Variantes de Scratch asociados al cáncer.

Una variante de Scratch Mamífero, en la que la variante de Scratch Mamífero comprende un dominiotransmembrana y se expresa en la superficie de las células cancerosas.

Variantes de scratch asociadas al cáncer

CAMPO DE LA INVENCION

0001 La invención se refiere a un nuevo antígeno asociado con el cáncer y métodos y composiciones para el tratamiento y detección del cáncer.

ANTECEDENTE DE LA INVENCION

0002 En el año 2000, se estimaba que unos 22 millones de personas sufrían de cáncer en el mundo y 6.2 millones de muertes se atribuyeron a esta clase de enfermedad. Cada año, hay cerca de 10 millones de nuevos casos y esta estimación se espera que incremente en un 50% dentro de los próximos 15 años (OMS, Informe Mundial contra el Cáncer. Bernard W. Stewart y Paul Kleihues, eds. IARC Press, Lyon, 2003) . Los tratamientos actuales del cáncer se limitan a la cirugía invasiva, terapia de radiación y quimioterapia, todos los cuales causan ya sea potencialmente graves efectos secundarios, toxicidad no específica y/o cambios traumáticos en la propia imagen corporal y/o calidad de vida. El cáncer puede ser resistente a la quimioterapia reduciendo adicionalmente opciones de tratamiento y la probabilidad de éxito. El pronóstico para algunos tipos de cáncer es peor que otros y algunos son casi siempre mortales. En adición, algunos tipos de cáncer, con una tasa de éxito del tratamiento relativamente alta siguen siendo principales causas de muerte debido a sus altas tasas de incidencia.

0003 Una de las causas de la insuficiencia de los tratamientos actuales contra el cáncer es la falta de selectividad para los tejidos y las células afectadas. La resección quirúrgica siempre implica la extracción de tejido aparentemente normal como un "margen de seguridad" que puede aumentar la morbilidad y riesgo de complicaciones. Asimismo, siempre elimina parte del tejido sano que puede intercalarse con las células tumorales y que podría potencialmente mantener o restablecer la función del órgano o tejido afectado. La radiación y la quimioterapia matarán o dañarán muchas células normales, debido a su modo de acción no específico. Esto puede dar lugar a graves efectos secundarios tales como náuseas severas, pérdida de peso y energía reducida, pérdida de pelo, etc., así como aumentar el riesgo de desarrollar cáncer secundario en el futuro. Un tratamiento con mayor selectividad para las células cancerosas dejaría a las células normales sin daño mejorando así los resultados, el perfil de efectos secundarios y la calidad de vida.

0004 La selectividad del tratamiento del cáncer puede mejorarse mediante focalizando moléculas que son específicas a las células cancerosas y no se encuentra en las células normales. Estas moléculas pueden usarse luego como una diana para el diagnóstico o terapia basados en anticuerpos o para fármacos capaces de alterar sus funciones.

0005 Lo poco que se sabe acerca de la proteína Scratch de tipo salvaje, se ha obtenido sobre la base de traducción y análisis conceptual de la secuencia de la proteína hipotética resultante. La expresión del ARNm mamífero Scratch (Scrt) se ha encontrado confinada al cerebro, la médula espinal y las recientemente diferenciadoras neuronas postmitóticas lo que sugiere un papel potencial en la diferenciación neuronal. El gen Scratch de mamíferos humanos se ha mapeado a q24.3 (cromosoma 8) Nakakura et al 2001a, PNAS vol 98 p 4010-4015 y Nakakura et al 2001. Mol. Brain. Res. Vol 95 p 162-166.

0006 El Scratch Mamífero comparte un dominio SNAG con otras proteínas de dedos de zinc, tales como SNAI2, SNAI3, GFII y GFIIB. Mientras que unos pocos laboratorios trabajando en dominios SNAG (Batlle E et al. 2000 Nat. Cell Biol, Vol. 2:84-89; Kataoka H et al. 2000. Nucleic Acids Res. Vol. 28:626-633; Grimes HL et al. 1996. Mol. Cell. Biol. Vol: 16:62636272; Hemavathy K et al. 2000. Mol. Cell. Biol. Vol: 20:5087-5095) y la funcionalidad del aparato locomotor de caracol han encontrado la sobre-expresión del gen Scrt, la presencia de la propia proteína no se ha demostrado hasta ahora. Basándose en la secuencia hipotética de la proteína, la proteína Scratch debe tener cinco dominios de dedos de zinc y un dominio SNAG responsable de una función en la represión de la transcripción. La secuencia indica que la proteína resultante sería una proteína intra-nuclear y de hecho la expresión del Scratch Mamifero recombinante se ha encontrado confinada a núcleos de células transfectadas (Nakakura et al 2001a, PNAS vol 98 p 4010-4015) .

