Procedimiento para predecir el color del iris.

Un procedimiento para predecir el color del iris de un ser humano a partir de una muestra de ácido nucleico quecomprende ensayar uno o más polimorfismos en el gen HERC2 y basándose en los resultados del ensayo predecir elcolor de los ojos,

en el que el uno o más polimorfismos se seleccionan del grupo constituido por rs916977, rs8028689,rs6497287, rs8041209, rs6497292, rs2240202, rs2346050, rs12592730, rs7183877, rs2240204, rs8039195, rs16950979,rs16950987, rs1667394 y rs1635168 y cualquier marcador en el gen HERC2 en desequilibrio de ligamiento genético condichos polimorfismos.

Procedimiento para predecir el color del iris La presente invención se refiere al campo de la genética humana, más particularmente a la predicción del color del iris basándose en marcadores de polimorfismo.

El color del iris humano (también denominado el color de los ojos) fue uno de los primeros rasgos humanos usados para investigar la herencia mendeliana (Davenport y Davenport, 1907) , pero ahora se considera un rasgo poligenético (Frudakis y col., 2003; Sturm y Frudakis, 2004) . La base física de la variación del color del iris es la cantidad de pigmento de melanina y el número de melanosomas en la capa externa del iris (estroma iridiano anterior) . Los iris marrones tienen más pigmento de melanina y más melanosomas que los azules, mientras que el número de melanocitos es similar en iris de ambos tipos de color (Imesch y col., 1996; Sturm y Frudakis, 2004; Wielgus y Sarna, 2005) . El pigmento de melanina en los melanosomas puede producirse en dos formas: eumelanina, una forma de color negra amarronada responsable de colores del iris oscuros, y feomelanina, una forma amarilla rojiza de melanina (Sturm y Frudakis, 2004) . El color del iris humano permanece casi constante pasada la infancia temprana, pero puede someterse a regulación adrenérgica pasada la infancia y también puede cambiar debido a medicación (Bito y col., 1997; Imesch y col., 1997) . La mayoría de las poblaciones de seres humanos en todo el mundo tienen el color del iris marrón, mientras que los colores azules y verdes se encuentran adicionalmente en personas de descendencia europea. Esto hace que los europeos sean la población objetivo para investigar la base genética de la variación del color del iris.

Estudios genéticos tempranos de la variación del color del iris humano han elegido como diana dos regiones genómicas, una sobre el cromosoma 19 (Eiberg y Mohr, 1987) y la otra sobre el cromosoma 15 (Eiberg y Mohr, 1996) . La región del 20 cromosoma 15 también se confirmó en dos barridos del genoma basados en microsatélites independientes recientes en gemelos (Zhu y col., 2004; Posthuma y col., 2006) . Esta región aloja el gen OCA2, que representa el homólogo humano del sitio de dilución de la conjuntivitis de ratón, codifica la proteína O y participa en albinismo oculocutáneo tipo II (Ramsay y col., 1992; Rinchik y col., 1993; Spritz y col., 1995; Brilliant, 2001) . Varios polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) dentro de OCA2 se asociaron al color del iris en seres humanos, incluyendo dos variantes codificantes (Rebbeck y col., 25 2002; Frudakis y col., 2003; Duffy y col., 2004) . Recientemente, el gen OCA2 se caracterizó en más detalle. Duffy y col. (Duffy y col., 2007) estudiaron 71 SNP de OCA2, la mayoría de los cuales elegían como diana SNP derivados del proyecto HapMap, en aproximadamente 3.800 gemelos, sus hermanos y padres. La asociación más fuerte se observó para tres SNP del intrón 1 con valores de p de 10-54 a 10-96 mientras que otros SNP de OCA2 mostraron menos asociación (<1020) . Sin embargo, la señal de alta asociación en el intrón 1 pareció extenderse en la región proximal de 5' fuera del gen 30 OCA2, sugiriendo variantes desconocidas localizadas fuera del gen OCA2 que determinan la variación del color del iris en seres humanos que no se investigaron por Duffy y col. (2007) . Frudakis y col. (Frudakis y col., 2007) investigaron un total de 395 SNP de OCA2 en dos conjuntos parcialmente solapantes de individuos e informaron de 33 SNP en asociación con el color del iris de los cuales seis se habían identificado previamente (Frudakis y col., 2003) y dos coincidían con SNP del intrón 1 identificado por Duffy y col. (Duffy y col., 2007) . Otros genes que participan en el color del iris incluyen MATP,

ASIP, TYRP1, CYP1A2, CYP2C8 y CYP2C9 (documento WO 2002/097047; Kanetsky y col., 2002; Frudakis y col., 2003; Graf y col., 2005) .

