19 inventos, patentes y modelos de BERLIN, KURT

  1. 1.-

    Un método para identificar una muestra biológica para el análisis de la metilación

    (08/2015)

    Un método para identificar al menos una muestra biológica en el campo del análisis de la metilación, que comprende las etapas (a) y (b) en el orden indicado: (a) proporcionar un conjunto de muestras de al menos dos muestras biológicas, en donde al menos una muestra comprende el ADN genómico diferencialmente metilado al menos en una posición; (b) aplicar al menos un identificador para cada muestra, en donde al menos un identificador aplicado no interfiera con el análisis posterior; y en donde al menos un identificador aplicado es un ácido nucleico que no forma una estructura secundaria estable y comprende al menos un sitio de unión de oligonúcleotidos libre de citosina, o libre de citosina y libre de guanina;...

  2. 2.-

    Método para proveer fragmentos de ADN derivados de una muestra archivada

    (08/2014)

    Un método para proveer fragmentos de ADN derivados de una muestra archivada, que comprende: obtener una muestra archivada que comprende ADN y parafina y opcionalmente un agente de fijación; (a) someter la muestra archivada directamente a una etapa de lisis con una proteasa, en donde la parafina es licuada por calentamiento para proveer una cantidad de ADN tratado con proteasa accesible; (b) inactivar la proteasa mediante calor, adición de un inhibidor de proteasa, o ambos; y (c) tratar el ADN con un reactivo de bisulfito sin una etapa previa de extracción de ADN.

  3. 3.-

    Métodos y ácidos nucleicos para el análisis de la expresión génica asociada al pronóstico de trastornos proliferativos celulares

    (05/2014)

    Método para proporcionar un pronóstico de un sujeto con cáncer de próstata, que comprende las etapas siguientes: a) en una muestra biológica obtenida de dicho sujeto, b) determinar el estado de metilación del gen PITX2 en dicha muestra, y c) determinar a partir del mismo el pronóstico de dicho sujeto, en el que opcionalmente por lo menos una variable pronóstica adicional se incluye en la valoración al determinar dicho pronóstico, y en el que la hipermetilación es indicativa de un pronóstico...

  4. 4.-

    Conversión mejorada de ADN con bisulfito

    (11/2013)

    Un procedimiento para la conversión de ADN con bisulfito, en el que se hace reaccionar ADN genómico aisladocon un reactivo de bisulfito, caracterizado porque la reacción se realiza a una temperatura en el intervalo de 0-80ºC, y porque la temperatura de la reacción aumenta hasta un intervalo de 85-100ºC brevemente durante elcurso de la conversión (termopicos), llegando a ser el número de incrementos de temperatura de corta duración(termopicos) de 1 a 10.

  5. 5.-

    Método para determinar la metilación de ADN en muestras de sangre u orina

    (06/2012)

    Método para determinar el estado de metilación de por lo menos una citosina, un patrón de metilación, o ambos en el ADN de una muestra de sangre, una muestra de plasma, una muestra de suero o una muestra de orina de un individuo, que comprende: (a) proporcionar dicha muestra que comprende ADN; (b) aislar el ADN de dicha muestra; (c) tratar el ADN aislado con un reactivo bisulfito en presencia de un captador de radicales; y (d) determinar el estado de metilación de por lo menos una citosina en el ADN de dicha muestra, estando cada citosina localizada en una posición definida y/o de un patrón de metilación en el ADN de dicha muestra, con una reacción de amplificación a base de polimerasa y/o...

  6. 6.-

    CONVERSION MEJORADA DE ADN CON BISULFITO

    (10/2009)
    Ver ilustración. Solicitante/s: EPIGENOMICS AG. Clasificación: C12Q1/68.

    Un procedimiento para el diagnóstico y/o pronóstico de enfermedades cancerosas, interacciones farmacológicas indeseadas, enfermedad cardiovascular o inflamación en un paciente o individuo, caracterizado porque se realizan las siguientes etapas: a) Se extrae el ADN de muestras de tejido o de fluidos corporales, b) El ADN se convierte con bisulfito, c) El ADN convertido se purifica mediante ultrafiltración.

  7. 7.-

    PROCEDIMIENTO PARA LA DETECCION DE METILACIONES DE CITOSINA EN MUESTRAS DE ADN INMOVILIZADO

    (08/2009)
    Solicitante/s: EPIGENOMICS AG. Clasificación: C12Q1/68.

