Sistema para facilitar datos de pacientes individuales o aunados, también anonimizados, basándose en datos moleculares de genoma, transcriptoma, proteoma, epigenoma o metaboloma.

Procedimiento para la selección de al menos una preparación de sangre de cordón umbilical adecuada para el trasplante alógeno

, caracterizado por que el procedimiento comprende las siguientes etapas:

- introducción de datos empíricos de preparaciones de sangre de cordón umbilical en un ordenador y almacenamiento en un medio de memoria,

- introducción de datos de consulta de un potencial receptor de la preparación de cordón umbilical y almacenamiento de los mismos en un medio de memoria,

- preajuste de criterios de búsqueda, en particular del almacenamiento de los criterios de búsqueda en un medio de memoria y/o una unidad de procesamiento,

- búsqueda, comprendiendo la búsqueda una comparación de los datos empíricos con los datos de consulta y comunicándose entre sí un centro de extracción, un depósito, una clínica, un centro de trasplantes y/o una instalación de investigación a través de conexiones cableadas y/o sin cables en una o varias unidades de procesamiento, particularmente ordenadores, sistemas médicos, dispositivos de memoria y/o procesadores especiales y estando unidos entre sí a través de una red compuesta de las varias unidades de procesamiento, a través de las cuales se intercambian datos y

- valoración automática del resultado de la búsqueda.

Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/EP2010/000960.

Solicitante: Cytolon AG.

Nacionalidad solicitante: Alemania.

Dirección: Am Karlsbad 15 10785 Berlin ALEMANIA.

Inventor/es: KLEIN, THOMAS.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • SECCION G — FISICA > COMPUTO; CALCULO; CONTEO > TRATAMIENTO DE DATOS DIGITALES ELECTRICOS (computadores... > Equipo o métodos de tratamiento de datos o de cálculo... > G06F17/30 (Recuperación de la información; Estructura de bases de datos a este efecto)
  • SECCION G — FISICA > COMPUTO; CALCULO; CONTEO > TRATAMIENTO DE DATOS DIGITALES ELECTRICOS (computadores... > G06F19/00 (Métodos o equipos para computación digital o procesamiento de datos, especialmente adaptados para aplicaciones específicas (G06F 17/00  tiene preferencia; sistema o métodos de procesamiento de datos especialmente adaptados para propósitos administrativos, comerciales, financieros, de gestión, supervisión o predicción G06Q))

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Fragmento de la descripción:

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DESCRIPCIÓN

Sistema para facilitar datos de pacientes individuales o aunados, también anonimizados, basándose en datos moleculares de genoma, transcriptoma, proteoma, epigenoma o metaboloma La invención se refiere a un sistema automatizado para proporcionar datos de pacientes individuales o aunados y también anonimizados basándose en el diagnóstico molecular a nivel del genoma, del transcriptoma, del proteoma, del epigenoma o del metaboloma antes y después de trasplante o terapia de productos químicos, bioquímicos, biológicos o celulares como colección de datos de seguimiento individuales o aunados, también anonimizados, o colección de datos general o editada para el desarrollo de fármacos.

Para registros de médula ósea o bancos de sangre de cordón umbilical existen obligaciones legales de obtener y recoger los datos de los pacientes a los que se han trasplantado preparaciones de su empresa durante hasta cinco años después del trasplante. La obtención de los datos se realiza actualmente basándose en datos del diagnóstico de laboratorio clínico que permite solo un diagnóstico limitado del paciente. Además, organizaciones académicas recogen estos datos de pacientes individuales para proporcionar afirmaciones científicas estadísticamente relevantes para la medicina regenerativa y el desarrollo de productos correspondientes.

En los últimos años se han perfeccionado distintos procedimientos y métodos para proveer preparaciones de sangre de cordón umbilical (SCU) entre centros de extracción o bancos de sangre de cordón umbilical por un lado y las clínicas o los centros de trasplantes por otro lado. Todos los procedimientos y métodos tienen su origen en los procesos que se requieren para la provisión de médula ósea. Pero hasta ahora no existen procesos automatizados. Una clínica que necesita para un paciente/receptor una preparación de SCU para el trasplante consulta en registros si tienen una preparación de SCU pertinente correspondientemente a distintas características y médicas para su paciente. Los datos registrados se pueden referir, por ejemplo, a la denominada correspondencia de CPH o al número de células existente en la preparación y otros datos médicos o biológicos (por ejemplo, grupo sanguíneo) .

Las clínicas y los centros de trasplantes tienen los denominados coordinadores que llevan a cabo la selección de un trasplante de SCU mediante los datos transmitidos. Estos coordinadores proponen al médico a cargo del caso una selección de preparaciones. El médico decide si y qué trasplante es empleado. Para que las clínicas puedan encargar la unidad correcta de sangre de cordón umbilical, la clínica tiene que consultar para cada preparación todos los datos esenciales acerca de la respectiva preparación. Para las informaciones que están almacenadas en un denominado informe de unidad, sin embargo, hasta ahora no se ha definido ningún estándar a nivel mundial. Hasta ahora tampoco se ha registrado la correlación entre sí de los datos de preparaciones individuales. Los coordinadores están sometidos durante la selección de las preparaciones a un proceso iterativo que requiere tiempo y está afectado por errores.

Este problema se intensifica debido a que muchas preparaciones de SCU almacenadas que serían pertinentes, por ejemplo, según la correspondencia de CPH, son demasiado pequeñas para el trasplante, es decir, el número de células de la preparación es demasiado reducido. La investigación clínica de los últimos cinco años ha demostrado que la cantidad de las células nucleadas (TC) contenidas en la sangre de cordón umbilical y, en menor grado, las denominadas células CD34+ (tienen la capacidad de formar sangre) es de importancia decisiva para el éxito del trasplante. La pertinencia genética (correspondencia de CPH) con un gran número de células puede ser sustancialmente menor que, comparativamente, la correspondencia necesaria de CPH en trasplantes de médula ósea. Los números de células requeridos y su correlación con la correspondencia de CPH ciertamente están descritos en el estado de la técnica, pero todavía no se han incluido sistemáticamente en los procedimientos establecidos. Actualmente, los coordinadores y los bancos de cordón umbilical tienen la tarea de identificar preparaciones pertinentes entre sí en exámenes individuales y compararlas con los datos de los pacientes. