Perfiles compuestos de antígenos celulares y proteínas diana de transducción de señales para el análisis y la gestión de la asistencia clínica de los cánceres hematológicos.

Un método para establecer un perfil de marcadores compuesto para una muestra procedente de un individuo que se sospecha que tiene un proceso neoplásico,

comprendiendo el método las etapas de:

(a) hacer reaccionar la muestra biológica con una serie de moléculas de unión, en donde la serie de moléculas de unión contiene dos o más grupos de moléculas de unión específicas para marcadores asociados a una población celular única, en donde los niveles de marcadores y las combinaciones de marcadores identifican poblaciones celulares normales y neoplásicas internas a la muestra;

(b) identificar la presencia de poblaciones celulares normales y neoplásicas internas a la muestra mediante la detección de los niveles de marcadores y las combinaciones de marcadores que identifican las poblaciones celulares normales y neoplásicas internas a la muestra, y

(c) correlacionar los niveles de marcadores de cada una de las poblaciones celulares normales y neoplásicas con la presencia de una proteína diana para establecer un perfil de marcadores compuesto para una muestra procedente de un individuo que se sospecha que tiene un proceso neoplásico, en donde la proteína diana es una molécula de señalización.

Perfiles compuestos de antígenos celulares y proteínas diana de transducción de señales para el análisis y la gestión de la asistencia clínica de los cánceres hematológicos

Antecedentes de la invención

La leucemia es un cáncer maligno de la médula ósea y la sangre. La leucemia se caracteriza por una producción excesiva de leucocitos anómalos, que se acumulan en la médula ósea y la sangre periférica. Como resultado, se reduce la producción y función de las células sanguíneas normales. La leucemia linfocítica crónica (LLC) es uno de los cuatro principales tipos de leucemia en los seres humanos; los otros son la leucemia mielógena aguda (LMA), la leucemia mielógena crónica (LMC) y la leucemia linfocítica aguda (LLA).

Los pacientes con leucemia tienen una evolución clínica heterogénea. El tratamiento de la leucemia es muy complejo y depende del tipo de leucemia. También se observa una enorme variabilidad clínica entre las remisiones en los pacientes con leucemia, Incluso las que se producen tras un ciclo de terapia. Algunos sobreviven durante períodos prolongados sin un tratamiento definitivo, mientras que otros mueren rápidamente a pesar de recibir tratamientos radicales. Los pacientes resistentes a la terapia tienen tiempos de supervivencia muy cortos, con independencia de cuándo se desarrolla la resistencia. Aunque se han desarrollado varios sistemas de estadificación para abarcar esta heterogeneidad clínica, no se puede predecir con exactitud si un paciente en un estadio precoz o intermedio experimentará una evolución de la enfermedad de escasa o elevada malignidad. En concreto, dado que estos sistemas tienen en cuenta las manifestaciones globales de la enfermedad, incluyendo el recuento de linfocitos en la sangre y la médula, el tamaño y la distribución de los ganglios linfáticos, el tamaño del bazo, el grado de anemia y el recuento de plaquetas del individuo, solo pueden identificar pacientes con un mal resultado pronóstico cuando la enfermedad ha progresado a un estadio más avanzado.

La leucemia linfocítica crónica (LLC) es la leucemia diagnosticada con más frecuencia en Estados Unidos y Europa, con más de 1. nuevos casos en EE. UU. en 24, y en la mayor parte de los casos se presenta en hombres de más de 4 años. Se caracteriza por la expansión clonal de linfocitos pequeños, en general con marcadores de superficie CD5 y CD19 compatibles con un subgrupo de linfocitos B. En la mayor parte de los casos, la enfermedad es de escasa malignidad y los pacientes sobreviven durante períodos prolongados sin un tratamiento definitivo. Además el sexo es también importante, ya que los hombres sobrepasan en número a las mujeres en una proporción de aproximadamente 2:1. En una minoría de casos, con frecuencia en individuos jóvenes, la enfermedad progresa rápidamente a pesar de los tratamientos radicales. En la forma más común, menos activa, el inicio es gradual y puede no provocar incomodidad o dolor al paciente durante varios años.

