Variaciones genéticas asociadas con la resistencia a fármacos.

Un método para determinar si un cáncer de mama en un paciente es resistente al tratamiento con un conjugado de agente antimitótico-anticuerpo que comprende un agente antimitótico seleccionado entre una auristatina y un maitansinoide unidos covalentemente a un anticuerpo

, comprendiendo dicho método detectar si el gen ABCC3 está amplificado o expresado en exceso en una muestra de ensayo de cáncer de mama procedente de la paciente, en el que la amplificación o la expresión en exceso del gen ABCC3 indica que el cáncer de mama es resistente al tratamiento con el conjugado de agente antimitótico-anticuerpo.

Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/US2009/036985.

Solicitante: GENENTECH, INC..

Nacionalidad solicitante: Estados Unidos de América.

Dirección: 1 DNA WAY SOUTH SAN FRANCISCO, CA 94080 ESTADOS UNIDOS DE AMERICA.

Inventor/es: AMLER,LUKAS,C, LACKNER,MARK, CAVET,GUY, O\'BRIEN,CAROL, PANDITA,AJAY.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • SECCION C — QUIMICA; METALURGIA > BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE;... > PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS... > Procesos de medida, investigación o análisis en... > C12Q1/68 (en los que intervienen ácidos nucleicos)

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Fragmento de la descripción:

Variaciones genéticas asociadas con la resistencia a fármacos

Campo de la invención 5

La presente invención se refiere generalmente a variaciones genéticas que son predictivas de la resistencia a fármacos.

Antecedentes de la invención 10

Un diana clave de la oncología moderna es la identificación de la genética subyacente y de las variaciones genómicas que caracterizan un tumor dado, de modo que el paciente puede recibir terapia dirigida con agentes quimioterapéuticos que puedan proporcionar el mayor beneficio. El cáncer de mama es la forma más común de cáncer entre las mujeres en el mundo occidental, con una estimación de 1 millón de nuevos diagnósticos y 400. 000 15 muertes por año en el mundo (1) . La llegada de terapias dirigidas tales como el tamoxifeno para el cáncer positivo para el receptor de estrógenos (2) y herceptina para tumores que contienen la amplificación del oncogén HER2 (3) ha tenido un impacto significativo en la supervivencia de los pacientes, sin embargo, varios regímenes de quimioterapia siguen constituyendo un componente importante del tratamiento del cáncer de mama (4) . El cáncer de mama es una enfermedad heterogénea con distintos subtipos moleculares caracterizados por la respuesta 20 diferencial a agentes dirigidos y quimioterapéuticos. Mientras que la quimioterapia es un régimen de tratamiento satisfactorio en muchos casos, se estima que el 50 % de las pacientes no se benefician debido a la multirresistencia intrínseca o adquirida (1) . La resistencia multifármaco (MDR, por sus siglas en inglés) se refiere a la resistencia de las células cancerosas a múltiples clases de fármacos quimioterapéuticos que pueden estar estructural y mecánicamente no relacionados, y se relaciona con la expresión en exceso de varias proteínas que actúan como 25 bombas de salida dependientes de ATP (5) . La comprensión de las alteraciones moleculares que contribuyen a la MDR en el cáncer de mama es un primer paso crucial para permitir el desarrollo de pruebas diagnósticas que puedan predecir la resistencia a una terapia dada y racionalizar la selección de agentes terapéuticos más eficaces.

La expresión en exceso se ha implicado en la resistencia multifármaco adquirida en líneas celulares de cáncer en 30 estudios anteriores. Por ejemplo, Liu et al informan de una la expresión en exceso de ABCC3 de 459 veces con respecto a la línea celular precursora, MCF-7/ advp3000, que fue derivada mediante selección para crecimiento en presencia de doxorrubicina (36) . Además, se ha demostrado recientemente que el tratamiento de las líneas celulares de carcinoma con vincristina da como resultado un aumento significativo en la regulación de los transcritos de ABCC2 y ABCC3 en estas células (37) . Se ha demostrado que la bombas ABCC2 (MRP2) y abcc10 (MRP7) 35 relacionadas confieren resistencia al paclitaxel cuando se expresan en exceso (38) (39) , y se ha demostrado que ABCC2 es un determinante importante de la farmacocinética del paclitaxel in vivo en modelos de ratón (40) . No se ha demostrado previamente que el paclitaxel sea un sustrato para ABCC3 y, de hecho, los estudios de expresión ectópica en exceso de ABCC3 en células MDCK o NIH-3T3 no han podido demostrar mayor resistencia al paclitaxel (41, 42) . En particular, también se ha descubierto (41) que ABCC3 no puede transmitir resistencia a la doxorrubicina 40 en ensayos a largo plazo a pesar de otros informes publicados de estudios funcionales que sugieren un papel para ABCC3 en el transporte de este agente (36) .

