VARIANTE GENETICA RELACIONADA CON FOSFATASA DE PROTEINA HUMANA CON MANOS EF-1 (PPEF-1) ASOCIADA CON LINFOMA LINFOBLASTICO DE CELULAS T.
Un polipéptido aislado que comprende una variante de eliminación de terminal N de la proteína PPEF-1 que comprende la secuencia de aminoácido de la SEQ ID NO:
4, en donde en el terminal N de la secuencia de aminoácido de la SEQ ID NO: 4 adicionalmente no está presente la secuencia de proteína
Tipo: Patente Europea. Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: E06019930.
Solicitante: VISGENEER, INC.
Nacionalidad solicitante: Taiwan, Provincia de China.
Dirección: 3F.-2, NO. 83, SEC. 2 GONGDAO 5TH ROAD,HSINCHU CITY 300.
Inventor/es: DAI,KEN-SHWO.
Fecha de Publicación: .
Fecha Solicitud PCT: 22 de Septiembre de 2006.
Fecha Concesión Europea: 10 de Marzo de 2010.
Clasificación Internacional de Patentes:
- C12N9/16 QUIMICA; METALURGIA. › C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA. › C12N MICROORGANISMOS O ENZIMAS; COMPOSICIONES QUE LOS CONTIENEN; PROPAGACION, CULTIVO O CONSERVACION DE MICROORGANISMOS; TECNICAS DE MUTACION O DE INGENIERIA GENETICA; MEDIOS DE CULTIVO (medios para ensayos microbiológicos C12Q 1/00). › C12N 9/00 Enzimas, p. ej. ligasas (6.); Proenzimas; Composiciones que las contienen (preparaciones para la limpieza de los dientes que contienen enzimas A61K 8/66, A61Q 11/00; preparaciones de uso médico que contienen enzimas A61K 38/43; composiciones detergentes que contienen enzimas C11D ); Procesos para preparar, activar, inhibir, separar o purificar enzimas. › actúan sobre los enlaces éster (3.1).
Clasificación PCT:
- C12N9/14 C12N 9/00 […] › Hidrolasas (3.).
Países PCT: Austria, Bélgica, Suiza, Alemania, Dinamarca, España, Francia, Reino Unido, Grecia, Italia, Liechtensein, Luxemburgo, Países Bajos, Suecia, Mónaco, Portugal, Irlanda, Eslovenia, Finlandia, Rumania, Chipre, Lituania, Letonia, Ex República Yugoslava de Macedonia, Albania.
Fragmento de la descripción:
Variante genética relacionada con fosfatasa de proteína humana con manos EF-1 (PPEF-1) asociada con linfoma linfoblástico de células T.
Campo de la invención
La invención se relaciona con las secuencias de polipéptido y de ácido nucleído de una variante genética relacionada con fosfatasa de proteína humana novedosa con manos EF -1 (PPEF-1), procesos para su preparación, y usos de la misma en el diagnóstico del Linfoma de células T, en particular, Linfoma linfoblástico de célula T.
Antecedente de la invención
El cáncer es una de las causas principales de muerte en el mundo. De acuerdo con el informe de la WHO Fact Sheet-Cancer (2003), el cáncer cuenta con 7.1 millones de muertes (12.6% del total global) anualmente y se espera que los casos de cáncer se implementen de 10 millones de personas en el 2000 a 15 millones de personas en el 2020. Los Linfomas son cánceres originados en el sistema linfático. Los linfomas se dividen en linfomas Hodgkin y en linfomas no-Hodgkin. En los Estados Unidos, el linfoma no-Hodgkin con un incremento de 2.7% de incidencia es el quinto y sexto cáncer más común entre hombres y mujeres, respectivamente (The Leukemia & Lymphoma Society). En años recientes, se han hecho progresos hacia el entendimiento de la biología molecular y celular de los linfomas no -Hodgkin. Se han hecho muchas contribuciones importantes mediante la identificación de varios factores genéticos claves asociados con los linfomas no-Hodgkin. Sin embargo, los tratamientos de linfomas no-Hodgkin dependerán principalmente de quimioterapia y radioterapia debido a que los mecanismos moleculares que subyacen a la patogenia de los linfomas no-Hodgkin permanecen sin clarificar.