La LLC se caracteriza por un gran número de linfocitos maduros cancerosos y un aumento de los ganglios linfáticos. Las células cancerosas desplazan a las células normales en la médula ósea y los ganglios linfáticos. Los pacientes sufren anemia y el número de leucocitos normales y plaquetas en la sangre disminuye, mientras que el recuento total de leucocitos aumenta debido a la proliferación de leucocitos anormales. También disminuye el nivel y la actividad de los anticuerpos. Como resultado, el sistema inmunitario del paciente se deteriora. Es más frecuente que los individuos con LLC mueran por las consecuencias de un sistema inmunitario deteriorado, como las infecciones, que de la propia LLC.

La estadificación clínica de la LLC, caracterizada mediante los sistemas de Rai (estadios O-IV) y Binet (estadios A- C), sigue siendo el principal factor predictivo de la supervivencia de los pacientes con LLC. Ambos sistemas se basan en la cantidad de tejido linfático afectado y en la presencia de anemia y/o trombocitopenia. En general, los pacientes en los últimos estadios tienen un pronóstico significativamente peor y una supervivencia más corta. Los pacientes con estadio IV de Rai o estadio C de Binet tienen una supervivencia media de solo 1,5 a 2 años.

Knezevic y col., Proteomics 21: Vol 1, págs. 1271-1278, describe un estudio sobre análisis proteómico ultrarrápido de cortes histológicos congelados, derivados de carcinomas epidermoides de la cavidad bucal.

Wagner y col., Hematology Journal 24: Vol. 5, N.° 3., págs. 197-21, revisa una serie de marcadores pronósticos para decidir cuándo iniciar el tratamiento y asignar un pronóstico en la leucemia linfocítica crónica (LLC) y las distintas técnicas disponibles para medir esos marcadores.

La patente EP-1777523 se refiere a un método in vitro para determinar el pronóstico de los pacientes respecto a la progresión del cáncer. La patente EP-1777523 se publicó el 25 de abril de 27, después de la fecha de presentación de esta solicitud. Por lo tanto, solo se cita como técnica anterior a efectos de innovación conforme al artículo 54(3) EPC.

Zoltan Matrai. Hematology 25, Vol. 1. N.° 1, págs. 39-46, revisa el uso de la expresión de CD38 en la superficie celular como un marcador de enfermedad progresiva y mal resultado en la leucemia linfocítica crónica (LLC).

US-23/148321 describe métodos e instrumentos para diferenciar entre las células hematopoyéticas que expresan y que no expresan heparanasas.

Por el momento no existe un tratamiento conocido para la LLCB que haya demostrado un aumento significativo de la esperanza de vida. En consecuencia, solo los pacientes con LLCB en estadios avanzados se consideran adecuados para recibir tratamientos radicales como quimioterapia, radioterapia, cirugía, inmunoterapia o trasplante. Tales tratamientos pueden afectar gravemente al estado físico y emocional del paciente, sin conducir necesariamente a una mejoría de su estado; en algunos casos, los pacientes con LLCB pueden incluso fallecer a causa del tratamiento, más que por los efectos de la LLCB. Los pacientes con LLCB en estadios precoces, cuyo estado físico puede ser más adecuado para recibir un tratamiento experimental o más Intensivo, por lo general no reciben tratamiento, en la medida en que su enfermedad permanezca estable, por dos motivos. En primer lugar, las terapias actualmente disponibles no aumentan la esperanza de vida. En segundo lugar, no existen en estos momentos indicadores fiables de qué pacientes en estadios precoces responderán bien y cuáles no lo harán. Además, la evolución impredecible de la enfermedad puede dificultar la Interpretación de los resultados de los ensayos clínicos, ya que algunos pacientes en estadios precoces tendrán una evolución de escasa malignidad, incluso sin los beneficios del tratamiento.

En vista de las distintas evoluciones clínicas y la enorme variabilidad clínica entre las remisiones en los pacientes con leucemia, se Impone la necesidad de un Indicador fiable para predecir la evolución de la enfermedad en cada caso individual, a fin de ayudar a los médicos a Identificar a los pacientes que progresan hacia un estadio más avanzado de la enfermedad y tener la opción de un tratamiento experimental o más intensivo en un estadio mucho más precoz. Además, los ensayos clínicos de nuevos fármacos o terapias experimentales podrían dirigirse a los pacientes en función de su pronóstico, lo que haría que los resultados de los ensayos clínicos tuvieran una mayor relevancia.

La presente invención cubre esta necesidad y aporta las ventajas que de ello se derivan.

