Método para detectar la presencia de al menos una cepa de Staphylococcus aureus resistente a la meticilina(SARM) con MREJ de tipo vii que comprende:

a) poner en contacto una muestra en la que hay que analizar la presencia de dicha cepa de SARM, incluyendo dichacepa de SARM un elemento del casete cromosómico estafilocócico 5 de mec (SCCmec) que contiene un gen mecAinsertado en el ADN cromosómico, mediante lo cual genera una secuencia de unión en el extremo derecho (MREJ,por su nombre en inglés) polimórfica de tipo vii que comprende secuencias polimórficas procedentes del extremoderecho del elemento SCCmec y del ADN cromosómico adjunto a dichas secuencias polimórficas del extremoderecho del elemento SCCmec con un primer y un segundo cebador, en donde dichos primer y segundo cebadorestienen al menos nucleótidos de longitud, y en donde dicho primer cebador se hibrida con dichas secuenciaspolimórficas en el extremo derecho del elemento SCCmec de una secuencia de MREJ de tipo vii seleccionada entreel grupo que consiste en las SEQ ID n.º 165 y 166 y complementos de las mismas; y en donde dicho segundocebador se hibrida con una secuencia cromosómica de S. aureus para generar específicamente un amplicón si talcepa de SARM está presente en dicha muestra; y

b) detectar la presencia de dicho amplicón.

Métodos y secuencias para la detección e identificación de Staphyloccocus aureus resistente a meticilina.

Antecedentes de la invención

Importancia clínica del Staphylococcus aureus

La especie Staphylococcus aureus que contiene coagulasa está bien descrito que se trata de un patógeno oportunista humano. Las infecciones intrahospitalarias ocasionadas por S. aureus son una causa importante de morbimortalidad. Algunas de las infecciones más habituales ocasionadas por S. aureus afectan a la piel e incluyen forúnculos o diviesos, celulitis, impétigo e infecciones de heridas posoperatorias en varios sitios. Algunas de las infecciones más graves producidas por S. aureus son bacteriemia, neumonía, osteomielitis, endocarditis aguda, miocarditis, pericarditis, cerebritis, meningitis, dermatitis exfoliativa neonatal y diferentes abscesos. La intoxicación alimentaria mediada por enterotoxinas estafilocócicas es otro síndrome importante relacionado con S. aureus. El síndrome del choque tóxico, una enfermedad adquirida fuera del hospital, también se ha atribuido a la infección o colonización por S. aureus toxigénico (Murray et al., Eds., 1999, Manual of Clinical Microbiology, 7.ª ed., ASM Press, Washington, D. C.) .

En los años ochenta surgió en los hospitales el problema epidemiológico y clínico importante de S. aureus resistentes a la meticilina (SARM) . Los SARM son resistentes a todos los º-lactámicos, entre ellos las penicilinas, cefalosporinas, carbapenémicos y monobactámicos, que son los antibióticos utilizados con más frecuencia para curar las infecciones por S. aureus. Las infecciones por SARM sólo se pueden tratar con antibióticos más costosos y más tóxicos, que normalmente se utilizan como la última línea de defensa. Dado que los SARM consiguen extenderse con facilidad de una paciente a otro a través del personal, los hospitales de todo el mundo se enfrentan con el problema de controlar los SARM. Por lo tanto, es necesario desarrollar pruebas sencillas y rápidas de diagnóstico y de detección para detectar y/o identificar los SARM con el objetivo de reducir su diseminación y mejorar el diagnóstico y el tratamiento de los pacientes infectados.

La resistencia a la meticilina en S. aureus es única porque se debe a la adquisición del ADN de otros Staphylococcus sin coagulasa (o coagulasa-negativos, SCN) que codifica la proteína supernumeraria de unión a la penicilina resistente a los º-lactámicos (PBP, por su nombre en inglés) , que se encarga de las funciones biosintéticas de las PBP normales cuando la célula está expuesta a los antibióticos º-lactámicos. S. aureus normalmente contiene cuatro PBP, de las cuales las PBP 1, 2 y 3 son esenciales. La PBP de baja afinidad en los SARM, denominada PBP 2a (o PBP2') , está codificada por el gen cromosómico mecA y funciona como una transpeptidasa resistente a los º-lactámicos. El gen mecA está ausente en los S. aureus sensibles a la meticilina, pero está ampliamente distribuido entre otras especies de estafilococos y está muy conservado (Ubukata et al., 1990, Antimicrob. Agents Chemother. 34: 170-172) .