Estas diversas observaciones ilustran el hecho de que el cáncer de mama es una enfermedad heterogénea que puede eludir la quimioterapia a través de múltiples mecanismos y ponen de relieve la necesidad de paneles de 45 biomarcadores que puedan ser utilizados para predecir la respuesta terapéutica en los pacientes con cáncer.

Sumario de la invención

Un aspecto de la presente invención proporciona un método de acuerdo con la reivindicación 1. 50

La amplificación del gen ABCC3 se detecta, por ejemplo, determinando el número de copias de del gen ABCC3. En algunas realizaciones, un número de copias de al menos 3 indica la amplificación del gen ABCC3, en otras realizaciones, un número de copias de al menos 5 indica la amplificación del gen ABCC3.

El número de copias del gen ABCC3 Gene se determina, por ejemplo, por fluorescencia de hibridación in situ (FISH) , transferencia Blot, inmunohistoquímica (IHC) , reacción en cadena de la polimerasa (PCR) , PCR cuantitativa (qPCR) , PCR cuantitativa en tiempo real (QRT - PCR) , hibridación genómica comparativa, hibridación genómica comparativa basada en micromatrices, o reacción en cadena de la ligasa (LCR) .

En una realización, la expresión en exceso del gen ABCC3 se detecta al determinar el nivel de la transcripción del ARNm del gen ABCC3. En algunas realizaciones, la expresión en exceso del gen ABCC3 está indicada por un aumento de al menos 5 veces en el nivel de transcripción del ARNm del gen ABCC3 en la muestra de cáncer de ensayo con respecto a una muestra de control. En otras realizaciones, la expresión en exceso del gen ABCC3 está indicada por un aumento de al menos 25 veces en la transcripción del ARNm del gen ABCC3 en la muestra de 65 cáncer de ensayo con respecto a una muestra de control.

En otra realización, la expresión en exceso del gen ABCC3 se detecta al determinar el nivel de expresión del polipéptido ABCC3. En algunas realizaciones, el nivel de expresión del polipéptido ABCC3 comprende poner en contacto la muestra de ensayo de cáncer con anticuerpos anti-ABCC3 y detectar la unión de los anticuerpos anti-ABCC3 con los polipéptidos ABCC3. En algunas realizaciones, la expresión en exceso del gen ABCC3 se indica por 5 un aumento de por lo menos 2 veces en el nivel de expresión del polipéptido ABCC3 en muestra de cáncer de ensayo relativa a una muestra de control. En otras realizaciones, la expresión en exceso del gen ABCC3 está indicada por un aumento de al menos10 veces en el nivel de expresión del polipéptido ABCC3 en la muestra de cáncer de ensayo relativa a una muestra de control.

En algunas realizaciones, el agente anti- mitótico se selecciona del grupo que consiste en taxanos (incluyendo, por ejemplo paclitaxel y docetaxel) , maitansinoides (incluyendo, por ejemplo, DM1 y DM4) , y auristatinas (incluyendo, por ejemplo, monometil auristatina E (MMAE) y monometil auristatina F (MMAF) ) , y análogos y derivados de los mismos.

En una realización, el conjugado de agente antimitótico-anticuerpo es un conjugado de maitasinoide-anticuerpo conjugado anti-her2, tal como trastuzumab-dm1.

En algunas realizaciones, el tumor canceroso de mama es un tumor canceroso de mama positivo para Her-2.

La invención también proporciona un conjugado de agente antimitótico-anticuerpo que comprende un agente antimitótico seleccionado entre una auristatina y un maitansinoide unido covalentemente a un anticuerpo, para su uso en un método para tratar una paciente con cáncer de mama que es resistente al conjugado de agente antimitótico-anticuerpo, comprendiendo el método administrar a la paciente un antagonista de ABCC3 y el conjugado de agente antimitótico-anticuerpo, en el que el cáncer de mama de la paciente se ha determinado como resistente al 25 conjugado de agente antimitótico-anticuerpo por detección que el gen ABCC3 se ha amplificado o expresado en exceso en una muestra de cáncer de mama de la paciente.

La invención también proporciona una antagonista de ABCC3 para su uso en un método para tratar una paciente con cáncer de mama que es resistente al conjugado de agente antimitótico-anticuerpo, que comprende un agente 30 antimitótico seleccionado entre una auristatina... [Seguir leyendo]

 


Reivindicaciones:

1. Un método para determinar si un cáncer de mama en un paciente es resistente al tratamiento con un conjugado de agente antimitótico-anticuerpo que comprende un agente antimitótico seleccionado entre una auristatina y un maitansinoide unidos covalentemente a un anticuerpo, comprendiendo dicho método detectar si el gen ABCC3 está 5 amplificado o expresado en exceso en una muestra de ensayo de cáncer de mama procedente de la paciente, en el que la amplificación o la expresión en exceso del gen ABCC3 indica que el cáncer de mama es resistente al tratamiento con el conjugado de agente antimitótico-anticuerpo.