Sumario de la invención

La presente invención se refiere a métodos para establecer un perfil de marcadores compuesto para muestras de individuos que se sospecha sufren un proceso neoplásico. El perfil de marcadores compuesto de la invención permite identificar subgrupos de procesos neoplásicos relevantes desde el punto de vista del pronóstico y de la terapia, y la predicción de la evolución clínica de un individuo. Los métodos de la invención ofrecen herramientas útiles para la elección de un tratamiento para un individuo aquejado de un proceso neoplásico, incluidos métodos para la asignación a un grupo de riesgo, métodos para predecir un aumento del riesgo de recidiva, métodos para predecir un aumento del riesgo de desarrollar complicaciones secundarias, métodos para elegir una terapia para un individuo, métodos para predecir la respuesta a una terapia para un individuo, métodos para determinar la eficacia de una terapia en un Individuo y métodos para determinar el pronóstico de un individuo. En particular, el método de la presente Invención describe un método para establecer un perfil de marcadores... [Seguir leyendo]

1. Un método para establecer un perfil de marcadores compuesto para una muestra procedente de un Individuo que se sospecha que tiene un proceso neoplásico, comprendiendo el método las etapas de:

(a) hacer reaccionar la muestra biológica con una serie de moléculas de unión, en donde la serie de moléculas de unión contiene dos o más grupos de moléculas de unión específicas para marcadores asociados a una población celular única, en donde los niveles de marcadores y las combinaciones de marcadores identifican poblaciones celulares normales y neoplásicas internas a la muestra;

(b) identificar la presencia de poblaciones celulares normales y neoplásicas internas a la muestra mediante la detección de los niveles de marcadores y las combinaciones de marcadores que identifican las poblaciones celulares normales y neoplásicas internas a la muestra, y

(c) correlacionar los niveles de marcadores de cada una de las poblaciones celulares normales y neoplásicas con la presencia de una proteína diana para establecer un perfil de marcadores compuesto para una muestra procedente de un individuo que se sospecha que tiene un proceso neoplásico, en donde la proteína diana es una molécula de señalización.

2. El método de la reivindicación 1, en donde dicha proteína diana es una proteína de transducción de señales que se activa por fosforilación.

3. El método de la reivindicación 1, que además comprende una determinación de la modificación de la proteína diana.

4. El método de la reivindicación 1, en donde el proceso neoplásico se selecciona del grupo que consiste en

leucemia linfocítica crónica (LLC), leucemia mielógena aguda (LMA), leucemia mielógena crónica (LMC) y

leucemia linfocítica aguda (LLA).

5. El método de la reivindicación 1, en donde los marcadores asociados a la población celular comprenden marcadores de superficie celular seleccionados del grupo que consiste en CD3, CD5, CD1, CD11b, CD13, CD15, CD14, CD15, CD16, CD19, CD22, CD 23, CD56, CD45, CD33, CD34, CD15, CD16, MPL (mieloperoxidasa), CD64, CD79a, CD79b y CD117 (receptor de c-kit).

6. El método de la reivindicación 5, en donde los marcadores además incluyen cadenas ligeras kappa y lambda de las inmunoglobulinas para determinar la clonalidad.

7. El método de la reivindicación 4, en donde dicho cáncer es una leucemia linfocítica crónica de linfocitos B (LLCB).

8. El método de la reivindicación 7, en donde dicha proteína diana se selecciona del grupo que consiste en ZAP-7,

lectina de tipo C inducida por activación (AICL), lipoproteína-lipasa e IM68532.

9. El método de la reivindicación 8, en donde la leucemia linfocítica crónica de linfocitos B (LLCB) es una LLCB con mutaciones para Ig.

1. El método de la reivindicación 7, en donde los marcadores asociados a la población celular se seleccionan del grupo que consiste en CD3, CD5, CD19, CD23, CD38, CD56, CD79b y fmc7.

11. El método de la reivindicación 1, en donde los marcadores asociados a la población celular identifican una población celular que comprende linfocitos B leucémicos.

12. El método de la reivindicación 11, en donde los linfocitos B leucémicos son ZAP-7 positivos.

13. El método de la reivindicación 1, en donde una o más de las poblaciones celulares comprende poblaciones celulares ZAP-7 negativas.

