Método para predecir la respuesta de pacientes de NSCLC al tratamiento por parte de un inhibidor de EGFR-TK.

Un método para determinar si un paciente al que se le ha diagnosticado cáncer de pulmón de células no pequeñas (NSCLC) es un respondedor a tratamiento con un inhibidor del receptor del factor de crecimiento epidermal-tirosina quinasa (EGFR-TK) que comprende:

a. obtener un perfil de expresión de proteínas de una muestra de tejido de cáncer de pulmón o células procedentes del paciente al que se le ha diagnosticado NSCLC; y

b. determinar el nivel de expresión en el tejido o las células de las siguientes proteínas: p70S6K (SEQ ID NO.17), fosfo-S6 (SEQ ID NO.18), fosfo-AKT (SEQ ID NO. 19), fosfo-mTOR (SEQ ID NO.20), fosfo-pTEN (SEQ ID NO. 21), EGFR (SEQ ID NO. 25), fosfo-ER (SEQ ID NO. 27), fosfo-AR (SEQ ID NO. 28), AIK (SEQ ID NO.29), osteopontina (SEQ ID NO. 30), MMP11 (SEQ ID NO. 31), GFAP (SEQ ID NO. 32), fosfo-p70S6K (SEQ ID NO. 17), fosfo MEK (SEQ ID NO. 22), fosfo MAPK (SEQ ID NO. 23), fosfo-IGFR/InR (SEQ ID NO. 24), fosfo-EGFR (SEQ ID NO. 25) y fosfo-HER2 (ErbB2) (SEQ ID NO. 26);

c. en donde la sobre-expresión en el tejido de cáncer de pulmón o en las células en comparación con la expresión en tejido de pulmón normal o células de p70S6K, fosfo-S6, fosfo-AKT, fosfo-mTOR, fosfo-pTEN, EGFR, fosfo-ER, fosfo-AR, AIK, osteopontina, MMP11 y GFAP; y la sub-expresión en el tejido o células de cáncer de pulmón en comparación con la expresión en tejido o células de pulmón normales de fosfo-p70S6K, fosfo MEK, fosfo MAPK, fosfo-IGFR/InR, fosfo-EGFR y fosfo-HER2 (ErbB2) indica que el paciente responde al tratamiento con un inhibidor de EGFR-TK.

Método para predecir la respuesta de pacientes de NSCLC al tratamiento por parte de un inhibidor de EGFR-TK

Solicitudes relacionadas Esta solicitud reivindica la prioridad bajo el artículo 35 U.S.C. § 119 (e) de la solicitud provisional de EE.UU. nº de serie 60/903.684, presentada el 27 de febrero de 2007.

Antecedentes de la invención Pacientes a quienes se ha diagnosticado cáncer se enfrentan con opciones de tratamiento costosas y, a menudo, dolorosas. Estos tratamientos pueden no ser eficaces en una sub-población de pacientes y, como resultado de ello, estos pacientes sobrellevan estos tratamientos sin beneficio pequeño alguno o sin ningún beneficio terapéutico. Algunos pacientes pueden reaccionar adversamente a determinados agentes, provocando un sufrimiento adicional y, posiblemente, la muerte.

El tratamiento ineficaz es también problemático, dado que el tiempo es una variable clave cuando se trata el cáncer. Un proveedor de tratamiento tiene una posibilidad mucho mayor de contener y controlar la enfermedad si el cáncer es diagnosticado en una fase temprana y es tratado con un agente terapéuticamente eficaz. Un agente puede proporcionar grandes beneficios terapéuticos si se administra en una fase temprana de la enfermedad; sin embargo, con el paso del tiempo, este mismo agente puede dejar de ser eficaz.

El cáncer de pulmón es un ejemplo de un estado en el que el diagnóstico temprano es clave para un tratamiento eficaz. La mayoría de los cánceres de pulmón caen dentro de una de dos categorías: cáncer de pulmón de células pequeñas y cáncer de pulmón de células no pequeñas (NSCLC – siglas en inglés) . NSCLC es el tipo de cáncer de pulmón más común. Existen tres subgrupos principales de NSCLC: adenocarcinoma, carcinoma de células escamosas y carcinoma indiferenciado de células grandes.

La quimioterapia se utiliza a menudo para tratar NSCLC. Erlotinib (TARCEVA®) es un agente quimioterapéutico indicado para la terapia de segunda línea de NSCLC después de fracasar al menos un régimen de quimioterapia previo, y gefitinib (IRESSA®) está indicado para el tratamiento continuo de NSCLC después de fracasar quimioterapias basadas en platino y docetaxel. Al igual que con muchos agentes quimioterapéuticos, la administración de estos fármacos provoca, a menudo, efectos secundarios perjudiciales para el paciente, y algunos pacientes no responden bien o no responden en absoluto al tratamiento. Así, algunos pacientes son sometidos a tratamiento con erlotinib o gefitinib y padecen los efectos secundarios dolorosos únicamente para reconocer posteriormente que el agente no ha sido terapéuticamente beneficioso para su afección. Además de un sufrimiento innecesario, se pierde tiempo crítico para determinar un tratamiento alternativo.

