 aminoácidos están sustituidos, delecionados o añadidos

Vacunas de péptidos para cánceres de pulmón que expresan polipéptidos TTK, URLC10 o KOC1

Campo técnico La invención se refiere al campo de las ciencias biológicas, más específicamente al campo de la terapia contra el cáncer. En particular, se divulgan nuevos péptidos que son extremadamente eficaces como vacunas contra el cáncer, y fármacos para tratar y prevenir tumores que contienen estos péptidos.

Antecedentes técnicos El cáncer de pulmón es uno de los tumores humanos más comúnmente letal. Se han descrito muchas alteraciones genéticas asociadas con el desarrollo y progresión del cáncer de pulmón. Los cambios genéticos pueden ayudar en 15 los esfuerzos de pronóstico y las predicciones de riesgo de metástasis o respuesta a ciertos tratamientos. (Mitsudomi T et al., (2000) Clin Cancer Res 6: 4055-63; Niklinski et al., (2001) Lung Cancer. 34 Supl 2: S53-8; Watine J. (2000) Bmj 320: 379-80) . El cáncer de pulmón no microcítico (NSCLC, por sus siglas en inglés) es con diferencia la forma más común de cáncer de pulmón, que supone casi el 80% de los tumores de pulmón (Society,

A.C. Cancer Facts and Figures 2001, 2001) . La tasa global de supervivencia a 10 años sigue siendo de solo el 10%,

a pesar de los recientes avances en terapias de múltiples modalidades, porque la mayoría de los NSCLC no se diagnostican hasta fases avanzadas (Fr y , W.A. et al., (1999) Cancer. 86: 1867-76) . Aunque las pautas de quimioterapia basadas en platino se consideran estándares de referencia para el tratamiento del NSCLC, estos fármacos son capaces de prolongar la supervivencia de pacientes con NSCLC avanzado solo seis semanas aproximadamente (Non-small Cell Lung Cancer Collaborative Group, (1995) BMJ. 311: 899-909) . Se están investigando numerosas terapias dirigidas para esta enfermedad, entre ellas inhibidores de tirosinas quinasas; sin embargo, hasta la fecha se han obtenido resultados prometedores solo en un número limitado de pacientes y algunos receptores padecen reacciones adversas graves (Kris MG et al., (2002) Proc Am Soc Clin Oncol. 21: 292a (A1166) ) .

Se ha descrito L523S, una proteína que se une a ARN, como una potencial diana terapéutica para el cáncer de pulmón (Wang et al., (2003) Br J Cancer. 24 Mar;88 (6) :887-94) . Müller-Pillasch et al., (1997) Oncogene 14:27292733 divulga la clonación y caracterización de KOC1 como un gen altamente expresado en diferentes tumores. El documento WO 03/086175 describe composiciones y métodos para la terapia y el diagnóstico del cáncer, particularmente del cáncer de pulmón.

Se ha demostrado que los linfocitos T citotóxicos (LTC) CD8+ reconocen péptidos de epítopos derivados de antígenos asociados a tumores (AAT) presentes en moléculas de MHC de clase I, y lisan las células tumorales. Desde el descubrimiento de la familia MAGE como primer ejemplo de AAT, se han descubierto otros muchos AAT usando enfoques inmunológicos (Boon T. (1993) Int J Cancer 54: 177-80; Boon T. et al., (1996) J Exp Med 183: 725

9; van der Bruggen P et al., (1991) Science 254: 1643-47; Brichard V et al., (1993) J Exp Med 178: 489-95; Kawakami Y et al., (1994) J Exp Med 180: 347-52) . Algunos de ellos se encuentran ahora en desarrollo clínico como dianas de inmunoterapia. Entre los AAT descubiertos hasta ahora se incluyen MAGE (van der Bruggen P et al., (1991) Science 254: 1643-7) , gp100 (Kawakami Y et al., (1994) J Exp Med 180: 347-52) , SART (Shichijo S et al., (1998) J Exp Med 187:277-88) , y NY-ESO-1 (Chen YT et al., (1997) Proc. Natl. Acd. Sci. USA, 94: 1914-8) . Por otra 45 parte, algunos productos génicos demostraron estar específicamente sobreexpresados en cierta medida en las células tumorales que han mostrado que son reconocidas como dianas que inducen respuestas inmunitarias celulares. Entre estos productos génicos se incluyen p53 (Umano Y et al., (2001) Br J Cancer, 84:1052-7) , HER2/neu (Tanaka H et al., (2001) Br Cancer, 84: 94-9) , CEA (Nukaya I et al., (1999) Int. J. Cancer 80, 92-7) y similares. Se han descrito genes diferencialmente sobreexpresados en carcinoma de pulmón de células escamosas 50 usando una combinación de resta y micromatrices de ADNc (Wang et al., (2000) Oncogene. 16 Mar;19 (12) :1519-28) .

