SECUENCIAS DE NUCLEOTIDOS QUE CODIFICAN EL GEN DAPC, Y PROCEDIMIENTO PARA LA PREPARACION DE L-LISINA.

Un polinucleótido aislado, que codifica un polipéptido con actividad de N-succinil-aminocetopimelato transaminasa,

que comprende una secuencia de aminoácidos, que es idéntica en por lo menos un 90% a la secuencia de SEQ ID NO

Tipo: Patente Europea. Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: E01103850.

Solicitante: DEGUSSA-HULS AG.

Nacionalidad solicitante: Alemania.

Dirección: BENNIGSENPLATZ 1,40474 DUSSELDORF.

Inventor/es: HARTMANN, MICHAEL, PFEFFERLE, WALTER, MICKEL, BETTINA, PUHLER, ALFRED, PROF., KALINOWSKI, JIRN, DR., WEISSENBORN,ANKE.

Fecha de Publicación: .

Fecha Solicitud PCT: 16 de Febrero de 2001.

Fecha Concesión Europea: 21 de Abril de 2010.

Clasificación Internacional de Patentes:

  • C12N9/10F
  • C12P13/08 QUIMICA; METALURGIA.C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA.C12P PROCESOS DE FERMENTACION O PROCESOS QUE UTILIZAN ENZIMAS PARA LA SINTESIS DE UN COMPUESTO QUIMICO DADO O DE UNA COMPOSICION DADA, O PARA LA SEPARACION DE ISOMEROS OPTICOS A PARTIR DE UNA MEZCLA RACEMICA.C12P 13/00 Preparación de compuestos orgánicos que contienen nitrógeno. › Lisina; Acido diaminopimélico; Treonina; Valina.

Clasificación PCT:

  • C12N1/21 C12 […] › C12N MICROORGANISMOS O ENZIMAS; COMPOSICIONES QUE LOS CONTIENEN; PROPAGACION, CULTIVO O CONSERVACION DE MICROORGANISMOS; TECNICAS DE MUTACION O DE INGENIERIA GENETICA; MEDIOS DE CULTIVO (medios para ensayos microbiológicos C12Q 1/00). › C12N 1/00 Microorganismos, p.ej. protozoos; Composiciones que los contienen (preparaciones de uso médico que contienen material de protozoos, bacterias o virus A61K 35/66, de algas A61K 36/02, de hongos A61K 36/06; preparación de composiciones de uso médico que contienen antígenos o anticuerpos bacterianos, p. ej. vacunas bacterianas, A61K 39/00 ); Procesos de cultivo o conservación de microorganismos, o de composiciones que los contienen; Procesos de preparación o aislamiento de una composición que contiene un microorganismo; Sus medios de cultivo. › modificados por la introducción de material genético extraño.
  • C12N15/31 C12N […] › C12N 15/00 Técnicas de mutación o de ingeniería genética; ADN o ARN relacionado con la ingeniería genética, vectores, p. ej. plásmidos, o su aislamiento, su preparación o su purificación; Utilización de huéspedes para ello (mutantes o microorganismos modificados por ingeniería genética C12N 1/00, C12N 5/00, C12N 7/00; nuevas plantas en sí A01H; reproducción de plantas por técnicas de cultivo de tejidos A01H 4/00; nuevas razas animales en sí A01K 67/00; utilización de preparaciones medicinales que contienen material genético que es introducido en células del cuerpo humano para tratar enfermedades genéticas, terapia génica A61K 48/00; péptidos en general C07K). › Genes que codifican proteínas microbianas, p. ej. enterotoxinas.
  • C12N15/54 C12N 15/00 […] › Transferasas (2).
  • C12N15/63 C12N 15/00 […] › Introducción de material genético extraño utilizando vectores; Vectores; Utilización de huéspedes para ello; Regulación de la expresión.
  • C12N15/77 C12N 15/00 […] › para Corynebacterium; para Brevibacterium.
  • C12P13/04 C12P 13/00 […] › alfa- o beta-Aminoácidos.
  • C12P13/08 C12P 13/00 […] › Lisina; Acido diaminopimélico; Treonina; Valina.

Clasificación antigua:

  • C12N1/21 C12N 1/00 […] › modificados por la introducción de material genético extraño.
  • C12N15/31 C12N 15/00 […] › Genes que codifican proteínas microbianas, p. ej. enterotoxinas.
  • C12N15/54 C12N 15/00 […] › Transferasas (2).
  • C12N15/63 C12N 15/00 […] › Introducción de material genético extraño utilizando vectores; Vectores; Utilización de huéspedes para ello; Regulación de la expresión.
  • C12N15/77 C12N 15/00 […] › para Corynebacterium; para Brevibacterium.
  • C12P13/04 C12P 13/00 […] › alfa- o beta-Aminoácidos.
  • C12P13/08 C12P 13/00 […] › Lisina; Acido diaminopimélico; Treonina; Valina.