Cuando se determinó la secuencia nucleotídica de la región del ADN que rodea al gen mecA de la cepa N315 de S. aureus (aislada en Japón en 1982) , Hiramatsu et al. hallaron que el gen mecA se alberga en un nuevo elemento genético, denominado casete cromosómico estafilocócico de mec (SCCmec, por su nombre en inglés) , insertado en el cromosoma. SCCmec es un elemento genético móvil caracterizado por la presencia de repeticiones directas e inversas terminales, un conjunto de genes de recombinasas específicas de sitio (ccrA y ccrB) y el complejo génico mecA (Ito et al., 1999, Antimicrob. Agents. Chemother. 43: 1449-1458; Katayama et al., 2000, Antimicrob. Agents Chemother. 44: 1549-1555) . El elemento se escinde con precisión del cromosoma de la cepa N315 de S. aureus y se integra en un sitio cromosómico específico de S. aureus en la misma orientación mediante la función de un conjunto único de genes de recombinasas que comprenden ccrA y ccrB. Se encontraron dos nuevos elementos genéticos de SSCmec que compartían características estructurales similares cuando se clonó y secuenció la región del ADN que rodeaba el gen mecA de las cepas de SARM NCTC 10442 (la primera cepa de SARM aislada en Inglaterra en 1961) y 85/2082 (una cepa de Nueva Zelanda aislada en 1985) . Los tres SCCmec se han denominado tipo I (NCTC 10442) , tipo II (N315) y tipo III (85/2082) basándose en el año de aislamiento de las cepas (Ito et al., 2001, Antimicrob. Agents. Chemother. 45: 1323-1336) (figura 1) . Hiramatsu et al. han encontrado que los ADN de SSCmec están integrados en un sitio específico del cromosoma de S. aureus sensible a la meticilina (SASM) . Caracterizaron las secuencias nucleotídicas de las regiones que flanqueaban los extremos izquierdo y derecho del ADN de SCCmec (a saber, attL y attR, respectivamente) , así como las regiones alrededor del sitio de integración del ADN de SCCmec (a saber, attBscc, que es el sitio de integración en el cromosoma bacteriano para el ADN de SCCmec) . El sitio attBscc se localizaba en el extremo 3' de un nuevo marco de lectura abierto (ORF, por su nombre en inglés) , orfX. El gen orfX posiblemente codifica un polipéptido de 159 aminoácidos que comparte identidad con algunos polipéptidos identificados previamente, pero de función desconocida (Ito et al., 1999, Antimicrob. Agents Chemother. 43: 1449-1458) . Recientemente, Hiramatsu et al. (Ma et al., 2002, Antimicrob. Agents Chemother. 46: 1147-1152) y Oliveira et al., (Oliveira et al., 2001, Microb. Drug Resist. 7: 349-360) han descrito un nuevo tipo de SCCmec (tipo IV) . Las secuencias del extremo derecho del nuevo SCCmec de tipo IV de las cepas de S. aureus CA05 y 8/6-3P publicadas por Hiramatsu et al. (Ma et al., 2002, Antimicrob. Agents Chemother. 46: 1147-1152) eran casi idénticas a lo largo de 2000 nucleótidos al SCCmec de tipo II de la cepa de S. aureus N315 (Ito et al., 2001, Antimicrob. Agents. Chemother, . 45: 1323-1336) . No se dispone de secuencias del extremo derecho del SCCmec de tipo IV en las cepas de S. aureus HDE288 y PL72 descritas por Oliveira et al., (Oliveira et al., 2001, Microb. Drug Resist. 7: 349-360) .

Los métodos anteriores utilizados para detectar e identificar los SARM (Saito et al., 1995, J. Clin. Microbiol. 33: 2498-2500; Ubukata et al., 1992, J. Clin. Microbiol. 30: 1728-1733; Murakami et al., 1991, J. Clin. Microbiol. 29: 2240-2244; Hiramatsu et al., 1992, Microbiol. Immunol. 36: 445-453) , que se basan en la detección del gen mecA y de secuencias cromosómicas específicas de S. aureus, encontraron dificultades a la hora de discriminar entre los SARM y los estafilococos sin coagulasa (SCN) resistentes a la meticilina porque el gen mecA está ampliamente distribuido tanto en S. aureus con en los SCN (Suzuki et al., 1992, Antimicrob. Agents. Chemother. 36: 429-434) . Hiramatsu et al. (patente de los EE.UU. n.º 6 156 507) han descrito un ensayo de PCR específico de los SARM que utiliza cebadores que son capaces de hibridarse específicamente al extremo derecho de los 3 tipos de ADN de SCCmec en combinación con un cebador específico para el cromosoma de S. aureus, que corresponde a la secuencia nucleotídica a la derecha del sitio de integración de SCCmec. Dado que las secuencias nucleotídicas que rodean el sitio de integración de SCCmec en otras especies estafilocócicas (tales como S. epidermidis y S. haemolyticus) son diferentes a las encontradas en S. aureus, este ensayo de PCR era específico para la detectar los SARM. Este ensayo de PCR también suministró información para la tipificación de MREP (por su nombre en inglés, que significa «polimorfismo del extremo derecho de mec») del ADN de SCCmec (Ito et al., 2001, Antimicrob. Agents Chemother. 45: 1323-1336; Hiramatsu et al., 1996, J. Infect. Chemother. 2: 117-129) . Este método de tipificación se aprovecha del polimorfismo del extremo derecho de los ADN de SCCmec adyacentes al sitio de integración entre los tres tipos de SCCmec. El tipo III tiene una secuencia nucleotídica única, mientras que el tipo II tiene una inserción de 102 nucleótidos en el extremo derecho del SCCmec de tipo I. El método de tipificación de MREP descrito por Hiramatsu et al., (Ito et al., 2001, Antimicrob. Agents Chemother. 45: 1323-1336; Hiramatsu et al., 1996, J. Infect. Chemother. 2: 117-129) define el SCCmec de tipo I como el MREP de tipo i, el SCCmec de tipo II como el MREP de tipo ii y el SCCmec de tipo III como el MREP de tipo iii. Se debe observar que el método de tipificación de MREP no consigue diferenciar entre el SCCmec de tipo II y el nuevo SCCmec de tipo IV descrito por Hiramatsu... [Seguir leyendo]

1. Método para detectar la presencia de al menos una cepa de Staphylococcus aureus resistente a la meticilina (SARM) con MREJ de tipo vii que comprende:

a) poner en contacto una muestra en la que hay que analizar la presencia de dicha cepa de SARM, incluyendo dicha cepa de SARM un elemento del casete cromosómico estafilocócico de mec (SCCmec) que contiene un gen mecA insertado en el ADN cromosómico, mediante lo cual genera una secuencia de unión en el extremo derecho (MREJ, por su nombre en inglés) polimórfica de tipo vii que comprende secuencias polimórficas procedentes del extremo derecho del elemento SCCmec y del ADN cromosómico adjunto a dichas secuencias polimórficas del extremo derecho del elemento SCCmec con un primer y un segundo cebador, en donde dichos primer y segundo cebadores tienen al menos 10 nucleótidos de longitud, y en donde dicho primer cebador se hibrida con dichas secuencias polimórficas en el extremo derecho del elemento SCCmec de una secuencia de MREJ de tipo vii seleccionada entre el grupo que consiste en las SEQ ID n.º 165 y 166 y complementos de las mismas; y en donde dicho segundo cebador se hibrida con una secuencia cromosómica de S. aureus para generar específicamente un amplicón si tal cepa de SARM está presente en dicha muestra; y

b) detectar la presencia de dicho amplicón.

2. Método de acuerdo con la reivindicación 1, en el que dicha secuencia cromosómica de S. aureus se selecciona entre orfX, SEQ ID n.º 172, SEQ ID n.º 231 y complementos de las mismas.

