La presente invención se relaciona con métodos in vitro para determinar el pronóstico de un sujeto diagnosticado de adenocarcinoma de pulmón.

En particular, la invención se refiere a una firma de genes cuya expresión está correlacionada con el pronóstico de un sujeto que ha sido diagnosticado de adenocarcinoma de pulmón.

Test predictor de supervivencia global de adenocarcinoma de pulmón.

Campo de la invención

La presente invención se relaciona con un método in vitro para determinar el pronóstico de un sujeto diagnosticado de adenocarcinoma de pulmón.

Antecedentes de la invención

El cáncer de pulmón es una enfermedad desencadenada por el crecimiento descontrolado de las células en tejidos pulmonares. Este crecimiento da lugar a metástasis, cuando se produce la invasión de tejidos adyacentes e infiltración más allá de los pulmones. El cáncer de pulmón es el que más muertes produce en hombres y mujeres, siendo responsable de 1,3 millones de muertes anuales. Los síntomas más frecuentes incluyen dificultad respiratoria, tos, incluyendo tos sanguinolenta, y pérdida de peso.

La causa más frecuente de cáncer de pulmón es la exposición a largo plazo del humo del tabaco. La aparición de cáncer de pulmón en no fumadores representa el 15% de los casos y frecuentemente se atribuye a una combinación de factores genéticos, gas radón, asbestos y contaminación del aire incluyendo humo secundario (fumadores pasivos).

El cáncer de pulmón se clasifica en fases según el sistema TNM. El pronóstico está íntimamente unido a los resultados de la clasificación en fases y la clasificación en fases también se usa para asignar pacientes a tratamientos tanto en ensayos clínicos como en la práctica médica. En el año 2009 se ha publicado una actualización del sistema TNM para la clasificación del cáncer de pulmón (Rami-Porta R. et al., Ann Thorac Cardiovasc Surg Vol. 15, No. 1), teniendo en cuenta los descriptores T (tamaño del tumor), N (afectación ganglionar) y M (presencia de metástasis).

Teniendo en cuenta el tamaño del tumor se puede clasificar en:

Según la afectación ganglionar:

Teniendo en cuenta la presencia de metástasis a distancia se clasifica como:

Existen 46 tipos distintos de cáncer pulmonar, siendo el 95% de origen epitelial (carcinomas) y se incluyen en 5 tipos principales: carcinoma escamoso, carcinoma de células pequeñas, adenocarcinoma, carcinoma de células grandes y tumor carcinoide. La distinción es importante porque el tratamiento varía de tal manera que el adenocarcinoma de células grandes suele tratarse con cirugía, mientras que el carcinoma de células pequeñas suelen responder mejor a quimioterapia y radioterapia. El cáncer de pulmón puede visualizarse mediante radiografía y tomografía computarizada. El diagnóstico se confirma mediante biopsia generalmente realizada mediante broncoscopia o biopsia guiada por tomografía computarizada.

El adenocarcinoma es un cáncer epitelial originado en tejidos glandulares. Los tejidos epiteliales incluyen, pero no se limitan, a piel, glándulas y una gran variedad de otros tejidos que recubren las cavidades y órganos del cuerpo. Para ser clasificado como adenocarcinoma, las células no necesariamente deben formar parte de una glándula, siempre que tengan propiedades secretoras. Los adenocarcinomas bien diferenciados tienden a parecerse al tejido glandular ya que derivan de ellos, en cambio esto no ocurre en los no diferenciados. Mediante la tinción de células procedentes de biopsia, un patólogo determinará si el tumor es un adenocarcinoma u otro tipo de cáncer. Los adenocarciomas se pueden desarrollar en cualquier tejido debido a la naturaleza ubicua de las glándulas. Ya que las glándulas no secretan las mismas substancias, debido a la función exocrina, se considera glandular como la forma maligna y por ello se denomina adenocarcinoma. Los tumores de glándulas endocrinas, como insulinoma, feocromocitoma, etc... no se suelen denominar adenocarcinomas, generalmente se denomina tumores neuroendocrinos. Si el tejido glandular es anormal, pero benigno, se denomina adenoma. Los adenomas benignos típicamente no invaden otros tejidos y raramente metastatizan, en cambio los adenocarcinomas malignos invaden otros tejidos. El adenocarcinoma de pulmón es un tipo concreto de carcinoma de células grandes que comienza en las células glandulares que revisten los bronquios.

