VARIACIONES GENÉTICAS ASOCIADAS CON TUMORES.

[0001] La presente invención se refiere en general a variaciones genéticas asociadas con tumores. ANTECEDENTES [0002] Los cánceres pueden surgir cuando las células acumulan mutaciones somáticas que finalmente confieren una ventaja de crecimiento. Las mutaciones somáticas incluyen, por ejemplo, sustituciones de bases de nucleótidos, deleciones, inserciones, amplificaciones y redisposiciones. La identificación de mutaciones somáticas que aparecen en el cáncer proporciona una información valiosa con respecto al desarrollo del cáncer. Dicha información también es útil para la identificación de marcadores de diagnóstico y dianas terapéuticas en el cáncer (véase, por ejemplo, Bamford et al. (2004) British Journal of Cancer 91:355-358.) De este modo, existe una necesidad continua para identificar mutaciones somáticas que aparecen en el cáncer. [0003] Las variaciones en la línea germinal, o polimorfismos, son variaciones heredables que están presentes en el genoma de un organismo. Los polimorfismos incluyen polimorfismos de longitud del fragmento de restricción, repeticiones en tándem cortos (stirs) y polimorfismos de nucleótidos únicos (SNP). Las variaciones en la línea germinal pueden estar asociadas con la susceptibilidad para ciertas enfermedades, incluyendo cáncer. (Véase, por ejemplo, Vierimaa et al. (2006) Science 312:1228-1230; Landi et al. (2006) Science 313:521-522; Zhu et al. (2004) Cancer Research 64:2251-2257.) De este modo, existe una necesidad continua de identificar polimorfismos asociados con el cáncer. [0004] La identificación de variaciones asociadas con el cáncer se ha demostrado como valiosa en disposiciones clínicas, por ejemplo, en la diferenciación de poblaciones de pacientes que son sensibles a una terapia particular. (Véase por ejemplo, Lynch et al. (2004) N. Engl.J. Med. 350:2129-2139; OHare (2004) Blood 104:2532-2539). [0005] La invención aquí descrita cumple las necesidades descritas anteriormente y proporciona otras ventajas. DESCRIPCIÓN RESUMIDA [0006] La invención se define en las reivindicaciones. Los métodos de la invención se basan, en parte, en el descubrimiento de nuevas variaciones en polinucleótidos derivados de muestras de tumores. [0007] En un aspecto, se proporciona un polinucleótido aislado, en el que el polinucleótido aislado comprende (a) un polinucleótido PRO o un fragmento del mismo que tiene por lo menos aproximadamente 10 nucleótidos de longitud, donde el polinucleótido PRO o fragmento del mismo comprende una variación de nucleótido en una posición de nucleótido seleccionada de las figuras 1-3, o (b) el complemente de (a). En una realización, la variación de nucleótido tiene lugar en las SEC ID NOs: 1-37. En otra realización, la variación de nucleótido es un cambio de nucleótido seleccionado de las figuras 1-3. En otra realización, el polinucleótido aislado es un cebador. En otra realización, el polinucleótido aislado es un oligonucleótido. [0008] En otro aspecto, se proporciona un oligonucleótido que es (a) un oligonucleótido específico de alelo que se hibrida a una región de un polinucleótido PRO que comprende una variación de nucleótido en una posición de nucleótido seleccionada de las figuras 1-3, o (b) el complemento de (a). En una realización, la variación de nucleótido es un cambio de nucleótido seleccionado de las figuras 1-3. En otra realización, el oligonucleótido específico de alelo es un cebador específico de alelo. En otra realización, se proporciona un kit que comprende el oligonucleótido y por lo menos una enzima. En una de dichas realizaciones, el por lo menos una enzima es una polimerasa. En otra de dichas realizaciones, el por lo menos una enzima es una ligasa. En una realización adicional, se proporciona un microarray que comprende el oligonucleótido. [0009] En otro aspecto, se proporciona un método de detección de la ausencia o presencia de una variación de nucleótido en una posición de nucleótido seleccionada de las figuras 1-3, comprendiendo el método (a) poner en contacto el ácido nucleico sospechoso de comprender la variación de nucleótido con un oligonucleótido específico de alelo que es específico para la variación de nucleótido bajo condiciones adecuadas para la hibridación del oligonucleótido específico de alelo al ácido nucleico; y (b) detectar la ausencia o presencia de hibridación específica de alelo. En una realización, la variación de nucleótido es un cambio de nucleótido seleccionado de las figuras 1-3. En otra realización, la variación de nucleótido es una mutación somática. En otra realización, la variación de nucleótido es un polimorfismo en la línea germinal. [0010] En otro aspecto, se proporciona un método de amplificación de ácido nucleico que comprende una variación de nucleótido en una posición de nucleótido seleccionada de las figuras 1-3, comprendiendo el método (a) poner en contacto el ácido nucleico con un cebador que se hibrida al ácido nucleico en una secuencia 3 de la variación de 2   nucleótido, y (b) extender el cebador para generar un producto de amplificación que comprende la variación de nucleótido. En una realización, la variación de nucleótido es un cambio de nucleótido seleccionado de las figuras 1- 3. En otra realización, la variación de nucleótido es una mutación somática. En otra realización, la variación de nucleótido es un polimorfismo en la línea germinal. [0011] En otra realización, se proporciona un método de determinación del genotipo de una muestra biológica de un mamífero, comprendiendo el método detectar la ausencia o presencia de una variación de nucleótido en una posición de nucleótido seleccionada de las figuras 1-3 en material de ácido nucleico derivado de la muestra biológica. En una realización, la variación de nucleótido es un cambio de nucleótido