3. Método de acuerdo con la reivindicación 2, en el que dicha secuencia cromosómica de S. aureus es orfX.

4. Método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en donde dicho método comprende el uso de al menos un cebador y/o sonda seleccionado entre las siguientes SEQ ID n.º 112, 113, 114, 121, 122, 123, 150, 153, 64, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 70, 103, 130, 132, 158, 159, 59, 62, 126, 127, 128, 129, 131, 200, 201, 60, 61, 63, 32, 83, 84, 160, 161, 162, 163 y 164 para la detección de MREJ de tipo vii.

5. Método de acuerdo con la reivindicación 4, que comprende el uso de una pareja de cebadores que consiste en las SEQ ID n.º 64 y 112 o las SEQ ID n.º 64 y113.

6. Método de acuerdo con la reivindicación 5, que además comprende el uso de al menos una sonda que tiene una secuencia seleccionada entre el grupo que consiste en SEQ ID n.º 32, 83, 84, 160, 161, 162, 163 y 164.

7. Método de acuerdo con la reivindicación 6, en el que dichos cebadores y sondas tienen las siguientes secuencias nucleotídicas: SEQ ID n.º 64, 112, 113, 84, 163 y 164 para detectar los MREJ de tipo vii.

8. Método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, que además comprende la detección de la presencia de al menos otra cepa más de Staphylococcus aureus resistente a la meticilina (SARM) en dicha muestra, comprendiendo dicha al menos otra cepa más de SARM una secuencia de ácido nucleico de unión en el extremo derecho de mec (MREJ) de tipos i, ii, iii, iv, v, vi, viii o ix, y que es resistente debido a la presencia de un elemento SCCmec que contiene un gen mecA, habiéndose insertado dicho SCCmec en el ADN cromosómico, con lo que genera una unión en el extremo derecho (MREJ) polimórfica, en donde dicho método comprende además poner en contacto dicha muestra con al menos un cebador y/o sonda capaz de hibridarse específicamente con dichas secuencias polimórficas del extremo derecho del elemento SCCmec de dicha al menos una de las secuencias de ácido nucleico de MREJ de tipos i, ii, iii, iv, v, vi, viii o ix.

9. Método de acuerdo con la reivindicación 8, en el que dicho cebador y/o sonda tiene al menos 10 nucleótidos de longitud y es capaz de hibridarse con dichas secuencias polimórficas del extremo derecho del elemento SCCmec de al menos una de las secuencias de ácido nucleico de MREJ de tipos i, ii, iii, iv, v, vi, viii y ix que comprende una secuencia seleccionada entre el grupo que consiste en:

a) SEQ ID n.º 1, 20 a 25 y 41 para la MREJ de tipo i;

b) SEQ ID n.º 2, 17 a 19, 26, 40, 173 a 183, 185, 186 y 197 para la MREJ de tipo ii;

c) SEQ ID n.º 4 a 16, 104, 184 y 198 para la MREJ de tipo iii;

d) SEQ ID n.º 42 a 46 y 51, para la MREJ de tipo iv;

e) SEQ ID n.º 47 a 50 para la MREJ de tipo v;

f) SEQ ID n.º 171 para la MREJ de tipo vi;

g) SEQ ID n.º 167 para la MREJ de tipo viii; y

h) SEQ ID n.º 168 para la MREJ de tipo ix.

10. Método de acuerdo con la reivindicación 8 o 9, que comprende el uso de al menos un cebador y/o sonda seleccionado entre las siguientes SEQ ID n.º:

a) 66, 100, 101, 105, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 64, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 70, 103, 130, 132, 158, 159, 59, 62, 126, 127, 128, 129, 131, 200, 201, 60, 61, 63, 32, 83, 84, 160, 161, 162, 163 y 164, para detectar la MREJ de tipo i;

b) 66, 97, 99, 100, 101, 106, 117, 118, 124, 125, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 64, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 70, 103, 130, 132, 158, 159, 59, 62, 126, 127, 128, 129, 131, 200, 201, 60, 61, 63, 32, 83, 84, 160, 161, 162, 163 y 164, para detectar la MREJ de tipo ii;

c) 67, 98, 102, 107, 108, 64, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 70, 103, 130, 132, 158, 159, 58, 59, 62, 126, 127, 128, 129, 131, 200, 201, 60, 61, 63, 32, 83, 84, 160, 161, 162, 163 y 164, para detectar la MREJ de tipo iii;