RESUMEN DE LA INVENCIÓN

0007 Los presentes inventores han identificado una nueva proteína asociada al cáncer. En consecuencia, la invención proporciona un nuevo antígeno asociado al cáncer que puede usarse en el tratamiento y diagnóstico de cáncer. En particular, el antígeno se asocia con glioblastoma, melanoma, cáncer de mama, cáncer de pulmón, cáncer de ovario, linfoma, cáncer de colon, cáncer gástrico y/o cáncer de próstata.

0008 El nuevo antígeno es una variante del Scratch Mamífero. La variante tiene un dominio de transmembrana que está ausente en Scratch de tipo salvaje y como resultado la proteína de la invención es detectable en la superficie celular. En consecuencia, la invención incluye una proteína aislada que comprende, una variante asociada al cáncer del Scratch Mamífero que se expresa en la superficie de las células cancerosas. En una realización de la invención, la variante asociada

al cáncer del Scratch Mamífero comprende la secuencia de aminoácidos definida por la SEC ID NO: 1 o una variante de la misma, o la secuencia de aminoácidos definida por la SEC ID NO: 2 o una variante de la misma.

0009 Otro aspecto de la invención es una proteína aislada que comprende la secuencia de aminoácidos de SEC ID NO: 1 o una variante de la misma o la secuencia de aminoácidos de SEC ID NO: 2 o una variante de la misma, que se expresa en la superficie de las células cancerosas.

0010 La invención también incluye secuencias de ácidos nucleicos aisladas que codifican la proteína aislada de la invención, los vectores de expresión recombinantes que comprenden las secuencias de ácidos nucleicos de la invención y las células huésped que comprenden los vectores de expresión recombinantes de la invención.

0011 En otro aspecto de la invención, la invención incluye un método para detectar o controlar el cáncer en un sujeto que tiene o es sospechoso de tener cáncer, que comprende la detección de la proteína aislada de la invención en una célula en la muestra, en donde el cáncer se ha indicado, si la proteína aislada es detectada en la célula.

0012 Además, la invención incluye métodos de detección o control del cáncer en un sujeto que tiene o es sospechoso de tener cáncer, que comprende la detección de la expresión de la variante asociada al cáncer del Scratch Mamífero en la célula en la muestra, en donde el cáncer se ha indicado, si la expresión de la variante asociada al cáncer del Scratch Mamífero es detectada en la célula.

0013 Un aspecto adicional de la revelación es un método de tratamiento o prevención del cáncer en un sujeto mediante la modulación de la función o expresión de un Scratch Mamífero en la célula cancerosa.

0014 La invención también incluye composiciones farmacéuticas que comprenden una cantidad eficaz de las proteínas aisladas de la invención, las secuencias de ácidos nucleicos aislados de la invención y/o los vectores de expresión recombinantes de la invención.

0015 Un aspecto adicional de la revelación es el uso de las proteínas aisladas de la invención, las secuencias de ácidos nucleicos aislados de la invención y/o los vectores de expresión recombinantes de la invención para provocar una respuesta inmune en un sujeto.

0016 Otro aspecto de la invención es el uso de las proteínas aisladas de la invención, las secuencias de ácidos nucleicos aislados de la invención y/o los vectores de expresión recombinantes de la invención para tratar o prevenir el cáncer.

0017 Además, la revelación incluye métodos para el tratamiento o prevención del cáncer en un sujeto que comprenden administrar al sujeto o una célula del sujeto una cantidad eficaz de las proteínas aisladas de la invención, las secuencias de ácidos nucleicos aislados de la invención y/o los vectores de expresión recombinantes de la invención.

0018 La revelación también incluye métodos para inducir una respuesta inmune en un sujeto contra la proteína aislada de la invención que comprenden administrar al sujeto o una célula del sujeto una cantidad eficaz de las proteínas aisladas de la invención, las secuencias de ácidos nucleicos aislados de la invención y/o los vectores de expresión recombinantes de la invención.

0019 Un aspecto adicional de la invención es un método para detectar o controlar... [Seguir leyendo]

1. Una variante de Scratch Mamífero, en la que la variante de Scratch Mamífero comprende un dominio transmembrana y se expresa en la superficie de las células cancerosas.

2. La variante de Scratch Mamífero según la reivindicación 1 que comprende la secuencia de aminoácidos mostrada en SEC ID NO:1 o una variante de la misma, y en donde la variante de Scratch Mamífero comprende un dominio transmembrana y se expresa en la superficie de las células cancerosas.

3. La variante de Scratch Mamífero según la reivindicación 1 que comprende la secuencia de aminoácidos como se muestra en SEC ID NO:2 o una variante de la misma, y en donde la variante de Scratch Mamífero comprende un dominio transmembrana y se expresa en la superficie de las células cancerosas.

