Marcadores de enfermedades y usos de los mismos.

Método de monitorización de la progresión de la miositis de un paciente que recibe tratamiento con un agente terapéutico,

que comprende:

(i) obtener un primer perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNa en una primera muestra del paciente,

(ii) obtener un segundo perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNa en una segunda muestra del paciente tras haberse administrado un agente terapéutico, y

(iii) comparar los perfiles de expresión primero y segundo de marcador PD inducible por IFNa;

en el que el perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNa se basa en la regulación por incremento de la expresión de los siguientes genes IFI27, IFI44, IFI44L y RSA02; y

en el que una varianza en los perfiles de expresión primero y segundo de marcador PD inducible por IFNa indica un nivel de eficacia del agente terapéutico,

en el que la varianza es una disminución en la expresión regulada por incremento del gen.

Marcadores de enfermedades y usos de los mismos Campo de la invención

La presente invención se refiere a marcadores de miARN y marcadores farmacodinámicos (PD) inducibles por interferón (IFN) alfa/IFN de tipo I y a métodos que emplean los mismos.

Antecedentes de la invención

El uso de la obtención del perfil de expresión para monitorizar enfermedad residual se ha dado a conocer anteriormente en la técnica, véanse por ejemplo el documento WO 27/19219, Walsh et al. (27) Arthritis & Rheumatism 56(11) 3748-3792, y el documento WO 28/7137.

Sumario de la invención

Una realización de la invención abarca un método de monitorización de la progresión de la miositis de un paciente que recibe tratamiento con un agente terapéutico. Se obtiene un primer perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNa en una primera muestra del paciente. Se administra un agente terapéutico al paciente. Se obtiene un segundo perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNa a partir de una segunda muestra del paciente. Se comparan los perfiles de expresión primero y segundo de marcador PD inducible por IFNa.

Breve descripción de las figuras

Figura 1a y 1b: La mayoría de los genes más regulados por incremento en muestras de músculo de pacientes con DM y PM son inducibles por IFN-a/p. (a) Tabla que muestra genes regulados por incremento en muestras de músculo de pacientes con DM; (b) puntuación de firma genética inducible por IFN-a/p en músculo de pacientes con DMy PM.

Figura 2a y 2b: Las puntuaciones de firma genética inducible por IFN-a/p en pacientes con DM y PM disminuyen a medida que el estado patológico de los pacientes mejora, (a) Proporciona puntuaciones de firma genética inducible por IFNa/p de pacientes con DM activa (DMA), pacientes con DM mejorada (DMI), pacientes con PM activa (PMA) y pacientes con PM mejorada (PMI). (b) Muestra que las puntuaciones de firma genética inducible por IFN-a/p disminuyen en pacientes con DM a medida que pasan de enfermedad activa a mejoría.

Figura 3a - 3c: Las puntuaciones de firma genética inducible por IFNa/p en muestras de sangre completa de pacientes con DM se correlacionan con la mejoría clínica, pero no las puntuaciones de firma genética de otras citocinas (TNFa, ILip, IL4, IL1 e IL13) tal como se muestra para tres pacientes, (a) - (c).

Figura 4: Puntuaciones de firma genética inducible por IFN-a/p de un paciente con DM con mejoría clínica así como recaída pronosticadas.

Figura 5a - 5d: El cambio en la puntuación de firma genética inducible por IFN-a/p en un paciente con PM se correlaciona con el nivel de CK en suero, (a) Muestra las puntuaciones de firma genética inducible por IFN-a/p, TNFa, ILip, IL4, IL1 e IL13 del paciente con PM, (b) proporciona la actividad de CK en suero del paciente, que sigue la curva de la firma genética inducible por IFN-a/P; (c) proporciona la correlación entre las diversas puntuaciones de firma genética de citocinas y el nivel de CK en suero; (d) es un gráfico de PCA de la puntuación de firma genética inducible por IFN-a/p del paciente con PM en relación con la de donantes sanos (círculos negros).

Figura 6: El cambio en la puntuación de firma genética inducible por IFN-a/p en un paciente con DM se correlaciona con el nivel de CK en suero, (a) Muestra la actividad de CK en suero del paciente a lo largo de cuatro visitas con un médico; (b) muestra las puntuaciones de firma genética inducible por IFN-a/p, TNFa, ILip, IL4, IL1, IL13 del paciente a lo largo de las mismas cuatro visitas; (c) proporciona la correlación entre las diversas puntuaciones de firma genética de citocinas y el nivel de CK en suero. La firma genética de IFN de tipo I (mostrada en (b)), tal como se monitoriza mediante la neutralización de 25 genes inducibles principales en la sangre completa del paciente, rastreaba la actividad clínica. Visita 1, pretratamiento; visita 2, tratamiento seguido con Rituximab y esteroides (mejoría marginal); visita 3, el paciente permaneció estable; visita 4, el paciente experimentó un colapso (aumento brusco del nivel de CK en suero).

Figura 7a y 7b: La firma genética inducible por IFN-a/p del paciente con DM comentado en la figura 6 rastrea la progresión/regresión de la enfermedad, (a) Mapa térmico que muestra la neutralización y desneutralización de genes en la firma inducible por IFN-a/p a medida que el paciente progresa/empeora; (b) gráfico de PCA que rastrea la puntuación de la firma genética inducible por IFN-a/p del paciente con DM en relación con la de donantes sanos

(círculos negros).

Figura 8: Gráfico de dispersión que muestra que las muestras de músculo de pacientes con IBM presentan sobreexpresión de firma genética inducible por IFN-a/p. El gráfico de dispersión es de puntuaciones de firmas genéticas de IFN-a/p para muestras de músculo de 14 pacientes con IBM usando dos métodos: una lista dinámica de 25 genes y una lista estática de 21 genes. Cada punto representa un paciente.

