Función de puntuación de afinidad de enlace que incluye un término de penalización.

Un procedimiento para puntuar la afinidad de enlace de una molécula de ligando propuesta para una molécula receptora,

que es una proteína, usando un ordenador y bases de datos informáticas, comprendiendo el procedimiento,

a. obtener datos almacenados por ordenador que representan una estructura de ligando-receptor predicha,

b. puntuar la afinidad de enlace de ligando mediante operaciones informatizadas que incluyen:

- determinar si el receptor incluye uno o más sitios de hidratación ocupados por agua localizada y, de ser así,

- determinar

si después de acoplar un agua localizada interactúa con un átomo de ligando hidrofóbico, y si el acoplamiento del ligando en el receptor da como resultado una interacción desfavorable del ligando con una molécula de agua localizada que ocupa un sitio de hidratación de receptor después del acoplamiento, donde la interacción desfavorable incluye un mayor aumento de energía libre en comparación con la interacción del ligando con una molécula de agua en un fluido a granel,

- determinar si una o más de las condiciones de excepción i. - iv. está presente:

i. el átomo de ligando hidrofóbico tiene un átomo de ligando con una carga neta positiva a 4 átomos o más cerca del mismo en función de la conectividad de enlace de los átomos en el ligando;

ii. el átomo de ligando hidrofóbico no es parte de un grupo -CH3 de ligando o no es un átomo de ligando a menos de 3 átomos de un grupo -CH3, donde el agua localizada bordea el borde de un bolsillo hidrofóbico que le da acceso al agua circundante;

iii. el agua localizada dentro de un sitio de hidratación está a menos de 5 Å de un átomo de ligando con carga positiva;

iv. el agua localizada dentro de un sitio de hidratación tiene enlaces de hidrógeno al ligando;

- aplicar una penalización a una función de puntuación de afinidad de enlace si 1) el agua localizada interactúa con un átomo de ligando hidrofóbico como se determina en la etapa b, y 2) ninguna de las condiciones de excepción i. - iv. está presente.