Países PCT: Austria, Bélgica, Suiza, Alemania, Dinamarca, España, Francia, Reino Unido, Grecia, Italia, Liechtensein, Luxemburgo, Países Bajos, Suecia, Mónaco, Portugal, Irlanda, Eslovenia, Finlandia, Rumania, Chipre, Lituania, Letonia, Ex República Yugoslava de Macedonia, Albania.


Fragmento de la descripción:

Secuencias de nucleótidos que codifican el gen dapC, y procedimiento para la preparación de L-lisina.

Son objeto del invento unas secuencias de nucleótidos que codifican el gen dapC y procedimientos para la preparación por fermentación de L-lisina mediando utilización de bacterias corineformes, en las que es sobreexpresado el gen dapC (gen de N-succinil-aminocetopimelato transaminasa).

Estado de la técnica

Ciertos aminoácidos, en particular la L-lisina, encuentran utilización en la medicina humana y en la industria farmacéutica, pero especialmente en la nutrición de animales.

Es conocido que se preparan aminoácidos mediante fermentación de cepas de bacterias corineformes, en particular Corynebacterium glutamicum. A causa de la gran importancia, se trabaja constantemente en el mejoramiento de los procedimientos de preparación. Unas mejoras en los procedimientos pueden referirse a medidas técnicas de fermentación tales como p.ej. agitación y abastecimiento con oxígeno, o a la composición de los medios nutritivos tal como p.ej. a la concentración de azúcares durante la fermentación, o al tratamiento para dar la forma del producto mediante p.ej. una cromatografía de intercambio de iones, o las propiedades intrínsecas de rendimiento del propio microorganismo.

Con el fin de mejorar las propiedades de rendimiento de estos microorganismos se utilizan métodos de la mutagénesis, la selección y la elección de mutantes. De esta manera se obtienen unas cepas, que son resistentes contra anti-metabolitos, tales como p.ej. el compuesto análogo a lisina S-(2-amino-etil)cisteína, o son auxótrofas para metabolitos importantes en cuanto a regulación y producen unos L-aminoácidos tales como p.ej. L-lisina.

Desde hace algunos años, se emplean asimismo métodos de la tecnología del ADN recombinante para el mejoramiento de las cepas de Corynebacterium que producen aminoácidos, amplificando unos genes individuales de la biosíntesis de aminoácidos e investigando la repercusión sobre la producción de los aminoácidos. Unos artículos recopilatorios acerca de esto se encuentran, entre otras, en las citas de Kinoshita ("Glutamic Acid Bacteria" [Bacterias de ácido glutámico], en: Biology of Industrial Microorganisms, de Demain y Solomon (coordinadores de edición), Benjamin Cummings, Londres, Reino Unido, 1985, 115-142), de Hilliger (BioTec 2, 40-44 (1991)), de Eggeling (Amino Acids 6: 261-272 (1994)), de Jetten y Sinskey (Critical Reviews in Biotechnology 15, 73-103 (1995)) y de Sahm y colaboradores (Annuals of the New York Academy of Science 782, 25-39 (1996)).

Misión del invento

Los autores del invento se han establecido como misión la de poner a disposición unas nuevas medidas para la preparación por fermentación mejorada de L-lisina.

Descripción del invento

La L-lisina encuentra utilización en la medicina humana, en la industria farmacéutica y en particular en la nutrición de animales. Existe por lo tanto un interés general en poner a disposición nuevos procedimientos mejorados para la preparación de L-lisina.

Cuando en lo sucesivo se mencionan la L-lisina o la lisina, se entienden por estos nombres no solamente la base, sino también las sales tales como p.ej. el monohidrocloruro de lisina o el sulfato de lisina.

Es objeto del invento un polinucleótido aislado a partir de bacterias corineformes, que contiene por lo menos una secuencia de polinucleótido, seleccionado entre el conjunto formado por

a) un polinucleótido que codifica un polipéptido con actividad de N-succinil-aminocetopimelato transaminasa, que contiene una secuencia de aminoácidos, que es idéntica en por lo menos un 90% a la secuencia de aminoácidos de SEQ ID No. 2, o b) un polinucleótido que es complementario con respecto a los polinucleótidos de a).

Es objeto del invento asimismo el polinucleótido de acuerdo con la reivindicación 1, tratándose de manera preferente de un ADN replicable, que contiene:

(i) la secuencia de nucleótidos, que se muestra en SEQ ID No. 1, o (ii) por lo menos una secuencia, que corresponde a la secuencia (i) dentro de la zona de la degeneración del código genético, o (iii) por lo menos una secuencia, que se hibrida con la secuencia complementaria con la secuencia (i) o (ii), y eventualmente (iv) unas mutaciones de sentido funcionalmente neutras en (i).