Sin embargo, todavía existe la necesidad de mejores marcadores para el color del iris. Tales marcadores pueden usarse ventajosamente en investigaciones forenses y otra aplicación de identificación humana en la que las muestras de ácido nucleico, por ejemplo, de una escena del crimen se usan para obtener información sobre los sujetos que han dejado atrás 40 este ácido nucleico en el lugar del crimen. Actualmente, la identificación humana usando marcadores de ácido nucleico es completamente comparativa y compara perfiles de marcador (huellas dactilares de ADN, perfiles de ADN) obtenidos de muestras de la escena del crimen con aquellos obtenidos de sospechosos conocidos. Si la policía no sabe de ningún sospechoso, no puede obtenerse el perfil y compararse con el recogido de la escena del crimen. Por consiguiente, en tales casos, la persona que deja la muestra en la escena del crimen y que podría haber cometido el crimen no puede 45 identificarse usando pruebas genéticas (ADN) . Similarmente, las personas desaparecidas se identifican actualmente comparando un perfil de ADN obtenido de sus restos con el obtenido de un pariente conocido. Si no se sabe nada sobre la persona desaparecida, no pueden identificarse parientes para la prueba genética y no está disponible perfil de ADN para comparación. Si se tuvieran marcadores de ácido nucleico que pudieran predecir de forma fidedigna el color de los ojos (iris) , esto ayudaría a encontrar personas desconocidas (sospechosos / personas desaparecidas) de una forma directa y

sin comparar perfiles de ADN.

RESUMEN DE LA INVENCIÓN

Los inventores han encontrado ahora varios marcadores en un área hasta ahora no investigada, la región genómica 5' proximal (fuera) del gen OCA2 y que incluye el gen HERC2 vecino directo. Esta región está localizada sobre el cromosoma 15 entre los pares de bases 26018062 y 26240890 (según la versión 36 de NCBI o la versión 46.36h de 55 Homo sapiens de Ensembl) . Por consiguiente, la invención se refiere a un procedimiento para predecir el color de los ojos de un ser humano, por ejemplo, una persona desconocida a partir de una muestra de ácido nucleico / proteína ensayando

uno o más polimorfismos en el gen HERC2 en el que el uno o más polimorfismos se seleccionan del grupo constituido por rs916977, rs8028689, rs6497287, rs8041209, rs6497292, rs2240202, rs2346050, rs12592730, rs7183877, rs2240204, rs8039195, rs16950979, rs16950987, rs1667394 y rs1635168 y cualquier marcador en el gen HERC2 en desequilibrio de ligamiento genético con dichos polimorfismos.

Preferentemente, el polimorfismo es rs916977, siendo la predicción ojos azules si el polimorfismo tiene la secuencia de nucleótidos CC (o GG considerando las bases complementarias) , u ojos marrones si la secuencia de nucleótidos es TT (o AA considerando las bases complementarias) . Para los otros marcadores y sus alelos, la predicción es la siguiente, proporcionando ambos alelos de ambos cromosomas homólogos y las bases complementarias indicadas entre paréntesis: rs8028689: CC (GG) marrón y TT (AA) azul, rs6497287: AA (TT) azul y GG (CC) marrón, rs8041209: AA (TT) marrón y CC (GG) azul, rs6497292: AA (TT) azul y GG (CC) marrón, rs2240202: AA (TT) marrón y GG (CC) azul, rs2346050: AA (TT) azul y GG (CC) marrón, rs12592730: AA (TT) marrón y GG (CC) azul, rs7183877: TT (AA) azul y GG (CC) marrón, rs2240204: TT (AA) marrón y CC (GG) azul, rs8039195: TT (AA) azul y CC (GG) marrón, rs16950979: AA (TT) azul y CC (GG) marrón, rs16950987: TT (AA) marrón y CC (GG) azul, rs1667394: TT (AA) azul y CC (GG) marrón y rs1635168: TT (AA) marrón y GG (CC) azul.