    Procedimiento para el análisis de patrones de metilación de citosina en muestras de ADN genómico, en el que se realizan las siguientes etapas de procedimiento: #a) se aísla el ADN genómico a partir de células u otros materiales acompañantes y se une de forma esencialmente irreversible a una superficie, #b) se trata el ADN unido a la superficie preferiblemente con un bisulfito (=disulfito, hidrogenosulfito) de modo que la citosina se transforme en una base distinta en el comportamiento de apareamiento de bases en el dúplex de ADN, mientras que la 5-metilcitosina permanece intacta, #c) se retiran los reactivos usados en la etapa b) en una etapa de lavado, #d) se amplifican fragmentos seleccionados del ADN inmovilizado en una reacción con polimerasa, #e) se analizan los amplificados respecto a su secuencia.

  8. 8.-

    PROCEDIMIENTO PARA LA AMPLIFICACION SIMULTANEA DE VARIAS SECUENCIAS EN UNA REACCION PCR Y SU MARCAJE

    (05/2009)

    Procedimiento para la amplificación de ácidos nucleicos, caracterizado porque se realizan las siguientes etapas: #a) se hace reaccionar químicamente una muestra de ácido nucleico con un reactivo, con lo que la 5-metilcitosina permanece intacta y la citosina se transforma en uracilo o en otra base similar al uracilo en el comportamiento de apareamiento de bases; #b) hibridan los segmentos a amplificar con al menos dos oligonucleótidos cebadores que presentan dos dominios, de los cuales el dominio específico de secuencia que se encuentra en el extremo 3'' hibrida con el segmento a amplificar, mientras que el dominio genérico que se encuentra en el extremo 5'' no hibrida; #c) se lleva a cabo una...

  9. 9.-

    PROCEDIMIENTO PARA LA DETECCION SIMULTANEA DE LA METILACION DE CITOSINA Y DE MUTACIONES EN MUESTRAS DE ADN

    (12/2008)

    Procedimiento para la detección simultánea de 5-metilcitosina y de polimorfismos de un único nucleótido (del inglés Single Nucleotide Polymorphisms = SNP''s) o mutaciones en muestras de ADN genómico, caracterizado porque se realizan las siguientes etapas: (a) se hace reaccionar químicamente un ADN genómico, procedente de una muestra de ADN, con un reactivo, reaccionando de manera diferente la 5-metilcitosina y la citosina, y por consiguiente éstas, después de la reacción, muestran un diferente comportamiento de apareamiento de bases en el dúplex de ADN; (b) se amplifica el ADN tratado previamente mediando utilización de una polimerasa y de por lo menos un oligonucleótido (tipo A) como cebador;...

  10. 10.-

    PROCEDIMIENTO PARA LA DETECCION DE UNA METILACION DE CITOSINA EN ISLOTES DE CPG

    (11/2008)

    Procedimiento para el análisis del grado de metilación dentro de un islote de CpG en muestras de ADN, caracterizado porque se realizan las siguientes etapas de procedimiento: a) a partir de una muestra se extrae el ADN, b) el ADN se trata, preferiblemente con un bisulfito (= disulfito, hidrógeno-sulfito), de tal manera que la citosina es transformada en una base diferente en cuanto al comportamiento de apareamiento de bases en el dúplex de ADN, mientras que la 5-metilcitosina permanece inalterada, c) uno o varios cebadores de oligonucleótidos se hibridan con el ADN tratado, d) los cebadores hibridados se prolongan en una reacción de polimerasa, siendo...

  11. 11.-

    PROCEDIMIENTO PARA LA DETECCION DE LA METILACION DE CITOSINA EN MUESTRAS DE ADN

    (07/2008)

    Procedimiento para la detección de 5-metilcitosina o para la detección de 5-metilcitosina y de SNP''s en muestras de ADN genómico, caracterizado porque se realizan las siguientes etapas: (a) se hace reaccionar químicamente un ADN genómico, procedente de una muestra de ADN, con un reactivo, reaccionando de manera diferente la 5-metilcitosina y la citosina, y por consiguiente éstas, después de la reacción, muestran un diferente comportamiento de apareamiento de bases en el dúplex de ADN; (b) se amplifica un ADN tratado previamente mediando utilización de una polimerasa y de por lo menos un cebador oligonucleótido; (c) se...