2. El método de la reivindicación 1 que comprende detectar si el gen ABCC3 está amplificado, en el que detectar la 10 amplificación del gen ABCC3 comprende determinar el número de copias del gen ABCC3, en donde un número de copias de al menos 3 indica la amplificación del gen ABCC3.

3. El método de la reivindicación 2, en el que un número de copias de al menos 5 indica la amplificación del gen ABCC3. 15

4. El método de la reivindicación 1 que comprende detectar si el gen ABCC3 está expresado en exceso, en el que la detección de la expresión del gen ABCC3 comprende determinar el nivel de transcripción del ARNm del gen ABCC3.

5. El método de la reivindicación 4 en el que la expresión en exceso del gen ABCC3 está indicada por un aumento 20 de al menos 5 veces en el nivel de transcripción del ARNm del gen ABCC3 en la muestra de ensayo de cáncer de mama comparado con una muestra de control.

6. El método de la reivindicación 5 en el que la expresión en exceso del gen ABCC3 está indicada por un aumento de al menos 25 veces en el nivel de transcripción del ARNm del gen ABCC3 en la muestra de ensayo de cáncer de 25 mama comparado con una muestra de control.

7. El método de la reivindicación 1 que comprende detectar si el gen ABCC3 está expresado en exceso, en el que la detección de la expresión en exceso del gen ABCC3 comprende determinar el nivel de expresión del polipéptido ABCC3. 30

8. El método de la reivindicación 7 en el que la determinación del nivel de expresión del polipéptido ABCC3 comprende poner en contacto la muestra de ensayo de cáncer de mama con un anticuerpo anti-ABCC3 y detectar la unión del anticuerpo anti-ABCC3 al polipéptido ABCC3.

9. El método de la reivindicación 7 en el que la expresión en exceso del gen ABCC3 está indicada por un aumento de al menos 2 veces en el nivel de expresión del polipéptido ABCC3 en la muestra de ensayo de cáncer de mama comparado con una muestra de control.

10. El método de la reivindicación 7 en el que la expresión en exceso del gen ABCC3 está indicada por un aumento 40 de al menos 10 veces en el nivel de expresión del polipéptido ABCC3 en la muestra de ensayo de cáncer de mama comparado con una muestra de control.

11. El método de las reivindicaciones 2 o 3, en el que el número de copias del gen ABCC3 se determina por hibridación de fluorescencia in situ (FISH) , transferencia de Southern, inmunohistoquímica (IHC) , reacción en 45 cadena de la polimerasa (PCR) , PCR cuantitativa (qPCR) , PCR cuantitativa en tiempo real (qRT-PCR) , hibridación genómica comparativa, hibridación genómica comparativa basada en micromatrices, o reacción en cadena de la ligasa (LCR) .

12. El método de la reivindicación 1, en el que el cáncer de mama es cáncer de mama positivo para Her2. 50

13. El método de la reivindicación 1, en el que el agente antimitótico es:

(a) una auristatina seleccionada del grupo que consiste en monometil auristatina E (MMAE) y monometil auristatina F (MMAF) ; o 55

(b) un maitansinoide seleccionado del grupo que consiste en DM1 y DM4.

14. El método de la reivindicación 1 o de la reivindicación 13, en el que el conjugado de agente antimitótico-anticuerpo es un conjugado de maitansinoide-anticuerpo anti-Her2.

15. El método de la reivindicación 14, en el que el conjugado de maitansinoide-anticuerpo anti-Her2 es trastuzumab-DM1.

16. Un conjugado de agente antimitótico-anticuerpo que comprende un agente antimitótico seleccionado entre una auristatina y un maitansinoide unidos covalentemente a un anticuerpo, para su uso en un método para tratar a un 65 paciente con cáncer de mama que es resistente al conjugado de agente antimitótico-anticuerpo, comprendiendo el método administrar a la paciente un antagonista de ABCC3 y el conjugado de agente antimitótico-anticuerpo, en donde se ha determinado que el cáncer de mama de la paciente es resistente al conjugado de agente antimitótico-anticuerpo mediante la detección de si el gen ABCC3 está amplificado o expresado en exceso en una muestra de ensayo de cáncer de mama de la paciente.