d) 79, 77, 145, 147, 64, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 70, 103, 130, 132, 158, 159, 59, 62, 126, 127, 128, 129, 131, 200, 201, 60, 61, 63, 32, 83, 84, 160, 161, 162, 163 y 164, para detectar la MREJ de tipo iv;

e) 65, 80, 146, 154, 155, 64, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 70, 103, 130, 132, 158, 159, 59, 62, 126, 127, 128, 129, 131, 200, 201, 60, 61, 63, 32, 83, 84, 160, 161, 162, 163 y 164, para detectar la MREJ de tipo v;

f) 202, 203, 204, 64, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 70, 103, 130, 132, 158, 159, 59, 62, 126, 127, 128, 129, 131, 200, 201, 60, 61, 63, 32, 83, 84, 160, 161, 162, 163 y 164, para detectar la MREJ de tipo vi;

g) 115, 116, 187, 188, 207, 208, 64, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 70, 103, 130, 132, 158, 159, 59, 62, 126, 127, 128, 129, 131, 200, 201, 60, 61, 63, 32, 83, 84, 160, 161, 162, 163 y 164, para detectarla MREJ de tipo viii; y

h) 109, 148, 149, 205, 206, 64, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 70, 103, 130, 132, 158, 159, 59, 62, 126, 127, 128, 129, 131, 200, 201, 60, 61, 63, 32, 83, 84, 160, 161, 162, 163 y 164, para la detección de la MREJ de tipo ix.

11. Método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 8 a 10, que comprende el uso de al menos una pareja de cebadores seleccionada entre las siguientes SEQ ID n.º: a) 64/66, 64/100, 64/101; 59/52, 59/53, 59/54, 59/55, 59/56, 59/57, 60/52, 60/53, 60/54, 60/55, 60/56, 60/57, 61/52, 61/53, 61/54, 61/55, 61/56, 61/57, 62/52, 62/53, 62/54, 62/55, 62/56, 62/57, 63/52, 63/53, 63/54, 63/55, 63/56 y 63/57, para detectar la MREJ de tipo i; b) 64/66, 64/97, 64/99, 64/100, 64/101, 59/52, 59/53, 59/54, 59/55, 59/56, 59/57, 60/52, 60/53, 60/54, 60/55, 60/56, 60/57, 61/52, 61/53, 61/54, 61/55, 61/56, 61/57, 62/52, 62/53, 62/54, 62/55, 62/56, 62/57, 63/52, 63/53, 63/54, 63/55, 63/56 y 63/57, para detectar la MREJ de tipo ii; c) 64/67, 64/98, 64/102; 59/58, 60/58, 61/58, 62/58 y 63/58, para detectar la MREJ de tipo iii; d) 64/79 para detectar la MREJ de tipo iv; e) 64/80 para detectar la MREJ de tipo v; f) 64/204 para detectar MREJ de tipo vi; g) 64/115 y 64/116 para detectar la MREJ de tipo viii; y h) 64/109 y 64/115 para detectar la MREJ de tipo ix.

12. Método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 8 a 11, que comprende el uso de al menos una sonda que tiene una secuencia seleccionada entre el grupo que consiste en: SEQ ID n.º 32, 83, 84, 160, 161, 162, 163 y 164 para detectar al menos dicha otra cepa de SARM de MREJ de tipos i, ii, iii, iv, v, vi, viii o ix.

13. Método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 8 a 12, que comprende el uso de cebadores y sondas que tienen las siguientes secuencias nucleotídicas: a) SEQ ID n.º 64, 66, 84, 163, 164 para detectar la MREJ de tipo i o ii; b) SEQ ID n.º 64, 67, 84, 163, 164 para detectar la MREJ de tipo iii; c) SEQ ID n.º 64, 79, 84, 163, 164 para detectar la MREJ de tipo iv; y d) SEQ ID n.º 64, 80, 84, 163, 164 para detectar la MREJ de tipo v.

14. Método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 13, en el que se utilizan juntos varios cebadores y/o sondas en el mismo confinamiento físico.

