Antígenos de Plasmodium falciparum y procedimientos de uso.

Un polipéptido aislado que comprende:

a) el polipéptido definido como SEC ID Nº: 1;

b) un fragmento del polipéptido de 1

(a) que es un epítope de péptido que se une a una molécula de anticuerpo, un linfocito B o molécula de HLA e induce una respuesta inmunitaria a SEC ID Nº: 1; o

c) una construcción multiepitópica que comprende el polipéptido 1(a) y al menos un epítope expuesto en la Tabla 2, 3, 4, 5 ó 6; y/o uno o más polipéptidos seleccionados del grupo que consiste en SEC ID Nº: 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26 y 27.

Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/US2003/038966.

Solicitante: EPIMMUNE, INC..

Nacionalidad solicitante: Estados Unidos de América.

Dirección: 5820 NANCY RIDGE DRIVE, SUITE 100 SAN DIEGO, CA 92121 ESTADOS UNIDOS DE AMERICA.

Inventor/es: SETTE, ALESSANDRO, SIDNEY,JOHN, SOUTHWOOD,SCOTT, DOOLAN,DENISE L, CARUCCI,DANIEL J.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • SECCION A — NECESIDADES CORRIENTES DE LA VIDA > CIENCIAS MEDICAS O VETERINARIAS; HIGIENE > PREPARACIONES DE USO MEDICO, DENTAL O PARA EL ASEO... > A61K39/00 (Preparaciones medicinales que contienen antígenos o anticuerpos (materiales para ensayos inmunológicos G01N 33/53))
  • SECCION C — QUIMICA; METALURGIA > QUIMICA ORGANICA > PEPTIDOS (péptidos que contienen β -anillos lactamas... > Péptidos con más de 20 aminoácidos; Gastrinas;... > C07K14/445 (Plasmodium)

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Fragmento de la descripción:

Antígenos de Plasmodium falciparum y procedimientos de uso

Antecedentes de la invención La reciente explosión en la secuenciación genómica ha depositado una riqueza de información en manos de los investigadores. Sin embargo, todavía no hay medios para analizar eficazmente tales datos para identificar qué antígenos entre muchos miles son dianas apropiadas para el desarrollo de vacunas.

Más de 5000 proteínas se expresan durante el ciclo vital del parásito Plasmodium spp. Las vacunas de subunidad actualmente en desarrollo se basan en un único o en varios antígenos y pueden, por tanto, provocar una amplitud demasiado estrecha de la respuesta, que no proporciona ni protección óptima ni protección de antecedentes genéticamente diversos. Por el contrario, parece que para duplicar la protección inducida por la vacunación de organismos completos (Good, M.F. & Doolan, D.L. Immune effector mechanisms in malaria. Curr. Opin. Immunol. 11, 412-419 (1999) ) se requiere una vacuna contra la malaria que elige como diana un número sin precedentes de proteínas derivadas de parásitos mediante la inclusión de sus epítopes de linfocito T CD8+ y CD4+ mínimos en una construcción multiepitópica. Sin embargo, los antígenos que median en la protección inducida por organismos completos son ampliamente desconocidos.

Debido a diversos factores, principalmente relacionados con la abundancia de antígenos e inmunodominancia, no todos los posibles antígenos son reconocidos por inmunidad natural (Yewdell JW, Bennink JR. Immunodominance in major histocompatibility complex class I-restricted T lymphocyte responses. Annu. Rev. Immunol. 17, 51-88. (1999) ) . Se han propuesto diversos enfoques para la identificación de antígenos, que incluyen clonación de la expresión (Kawakami, Y. & Rosenberg, S. A. Immunobiology of human melanoma antigens MART-1 and gp100 and their use for immuno-gene therapy. Int. Rev. Immunol. 14, 173-192 (1997) ) , elución y secuenciación por espectrometría de masas de péptidos unidos a MHC naturalmente procesados (Rotzschke, O. y col., Isolation and analysis of naturally processed viral peptides as recognized by cytotoxic T cells. Nature 348, 252-254 (1990) ; van Bleek, G. M. & Nathenson, S. G. Isolation of an endogenously processed immunodominant viral peptide from the class I H-2Kb molecule. Nature 348, 213-216 (1990) ; Hunt, D. F. y col., Peptides presented to the immune system by the murine class II major histocompatibility complex molecule I-Ad. Science 256, 1817-1820 (1992) ; Cox, A. L. y col., Identification of a peptide recognized by five melanoma-specific human cytotoxic T cell lines. Science 264, 716-719 (1994) ) , prueba in vitro de conjuntos de péptidos solapantes (Kern., F. y col., Cytomegalovirus (CMV) Phosphoprotein 65 Makes a Large Contribution to Shaping the T Cell Repertoire in CMV-Exposed Individuals. J. Infect. Dis. 185, 1709-1716 (2002) ) e inmunogenética inversa (Davenport, M. P. & Hill, A. V. Reverse immunogenetics: from HLA-disease associations to vaccine candidates. Mol. Med. Today 2, 38-45 (1996) ; Aidoo, M. y col., Identification of conserved antigenic components for a cytotoxic T lymphocyte-inducing vaccine against malaria. Lancet 345, 1003-1007 (1995) ) . Sin embargo, estos procedimientos conllevan posibles problemas tales como la identificación repetida del mismo epítope (frecuente/dominante) , sesgos al nivel de expansión de poblaciones de linfocitos T y uso de linfocitos T clónicos/oligoclónicos. También tienden a subestimar la complejidad de las respuestas, y no puede analizarse un gran número de posibles dianas en el contexto de múltiples tipos de HLA. Finalmente, ninguno de estos enfoques se presta fácilmente a la sobrecogedora tarea de analizar eficazmente grandes cantidades de datos de la secuencia genómica.