  12. 12.-

    PROCEDIMIENTO PARA LA DETERMINACION DEL GRADO DE METILACION DE DETERMINADAS CITOSINAS EN DNA GENOMICO EN EL CONTEXTO SECUENCIAL 5'-CPG-3'

    (06/2008)
    Ver ilustración. Solicitante/s: EPIGENOMICS AG. Clasificación: G01N33/58, C12N15/09, A61K31/70, C12Q1/68, G01N33/53, C12N15/11, G01N33/50, G01N33/566, C12P19/34, C12M1/00, B01J19/00, G01N21/78, G01N27/62.

    Proceso para la detección del grado de metilación de una citosina determinada en el contexto secuencial 5''- CpG-3'' de una muestra de DNA genómico, caracterizado porque a) se trata químicamente el DNA genómico, transformándose las bases citosina en uracilo, pero no las bases 5-metilcitosina; b) se amplifican fragmentos definidos, que contienen dicha citosina determinada, conservando los amplificados una marcación detectable; c) se hibridan los amplificados en dos clases de oligonucleótidos y/u oligómeros PNA en cada caso con un miembro de dicha citosina determinada; d) se determina la magnitud de la hibridación de los amplificados en las dos clases de oligonucleótidos y/u oligómeros PNA por detección de la marcación de los amplificados; e) se deduce de la relación de las marcaciones detectadas en las dos clases de oligonucleótidos y/u oligómeros PNA como consecuencia de la hibridación el grado de metilación de dicha citosina determinada en la muestra de DNA genómico.

  13. 13.-

    AGRUPACION DE OLIGOMEROS, CON OLIGOMEROS DE ANP Y/O DE ADN SOBRE UNA SUPERFICIE

    (12/2007)
    Ver ilustración. Solicitante/s: EPIGENOMICS AG. Clasificación: C12N15/09, C12Q1/68.

    Agrupación de oligómeros, con oligómeros de ANP (ácidos nucleicos peptídicos) y/o de ADN sobre una superficie, que comprende oligómeros a base en cada caso de entre 6 y 20 monómeros o nucleobases, comprendiendo la agrupación de oligómeros por lo menos 100 diferentes oligómeros, y comprendiendo a) por lo menos un 50 % de los oligómeros unas secuencias de las fórmulas generales DDCGDD y DDTGDD o b) por lo menos un 50 % de los oligómeros unas secuencias de las fórmulas generales HHCGHH y HHCAHH; significando H una de las bases adenina (A), citosina (C) o timina (T), y representando D una de las bases adenina (A), guanina (G) o timina (T), y estando correlacionado el sitio de los oligómeros sobre la superficie con la secuencia de los oligómeros.

  14. 14.-

    PROCEDIMIENTO PARA LA DETECCION DE MODELOS DE METILACION DE CITOSINA, CON ALTA SENSIBILIDAD

    (12/2007)

    Procedimiento para la detección de una metilación de citosina en muestras de ADN, caracterizado porque se realizan las siguientes etapas a) se trata una muestra de ADN genómico, que comprende un ADN que se ha de investigar y un ADN de fondo, por medios químicos, de tal manera que todas las bases de citosina no metiladas se transforman en uracilo, mientras que las bases de 5-metilcitosina permanecen inalteradas, b) la muestra de ADN tratada químicamente se amplifica mediando utilización de por lo menos 2 oligonucleótidos cebadores, de una polimerasa así como de por lo menos un oligonucleótido adicional o de un oligómero de ANP, que se fija...

  15. 15.-

    PROCEDIMIENTO PARA LA DETECCION DE METILACIONES DE CITOSINAS.

    (05/2007)
    Solicitante/s: EPIGENOMICS AG. Clasificación: C12Q1/68.

    Procedimiento para la detección de metilaciones de citosinas en un ADN, caracterizado porque se realizan las siguientes etapas: a) una muestra de ADN genómico se incuba con una solución de un bisulfito (= hidrógeno-sulfito, disulfito) en el intervalo de concentraciones comprendidas entre 0, 1 y 6 mol/l, estando presente un disolvente desnaturalizante así como por lo menos un agente captador de radicales; b) la muestra tratada de ADN se diluye con agua o con una solución acuosa; c) la muestra de ADN se amplifica en una reacción con una polimerasa; d) realizándose antes de la etapa c) una desulfonación del ADN; e) se detecta en qué grado se ha modificado la secuencia mediante el tratamiento según la etapa a) con respecto a la muestra de ADN genómico y se saca una conclusión acerca del estado de metilación de por lo menos un locus en la muestra de ADN genómico.