15. Método para tipificar una MREJ de tipo vii de una cepa de SARM, y al menos otra cepa más de SARM seleccionada entre las MREJ de tipos i, ii, iii, iv, v, vi, viii y ix que comprende las etapas de: reproducir el método de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 14 con cebadores y/o sondas específicos de dicha MREJ de tipo vii y específicos de dicha al menos otra cepa más de SARM seleccionada entre las MREJ de tipos i, ii, iii, iv, v, vi, viii y ix, y detectar cada amplicón de forma distintiva como una indicación de la presencia de dicha MREJ de tipo vii y dicho al menos otro tipo más de MREJ.

16. Uso de un kit específico para detectar una cepa de SARM que comprende una secuencia de ácido nucleico de MREJ de tipo vii, para llevar a cabo uno cualquiera de los métodos de las reivindicaciones 1 a 7.

17. Uso de un kit específico para detectar una cepa de SARM que comprende una secuencia de ácido nucleico de MREJ de tipo vii y al menos otra cepa más de SARM seleccionada entre las MREJ de tipos i, ii, iii, iv, v, vi, viii y ix, para llevar a cabo uno cualquiera de los métodos de las reivindicaciones 4 y 8 a 15.

18. Método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 15, en el que se utilizan numerosos cebadores y/o sondas.

19. Método de acuerdo con la reivindicación 18, en el que se elige dicha pluralidad de cebadores y/o sondas para que se hibriden en las mismas condiciones de hibridación.

20. Método de acuerdo con la reivindicación 19, en el que dicha pluralidad de cebadores y/o sondas puede hibridarse con dicha MREJ de tipo vii, y al menos otro tipo más de MREJ seleccionado entre MREJ de tipo i, MREJ de tipo ii, MREJ de tipo iii, MREJ de tipo iv, MREJ de tipo v, MREJ de tipo vi, MREJ de tipo viii y MREJ de tipo ix.

21. Método para determinar la presencia de al menos cuatro tipos de MREJ de SARM en una muestra, que comprende:

a) reproducir el método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 8 a 15, 18, 19 y 20 con cebadores y/o sondas específicos para cada uno de dichos al menos cuatro tipos de MREJ, uno de los cuales es la MREJ de tipo vii; y

b) detectar cada amplicón de manera distintiva,

con lo que se determina la presencia de los tipos de MREJ de SARM en una muestra.

22. Método de acuerdo con la reivindicación 21, para determinar la presencia de MREJ de tipo vii, de tipo i, de tipo ii y de tipo iii.

23. Método de acuerdo con la reivindicación 21, para determinar la presencia de MREJ de tipo vii, de tipo i, de tipo ii, de tipo iii y de tipo iv.

24. Método de acuerdo con la reivindicación 21, para determinar la presencia de MREJ de tipo vii, de tipo i, de tipo ii, de tipo iii, de tipo iv, de tipo v, de tipo vi, de tipo viii y de tipo ix.

25. Método de acuerdo con la reivindicación 21, para determinar la presencia de MREJ de tipo vii, de tipo i, de tipo ii, de tipo iii, de tipo iv y de tipo v.

26. Método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, en donde dicho método comprende el uso de al menos un cebador y/o sonda específico para una MREJ de tipo vii que comprende una secuencia seleccionada entre las SEQ ID n.º 112 y 113 y al menos un cebador y/o sonda específico del cromosoma de S. aureus y que comprende una secuencia seleccionada entre las SEQ ID n.º 32, 59, 60 a 64, 70 a 76, 83, 84, 103, 126 a 132, 160 a 164, 200 y 201.

27. Kit para detectar la presencia o ausencia de una cepa de SARM con MREJ de tipo vii en una muestra, que comprende:

a) un primer oligonucleótido que se hibrida a las secuencias polimórficas procedentes del extremo derecho del elemento SCCmec de una secuencia de MREJ de tipo vii seleccionada entre el grupo que consiste en las SEQ ID n.º 165 y 166 y complementos de las mismas; y

b) un segundo oligonucleótido que se hibrida a una secuencia cromosómica de S. aureus;

en donde dichos oligonucleótidos de a) y b) consisten en al menos 10 nucleótidos de longitud y permiten la generación selectiva de un amplicón que comprende secuencias procedentes de las secuencias polimórficas del extremo derecho del elemento SCCmec y del ADN cromosómico adjunto a dicho extremo derecho de dicha cepa de SARM con MREJ de tipo vii.