14. El método de la reivindicación 1, en donde una o más de las poblaciones celulares comprende linfocitos B normales.

15. El método de la reivindicación 13, en donde la población celular ZAP-7 negativa comprende granulocitos.

16. Un método para predecir la evolución clínica de la leucemia linfocítica crónica (LLC) de linfocitos B sin mutaciones para Ig en un individuo, comprendiendo el método las etapas de:

(a) obtener una muestra biológica procedente del individuo;

(b) hacer reaccionar la muestra biológica con una serie de moléculas de unión, en donde la serie de moléculas de unión contiene dos o más grupos de moléculas de unión específicas para marcadores asociados a una población celular única, en donde los niveles de marcadores y las combinaciones de marcadores identifican poblaciones celulares internas normales y neoplásicas en la muestra,

(c) identificar la presencia de poblaciones celulares normales y neoplásicas internas a la muestra mediante la detección de los niveles de marcadores y las combinaciones de marcadores que identifican las poblaciones celulares normales y neoplásicas internas a la muestra,

(d) correlacionar los niveles de marcadores de cada una de las poblaciones celulares normales y neoplásicas con la presencia de ZAP-7 para establecer un perfil de marcadores compuesto para una muestra procedente de un individuo que se sospecha que tiene leucemia linfocítica crónica de linfocitos B (LLCB), en donde el perfil compuesto representa una cuantificación relativa de los niveles de ZAP-7, y

(e) comparar el perfil compuesto con uno o más perfiles compuestos de referencia, en donde la comparación permite predecir la evolución clínica de la leucemia linfocítica crónica de linfocitos B (LLCB) sin mutaciones para

ig.

17. Un método para establecer un perfil de marcadores compuesto para una muestra procedente de un individuo que se sospecha que tiene leucemia mielógena crónica (LMC), comprendiendo el método las etapas de:

(a) hacer reaccionar la muestra biológica con una serie de moléculas de unión, en donde la serie de moléculas de unión contiene dos o más grupos de moléculas de unión específicas para marcadores asociados a una población celular única, en donde los niveles de marcadores y las combinaciones de marcadores identifican poblaciones celulares normales y neoplásicas internas a la muestra,

(b) identificar la presencia de poblaciones celulares normales y neoplásicas internas a la muestra mediante la detección de los niveles de marcadores y las combinaciones de marcadores que identifican las poblaciones celulares normales y neoplásicas internas a la muestra, y

(c) correlacionar los niveles de marcadores de cada una de las poblaciones celulares normales y neoplásicas con la presencia de al menos una proteína diana seleccionada del grupo que consiste en proteínas de transducción de señales que se activan por fosforilación, marcadores de proliferación, marcadores de diferenciación y marcadores de apoptosis para establecer un perfil de marcadores compuesto para una muestra procedente de un individuo que se sospecha que tiene leucemia mielógena crónica (LMC).

18. El método de la reivindicación 17, en donde los marcadores asociados a la población celular se seleccionan del grupo que consiste en CD45, CD34, CD11b, CD13, CD15, CD14, CD33, CD79a, CD79b, CD22, CD1, CD16, Bcr/AblyTdT.

19. El método de la reivindicación 17, en donde la proteína diana es una proteína de transducción de señales que se activa por fosforilación.

2. El método de la reivindicación 19, en donde la proteína de transducción de señales que se activa por fosforilación se selecciona del grupo que consiste en Abl, CRKL, Hck, STAT1, STAT3, STAT5, Akt/PKB y S6.

21. El método de la reivindicación 17, en donde la proteína diana es un marcador de proliferación o un marcador de apoptosis.

22. El método de la reivindicación 21, en donde la proteína diana es un marcador de proliferación seleccionado del grupo que consiste en ciclina D1 y ciclina A2.

23. El método de la reivindicación 21, en donde la proteína diana es un marcador de apoptosis seleccionado del grupo que consiste en caspasa-3 y Bcl-X1.

24. Un método para predecir la evolución clínica de la leucemia mielógena crónica (LMC) en un individuo, comprendiendo el método las etapas de:

(a) obtener una muestra biológica procedente del individuo;

(b) hacer reaccionar la muestra biológica con una serie de moléculas de unión, en donde la serie de moléculas de unión contiene dos o más grupos de moléculas de unión específicas para marcadores asociados a una población celular única, en donde los niveles de marcadores y las combinaciones de marcadores identifican poblaciones celulares normales y neoplásicas internas a la muestra,

(c) identificar la presencia de poblaciones celulares normales y neoplásicas internas a la muestra mediante la detección de los niveles de marcadores y las combinaciones de marcadores que Identifican las poblaciones celulares normales y neoplásicas Internas a la muestra,

(d) correlacionar los niveles de marcadores de cada una de las poblaciones celulares normales y neoplásicas con la presencia de al menos una proteína diana seleccionada del grupo que consiste en proteínas de transducclón de señales que se activan por fosforilación, marcadores de proliferación y marcadores de apoptosls para establecer un perfil de marcadores compuesto para una muestra procedente de un individuo que se sospecha que tiene leucemia mlelógena crónica (LMC), y

(e) comparar el perfil compuesto con uno o más perfiles compuestos de referencia, en donde la comparación permite predecir la evolución clínica de la leucemia mlelógena crónica (LMC).

