Métodos y composiciones para detectar trastornos autoinmunitarios.

Un método para detectar lupus eritematoso sistémico en un sujeto,

que comprende determinar si un sujeto contiene una célula que expresa una combinación de genes a un nivel superior al nivel de expresión de los genes respectivos en una muestra de referencia normal, en donde dicha combinación de genes incluye EPSTI1, HERC5 y TYKI y no incluye ningún otro gen enumerado en las Tablas 1, 2 y/o 3, en donde la presencia de dicha célula indica que el sujeto tiene lupus eritematoso sistémico y en donde la expresión de dicha combinación de genes se detecta al nivel de ARNm

Mïtodos y composiciones para detectar trastornos autoinmunitarios Campo tïcnico La presente invenciïn se refiere en general a los campos de la determinaciïn molecular de enfermedades autoinmunitarias. Mïs especïficamente, la invenciïn se refiere a mïtodos y composiciones basados en identificaciones moleculares asociadas con diversos aspectos de trastornos autoinmunitarios.

Antecedentes Se cree ahora que varios trastornos autoinmunitarios se caracterizan por la introducciïn de autoanticuerpos contra diversos autoantïgenos. Por ejemplo, el lupus eritematoso sistïmico (SLE) es una enfermedad autoinmunitaria en la que autoanticuerpos provocan daïo orgïnico uniïndose con cïlulas y tejidos hospedadores y formando complejos inmunitarios que se depositan en tejidos vasculares y activan cïlulas inmunitarias. El sïndrome de Sjogren es una enfermedad autoinmunitaria caracterizada por inflamaciïn en las glïndulas del cuerpo. Tambiïn se encuentran habitualmente otros trastornos autoinmunitarios, incluyendo pero sin limitaciïn nefropatïa de IgA, psoriasis, artritis reumatoide, esclerosis mïltiple, espondilitis anquilosante, etc.

El interferïn alfa (IFN-!) es un interferïn de Tipo I fuertemente implicado en la etiologïa de varios trastornos inmunitarios, tales como SLE. Se cree que los enfoques de tratamiento que implican alteraciïn de la seïalizaciïn de IFN-! pueden ser un tratamiento eficaz para dichos trastornos. Se sabe que los niveles de IFN-! estïn elevados en SLE, y se ha observado que el tratamiento de pacientes con IFN-! provoca de forma reversible sïntomas similares al SLE en receptores. Otras numerosas lïneas de pruebas han ligado IFN-! y SLE.

Los mecanismos por los que el IFN-! ejerce sus efectos sobre la transcripciïn de genes en cïlulas diana se han investigado exhaustivamente. Se ha determinado la cascada del segundo mensajero, se han definido los sitios de uniïn reguladores en cis para factores de transcripciïn activados, y varios estudios han explorado la expresiïn de quï genes se modula. Los mïs exhaustivos de estos estudios se han realizado con micromatrices de oligonucleïtidos, pero las definiciones de los perfiles de expresiïn gïnica de respuesta a interferïn aïn no estïn completas, al menos en parte debido a que hasta recientemente las micromatrices no contenïan un conjunto muy completo de indicadores para los genes del genoma humano, y tambiïn debido a que diversas dificultades tïcnicas evitaron la identificaciïn de conjuntos de genes marcadores ampliamente aplicables pero sencillos que se correlacionaran de forma fiable con las afecciones patolïgicas de interïs.

Uno de los retos mïs difïciles en el tratamiento clïnico de enfermedades autoinmunitarias es la identificaciïn precisa y temprana de las enfermedades en un paciente. Para este fin, serïa altamente ventajoso tener mïtodos de diagnïstico de base molecular que puedan usarse para identificar de forma objetiva la presencia y/o alcance de la enfermedad en un paciente. La invenciïn descrita en el presente documento proporciona estos mïtodos y otros beneficios.

El documento WO 2005/051988 describe diversos genes que se expresan diferencialmente en pacientes con SLE.

Divulgaciïn de la invenciïn La invenciïn proporciona mïtodos y composiciones como se definen en las reivindicaciones adjuntas para identificar SLE basïndose al menos en parte en la identificaciïn del gen o los genes cuya expresiïn se asocia con la presencia y/o alcance del lupus eritematoso sistïmico (SLE) , en el que el SLE es a su vez una enfermedad autoinmunitaria prototïpica cuyas identificaciones de genes asociados con la enfermedad tambiïn pueden ser aplicables en otras enfermedades autoinmunitarias. Por ejemplo, como se describe en el presente documento, en una realizaciïn, se identificaron genes modulados en respuesta a seïalizaciïn por IFN-!. Despuïs se ensayï la informaciïn generada por este enfoque y se modificï para desarrollar una medida concisa y cuantitativa del grado en el que las muestras celulares o tisulares muestran respuestas caracterïsticas de trastornos autoinmunitarios. Como se muestra en el presente documento, la detecciïn de tres genes especïficos desvelados en el presente documento puede ser un indicador ïtil e informativo de la presencia y/o alcance de trastornos autoinmunitarios en un paciente. Ademïs, la mïtrica o cocientes equivalentes que son indicativos de presencia y/o gravedad de enfermedad asociada a interferïn pueden generarse por transformaciïn apropiada de informaciïn de la expresiïn gïnica de biomarcadores. Se desvelan en el presente documento transformaciones ejemplares y la mïtrica resultante, generados basïndose en los datos de expresiïn gïnica que tambiïn se desvelan en el presente documento.