28. Kit de acuerdo con la reivindicación 27, en el que dicha secuencia específica del ADN cromosómico de S.

aureus es orfX.

29. Kit de acuerdo con la reivindicación 27 o 28, que además comprende al menos un oligonucleótido para detectar al menos otra cepa más de SARM que comprende un tipo de MREJ seleccionado entre el grupo que consiste en: MREJ de tipo i, MREJ de tipo ii, MREJ de tipo iii, MREJ de tipo iv, MREJ de tipo v, MREJ de tipo vi, MREJ de tipo viii y MREJ de tipo ix.

30. Kit de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 27 a 29, en el que dicho primer oligonucleótido en a) se selecciona entre el grupo que consiste en las SEQ ID n.º 112 y 113.

31. Kit de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 27 a 30, en el que dicho segundo oligonucleótido en b) comprende una secuencia seleccionada entre el grupo que consiste en las SEQ ID n.º: 32, 59, 60 a 64, 70 a 76, 83, 84, 103, 126 a 132, 160 a 164, 200 y 201.

32. Kit de acuerdo con la reivindicación 30, que comprende un par de oligonucleótidos que consiste en las SEQ ID n.º 64 y 112.

33. Kit de acuerdo con la reivindicación 30 o 32, que además comprende al menos una sonda seleccionada entre el grupo que consiste en las SEQ ID n.º 32, 83, 84, 160, 161, 162, 163 y 164.

34. Método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 15 y 18 a 26, en el que se utiliza la PCR en tiempo real.

35. Método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 19 a 26 y 34, en el que se utiliza la PCR múltiplex.

36. Método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 5 a 15, 18 a 26, 34 y 35, que comprende el uso de al menos una sonda que tiene una secuencia seleccionada entre el grupo que consiste en las SEQ ID n.º 84, 163 y 164.

37. Método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 5 a 15 y 18 a 26, en el que dicho segundo cebador tiene una secuencia como la presentada en la SEQ ID n.º 64.

38. Kit de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 27 a 33, en el que dicho segundo oligonucleótido en b) tiene una secuencia como la presentada en la SEQ ID n.º 64.

39. Método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 4 a 15, 18 a 26, 34 y 35, que comprende el uso de cebadores y sondas que tienen las secuencias que se presentan en las SEQ ID n.º 64, 112, 84, 163 y 164 para detectar MREJ de tipo vii.

40. Kit de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 27 a 33, que comprende cebadores y sondas que tienen las secuencias que se presentan en las SEQ ID n.º 64, 112, 84, 163 y 164 para la detección de MREJ de tipo

vii.

Sitio de integración de SCCmec

Cromosoma de S. aureus Sitio de integración de SCCmec

Cromosoma de S. aureus

Cromosoma de S. aureusSitio de integración de SCCmec

Cebador Cromosoma de S. aureus Cromsoma

MREP de

de S. aureus

tipo iii

Texto

de S. aureus de tipo i de tipo ii tipo iii

MREP de tipo iCromosoma de S. aureus

MREP de tipo ii

Sitio de integración de SCCmec

Cromosoma de S. aureusMREP de tipo iii

Sitio de integración de SCCmec

Cromosoma de S. aureus Cromsoma MREPMREPMREP de

Texto

de S. aureus

Sitio de integración de SCCmec

MREP de tipo vCromosoma de S. aureus

MREP de tipo vi

Sitio de integración de SCCmec

Cromosoma de S. aureus

CebadorSonda fluorescible Cromsoma

MREP de tipo vii

Sitio de integración de SCCmec

Cromosoma de S. aureus

MREP de tipo viii

Sitio de integración de SCCmec

Cromosoma de S. aureus

MREP de tipo ix

Sitio de integración de SCCmec

Texto

Cromosoma de S. aureus

Sonda fluorescibleMREP deMREP deMREP de

tipo vii tipo viii tipo ix

TipoTipoTipoTipoTipoTipoTipoTipoTipo

TipoTipoTipoTipoTipoTipoTipoTipoTipo

TipoTipoTipoTipoTipoTipoTipoTipoTipo

Figura 4B