4. Una secuencia de ácido nucleico aislada que codifica una variante de Scratch Mamífero según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3.

5. La secuencia de ácido nucleico aislada según la reivindicación 4 que tiene la secuencia mostrada en la SEC ID NO:6.

6. La secuencia de ácido nucleico aislada según la reivindicación 4 que tiene la secuencia mostrada en la SEC ID NO:25.

7. Un vector de expresión recombinante que comprende la secuencia de ácido nucleico de cualquiera de las reivindicaciones 4 a 6.

8. Una célula huésped que comprende el vector de expresión recombinante de la reivindicación 7.

9. Un método para detectar células cancerosas o controlar el cáncer en un sujeto que tiene o se sospecha que tiene cáncer, que comprende detectar la variante de Scratch Mamífero según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, o un fragmento de la misma, en una célula en una muestra del sujeto, en donde el cáncer es indicado si la variante de Scratch Mamífero se detecta en la célula.

10. El método según la reivindicación 9, que comprende:

(a) poner en contacto una muestra del sujeto con un anticuerpo que se une a la variante de Scratch Mamífero;

(b) detectar el nivel de la variante de Scratch Mamífero en la muestra; y

(c) comparar el nivel de la muestra con una muestra de control, en donde niveles aumentados de la variante de Scratch Mamífero en comparación con el control indica que el sujeto tiene cáncer.

11. Un método para detectar células cancerosas o controlar el cáncer en un sujeto que tiene o se sospecha que tiene cáncer, que comprende detectar la secuencia de ácido nucleico según cualquiera de las reivindicaciones 4 a 6, en una muestra del sujeto, en donde el cáncer es indicado, si se detecta la secuencia de ácido nucleico en donde el método comprende

(a) extraer las moléculas de ácido nucleico de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 4 a 6 de una muestra del sujeto;

(b) amplificar las moléculas de ácido nucleico extraídas utilizando un cebador que tiene la secuencia mostrada en SEC ID NO:27 en la reacción en cadena de la polimerasa;

(c) determinar la presencia de moléculas de ácido nucleico que codifican la proteína, y

(d) comparar el nivel de la secuencia de ácido nucleico en la muestra con una muestra de control, en donde niveles incrementados de la secuencia de ácido nucleico en comparación con el control indican que el sujeto tiene cáncer.

12. Un método para detectar células cancerosas o controlar el cáncer en un sujeto que tiene o se sospecha que tiene cáncer, que comprende:

(a) extraer moléculas de ácido nucleico que codifican Scratch de tipo salvaje o la variante de Scratch según las reivindicaciones 1 a 3 de una muestra del sujeto;

(b) digerir las moléculas de ácido nucleico con un enzima de restricción KpnI, y

(c) determinar el tamaño de las moléculas de ácidos nucleicos digeridas en donde la presencia de moléculas de ácido nucleico no digeridas indica que el sujeto tiene una predisposición a desarrollar cáncer.

13. Una composición farmacéutica que comprende una cantidad efectiva de la variante de Scratch Mamífero según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3 en mezcla con un diluyente o portador adecuado.

14. Una composición farmacéutica que comprende una cantidad eficaz de la secuencia de ácido nucleico aislada de cualquiera de las reivindicaciones 4 a 6 en mezcla con un diluyente o portador adecuado.

15. Una composición farmacéutica que comprende una cantidad eficaz del vector de expresión recombinante de la reivindicación 7 en mezcla con un diluyente o portador adecuado.

16. La composición farmacéutica de cualquiera de las reivindicaciones 13 a 15, que comprende además un adyuvante.

17. Uso de la variante de Scratch Mamífero según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, una secuencia de ácido nucleico aislada según cualquiera de las reivindicaciones 4 a 6, o el vector recombinante de la reivindicación 7 en la fabricación de un medicamento para tratar o prevenir el cáncer o provocar una respuesta inmune.

18. Una variante de Scratch Mamífero según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, una secuencia aislada de ácido nucleico según cualquiera de las reivindicaciones 4 a 6, o el vector recombinante de la reivindicación 7 para el tratamiento o prevención del cáncer o para la provocación de una respuesta inmune.

19. Un método de identificación de compuestos por su capacidad para prevenir o tratar el cáncer, que comprende las 5 etapas:

(a) contactar una célula que expresa la variante de Scratch Mamífero según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3 con un compuesto de ensayo;

(b) determinar la expresión o función de la variante de Scratch Mamífero según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3; y

(c) comparar la expresión o función de la variante de Scratch Mamífero según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3 con un control, en donde una disminución en la expresión o función de la variante de Scratch Mamífero según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3 en comparación con el control es indicativa de un compuesto útil para prevenir o tratar el cáncer.