Se desvela en el presente documento un mïtodo que comprende determinar si un sujeto comprende una cïlula que expresa al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 o cualquier nïmero hasta todos los genes enumerados en la Tabla 1, 2 y/o 3 a un nivel superior al nivel de expresiïn de los genes respectivos en una muestra de referencia normal, en el que la presencia de dicha cïlula indica que el

sujeto tiene un trastorno autoinmunitario.

Se desvela en el presente documento un mïtodo para predecir la sensibilidad de un sujeto a terapia de enfermedad autoinmunitaria, comprendiendo dicho mïtodo determinar si el sujeto comprende una cïlula que expresa al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 o cualquier nïmero hasta todos los genes enumerados en la Tabla 1, 2 y/o 3 a un nivel superior al nivel de expresiïn de los genes respectivos en una muestra de referencia normal, en el que la presencia de dicha cïlula indica que el sujeto serïa sensible a la terapia de enfermedad autoinmunitaria.

Se desvela en el presente documento un mïtodo para controlar la enfermedad residual mïnima en un sujeto tratado para una enfermedad autoinmunitaria, comprendiendo dicho mïtodo determinar si el sujeto comprende una cïlula que expresa al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 o cualquier nïmero hasta todos los genes enumerados en la Tabla 1, 2 y/o 3 a un nivel superior al nivel de expresiïn de los genes respectivos en una muestra de referencia normal, en el que la detecciïn de dicha cïlula es indicativa de la presencia de enfermedad autoinmunitaria residual mïnima.

Se desvela en el presente documento un mïtodo para detectar una patologïa autoinmunitaria en un sujeto, comprendiendo dicho mïtodo determinar si el sujeto comprende una cïlula que expresa al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 o cualquier nïmero hasta todos los genes enumerados en la Tabla 1, 2 y/o 3 a un nivel superior al nivel de expresiïn de los genes respectivos en una muestra de referencia normal, en el que la detecciïn de dicha cïlula es indicativa de la presencia de una patologïa autoinmunitaria en el sujeto.

Se desvela en el presente documento un mïtodo para evaluar la predisposiciïn de un sujeto a desarrollar un trastorno autoinmunitario, comprendiendo dicho mïtodo determinar si el sujeto comprende una cïlula que expresa al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 o cualquier nïmero hasta todos los genes enumerados en la Tabla 1, 2 y/o 3 a un nivel superior al nivel de expresiïn de los genes respectivos en una muestra de referencia normal, en el que la detecciïn de dicha cïlula es indicativa de una predisposiciïn del sujeto a desarrollar el trastorno autoinmunitario.

Se desvela en el presente documento un mïtodo para diagnosticar un trastorno autoinmunitario en un sujeto, comprendiendo dicho mïtodo determinar si el sujeto comprende una cïlula que expresa al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 o cualquier nïmero hasta todos los genes enumerados en la Tabla 1, 2 y/o 3 a un nivel superior al nivel de expresiïn de los genes respectivos en una muestra de referencia normal, en el que la detecciïn de dicha cïlula indica que el sujeto tiene un trastorno autoinmunitario.

Se desvela en el presente documento un mïtodo para distinguir entre patologïas activas e inactivas (por ejemplo, SLE activo e inactivo) en un sujeto, comprendiendo dicho mïtodo determinar si el sujeto comprende una cïlula que expresa al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 o cualquier nïmero hasta todos los genes enumerados en la Tabla 1, 2 y/o 3 a un nivel... [Seguir leyendo]

1. Un mïtodo para detectar lupus eritematoso sistïmico en un sujeto, que comprende determinar si un sujeto contiene una cïlula que expresa una combinaciïn de genes a un nivel superior al nivel de expresiïn de los genes respectivos en una muestra de referencia normal, en donde dicha combinaciïn de genes incluye EPSTI1, HERC5 y TYKI y no incluye ningïn otro gen enumerado en las Tablas 1, 2 y/o 3, en donde la presencia de dicha cïlula indica que el sujeto tiene lupus eritematoso sistïmico y en donde la expresiïn de dicha combinaciïn de genes se detecta al nivel de ARNm.