Han et al., Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) Downstream Molecules as Response Predictive Markers for Gefitinib (Iressa®, ZD1839) in Chemotherapy Resistant Non-Small Cell Lung Cancer, Int. J. Cancer 113:109-115 (2005) describe un método para determinar si un paciente al que se le ha diagnosticado NSCLC es un paciente respondedor al tratamiento con el inhibidor de EGFR-TK gefitinib, basado en un perfil de expresión de proteínas que consiste en fosfo-AKT y fosfo-ERK, en donde la fosfo-AKT supra-regulada y la fosfo-ERK sub-regulada indican que el paciente responde al tratamiento con gefitinib. Además de ello, describe que ni el estado de EGFR ni el estado fosfo-EGRF se correlaciona con la respuesta.

Sumario de la invención La presente invención proporciona métodos para utilizar la expresión de proteínas para identificar aquellos pacientes que probablemente respondan al tratamiento con compuestos que inhiban la fosforilación intracelular de tirosina quinasa (TK – siglas en inglés) asociada con el receptor del factor del crecimiento epidermal (EGFR – siglas en inglés) , incluidos erlotinib y gefitinib (a estos pacientes se les alude como “respondedores”) , así como aquellos pacientes que no es probable que se beneficien de un tratamiento de este tipo (a estos pacientes se les alude como “no respondedores”) . La presente invención permite que un proveedor de tratamiento identifique a aquellos pacientes que son respondedores al tratamiento con compuestos que inhiben la fosforilación intracelular de tirosina quinasa asociada EGFR, incluidos erlotinib y gefitinib, y aquellos que no son respondedores a este tipo de tratamiento, antes de la administración del agente. A compuestos tales como erlotinib y gefitinib que inhiben la fosforilación intracelular de tirosina quinasa asociada a EGFR se les alude en esta memoria como inhibidores de EGFR-TK.

La presente memoria descriptiva comprende perfiles de expresión de proteínas, así como los correspondientes perfiles de expresión de genes (a los que se alude también como “firmas genéticas”) que son indicativos de la tendencia de un paciente que padece cáncer de pulmón, particularmente NSCLC, de responder al tratamiento con un inhibidor de EGFR-TK. El perfil de expresión de proteínas comprende al menos una y, preferiblemente, una pluralidad de proteínas seleccionadas del grupo que consiste en p70S6K, fosfo-p70S6K, fosfo-S6, fosfo-AKT, fosfomTOR, fosfo-pTEN, fosfo MEK, fosfo MAPK, fosfo-IGRF/InR, EGRF, fosfo-EGFR, fosfo-HER2/ErbB2, fosfo-ER, fosfo-AR, AIK, osteopontina, MMP11 y GFAP. A este grupo de proteínas se alude en esta memoria como las “proteínas respondedoras del inhibidor de EGFR-TK”. De acuerdo con la invención, la totalidad de estas proteínas se expresan diferencialmente (p. ej. se supra-regulan o sub-regulan) en pacientes que son respondedores a la terapia con inhibidores de EGFR-TK.

Específicamente p70S6K, fosfo-S6, fosfo-AKT, fosfo-mTOR, fosfo-pTEN, EGFR, fosfo-ER, fosfo-AR, AIK, osteopontina, MMP11 y GFAP están supra-reguladas (sobre-expresadas) y fosfo-p70S6K, fosfo MEK, fosfo MAPK, fosfo-IGFR/InR, fosfo-EGRF y fosfo-HER2/ErbB2 están sub-reguladas (sub-expresadas) en pacientes que son respondedores a inhibidores de EGFR-TK.

La presente memoria descriptiva comprende, además, perfiles de expresión de genes (a los que se alude también como “firmas de genes”) que son indicativos de la tendencia de un paciente que padece NSCLC a responder al tratamiento con un inhibidor de EGFR-TK. El perfil de expresión de genes comprende al menos uno y, preferiblemente, una pluralidad de genes que codifican las proteínas seleccionadas del grupo que consiste en p70S6K, p70S6K, fosfo-S6, fosfo-AKT, fosfo-mTOR, fosfo-pTEN, fosfo MEK, fosfo MAPK, fosfo-IGFR/InR, fosfo-EGFR, fosfo-HER2/ErbB2, fosfo-ER, fosfo-AR, AIK, osteopontina, MMP11 y GFAP. A este grupo de genes se le alude en esta memoria como los “genes respondedores al inhibidor de EGFR-TK”. De acuerdo con la memoria descriptiva, algunos o la totalidad de estos genes son diferencialmente expresados (p. ej. supra-regulados o subregulados) en pacientes que son respondedores a una terapia con inhibidor de EGFR-TK. Específicamente, los genes que codifican p70S6K, fosfo-S6, fosfo-AKT, fosfo-mTOR, fosfo-pTEN, fosfo-ER, fosfo-AR, AIK, osteopontina, MMP11 y GFAP están supra-regulados (sobre-expresados) , y los genes que codifican fosfo-p70S6K, fosfo MEK, fosfo MAPK, fosfo-IGFR/InR, fosfo-EGFR y fosfo-HER2/ErbB2 están sub-regulados (sub-expresados) en pacientes que son respondedores a inhibidores de EGFR-TK.

La presente invención comprende un método para determinar si un paciente es un respondedor o un no respondedor a tratamiento con un inhibidor de EGFR-TK, según se define por la reivindicación 1.

La presente memoria descriptiva comprende, además, un ensayo para determinar el perfil de expresión de proteínas y/o genes en una muestra de un paciente, e instrucciones para utilizar el ensayo.

Descripción detallada La presente memoria descriptiva proporciona perfiles de expresión de genes y proteínas (GPEPs – siglas en inglés) y su uso para predecir una capacidad de respuesta de un paciente a un tratamiento de cáncer. Más específicamente, los presentes perfiles de expresión de genes y proteínas son indicativos de si un paciente que padece cáncer de pulmón de células no pequeñas (NSCLC) es un respondedor o un no respondedor al tratamiento con un compuesto que es un inhibidor de EGFR-TK, en particular erlotinib (TARCEVA®) o gefitinib (IRESSA®) .

Erlotinib y gefitinib son agentes quimioterapéuticos que pertenecen al grupo de medicinas denominadas antineoplásicos. Estos compuestos actúan inhibiendo la fosforilación intracelular... [Seguir leyendo]

1. Un método para determinar si un paciente al que se le ha diagnosticado cáncer de pulmón de células no pequeñas (NSCLC) es un respondedor a tratamiento con un inhibidor del receptor del factor de crecimiento epidermal-tirosina quinasa (EGFR-TK) que comprende:

a. obtener un perfil de expresión de proteínas de una muestra de tejido de cáncer de pulmón o células procedentes del paciente al que se le ha diagnosticado NSCLC; y

b. determinar el nivel de expresión en el tejido o las células de las siguientes proteínas: p70S6K (SEQ ID NO.17) , fosfo-S6 (SEQ ID NO.18) , fosfo-AKT (SEQ ID NO. 19) , fosfo-mTOR (SEQ ID NO.20) , fosfo-pTEN (SEQ ID NO. 21) , EGFR (SEQ ID NO. 25) , fosfo-ER (SEQ ID NO. 27) , fosfo-AR (SEQ ID NO. 28) , AIK (SEQ ID NO.29) , osteopontina (SEQ ID NO. 30) , MMP11 (SEQ ID NO. 31) , GFAP (SEQ ID NO. 32) , fosfo-p70S6K (SEQ ID NO. 17) , fosfo MEK (SEQ ID NO. 22) , fosfo MAPK (SEQ ID NO. 23) , fosfo-IGFR/InR (SEQ ID NO. 24) , fosfo-EGFR (SEQ ID NO. 25) y fosfo-HER2 (ErbB2) (SEQ ID NO. 26) ;

c. en donde la sobre-expresión en el tejido de cáncer de pulmón o en las células en comparación con la expresión en tejido de pulmón normal o células de p70S6K, fosfo-S6, fosfo-AKT, fosfo-mTOR, fosfo-pTEN, EGFR, fosfo-ER, fosfo-AR, AIK, osteopontina, MMP11 y GFAP; y la sub-expresión en el tejido o células de cáncer de pulmón en comparación con la expresión en tejido o células de pulmón normales de fosfo-p70S6K, fosfo MEK, fosfo MAPK, fosfo-IGFR/InR, fosfo-EGFR y fosfo-HER2 (ErbB2) indica que el paciente responde al tratamiento con un inhibidor de EGFR-TK.

2. El método de la reivindicación 1, que comprende, además, determinar el nivel de expresión de una proteína de referencia en dicho tejido o células de cáncer de pulmón y en dicho tejido o células de pulmón normal, en donde la proteína de referencia se selecciona del grupo que consiste en: beta-actina (ACTB) , gliceraldehído-3-fosfatodeshidrogenasa (GAPD) , beta-D-glucoamidasa) (GUSB) , proteína ribosomal de carácter ácido GOS (RPLP0) y receptor de transferina (TRFC) .

3. El método de la reivindicación 1 ó 2, en el que la etapa (b) se realiza utilizando inmunohistoquímica.

4. El método de las reivindicaciones 1 a 3, en el que el inhibidor de EGFR-TK es erlotinib o gefitinib.