Ácidos nucleicos y proteínas Nod2.

Un ácido nucleico aislado que comprende una secuencia que codifica un polipéptido seleccionado del grupo que consiste en las SEC ID Nº: 34, 55, 57, 59, 85 y 89.

Ã?cidos nucleicos y proteínas Nod2

Campo de la invención La presente invención está definida en las reivindicaciones y se refiere a moléculas de señalización intracelular, en concreto a variantes de la proteína Nod2 y a los ácidos nucleicos que codifican las variantes de la proteína Nod2. La presente divulgación proporciona ensayos para la detección de Nod2 y polimorfismos de Nod2 asociados con estados de enfermedad. La presente divulgación proporciona además inhibidores de la señalización de Nod2 y procedimientos de identificación de los componentes de la vía de Nod2. La presente invención proporciona adicionalmente procedimientos de determinación del riesgo que tiene un individuo de desarrollar estados de enfermedad.

Antecedentes de la invención Las enfermedades inflamatorias intestinales (EII) se definen por una inflamación intestinal crónica y recidivante de origen oculto. La EII se refiere a dos trastornos distintos, la enfermedad de Crohn y la colitis ulcerosa (CU) . En ambas enfermedades parece que participa una respuesta inmunitaria mal regulada a los antígenos del tracto GI, una brecha en la barrera mucosa y/o una reacción inflamatoria adversa a una infección intestinal persistente. Los contenidos luminales del tracto GI y las bacterias estimulan de forma constante el sistema inmunitario de la mucosa y un delicado equilibrio de las células y moléculas proinflamatorias y antiinflamatorias mantiene la integridad del tracto GI sin provocar una inflamación grave y dañina. Se desconoce cómo comienza la cascada inflamatoria de la EII, pero la estimulación constante dependiente de antígenos GI de los sistemas inmunitarios de la mucosa y sistémicos perpetúa la cascada inflamatoria y dirige la formación de lesiones.

No existe una cura conocida para la EII, que afecta a 2 millones de americanos. Se ha estimado que los costes de los procedimientos actuales del tratamiento de los síntomas de EII son de 1, 2 miles de millones de $ anuales solo en EE.UU.

En pacientes con EII, las úlceras y la inflamación del revestimiento interno del intestino conducen a síntomas de dolor abdominal, diarrea y sangrado rectal. La colitis ulcerosa se produce en el intestino grueso, mientras que en la enfermedad de Crohn, la enfermedad puede afectar a todo el tracto GI así como a los intestinos delgado y grueso. Para la mayoría de los pacientes la EII es una afección crónica con síntomas que duran de meses a años. Es más habitual en adultos jóvenes, pero se puede producir a cualquier edad. Se encuentra en todo el mundo, pero es más frecuente en los países industrializados como EE.UU., Inglaterra y el norte de Europa. Es especialmente frecuente en personas de ascendencia judía y también existen diferencias por razas en cuanto a la incidencia. Los síntomas clínicos de la EII son sangrado rectal intermitente, dolor abdominal de tipo calambres, pérdida de peso y diarrea. El diagnóstico de la EII se basa en los síntomas clínicos, el uso de un enema de bario, pero la prueba más precisa es la visualización directa (sigmoidoscopía o colonoscopia) . La protracción de EII es un factor de riesgo del cáncer de colon. El riesgo de cáncer comienza a elevarse significativamente tras de ocho a diez años de EII.

Algunos pacientes con CU solo sufren la enfermedad en el recto (proctitis) . Otros con CU tienen la enfermedad limitada al recto y al colon adyacente izquierdo (proctosigmoiditis) . Aunque otros tiene CU en todo el colon (EII universal) . En general, los síntomas de CU son más graves cuanto más extensa es la enfermedad (una mayor parte del colon está afectada por la enfermedad) .

El pronóstico de los pacientes con la enfermedad limitada al recto (proctitis) o con CU limitada al final del colon izaquierdo (proctosigmoiditis) es mejor que cuando la CU afecta a todo el colon. Puede ser suficiente con tratamientos periódicos breves con medicamentos orales o enemas. En aquéllos con la enfermedad más extensa, la pérdida de sangre de los intestinos inflamados puede producir anemia y puede requerir tratamiento con suplementos de hierro o incluso con transfusiones de sangre. Rra vez el colon se dilata de forma aguda a un tamaño grande cuando la transformación pasa a ser muy intensa. Esta afección se llama megacolon tóxico. Los pacientes con megacolon tóxico están extremadamente enfermos con fiebre, dolor y distensión abdominal, deshidratación y malnutrición. A menos que el paciente mejore rápidamente con la medicación, habitualmente se necesita cirugía para evitar la rotura del colon.

La enfermedad de Crohn se puede producir en todas las regiones del tracto gastrointestinal. Con esta enfermedad se produce obstrucción intestinal por inflamación y fibrosis en un gran número de pacientes. Los granulomas y la formación de fístulas son complicaciones frecuentes de la enfermedad de Crohn. Las consecuencias de la progresión de la enfermedad incluyen alimentación intravenosa, cirugía y colostomía.

Los medicamentos más usados para tratar la EII son fármacos antiinflamatorios como los salicilatos. Las preparaciones con salicilato han sido eficaces en el tratamiento de la enfermedad leve a moderada. También pueden disminuir la frecuencia de los brotes de la enfermedad cuando los medicamentos se toman de forma prolongada. Ejemplos de salicilatos incluyen sulfasalazina, olsalazina y mesalamina. Todos estos medicamentos se administran por vía oral a dosis elevadas para obtener un beneficio terapéutico máximo. Estos medicamentos no carecen de efectos secundarios. La azulfidina puede producir malestar de estómago cuando se toma a dosis elevadas y, en

casos raros de inflamación renal leve, se han notificado con algunas preparaciones de salicilatos.