A pesar del importante avance en la investigación básica y clínica relativa a los AAT (Rosenberg SA et al., (1998) Nature Med, 4: 321-7; Mukherji B. et al., (1995) Proc Natl Acad Sci USA, 92: 8078-82: Hu X et al., (1996) Cancer Res, 56: 2479-83) , se dispone solo de un número muy limitado de AAT candidatos adecuados para el tratamiento de 55 adenocarcinomas, como cáncer de pulmón. Los AAT que se expresan abundantemente en células cancerosas, y cuya expresión está limitada a células cancerosas, serían candidatos prometedores como dianas inmunoterapéuticas.

Se ha mostrado repetidamente en ensayos de liberación de 51Cr que las células mononucleares de sangre periférica (CMSP) estimuladas por péptidos de ciertos donantes sanos producen niveles significativos de IFN-γ en respuesta al péptido, pero raramente ejercen citotoxicidad contra células tumorales de una manera restringida por HLA-A24 o A0201 (Kawano K et al., (2000) Cancer Res 60: 3550-8; Nishizaka et al., (2000) Cancer Res 60: 4830-7; Tamura et al., (2001) Jpn J Cancer Res 92: 762-7) . Sin embargo, HLA-A24 y HLA-A0201 son alelos HLA comunes en las 5 poblaciones japonesa y blanca (Date Y et al., (1996) Tissue Antigens 47: 93-101; Kondo A et al., (1995) J Immunol

155: 4307-12; Kubo RT et al., (1994) J Immunol 152: 3913-24; Imanishi et al., Proceeding of the eleventh International Histocompatibility Workshop and Conference Oxford University Press, Oxford, 1065 (1992) ; Williams F et al., (1997) Tissue Antigen 49: 129) . Así, los péptidos antigénicos de cánceres presentados por estos alelos HLA pueden ser especialmente útiles para el tratamiento de cánceres entre pacientes japoneses y blancos. Además, se sabe que la inducción de LTC de baja afinidad in vitro procede habitualmente del uso de péptido a una concentración elevada, lo que genera un alto nivel de complejos péptido/MHC específicos en células presentadoras de antígeno (CPA) , que activarán eficazmente estos LTC (Alexander-Miller et al., (1996) Proc Natl Acad Sci USA 93: 4102-7) .

Desarrollos recientes en tecnologías de micromatriz de ADNc han permitido las construcciones de perfiles extensos de expresión génica de células malignas en comparación con células normales (Okabe, H. et al., (2001) Cancer Res., 61, 2129-37; Lin YM et al., (2002) Oncogene, 21; 4120-8; Hasegawa S. et al., (2002) Cancer Res 62:7012-7) . Este enfoque permite una comprensión de la naturaleza compleja de las células cancerosas y de los mecanismos de la carcinogénesis y facilita la identificación de genes cuya expresión está desregulada en tumores (Bienz M. et al.,

(2000) Cell 103, 311-320) . Entre los transcritos identificados como aumentados comúnmente en cánceres de pulmón, KOC1 (proteína 3 de unión al ARNm de IGF II; No. de acceso a GenBank NM_006547; SEQ ID NO: 5, 6) es de interés particular para los presentes inventores, está específicamente aumentada en células tumorales de los tejidos de cáncer de pulmón en más del 80% de los casos analizados. En cambio, el análisis de transferencia Northern mostró que estos productos génicos no se encuentran en órganos vitales normales (véase el documento WO2004/031413) . Por tanto, los péptidos derivados de KOC1 pueden encontrar utilidad en aniquilar células tumorales que expresan esos antígenos. La presente descripción aborda estas y otras necesidades.

Compendio de la invención Se ha identificado el gen KOC1 (proteína 3 de unión al ARNm de IGF II) como aumentado en cáncer de pulmón. El gen se identificó usando perfiles de expresión génica con una micromatriz de ADNc del genoma completo que contenía 23.040 genes. Según se expone anteriormente, la expresión de TTK, URLC10 y KOC1 está específicamente aumentada en células tumorales en más del 80% de los pacientes con cáncer de pulmón pero ausente en otros órganos vitales normales.