25. Un método para establecer un perfil de marcadores compuesto para una muestra procedente de un individuo que se sospecha que tiene leucemia mlelógena aguda (LMA), comprendiendo el método las etapas de:

(a) hacer reaccionar la muestra biológica con una serle de moléculas de unión, en donde la serie de moléculas de unión contiene dos o más grupos de moléculas de unión específicas para marcadores asociados a una población celular única, en donde los niveles de marcadores y las combinaciones de marcadores identifican poblaciones celulares normales y neoplásicas Internas a la muestra,

(b) Identificar la presencia de poblaciones celulares normales y neoplásicas Internas a la muestra mediante la detección de los niveles de marcadores y las combinaciones de marcadores que Identifican las poblaciones celulares normales y neoplásicas Internas a la muestra, y

(c) correlacionar los niveles de marcadores de cada una de las poblaciones celulares normales y neoplásicas con la presencia de al menos una proteína diana seleccionada del grupo que consiste en proteínas de transducción de señales que se activan por fosforilación, marcadores de proliferación, y marcadores de apoptosis para establecer un perfil de marcadores compuesto para una muestra procedente de un individuo que se sospecha que tiene leucemia mlelógena aguda (LMA).

26. El método de la reivindicación 25, en donde los marcadores asociados a la población celular se seleccionan del grupo que consiste en CD45, CD33, CD34, CD11b, CD13, CD14, CD15, CD16, MPL (mleloperoxldasa), CD64 y CD117 (receptor de c-kit).

27. El método de la reivindicación 26, en donde los marcadores asociados a la población celular Identifican una población celular que comprende granulocitos leucémicos o monocitos leucémicos.

28. El método de la reivindicación 25, en donde la proteína diana es una proteína de transducción de señales que se activa por fosforilación.

29. El método de la reivindicación 25, en donde la proteína de transducción de señales que se activa por fosforilación se selecciona del grupo que consiste en Abl, CRKL, Hck, STAT1, STAT3, STAT5, Akt/PKB y S6.

3. El método de la reivindicación 25, en donde la proteína diana es un marcador de proliferación o un marcador de apoptosis.

31. El método de la reivindicación 3, en donde la proteína diana es un marcador de proliferación seleccionado del grupo que consiste en ciclina D1 y ciclina A2.

32. El método de la reivindicación 3, en donde la proteína diana es un marcador de apoptosis seleccionado del grupo que consiste en caspasa-3 y Bcl-X1.

33. Un método para predecir la evolución clínica de la leucemia mielógena aguda (LMA) en un individuo, comprendiendo el método las etapas de:

(b) hacer reaccionar la muestra biológica obtenida del individuo con una serie de moléculas de unión, en donde la serie de moléculas de unión contiene dos o más grupos de moléculas de unión específicas para marcadores asociados a una población celular única, en donde los niveles de marcadores y las combinaciones de marcadores identifican poblaciones celulares normales y neoplásicas internas a la muestra,

(c) identificar la presencia de poblaciones celulares normales y neoplásicas internas a la muestra mediante la detección de los niveles de marcadores y las combinaciones de marcadores que identifican las poblaciones celulares normales y neoplásicas internas a la muestra,

(d) correlacionar los niveles de marcadores de cada una de las poblaciones celulares normales y neoplásicas con la presencia de al menos una proteína diana seleccionada del grupo que consiste en proteínas de transducción de señales que se activan por fosforilación, marcadores de proliferación y marcadores de apoptosis para establecer un perfil de marcadores compuesto para una muestra procedente de un individuo que se sospecha que tiene leucemia mielógena aguda (LMA), y

(e) comparar el perfil compuesto con uno o más perfiles compuestos de referencia, en donde la comparación permite predecir la evolución clínica de la leucemia mielógena aguda (LMA).