Se ha establecido que el daño o la mutación del ADN en un linfocito puede resultar en crecimiento excesivo y no controlado del linfocito (The Leukemia & Lymphoma Society). Por lo tanto, las estrategias futuras para la prevención y tratamiento de cánceres se enfocarán en la elucidación de genes dañados/mutados, en particular, los genes ubicados en el cromosoma Xp22 debido a que se ha mostrado que este segmento se asocia con el desarrollo de linfoma. Adicionalmente, se ha reportado una correlación entre Linfomas de células T e hipomagnesemia & hipocal- cemia.
Se sugiere que la Hipomagnesemia con hipocalcemia segundaria se origina por la interrupción de un gen de hipocalcemia dependiente de magnesio en el cromosoma Xp22. Por lo tanto, las estrategias futuras para la prevención y tratamiento de linfoma de Célula T se enfocarán en la elucidación de los sustratos genéticos anormales ubicados en el cromosoma Xp22. Es interesante notar que una fosfatasa de proteína humana con el gen de manos EF- 1 (PPEF-1) mapeado en esta región (Brunner et al. (1999) Genome Res. 9:437-48) contiene motivos de manos EF- en su terminal carboxi (Sherman et al., (1997) Proc Natl Acad Sci USA. 94:11639-44). Se ha mostrado que las manos EF- están involucradas en la unión del calcio (Ramulu and Nathans (2001) J Biol Chem. 276:25127-35) lo que sugiere fuertemente que el PPEF-1 puede tener una función en el desarrollo de Linfoma de células T. Así, el descubrimiento de variantes genéticas de PPEF-1 puede ser una meta importante para el desarrollo de marcadores diagnósticos de linfoma de células T.
Resumen de la invención
La presente invención proporciona una variante de gen relacionada con el PPEF-1- ubicada en el linfoma de células T humanas. La secuencia de nucleótido de la variante génica y la secuencia de polipéptido codificada por lo tanto se puede utilizar para el diagnóstico de cualquier enfermedad asociada con esta variante génica o linfoma de células T, en particular, Linfoma linfoblástico de célula T.
La invención proporciona adicionalmente un vector de expresión y una célula anfitriona para expresar la variante.
La invención también proporciona un método para la producción de variantes.
La invención proporciona adicionalmente un anticuerpo que se une específicamente a la variante. Por ejemplo, al seleccionar una única secuencia para una de las variantes. Por ejemplo, un fragmento de péptido que expande las uniones de eliminación. Se puede generar un anticuerpo que une a una de las variantes y no al PPEF-1. Preferiblemente, tales antígenos de péptido son de por lo menos 17 aminoácidos de largos. Pero en algunos casos péptidos más pequeños tales como de 10 mer, 12 mer, o 15 mer pueden ser suficientes. Péptidos mayores, tal como 20 mer, 50 mer, cientos de-mer (y los que están entre ellos) y aún también se pueden utilizar hasta proteínas de longitud completa.
La invención también proporciona métodos para detectar la presencia de una variante en un mamífero.
Breve descripción de los dibujos
Fig. 1 muestra la secuencia de ácido nucleído (SEQ ID NO:1), secuencia de aminoácido (SEQ ID NO:2) y ácido nucleído con la secuencia de aminoácido correspondiente (SEQ ID NO:1&2) de PPEF-1.
Fig. 2 muestra la secuencia de ácido nucleído (SEQ ID NO:3), secuencia de aminoácido (SEQ ID NO:4) y ácido nucleído con la secuencia de aminoácido correspondiente (SEQ ID NO:3&4) de PPEF-1V.
Fig. 3 muestra la alineación de secuencia de nucleótido entre el gen PPEF-1 humano y su variante génica relacionada (PPEF-1V).
Fig. 4 muestra la alineación de la secuencia de de aminoácido entre la proteína PPEF-1 humano y su variante génica relacionada (PPEF-1V).
Fig. 5 muestra el patrón de expresión de PPEF-1V en estirpes de célula humana.
Descripción detallada de la invención
Todos los términos técnicos y científicos utilizados aquí, a menos que se defina otra cosa, tienen el mismo significado como lo entienden comúnmente las personas expertas en la técnica.
El término "anticuerpo" como se utiliza aquí denota moléculas intactas (un polipéptido o grupo de polipéptidos) así como también fragmentos de los mismos, tal como fragmentos Fab, R-(ab')2, y Fv, que son capaces unir los epítopos. Los anticuerpos se producen por células B especializadas después de estimulación por un antígeno. Estructuralmente, el anticuerpo consiste de cuatro subunidades que incluyen dos cadenas pesadas y dos cadenas livianas. La distribución de carga y forma de superficie interna del dominio de un anticuerpo es complementaria a las características de un antígeno. Así, el anticuerpo puede actuar específicamente contra el antígeno en una respuesta inmune.