LEYENDAS DE LAS FIGURAS

Figura 1. Asociación del genoma completo para el color del iris humano en dos muestras de poblaciones independientes de Los Países Bajos: A) el estudio de ERF (Familia de Erasmus Rucphen) (N=192) usando Affymetrix 250K SNPs, y B) el estudio de Rotterdam (N=481) usando Affymetric 500K SNPs teniendo en cuenta múltiples pruebas. Se nombran SNP asociados al color del iris al nivel de significancia estadística del genoma completo de <0, 001, marcadores correspondientes entre ambos estudios están marcados en negrita.

Figura 2. Asociación de SNP al color del iris de la región 25-26, 8 Mb del cromosoma 15 de dos estudios de GWA independientes de Los Países Bajos: A) el estudio de ERF (N=192) , y B) el estudio de Rotterdam (N=481) . Las estadísticas de la prueba de la chi al cuadrado (eje Y) se representan frente a la distancia del mapa físico, alineada con SNP conocidos y genes en la región. Los genes OCA2 y HERC2 están marcados con recuadros verdes y azules respectivamente. La puntuación de -log10 valores de p para cada asociación de SNP con el color de los ojos azul/no azul se muestra como puntos azules sin conectar, y las asociaciones de haplotipos basadas en ventana deslizante de dos y tres SNP se representan como líneas... [Seguir leyendo]

1. Un procedimiento para predecir el color del iris de un ser humano a partir de una muestra de ácido nucleico que comprende ensayar uno o más polimorfismos en el gen HERC2 y basándose en los resultados del ensayo predecir el color de los ojos, en el que el uno o más polimorfismos se seleccionan del grupo constituido por rs916977, rs8028689, rs6497287, rs8041209, rs6497292, rs2240202, rs2346050, rs12592730, rs7183877, rs2240204, rs8039195, rs16950979, rs16950987, rs1667394 y rs1635168 y cualquier marcador en el gen HERC2 en desequilibrio de ligamiento genético con dichos polimorfismos.

2. Un procedimiento según la reivindicación 1, en el que el polimorfismo es rs916977.

3. Un procedimiento según la reivindicación 2, en el que la predicción es ojos azules si el polimorfismo rs916977 tiene la secuencia CC que considera ambos cromosomas homólogos (o GG si se consideran las bases complementarias) , ojos marrones si la secuencia de nucleótidos es TT (o AA si se consideran las bases complementarias) .

4. Un procedimiento según la reivindicación 1, en el que los polimorfismos predicen los colores de los ojos de la siguiente manera: rs8028689: CC marrón y TT azul, rs6497287: AA azul y GG marrón, rs8041209: AA marrón y CC azul, rs6497292: AA azul y GG marrón, rs2240202: AA marrón y GG azul, rs2346050: AA azul y GG marrón, rs12592730: AA marrón y GG azul, rs7183877: TT azul y GG marrón, rs2240204: TT marrón y CC azul, rs8039195: TT azul y CC marrón, rs16950979: AA azul y CC marrón, rs16950987: TT marrón y CC azul, rs1667394: TT azul y CC marrón y rs1635168: TT marrón y GG azul.

5. Un procedimiento de indicación del color del iris humano detectando una existencia de nucleótidos para un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) , que comprende:

(i) incubar una muestra que comprende un polinucleótido con un miembro del par de unión específico, en el que el miembro del par de unión específico se une específicamente a o próximo a un polinucleótido que se sospecha que es polimórfico, comprendiendo el polinucleótido una de las existencias de nucleótidos correspondientes a al menos uno de los polimorfismos rs916977, rs8028689, rs6497287, rs8041209, rs6497292, rs2240202, rs2346050, rs12592730, rs7183877, rs2240204, rs8039195, rs16950979, rs16950987, rs1667394 y rs1635168 o cualquier combinación de los mismos o cualquier marcador en el gen HERC2 en desequilibrio de ligamiento genético con dichos polimorfismos; y ii) detectar la unión selectiva del miembro del par de unión específico, en el que la unión selectiva es indicativa de la presencia de la existencia de nucleótidos, detectando así la existencia de nucleótidos para el polimorfismo.