Los corticosteroides son más potentes y de acción más rápida que los salicilatos en el tratamiento de la EII, pero los efectos secundarios potencialmente graves limitan el uso de corticosteroides a los pacientes con enfermedad más grave. Los efectos secundarios de los corticosteroides suelen producirse con el uso prolongado. Incluyen adelgazamiento del hueso y la piel, infecciones, diabetes, emaciación muscular, redondeado de la cara, alteraciones psiquiátricas y, rara vez, destrucción de las articulaciones de las caderas.

En los pacientes de EII que no responden a los salicilatos o a los corticosteroides se usan medicamentos que suprimen el sistema inmunitario. Ejemplos de inmunosupresores incluyen azatioprina y 6-mercaptopurina. Los inmunosupresores usados en esta situación ayudan a controlar la EII y permiten la reducción gradual o la eliminación de los corticosteroides. No obstante, los inmunosupresores aumentan el riesgo de infección, insuficiencia renal y la necesidad de hospitalizaicón.

Claramente existe una gran necesidad de identificar la base molecular de la EII o de sus trastornos asociados, enfermedad de Crohn y colitis ulcerosa. El documento WO-A-01/72822 divulga la asociación entre polimorfismos en el gen IBD1 y la enfermedad de Crohn.

Sumario de la invención La presente invención está definida en las reivindicaciones y se refiere a moléculas de señalización intracelular, en concreto a variantes de la proteína Nod2 y a los ácidos nucleicos que codifican las variantes de la proteína Nod2. La presente divulgación proporciona ensayos para la detección de Nod2 y polimorfismos de Nod2 asociados con estados de enfermedad. La presente divulgación proporciona además inhibidores de la señalización de Nod2 y procedimientos de identificación de los componentes de la vía de Nod2.

La presente divulgación proporciona un ácido nucleico aislado y purificado que comprende una secuencia que codifica una proteína seleccionada del grupo que consiste en las SEC ID Nº : 2, 3 y 34. En algunas formas de realización, la secuencia de ácidos nucleicos está unida operablemente a un promotor heterólogo. En algunas formas de realización, la secuencia de ácido nucleico está contenida dentro de un vector. En algunas formas de realización, el vector está dentro de una célula huésped.

En otras realizaciones, la presente invención proporciona una secuencia de ácido nucleico aislado y purificado tal como se reivindica, que hibrida en condiciones de baja rigurosidad con un ácido nucleico seleccionado del grupo que consiste en la SEC ID Nº : 33. En algunas formas de realización, la secuencia de ácido nucleico codifica una proteína que activa NF-κB. En otras formas de realización, la presente invención proporciona un vector que comprende la secuencia de ácido nucleico reivindicada. En otras formas de realización más, el vector está dentro de una célula huésped. En algunas formas de realización, la célula huésped está localizada en un organismo seleccionado del... [Seguir leyendo]

1. Un ácido nucleico aislado que comprende una secuencia que codifica un polipéptido seleccionado del grupo que consiste en las SEC ID Nº : 34, 55, 57, 59, 85 y 89.

2. La secuencia de ácido nucleico de la reivindicación 1, en la que dicha secuencia está unida funcionalmente a un promotor heterólogo.

3. La secuencia de ácido nucleico de la reivindicación 2, en la que dicha secuencia está contenida dentro de un vector.

4. Una célula huésped que comprende el vector de la reivindicación 3.

5. La célula huésped de la reivindicación 4, en la que dicha célula huésped está localizada en un organismo seleccionado del grupo que consiste en una planta y un animal no humano.

6. El ácido nucleico aislado de la reivindicación 1, en el que dicha secuencia está seleccionada del grupo que consiste en las SEC ID Nº 33, 54, 56, 58, 84 y 88.

7. Un polipéptido aislado que tiene una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste en las SEC ID Nº 34, 55, 57, 59, 85 y 89.

8. Un procedimiento implementado por ordenador de determinar el riesgo de un paciente de desarrollar enfermedad de Crohn, que comprende:

a) proporcionar:

un ordenador que comprende software para la predicción del riesgo de un paciente de desarrollar enfermedad de Crohn; y

b) detectar en una muestra de ácido nucleico que comprende un gen de Nod2 de un paciente en presencia de una o más variaciones en dicho gen de Nod2 del paciente, para generar información sobre variación genética, en la que dichas variaciones se seleccionan del grupo que consiste en Nod2 3020Insc, Nod2 c802t + 3020Insc, Nod2 c2104t, Nod2 g2722c, Nod2 c802t + g2722c, and Nod2 c802t + c2104t;

c) introducir dicha información de variación genética en dicho ordenador; y

d) calcular el riesgo de dicho paciente con dicho software, en el que dicho cálculo es indicativo de que dicho sujeto puede estar expuesto al riesgo de desarrollar enfermedad de Crohn.

9. El procedimiento de la reivindicación 8, que además comprende la etapa de e) representar el riesgo de dicho paciente.

10. El procedimiento de la reivindicación 8, en el que dicho riesgo comprende un riesgo relativo del genotipo.

11. El procedimiento de la reivindicación 8, en el que dicho riesgo comprende un riesgo atribuible a la población,

12. El procedimiento de la reivindicación 8, en el que dicha detección en la etapa (b) comprende comparar la secuencia del ácido nucleico variante con la secuencia del ácido nucleico de Nod2 de tipo silvestre.

13. Un procedimiento de identificación de si un paciente tiene una susceptibilidad incrementada a la enfermedad de Crohn que está comprendida por la etapa de analizar las variantes de:

Exón 11 de Nod2, mutante Figura 20

SEC ID Nº 53

Figura 25

SEC ID Nº 58