Figura 9a y 9b: Las muestras de suero de pacientes con IBM muestran una sobreexpresión de firma genética de IFN-a/p distinta, (a) Puntuaciones de firma genética de IFN-a/p para sangre completa de 9 pacientes con IBM usando dos métodos: una lista dinámica de 25 genes y una lista estática de 21 genes; (b) gráfico de dispersión de puntuaciones de firma genética de IFN-a/p para sangre completa de 9 pacientes con IBM usando una lista dinámica de 25 genes. Cada punto representa un paciente.

Figura 1a y 1b: Pacientes con DM negativos para Jo1 tienen mayores puntuaciones de firma genética de IFN-a/p que pacientes con DM positivos para Jo1. (a) Sobreexpresión de 19 genes inducibles por IFN-a/p en pacientes con DM positivos para Jo1 y pacientes con DM negativos para Jo1; (b) gráfico de dispersión de puntuaciones de firma genética de IFN-a/p para músculo de 3 pacientes con DM positivos para Jo1 y 7 pacientes con DM negativos para Jo1 usando los 19 genes. Cada punto representa un paciente.

Figuras 11 -14: Lista de sondas con anotación de genes en firma de IL4.

Figuras 15-158: Lista de sondas con anotación de genes en firma de IL1.

Figuras 159-234: Lista de sondas con anotación de genes en firma de IL13.

Figuras 235-381: Lista de sondas con anotación de 87 genes inducibles por IFNa.

Figuras 382-383: Lista con id de detector únicos, id de miARN y secuencias.

Figura 384a y 384b: La prevalencia de genes inducibles por IFN de tipo 1 entre los más sobreexpresados en pacientes con DM y PM puede usarse para identificar pacientes positivos para puntuación de firma genética inducible por IFN de tipo 1. (a) Mapa térmico que representa 24 donantes sanos normales, 2 pacientes con PM y 22 pacientes con DM, y 136 conjuntos de sondas identificados como tanto inducibles por IFN de tipo 1 como significativamente sobreexpresados (valor de q < ,5 y cambio en veces > 2), en comparación con los 42 pacientes con DM y con PM y 24 donantes sanos normales. La primera barra negra horizontal representa los donantes sanos normales; la segunda barra horizontal, marcada como baja, representa pacientes con una puntuación débil de firma genética inducible por IFN de tipo 1 (cambio en veces < 4); la tercera barra horizontal, marcada como moderada, representa pacientes con una puntuación moderada de firma genética inducible por IFN de tipo 1 (4 < cambio en veces < 1) y la cuarta barra horizontal, marcada como alta, representa pacientes con una puntuación alta de firma genética inducible por IFN de tipo 1 (es decir, positivos para puntuación de firma), (b) Gráfico de dispersión de las puntuaciones de firma genética inducible por IFN de tipo 1 para los mismos sujetos en (a) estratificados por donantes sanos normales, puntuación débil de firma, puntuación moderada de firma y puntuación alta de firma. IFN=interferón; DM=dermatomiositis; PM=polimiosit¡s.

Figura 385a - 385c: Las mediciones de transcritos inducibles por IFN de tipo 1 longitudinales específicos de paciente tienen utilidad como biomarcadores para medir la actividad de las enfermedades de DM y PM. (a) Puntuaciones compuestas de genes individuales y valores de cambio en veces usando una puntuación compuesta de 13 genes y mediciones de transcritos individuales para IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 para 21 pacientes en la visita 1 y para 36 donantes sanos normales. Los pacientes se agrupan por actividad de enfermedad clínicamente medida relativamente baja o moderada (MITAX < 6) y actividad de enfermedad alta (MITAX > 6). Tras el ajuste de múltiples pruebas, no hay ninguna diferencia significativa entre donantes sanos normales y pacientes con MITAX < 6 para ninguno de los 4 genes o las puntuaciones compuestas de 13 genes. Hay diferencias... [Seguir leyendo]

1. Método de monitorización de la progresión de la miositis de un paciente que recibe tratamiento con un agente terapéutico, que comprende:

(i) obtener un primer perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNa en una primera muestra del paciente,

(ii) obtener un segundo perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNa en una segunda muestra del paciente tras haberse administrado un agente terapéutico, y

(iii) comparar los perfiles de expresión primero y segundo de marcador PD inducible por IFNa;

en el que el perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNa se basa en la regulación por incremento de la expresión de los siguientes genes IFI27, IFI44, IFI44L y RSA2; y

en el que una varianza en los perfiles de expresión primero y segundo de marcador PD inducible por IFNa indica un nivel de eficacia del agente terapéutico,

en el que la varianza es una disminución en la expresión regulada por incremento del gen.

2. Método según la reivindicación 1, en el que el agente terapéutico es un anticuerpo que se une a y modula la actividad de IFNa.

3. Método según la reivindicación 1, en el que el primer perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNa se obtiene antes de la administración del agente terapéutico.

4. Método según la reivindicación 1, en el que el primer perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNa se obtiene en el momento de la administración del agente terapéutico.

5. Método según la reivindicación 1, en el que la primera y segunda muestra son sangre completa, músculo o suero.

6. Método según la reivindicación 1, en el que el primer perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNacomprende una puntuación moderada de firma genética inducible por IFNcxo IFN de tipo 1.

7. Método según la reivindicación 1, en el que la puntuación moderada es una puntuación mayor de o igual a 4 pero menor de 1.