seleccionado de las figuras 1-3. En otra realización, la muestra biológica es sospechosa de comprender células tumorales. En otra realización, la muestra biológica es un tumor. En una de dichas realizaciones, el tumor es un tumor de pulmón. En una de dichas realizaciones, el tumor de pulmón es un carcinoma de pulmón de célula no pequeña. En otra realización, la detección comprende llevar a cabo un proceso seleccionado entre un ensayo de extensión con cebador; un ensayo de extensión con un cebador específico de alelo; un ensayo de incorporación de nucleótido específico de alelo; un ensayo de hibridación de oligonucleótido específico de alelo; un ensayo de 5 nucleasa; un ensayo que utiliza sondas fluorescentes; y un ensayo de unión a oligonucleótido. En otra realización, la variación de nucleótido es una mutación somática. En otra realización, la variación de nucleótido es un polimorfismo en la línea germinal. [0012] En otro aspecto, se proporciona un método de clasificación de un tumor en un mamífero, comprendiendo el método detectar la presencia de una variación en un PRO o polinucleótido de PRO en una muestra biológica derivada del mamífero, en el que la muestra biológica es conocida o sospechosa de comprender células tumorales. En una realización, las células tumorales son células tumorales de pulmón. En una de dichas realizaciones, las células tumorales de pulmón son células de carcinoma de pulmón de célula no pequeña. En otra realización, la variación es una variación de nucleótido. En una de dichas realizaciones, la variación de nucleótido es en una posición de nucleótido seleccionada de las figuras 1-3. En otra de dichas realizaciones, la variación de nucleótido es un cambio de nucleótido seleccionado de las figuras 1-3. En otra de dichas realizaciones, la detección comprende llevar a cabo un proceso seleccionado entre un ensayo de extensión con cebador; un ensayo de extensión con un cebador específico de alelo; un ensayo de incorporación de nucleótido específico de alelo; un ensayo de hibridación de oligonucleótido específico de alelo; un ensayo de 5 nucleasa; un ensayo que utiliza sondas fluorescentes; y un ensayo de unión a oligonucleótido. En otra de dichas realizaciones, la variación de nucleótido es una mutación somática. En otra de dichas realizaciones, la variación de nucleótido es un polimorfismo en la línea germinal. En otra realización, la variación es una variación de aminoácido. En una de dichas realizaciones, la variación de aminoácido es un dominio funcional de PRO seleccionado de la figura 1 ó 3. En otra de dichas realizaciones, la variación de aminoácido es en una posición de aminoácido seleccionada de la figura 1 ó 3. En otra de dichas realizaciones, la variación de aminoácido es un cambio de aminoácido seleccionado de la figura 1 ó 3. En otra realización, la variación es una variación de aminoácido en FBXW7. En una de dichas realizaciones, la variación de aminoácido en FBXW7 es... [Seguir leyendo]

1. Método de clasificación de un tumor de carcinoma de pulmón de célula no pequeña en un mamífero, comprendiendo el método detectar la presencia de una variación de aminoácido en el dominio WD40 de FBXW7, o una variación de nucleótido en una región de un polinucleótido de FBXW7 que codifica el dominio WD40, en una muestra biológica derivada del mamífero, en el que la muestra biológica comprende células de carcinoma de pulmón de célula no pequeña. 2. Método según la reivindicación 1, en el que se detecta el aminoácido. 3. Método según la reivindicación 2, en el que la variación de aminoácido es en una posición de aminoácido seleccionada entre G343, R399, e Y429. 4. Método según la reivindicación 1, en el que se detecta la variación de nucleótido. 5. Método según la reivindicación 4, en el que la variación de nucleótido es en una posición de nucleótido seleccionada entre C153607116, C153604971, y T153604881 del cromosoma 4, en el que dicha posición de nucleótido corresponde a la posición G113, G1292 o A1382 de SEC ID NO:5, respectivamente. 6. Método según la reivindicación 5, en el que la variación de nucleótido es un cambio de nucleótido seleccionado entre C153607116T, C153604971T, y T153604881A, en el que dicho cambio de nucleótido corresponde a G1123A, G1292A o A1382T de SEC ID NO:5, respectivamente. 7. Método para predecir si un carcinoma de pulmón de célula no pequeña responderá a un agente terapéutico que reconoce FBXW7 o polinucleótido de FBXW77, comprendiendo el método determinar si el carcinoma de pulmón de célula no pequeña comprende una variación de aminoácido en el dominio WD40 de FBXW7, o una variación de nucleótido en una región de un polinucleótido de FBXW7 que codifica el dominio WD40, en el que la presencia de una variación de aminoácido o una variación de nucleótido indica que el carcinoma de pulmón de célula no pequeña responderá al agente terapéutico. 8. Método según la reivindicación 7, en el que se detecta la variación de aminoácido en FBXW7. 9. Método según la reivindicación 8, en el que la variación de aminoácido es en una posición de aminoácido seleccionada entre G343, R399, e Y429. 10. Método según la reivindicación 7, en el que se detecta la variación de nucleótido. 11. Método según la reivindicación 10, en el que la variación de nucleótido es en una posición de nucleótido seleccionada entre C153607116, C153604971, y T153604881 del cromosoma 4, en el que dicha posición de nucleótido corresponde a la posición G113, G1292 o A1382 de la SEC ID NO:5, respectivamente. 12. Método según la reivindicación 11, en el que la variación de nucleótido es un cambio de nucleótido seleccionado entre C153607116T, C153604971T, y T153604881A, en el que dicho cambio de nucleótido corresponde a G1123A, G1292A o A1382T de la SEC ID NO:5, respectivamente.   286   287   288   289     291