  16. 16.-

    PROCEDIMIENTOS Y PRODUCTOS DE PROGRAMAS INFORMATICOS PARA DETERMINAR EL EFECTO BIOLOGICO Y/O LA ACTIVIDAD DE FARMACOS, SUSTANCIAS QUIMICAS Y/O COMPOSICIONES FARMACEUTICAS BASANDOSE EN SU EFECTO SOBRE EL ESTADO DE METILACION DEL ADN.

    (01/2007)

    Un procedimiento in vitro para cribar en al menos un fármaco, sustancia química y/o composición farmacéutica un efecto biológico y/o actividad en el tratamiento de una enfermedad, que comprende las etapas de: (a) proporcionar una muestra biológica A que contiene ADN de al menos un individuo, tejido, célula u otro material biológico que contiene ADN, que se ha expuesto a dicho al menos un fármaco, sustancia química y/o composición farmacéutica; (b) proporcionar una muestra biológica B que contiene ADN de al menos un individuo, tejido, célula u otro material biológico que contiene ADN, que no se ha expuesto a dicho al menos un fármaco, sustancia química o composición farmacéutica; (c) seleccionar sitios que sean relevantes para la expresión...

  17. 17.-

    PROCEDIMIENTO Y DISPOSITIVO PARA LA DETERMINACION DE LA ESPECIFICIDAD DEL TEJIDO Y DEL ADN QUE FLOTA LIBRE EN TEJIDOS CORPORALES.

    (06/2006)
    Ver ilustración. Solicitante/s: EPIGENOMICS AG. Clasificación: C12Q1/68.

    Un procedimiento para detectar la presencia o ausencia de una patología en un tejido u órgano de un individuo, que comprende las siguientes etapas: a) determinar la cantidad de ADN total que flota libre en una muestra de fluido corporal obtenida de dicho individuo; b) determinar la cantidad de ADN que flota libre que se origina de dicho tejido u órgano en dicha muestra; c) determinar la presencia o ausencia de una patología en base a la cantidad total de ADN que flota libre y la fracción de ADN que flota libre que se origina de dicho tejido u órgano.

  18. 18.-

    PROCEDIMIENTO PARA LA DISTINCION DE MODIFICACIONES DE MUTILACION EN LA POSICION 5.

    (02/2006)

    Procedimiento para la distinción de modificaciones de metilación en la posición 5 de bases de citosina y mutaciones de citosina en timina y para la detección de polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) (single nucleotide polymorphisms) o mutaciones puntuales en el ADN genómico, que se caracteriza porque a) se realiza un tratamiento de una muestra genómica de ADN con sulfito o bisulfito u otros productos químicos de modo que se modifiquen de tal forma todas las bases de citosina no metiladas en la posición 5 de la base, que se forme una base distinta en lo que respecta al comportamiento...

  19. 19.-

    Procedimiento de identificación de ácidos nucleicos mediante espectrometría de masas láser de desorción/ionización asistida por matriz.

    (10/2002)
    Solicitante/s: MAX-PLANCK-GESELLSCHAFT ZUR FIRDERUNG DER WISSENSCHAFTEN E.V.. Clasificación: C12Q1/68.

    Procedimiento para identificar una secuencia de nucleótidos en una molécula de ácido nucleico, el cual comprende las siguientes etapas: (a) hibridación de moléculas de ácido nucleico con una serie de sondas de distintas secuencias de núcleobases, en que cada sonda posee una masa diferente de todas las demás; (b) separación de las sondas no hibridadas; (c) puesta en contacto de las sondas hibridadas con una matriz que favorece la desorción de las sondas mediante un rayo láser; (d) análisis de las sondas hibridadas y envueltas por la matriz, sobre un soporte de muestras formado por material eléctricamente conductor, en un espectrómetro de masas, y (e) determinación de las moléculas de ácido nucleico que presentan la secuencia, de modo que las posiciones de las sondas en el soporte de muestras permiten una asignacióna la molécula de ácido nucleico con la cual se hibridan.