La presente invención se basa, al menos en parte, en la identificación de péptidos de epítopos de los productos génicos del gen (KOC1) que producen linfocitos T citotóxicos (LTC) específicos de las moléculas correspondientes. Según se expone en detalle más adelante, se estimularon células mononucleares de sangre periférica (CMSP) de donante sano usando péptidos candidatos de unión a HLA-A*2402 derivados de KOC1. A continuación se establecieron clones de LTC con citotoxicidad específica contra células diana positivas para HLA-A24 pulsadas con este péptido candidato. El análisis ulterior de los clones de LTC mostró la potente actividad... [Seguir leyendo]

1. Un péptido de los siguientes (A) o (B) :

(A) un péptido de menos de 15 aminoácidos que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 89;

(B) un péptido de menos de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de linfocitos T citotóxicos, en donde dicho péptido comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 89, en la que 1 o 2 aminoácidos están sustituidos, delecionados o añadidos.

2. El péptido de la reivindicación 1, en donde dicho péptido es el siguiente (A) o (B) :

(A) un péptido que consiste en la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 89;

(B) un péptido que tiene inducibilidad de linfocitos T citotóxicos, en donde dicho péptido consiste en la

secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 89, en la que 1 o 2 aminoácidos están sustituidos, delecionados o añadidos 3. El péptido según la reivindicación 1 o 2, en donde el segundo aminoácido desde el extremo N es fenilalanina, tirosina, metionina o triptófano. 20

4. El péptido según la reivindicación 1 o 2, en donde el aminoácido C-terminal es fenilalanina, leucina, isoleucina, triptófano o metionina.

5. Una composición farmacéutica que comprende uno o más péptidos de cualquiera de las reivindicaciones 1 25 a4.

6. Una composición farmacéutica para su uso en el tratamiento o la prevención de cáncer de pulmón, dicha composición comprende uno o más péptidos de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4.

7. Un exosoma que presenta en su superficie un complejo que comprende un péptido de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4 y un antígeno HLA.

8. El exosoma de la reivindicación 7, en donde el antígeno HLA es HLA-A24.

9. El exosoma de la reivindicación 8, en donde el antígeno HLA es HLA-A2402.

10. Un método in vitro de inducir células presentadoras de antígeno que tienen una alta inducibilidad de linfocitos T citotóxicos que comprende el paso de poner en contacto una célula presentadora de antígeno con un péptido de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4.

11. Un método in vitro de inducir linfocitos T citotóxicos poniendo en contacto un linfocito T con un péptido de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4.

12. El método de inducción de células presentadoras de antígeno que tienen una alta inducibilidad de linfocitos

T citotóxicos de la reivindicación 10, dicho método comprende el paso de transferir un gen que comprende un polinucleótido que codifica un péptido de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4 a una célula presentadora de antígeno.

13. Un linfocito T citotóxico, inducido poniendo en contacto un linfocito T con un péptido de cualquiera de las 50 reivindicaciones 1 a 4, que específicamente actúa contra células diana que presentan el péptido que consiste en la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 89.

14. Una célula presentadora de antígeno, que comprende un complejo formado entre un antígeno HLA y un péptido de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4. 55

15. La célula presentadora de antígeno de la reivindicación 14, inducida por el método de la reivindicación 10.

16. Una vacuna que comprende uno o más péptidos de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, o un polinucleótido que codifica los mismos como el principio activo.

17. Una vacuna para su uso en inhibir la proliferación de células de cáncer de pulmón, en donde la vacuna comprende uno o más péptidos de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, o un polinucleótido que codifica los mismos como principio activo.

18. Una vacuna para su uso en el tratamiento o la prevención de cáncer de pulmón, en donde dicha vacuna comprende uno o más péptidos de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, o un polinucleótido que codifica dicho péptido o un fragmento inmunológicamente activo.

19. La vacuna de cualquiera de las reivindicaciones 16 a 18, o la composición farmacéutica de cualquiera de las reivindicaciones 5 a 6, en donde dicha vacuna o composición farmacéutica se formula para la administración a un sujeto cuyo antígeno HLA es HLA-A24.

20. La vacuna de la reivindicación 19, o la composición farmacéutica de la reivindicación 19, en donde dicha vacuna o composición farmacéutica se formula para la administración a un sujeto cuyo antígeno HLA es HLA-A2402.