Breve resumen La invención objeto también proporciona novedosos antígenos de Plasmodium falciparum que son útiles en aplicaciones terapéuticas y de diagnóstico. En diversos aspectos, la invención objeto proporciona realizaciones tales como:

1) Un polipéptido aislado que comprende:

a) el polipéptido definido como SEC ID Nº : 1;

b) un fragmento del polipéptido de 1 (a) que es un epítope de péptido que se une a una molécula de anticuerpo, un linfocito B o molécula de HLA e induce una respuesta inmunitaria a SEC ID Nº : 1; o c) una construcción multiepitópica que comprende el polipéptido 1 (a) y al menos un epítope expuesto en la Tabla 2, 3, 4, 5 ó 6; y/o uno o más polipéptidos seleccionados del grupo que consiste en SEC ID Nº : 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26 y 27.

2) Una secuencia de polinucleótidos aislada y/o purificada que codifica un polipéptido como se define en (1) anteriormente.

3) Una composición que comprende un vehículo farmacéuticamente aceptable y un polipéptido como se define en (1) anteriormente.

4) Un anticuerpo aislado o fragmento del mismo que se une específicamente al polipéptido como se define en (1) anteriormente.

5) Un vector que comprende un promotor operativamente ligado a una secuencia de polinucleótidos como se define en (2) anteriormente.

6) Una célula huésped transformada por un vector como se define en (5) anteriormente.

7) Un chip de ADN que comprende secuencias de polinucleótidos como se definen en (2) anteriormente.

8) Uso de un polipéptido como se define en (1) anteriormente, en la fabricación de un medicamento para su uso en el tratamiento de o prevención de enfermedades infecciosas producidas por P. falciparum en un paciente.

9) Uso de un polinucleótido como se define en (2) anteriormente en la fabricación de un medicamento para su uso en el tratamiento o prevención de enfermedades infecciosas producidas por P. falciparum en un paciente.

10) Un procedimiento in vitro de detección de un antígeno de P. falciparum que comprende poner en contacto una muestra biológica aislada obtenida de un individuo con un polipéptido como se define en (1) anteriormente y detectar la formación de un complejo de anticuerpo-antígeno o detectar la estimulación de linfocitos T obtenidos del individuo.

11) Un procedimiento in vitro de detección de P. falciparum en muestras biológicas que comprende poner en contacto una muestra biológica aislada con el polinucleótido como se define en (2) anteriormente y detectar la hibridación de dichos polinucleótidos aislados con ácidos nucleicos contenidos en dicha muestra.

12) Un polipéptido de variante que tiene el 85 %, 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % o el 99 % de identidad de secuencias con un polipéptido como se define en 1 (a) anteriormente, y la misma reactividad serológica o reactividad de linfocitos T que el polipéptido definido como SEC ID Nº : 1, para su uso como un medicamento.

Breve descripción de los dibujos y tablas La Tabla 1 presenta un resumen de reactividades inmunitarias de un panel de 27 antígenos novedosos y cuatro antígenos conocidos.

Las Tablas 2-6 proporcionan epítopes de péptido de P. falciparum.

Breve descripción de las secuencias Las secuencias ID Nº : 1-27 son secuencias de aminoácidos de novedosos antígenos de la malaria.