Otros objetos del invento son

quadun polinucleótido de acuerdo con la reivindicación 5, que contiene la secuencia de nucleótidos que se representa en SEQ ID No. 1, quadun polinucleótido, que codifica un polipéptido, que contiene la secuencia de aminoácidos, como se representa en SEQ ID No. 2, quadun vector, que contiene el polinucleótido de acuerdo con la reivindicación 1, en particular el vector de lanzadera o el vector plasmídico pXT-dapCexp, que se representa en la Figura 2 y se ha depositado bajo en nombre de DSM 13254 en DSM 5715, quady bacterias corineformes que sirven como células anfitrionas, que contienen el vector.

Son objeto del invento asimismo unos polinucleótidos, que se componen en lo esencial de una secuencia de polinucleótido, los cuales son obtenibles por escrutinio mediante hibridación de un correspondiente banco de genes, que contienen el gen completo con la secuencia de polinucleótido que corresponde a SEQ ID No. 1, con una sonda, que contiene la secuencia de polinucleótido que se menciona según SEQ ID No. 1 o un fragmento de la misma, y por aislamiento de la mencionada secuencia de ADN.

Las secuencias de polinucleótidos de acuerdo con el invento son apropiadas como sondas de hibridación para ARN, ADNc y ADN, con el fin de aislar un ADNc (ácido desoxirribonucleico complementario) de plena longitud, que codifican la N-succinil-aminocetopimelato transaminasa y aislar tales ADNc o unos genes, que presentan una alta similaridad de su secuencia con la del gen N-succinil-aminocetopimelato transaminasa.

Las secuencias de polinucleótidos de acuerdo con el invento son apropiadas además como cebadores para la producción de los ADN de genes que codifican la N-succinil-aminocetopimelato transaminasa, mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR, acrónimo de Polymerase Chain Reaction).

Tales oligonucleótidos, que sirven como sondas o cebadores, contienen por lo menos 30, de manera preferida por lo menos 20, de manera muy especialmente preferida por lo menos 15 nucleótidos consecutivos. Son apropiados asimismo unos oligonucleótidos que tienen una longitud de por lo menos 40 ó 50 nucleótidos.

El concepto de "aislado" significa separado desde su entorno natural.

El concepto de "polinucleótido" se refiere en general a poli(ribonucleótidos) y poli-(desoxirribonucleótidos), pudiéndose tratar de un ARN o ADN no modificado o de un ARN o ADN modificado.

Por el concepto de "polipéptidos" se entienden unos péptidos o unas proteínas que contienen dos o más aminoácidos unidos a través de enlaces peptídicos.

Los polipéptidos de acuerdo con el invento incluyen un polipéptido de acuerdo con SEQ ID No. 2, en particular los que tienen la actividad biológica de la N-succinil-aminocetopimelato transaminasa y también los que presentan una identidad desde por lo menos un 90% hasta un 95% con el polipéptido de acuerdo con SEQ ID No. 2, y la actividad mencionada.

El invento se refiere además a un procedimiento para la preparación por fermentación de L-lisina, mediando utilización de bacterias corineformes, que en particular ya producían un aminoácido, y en las cuales se refuerzan, en particular se sobreexpresan las secuencias de nucleótidos que codifican el gen dapC.

El concepto de "refuerzo" describe en este contexto la elevación de la actividad intracelular de una o varias enzimas en un microorganismo, que son codificadas por el correspondiente ADN, aumentando por ejemplo el número de copias del gen o respectivamente de los genes, utilizando...

 


Reivindicaciones:

1. Un polinucleótido aislado, que codifica un polipéptido con actividad de N-succinil-aminocetopimelato transaminasa, que comprende una secuencia de aminoácidos, que es idéntica en por lo menos un 90% a la secuencia de SEQ ID NO. 2.

2. Un polinucleótido de acuerdo con la reivindicación 1,

caracterizado porque la secuencia de aminoácidos es idéntica en por lo menos un 95% a la secuencia de SEQ ID NO. 2.

3. Un polinucleótido de acuerdo con la reivindicación 1 ó 2,

caracterizado porque la secuencia de aminoácidos es idéntica a la secuencia de SEQ ID NO. 2.

4. Un polinucleótido de acuerdo con la reivindicación 3,

caracterizado porque la secuencia de nucleótidos comprende la secuencia de las posiciones desde 91 hasta 1.191 de SEQ ID NO. 1.

5. Un polinucleótido de acuerdo con la reivindicación 4,

caracterizado porque la secuencia de nucleótidos comprende la secuencia de SEQ ID NO. 1.