2. Un mïtodo para predecir la sensibilidad de un sujeto a terapia de lupus eritematoso sistïmico, comprendiendo dicho mïtodo determinar si el sujeto contiene una cïlula que expresa una combinaciïn de genes a un nivel superior al nivel de expresiïn de los genes respectivos en una muestra de referencia normal, en donde dicha combinaciïn de genes incluye EPSTI1, HERC5 y TYKI y no incluye ningïn otro gen enumerado en las Tablas 1, 2 y/o 3, en donde la expresiïn de dicha combinaciïn de genes se detecta al nivel de ARNm y en donde la presencia de dicha cïlula indica que el sujeto serïa sensible a la terapia de lupus eritematoso sistïmico

3. El mïtodo de las reivindicaciones 1 o 2, que comprende ademïs el uso de un gen constitutivo.

4. El mïtodo de la reivindicaciïn 3, en el que el gen constitutivo es RPL19.

5. Una composiciïn que comprende polinucleïtidos capaces de hibridar especïficamente con los genes EPSTI1, HERC5 y TYKI o complementos de los mismos y que no comprende polinucleïtidos capaces de hibridar especïficamente con cualquier otro gen enumerado en las Tablas 1, 2 y/o 3 o un complemento del mismo.

6. La composiciïn de la reivindicaciïn 5, que comprende ademïs un polinucleïtido capaz de hibridar con un gen constitutivo, o con un complemento del mismo.

7. La composiciïn de la reivindicaciïn 6, en la que el gen constitutivo es RPL19.

8. Un kit que comprende la composiciïn de una cualquiera de las reivindicaciones 5-7 e instrucciones para usar la composiciïn para detectar lupus eritematoso sistïmico determinando si la expresiïn de los genes proporcionados al nivel de ARNm es a un nivel superior al nivel de expresiïn de los genes respectivos en una muestra de referencia normal.

9. Un mïtodo para identificar un valor mïtrico correlacionado con la presencia y/o el alcance de lupus eritematoso sistïmico en un sujeto o muestra, comprendiendo dicho mïtodo:

(a) estimar un grupo de conjuntos de sondas que se asocia colectivamente con un patrïn en el que la expresiïn de genes representados por los conjuntos de sondas se asocia con una caracterïstica de enfermedad, en donde el grupo de conjuntos de sondas incluye los que representan los genes EPSTI1, HERC5 y TYKI y no incluye los que representan cualquier otro gen enumerado en las Tablas 1, 2 y/o 3 y en el que la expresiïn de dicha combinaciïn de genes se detecta al nivel de ARNm;

(b) generar un factor de ponderaciïn que pondera los conjuntos de sondas de acuerdo con una escala que refleja el alcance de la coincidencia de cada conjunto de sondas individual con la tendencia del grupo de conjuntos de sondas, y calcular el coeficiente de correlaciïn de cada perfil de conjunto de sondas con el perfil medio calculado;

(c) determinar un factor de escala, en el que el factor de escala es el valor requerido para cambiar de escala los conjuntos de sondas individuales a 1;

(d) multiplicar el factor de escala por el factor de ponderaciïn para generar un factor compuesto

(e) multiplicar las identificaciones de una muestra de sangre normal con el factor compuesto, y promediar los valores resultantes tanto entre conjuntos de sondas como entre muestras para generar un valor medio, e invertir el valor medio para producir un factor de escala global;

(f) multiplicar cada factor de ponderaciïn por el factor de escala global para obtener un vector de valores escalares y multiplicar los valores escalares por una identificaciïn de expresiïn de una muestra de interïs, y promediar los valores resultantes para producir una ïnica mïtrica que sea indicativa del grado de expresiïn gïnica asociada con interferones de Tipo I en la muestra.

10. El mïtodo de la reivindicaciïn 9, en el que:

(i) en la etapa (a) , el grupo de conjuntos de sondas comprende conjuntos de sondas que incluyen el, o se agrupan en torno al par central mïs estrechamente correlacionado de conjuntos de sondas en un subgrupo asociado con una caracterïstica de enfermedad;

(ii) en la etapa (b) , el factor se genera transformando los datos de expresiïn del grupo de conjuntos de sondas en puntuaciones z que comprenden cambio de escala medio a 1, transformaciïn logarïtmica en base 2, despuïs cambio de escala a una desviaciïn tïpica de la media de 1; y/o

(iii) en la etapa (e) , el factor de escala global es ïtil para transformar el resultado de la media de los conjuntos de sondas de una muestra de interïs en una mïtrica, en donde la mïtrica es 1 si la muestra es de un sujeto normal sano.