Divulgación detallada

La invención objeto proporciona novedosos polinucleótidos de P. falciparum aislados y/o purificados y fragmentos de estos novedosos polinucleótidos. Así, la presente invención proporciona secuencias de polinucleótidos aisladas y/o purificadas que comprenden:

a) una secuencia de polinucleótidos que codifica una secuencia de polipéptidos de SEC ID Nº : 1;

b) una secuencia de polinucleótidos complementaria a una secuencia de polinucleótidos... [Seguir leyendo]

 


Reivindicaciones:

1. Un polipéptido aislado que comprende: a) el polipéptido definido como SEC ID Nº : 1; b) un fragmento del polipéptido de 1 (a) que es un epítope de péptido que se une a una molécula de anticuerpo, un linfocito B o molécula de HLA e induce una respuesta inmunitaria a SEC ID Nº : 1; o c) una construcción multiepitópica que comprende el polipéptido 1 (a) y al menos un epítope expuesto en la Tabla 2, 3, 4, 5 ó 6; y/o uno o más polipéptidos seleccionados del grupo que consiste en SEC ID Nº : 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26 y 27.

2. El epítope de polipéptido según la reivindicación 1 (b) , en el que el epítope de péptido es un epítope de polipéptido que induce CTL.

3. El epítope de polipéptido según la reivindicación 1 (b) , en el que el epítope de péptido es un epítope de péptido que induce HTL.

4. Una secuencia de polinucleótidos aislada y/o purificada que codifica un polipéptido como se define en la reivindicación 1.

5. El polinucleótido aislado según la reivindicación 4, que comprende además una marca.

6. El polinucleótido aislado según la reivindicación 5, en el que dicha marca es una 1) marca radiactiva, 2) marca enzimática, 3) marca quimioluminiscente, 4) marca fluorescente, o 5) marca magnética.

7. Una secuencia de polinucleótidos aislada según la reivindicación 5 o la reivindicación 6, que comprende además secuencias reguladoras.

8. La secuencia de polinucleótidos aislada según la reivindicación 7, en la que dichas secuencias reguladoras son promotores, elementos potenciadores o secuencias de terminación que están operativamente ligadas a dicho polinucleótido.

9. Una composición que comprende un vehículo farmacéuticamente aceptable y un polipéptido según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3.

10. La composición según la reivindicación 9, en la que dicho vehículo es un adyuvante.

11. Una composición que comprende un vehículo farmacéuticamente aceptable y un polinucleótido según cualquiera de las reivindicaciones 4 a 8.

12. Un anticuerpo aislado, o fragmento del mismo, que se unen específicamente al polipéptido de SEC ID Nº : 1.

13. Un vector que comprende un promotor operativamente ligado a una secuencia de polinucleótidos según cualquiera de las reivindicaciones 4 a 8.

14. El vector según la reivindicación 13, en el que dicho vector contiene uno o más orígenes de replicación.

15. El vector según la reivindicación 14, en el que dicho vector contiene uno o más marcadores de selección.

16. El vector según la reivindicación 13, en el que dicho vector contiene uno o más marcadores de selección.

17. El vector según la reivindicación 13, en el que dicho vector es un vector de vacuna o un vector viral.

18. Una célula huésped transformada por un vector según cualquiera de las reivindicaciones 13 a 17.

19. Un chip de ADN que comprende secuencias de polinucleótidos según cualquiera de las reivindicaciones 4 a 8.

20. Uso de un polipéptido según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en la fabricación de un medicamento para tratar o prevenir enfermedades infecciosas producidas por P. falciparum en un paciente.

21. Uso de un polinucleótido como se define en cualquier de las reivindicaciones 4 a 8, en la fabricación de un medicamento para tratar o prevenir enfermedades infecciosas producidas por P. falciparum en un paciente.

22. Un procedimiento in vitro de detección de un antígeno de P. falciparum que comprende poner en contacto una muestra biológica aislada obtenida de un individuo con un polipéptido según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, y detectar la formación de un complejo de anticuerpo-antígeno o detectar la estimulación de linfocitos T obtenidos del individuo.

23. Un procedimiento in vitro de detección de P. falciparum en muestras biológicas que comprende poner en contacto una muestra biológica aislada con el polinucleótido de cualquier de las reivindicaciones 4 a 8 y detectar la hibridación de dichos polinucleótidos aislados con ácidos nucleicos contenidos en dicha muestra.

24. Un polipéptido de variante que tiene el 85 %, 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % o el 99 % de identidad de secuencias con un polipéptido de la reivindicación 1 (a) y la misma reactividad serológica o reactividad de linfocitos T que el polipéptido definido como SEC ID Nº : 1, para su uso como un medicamento.