6. Un polinucleótido aislado, que es complementario con respecto a los polinucleótidos de acuerdo con una o varias de las reivindicaciones 1 hasta 5.

7. Un vector que contiene el polinucleótido de acuerdo con una o varias de las reivindicaciones 1 hasta 6.

8. Un vector de acuerdo con la reivindicación 7,

caracterizado porque se trata del pXT-dapCexp, depositado bajo la denominación DSM 13254.

9. Una bacteria corineforme o una bacteria de la especie Escherichia coli, en la que el vector de acuerdo con la reivindicación 7 u 8 ha sido transformado por conjugación o transformación.

10. Una bacteria corineforme recombinante, en la que se presenta aumentada la actividad intracelular de la N-succinil-aminocetopimelato transaminasa, consiguiéndose el aumento mencionado mediante sobreexpresión de un polinucleótido, que codifica un polipéptido, cuya secuencia de aminoácidos es idéntica en por lo menos un 90% a la de SEQ ID NO. 2, y consiguiéndose la sobreexpresión mediante aumento del número de copias o mediante utilización de un promotor fuerte.

11. Una bacteria corineforme de acuerdo con la reivindicación 10,

caracterizada porque la secuencia de aminoácidos del péptido es idéntica en por lo menos un 95% a la de SEQ ID NO. 2.

12. Una bacteria corineforme de acuerdo con la reivindicación 11,

caracterizada porque la secuencia de aminoácidos del polipéptido es idéntica a la de SEQ ID NO. 2.

13. Una bacteria corineforme de acuerdo con una de las reivindicaciones 9 hasta 12,

caracterizada porque se trata del género Corynebacterium.

14. Una bacteria corineforme de acuerdo con la reivindicación 13,

caracterizada porque se trata de la especie Corynebacterium glutamicum.

15. Una bacteria corineforme de acuerdo con una o varias de las reivindicaciones 9 hasta 14,

caracterizada porque se trata de una mutante productora de L-lisina.

16. Un procedimiento para la preparación de L-lisina,

caracterizado porque se llevan a cabo las siguientes etapas:

a) fermentación de una bacteria corineforme de acuerdo con las reivindicaciones 9 hasta 15; b) enriquecimiento de la L-lisina en el medio o en las células de las bacterias, y c) aislamiento de la L-lisina.

17. Un procedimiento de acuerdo con la reivindicación 16,

caracterizado porque se fermentan unas bacterias, en las que se sobreexpresa(n) uno o varios de los genes, seleccionados entre el conjunto formado por

17.1 el gen lysC que codifica una aspartato cinasa resistente a la retroalimentación,
17.2 el gen asd que codifica la aspartato-semialdehído deshidrogenasa,
17.3 el gen dapA que codifica la dihidrodipicolinato sintasa,
17.4 el gen dapB que codifica la dihidrodipicolinato reductasa,
17.5 el gen dapD que codifica la tetrahidrodipicolinato succinilasa,
17.6 el gen dapE que codifica la N-succinil-diaminopimelato dessuccinilasa,
17.7 el gen dapF que codifica la diaminopimelato epimerasa
17.8 el gen lysA que codifica la diaminopimelato descarboxilasa,
17.9 el gen ddh que codifica la diaminopimelato deshidrogenasa,
17.10 el gen lysE que codifica la exportación de lisina,
17.11 el gen pyc que codifica la piruvato carboxilasa,
17.12 el gen mqo que codifica la malato-quinona oxidorreductasa,
17.13 el gen zwa1,
17.14 el gen gdh que codifica la glutamato deshidrogenasa.

18. Un ADN que procede de bacterias corineformes, que codifica una proteína enzimática N-succinil-aminocetopimelato transaminasa, cuya secuencia de aminoácidos (SEQ ID NO. 2) contiene en la posición 209 cualquier otro aminoácido distinto, estando excluida la L-prolina.

19. Un ADN de acuerdo con la reivindicación 18, caracterizado porque éste codifica una proteína enzimática N-succinil-aminocetopimelato transaminasa, cuya secuencia de aminoácidos contiene en la posición 209 L-leucina, que se representa en SEQ ID NO. 4.

20. Un ADN de acuerdo con la reivindicación 19, caracterizado porque éste contiene en la posición 716 la nucleobase timina, que se representa en SEQ ID NO. 3.

21. Bacterias corineformes recombinantes que contienen un ADN de acuerdo con las reivindicaciones 18, 19 ó 20.

22. Un procedimiento para la preparación de L-lisina de acuerdo con la reivindicación 16,

caracterizado porque en la etapa a) se emplean las bacterias de acuerdo con la reivindicación 21.


 

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