El término "par base (bp)" utilizado aquí denota nucleótidos compuestos de una purina en un hebra de ADN que puede ser hidrógeno unido a una pirimidina en la otra hebra. Los residuos timina (o uracilo) y adenina se ligan por dos enlaces de hidrógeno. Los residuos citosina y guanina se ligan por tres enlaces de hidrógeno.
El término "herramienta de búsqueda de alineación local básica (BLAST; Altschul et al., (1997) Nucleic Acids Res. 25: 3389-3402)" utilizado aquí denota programa para evaluación de homologías entre una secuencia de consulta (aminoácido o ácido nucleico) y una secuencia de prueba. Los programas BLAST específicos se describen como sigue:
(1) BLASTN compara una secuencia de consulta de nucleótido contra una base de datos de secuencia de nucleótido;
(2) BLASTP compara una secuencia de consulta de aminoácido contra una base de datos de secuencia de proteínas;
(3) BLASTX compara los productos de traducción conceptual de seis cuadros de una secuencia de nucleótido de consulta contra una base de datos de secuencia de proteína;
(4) TBLASTN compara una secuencia de proteína de consulta contra una base de datos de secuencia de nucleótido traducida en todos los seis cuadros de lectura; y
(5) TBLASTX compara las traducciones de seis cuadros de una secuencia de consulta de nucleótidos contra la traducción de seis cuadros de una base de datos de secuencia de nucleótidos.
El término "cADN" utilizado aquí denota ácidos nucleicos que se sintetizan a partir de una plantilla de mARN utilizando trancriptasa inversa.
El término "colección de cADN" utilizado aquí denota una colección compuesta de ADN complementario que se transcribe en forma inversa a partir de mARN.
El término "complemento" utilizado aquí denota una secuencia de polinucleótido capaz de formar pares base con otras secuencia de nucleótido. Por ejemplo, la secuencia 5'-ATGGACTTACT-3' se une a la secuencia de complementariedad 5'-AGTAAGTCCAT-3'.
Reivindicaciones:
1. Un polipéptido aislado que comprende una variante de eliminación de terminal N de la proteína PPEF-1 que comprende la secuencia de aminoácido de la SEQ ID NO: 4, en donde en el terminal N de la secuencia de aminoácido de la SEQ ID NO: 4 adicionalmente no está presente la secuencia de proteína.
2. Un ácido nucleico aislado que codifica dicho polipéptido de la Reivindicación 1.
3. El ácido nucleico aislado de la Reivindicación 2, que comprende la secuencia de nucleótido de la SEQ ID NO: 3.
4. Un ácido nucleico aislado que comprende por lo menos 30 nucleótidos consecutivos seleccionados de la SEQ ID NO: 3 y que incluye un di-nucleótido de los nucleótidos 127 a 128 de la SEQ ID NO: 3.
5. Un vector de expresión que comprende el ácido nucleico de una cualquiera de las Reivindicaciones 2 a 4.
6. Una célula anfitriona que comprende dicho vector de expresión de la Reivindicación 5.
7. Un método para producir el polipéptido de la Reivindicación 1, que comprende las etapas de:
8. Un anticuerpo que une específicamente a dicho polipéptido de la Reivindicación 1.
9. El anticuerpo de la Reivindicación 8, que es un anticuerpo policlonal o monoclonal.
10. Un método para detectar la presencia de un ácido nucleico PPEF en un mamífero, que comprende las etapas de:
11. El método de la Reivindicación 10, en donde dicho proceso de hibridación se conduce mediante Northern blot o microensayo para diagnosticar una pluralidad de cánceres.
12. El método de la Reivindicación 11, en donde dicha pluralidad de cánceres incluye el linfoma de célula T.
13. El método de la Reivindicación 12, en donde dicho linfoma de célula T es linfoma linfoblástico de célula T.
14. Un método para detectar la presencia de un polipéptido PPEF o fragmento del mismo en un mamífero que comprende las etapas de:
15. El método de la Reivindicación 14, en donde dichas muestras de unión de antígeno PPEF a anticuerpo se detectan mediante el método Western blot para ayudar a diagnosticar una pluralidad de cánceres.
16. El método de la Reivindicación 15, en donde dicha pluralidad de cánceres incluyen linfoma de célula T.
17. El método de la Reivindicación 16, en donde dicho linfoma de célula T es linfoma linfoblástico de célula T.
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