La cirugía es el principal tratamiento del adenocarcinoma de pulmón cuando no hay evidencias de diseminación en otras partes fuera del pulmón. Otros tratamientos posibles incluyen quimioterapia y radioterapia. La evaluación de la función pulmonar es importante antes de recurrir a la cirugía por la eliminación parcial o total del pulmón que se produce. Si el tumor se ha diseminado significativamente, es necesario recurrir a la quimioterapia.

El pronóstico de los pacientes con cáncer de pulmón depende claramente del estadio tumoral en que se diagnostica la enfermedad. La supervivencia global al cáncer de pulmón es baja (sólo del 10-13% a los 5 años) y no ha cambiado sustancialmente durante las últimas dos décadas a pesar del desarrollo de tratamientos multidisciplinarios en pacientes con estadios más avanzados de la enfermedad.

La necesidad de un método para predecir supervivencia reside en la posibilidad de seleccionar una terapia adicional para poder administrarla en aquellos pacientes con baja esperanza de supervivencia y por el contrario espaciar en el tiempo aquellas terapias con mayores efectos secundarios a los pacientes con probabilidad alta de supervivencia.

Se han descrito distintos métodos para predecir supervivencia en los que se relacionan la presencia de varios marcadores pronósticos, en combinación con características patológicas, como el grado de diferenciación, tamaño del tumor y la invasión linfovascular. Sin embargo, ninguno de ellos se ha validado para su uso rutinario en clínica (Brundage MD. et al., Chest. 2002 Sep; 122(3):1037-57; Thunnissen FB. et al, Histopathology. 2006 Jun; 48(7):779-86)).

Otros métodos predictores basados en perfiles de expresión no han sido útiles en clínica por la necesidad de laboratorios especializados y complejos análisis estadísticos, por ejemplo, el método descrito en Potti A. et al., (N Engl J Med. 2006 Aug 10; 355(6): 570-80).

Por tanto existe la necesidad de desarrollar nuevos métodos que permitan identificar los genes más relevantes implicados en adenocarcinoma de pulmón, de forma que se puedan obtener firmas más fiables y basadas en un menor número de genes. Dichas firmas permitirán la predicción del pronóstico de un paciente que sufre adenocarcinoma de pulmón de forma más eficaz que los métodos descritos en el estado de la técnica. La identificación de nuevos factores de pronóstico servirá para guiar en la selección de los tratamientos más adecuados.

Compendio de la invención

En un primer aspecto, la presente invención se refiere a un método in vitro para determinar el pronóstico de un sujeto diagnosticado con adenocarcinoma de pulmón que comprende determinar los niveles de... [Seguir leyendo]

1. Un método in vitro para determinar el pronóstico de un sujeto diagnosticado con adenocarcinoma de pulmón que comprende determinar los niveles de expresión de los genes identificados en las Tablas 1 y 2 en una muestra de tejido tumoral procedente de dicho sujeto, en donde un aumento de la expresión de los genes identificados en la Tabla 1 y una disminución de la expresión de los genes identificados en la Tabla 2 con respecto a un valor de referencia es indicativo de un peor pronóstico.

2. Método según la reivindicación 1, en donde la cuantificación de los niveles de expresión de los genes identificados en las Tablas 1 y 2 comprende la cuantificación del ARN mensajero (ARNm) de dichos genes, o un fragmento de dicho ARNm, el ADN complementario (ADNc) de dichos genes, o un fragmento de dicho ADNc, o sus mezclas.

3. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 2, en donde la cuantificación de los niveles de expresión de los genes identificados en las Tablas 1 y 2 se realiza mediante una reacción en cadena de la polimerasa (PCR) cuantitativa multiplex o un array de ADN o ARN.

4. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, donde la determinación de los niveles de expresión de los genes identificados en las Tablas 1 y 2 se realiza mediante un array de ADN que comprende las sondas identificadas en las Tabla 3.

5. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, donde la determinación de dicho pronóstico comprende un análisis de regresión de riesgos proporcionales de dicho pronóstico en función de los niveles de expresión de los genes identificados en las Tablas 1 y 2.

6. Método según la reivindicación 5, donde dicho análisis de regresión de riesgos proporcionales es un análisis de tipo Cox.

7. Método según la reivindicación 6, donde en dicho análisis de tipo Cox se establece aparición de muerte como variable pronóstico.

8. Método según la reivindicación 7, donde dicha aparición de muerte es a 5 años.

9. Método según cualquiera de las reivindicaciones 6 a 8, donde la determinación de dicho pronóstico se lleva a cabo aplicando la siguiente fórmula:

en donde x_i es el valor del nivel de expresión en log2 estandarizado (media=0 y desviación estándar=1) de cada uno de dichos genes identificados en las Tablas 1 y 2; y

s_i es el valor del estadístico de Wald del análisis de regresión de tipo Cox para cada uno de dichos genes identificados en las Tablas 1 y 2 según las reivindicaciones 6 a 8,

en donde si dicho valor es mayor que cero entonces es indicativo de que dicho paciente presenta peor pronóstico y donde si dicho valor es menor que cero es indicativo de que dicho paciente presenta mejor pronóstico.

10. Método según cualquiera de las reivindicaciones 6 a 9, que comprende además determinar al menos un parámetro clínico seleccionado entre la edad del sujeto, el sexo del sujeto y el estadio tumoral, en donde a menor edad del sujeto, sexo masculino y grado tumoral más avanzado, es indicativo de un peor pronóstico.

11. Método según la reivindicación 1, en donde la cuantificación de los niveles de expresión de los genes identificados en las Tablas 1 y 2 comprende la cuantificación de los niveles de proteína codificada por dichos genes o de una variante de la misma.

12. Método según la reivindicación 11, en donde la cuantificación de los niveles de proteína se realiza mediante western blot, ELISA o un array de proteínas.

13. Un reactivo capaz de detectar los niveles de expresión de los genes identificados en las Tablas 1 y 2, que comprende:

14. Reactivo según la reivindicación 13, en donde los ácidos nucleicos son sondas y/o cebadores de ADN, ADNc o ARN.

15. Un kit que comprende al menos un reactivo según cualquiera de las reivindicaciones 13 a 14.

16. Kit según la reivindicación 15, donde dicho kit es un array de ADN o ARN que comprende un conjunto de ácidos nucleicos, en donde dicho conjunto de ácidos nucleicos comprende las secuencias de nucleótidos de las sondas de la Tabla 3, o un fragmento de los mismos, o los productos de su transcripción.

17. Kit según la reivindicación 16, que comprende además, una molécula de ácido nucleico de uno o varios genes de expresión constitutiva.

18. Kit según la reivindicación 17 que comprende un conjunto de anticuerpos, en donde dicho conjunto de anticuerpos consiste en anticuerpos, o fragmentos de los mismos, capaces de unirse específicamente con las proteínas codificadas por los genes identificados en las Tablas 1 y 2 o cualquier variante de dichas proteínas.

19. Kit según la reivindicación 18, que comprende además, anticuerpos, o fragmentos de los mismos, capaces de unirse específicamente con las proteínas codificadas por uno o varios genes de expresión constitutiva.

20. Uso de un kit según cualquiera de las reivindicaciones 15 a 19 para el pronóstico de pacientes diagnosticados con adenocarcinoma de pulmón.