OB-FOLD usado como estructura para diseño por ingeniería de nuevos agentes de unión específicos.

Un método para obtener una variante de una proteína OB-fold de partida que se une a una diana y que presenta una afinidad nanomolar o mejor con dicha diana,

en el que dicha diana es una proteína o un péptido y en el que dicha afinidad se mide por resonancia de plasmón superficial de competición, que comprende las etapas de

a) proporcionar una biblioteca combinatoria de variantes de dicha proteína OB-fold de partida en que de 5 a 32 restos implicados en la unión de dicha proteína OB-fold de partida con su ligando nativo se han aleatorizado, y opcionalmente en el que dichas variantes comprenden adicionalmente una inserción de 1 a 15 restos de aminoácido aleatorios en el bucle 3 y/o una inserción de 1 a 15 restos de aminoácido aleatorios en el bucle 4 y/o una inserción de 1 a 20 restos de aminoácido aleatorios en el bucle 1, y opcionalmente en el que de 1 a 4 restos de dicha proteína OB-fold de partida se han delecionado,

b) expresar dichas variantes de dicha biblioteca por presentación en ribosoma

c) exponer dichas variantes expresadas obtenidas en la etapa b. a dicha diana inmovilizada, en el que dicha diana es una proteína o un péptido

d) seleccionar dichas variantes que se unen a dicha diana inmovilizada

e) eluir y recuperar el ARNm de dichas variantes seleccionadas en la etapa d.

f) traducir de forma inversa y amplificar dicho ARNm recuperado para obtener una sub-biblioteca de variantes seleccionadas de dicha proteína OB-fold de partida

g) realizar de nuevo las etapas b. a f. desde cero hasta tres rondas

h) expresar dichas variantes de dicha sub-biblioteca después de la etapa g. por presentación en ribosoma

i) exponer dichas variantes expresadas obtenidas en la etapa h. a dicha diana que está biotinilada

j) incubar esta composición que comprende dichas variantes expresadas y dicha diana de interés de la etapa i.

k) capturar complejos ternarios (ARNm-ribosoma-agente de unión) unidos a diana biotinilada con perlas recubiertas con estreptavidina magnéticas

l) lavar dichas perlas y aislar el ARNm

m) traducir de forma inversa y amplificar dicho ARNm recuperado para obtener una sub-biblioteca de variantes seleccionadas de dicha proteína OB-fold de partida

n) seleccionar un elemento de dicha sub-biblioteca de la etapa m., en el que dicho elemento codifica una variante de dicha proteína OB-fold de partida que comprende de 5 a 32 restos mutados en la superficie de contacto de unión con el ligando nativo de dicha proteína OB-fold de partida y que se une a dicha diana, y en el que la afinidad de dicha variante por dicha diana es una afinidad nanomolar o mejor.