17. Un antagonista de ABCC3 para su uso en un método de tratamiento de una paciente con cáncer de mama que es resistente a un conjugado de agente antimitótico-anticuerpo que comprende un agente antimitótico seleccionado entre una auristatina y un maitansinoide unidos covalentemente a un anticuerpo, comprendiendo el método administrar a la paciente un antagonista de ABCC3 y el conjugado de agente antimitótico-anticuerpo, en donde se ha determinado que el cáncer de mama de la paciente es resistente al conjugado de agente antimitótico-anticuerpo 10 mediante la detección de si el gen ABCC3 está amplificado o expresado en exceso en una muestra de ensayo de cáncer de mama de la paciente.

18. El conjugado de agente antimitótico-anticuerpo para su uso de acuerdo con la reivindicación 16 o el antagonista de ABCC3 para el uso de acuerdo con la reivindicación 17, en donde el antagonista se selecciona entre el grupo que 15 consiste en un anticuerpo anti-ABCC3 y un ARNip que se une a ABCC3.

19. El conjugado de agente antimitótico-anticuerpo para su uso de acuerdo con la reivindicación 16 o el antagonista de ABCC3 para su uso de acuerdo con la reivindicación 17, en donde el cáncer de mama es un cáncer de mama positivo para Her2. 20

20. Un conjugado de agente antimitótico-anticuerpo que comprende un agente antimitótico seleccionado entre una auristatina y un maitansinoide unidos covalentemente a un anticuerpo para su uso en un método para tratar el cáncer de mama, comprendiendo el método 25

a) seleccionar una paciente en función de la ausencia de amplificación o expresión en exceso de ABCC3 en el cáncer de la paciente, y

b) administrar a la paciente una cantidad terapéuticamente eficaz del conjugado de agente antimitótico-anticuerpo.

21. El conjugado de agente antimitótico-anticuerpo para su uso de acuerdo con la reivindicación 20, en donde la paciente seleccionada tiene cáncer de mama positivo para Her2.

22. El conjugado de agente antimitótico-anticuerpo para su uso de acuerdo con la reivindicación 20 o la reivindicación 21, en donde el agente antimitótico es un conjugado de anticuerpo anti-Her2-agente-antimitótico. 35

23. El conjugado de agente antimitótico-anticuerpo para su uso de acuerdo con la reivindicación 22, en donde el conjugado de anticuerpo anti-Her2-agente antimitótico es trastuzumab-DM1 o trastuzumab-MMAE.

24. El método de la reivindicación 1 para determinar si el cáncer de mama de una paciente es resistente al 40 tratamiento con un conjugado de agente antimitótico-anticuerpo, comprendiendo dicho conjugado de agente antimitótico-anticuerpo un agente antimitótico seleccionado entre una auristatina y un maitansinoide unidos covalentemente a trastuzumab.

25. El conjugado de agente antimitótico-anticuerpo para su uso de acuerdo con la reivindicación 16, que comprende 45 un agente antimitótico seleccionado entre una auristatina y un maitansinoide unidos covalentemente a trastuzumab.

26. El antagonista de ABCC3 para el uso de acuerdo con la reivindicación 17, comprendiendo dicho conjugado de agente antimitótico-anticuerpo un agente antimitótico seleccionado entre una auristatina y un maitansinoide unidos covalentemente a trastuzumab. 50

27. El conjugado de agente antimitótico-anticuerpo para su uso de acuerdo con la reivindicación 20, comprendiendo dicho conjugado de agente antimitótico-anticuerpo un agente antimitótico seleccionado entre una auristatina y un maitansinoide unidos covalentemente a trastuzumab.

28. El método de la reivindicación 1 para determinar si el cáncer de mama de una paciente es resistente al tratamiento con un conjugado de agente antimitótico-anticuerpo, comprendiendo dicho conjugado de agente antimitótico-anticuerpo un agente antimitótico seleccionado entre monometil auristatina E (MMAE) , monometil auristatina F (MMAF) , DM1 y DM4.

29. El conjugado de agente antimitótico-anticuerpo para su uso de acuerdo con la reivindicación 16, que comprende un agente antimitótico seleccionado entre monometil auristatina E (MMAE) , monometil auristatina F (MMAF) , DM1 y DM4.

30. El antagonista de ABCC3 para el uso de acuerdo con la reivindicación 17, comprendiendo dicho conjugado de 65 agente antimitótico-anticuerpo un agente antimitótico seleccionado entre monometil auristatina E (MMAE) , monometil auristatina F (MMAF) , DM1 y DM4.

31. El conjugado de agente antimitótico-anticuerpo para su uso de acuerdo con la reivindicación 20, comprendiendo dicho conjugado de agente antimitótico-anticuerpo un agente antimitótico seleccionado entre monometil auristatina E (MMAE) , monometil auristatina F (MMAF) , DM1 y DM4. 5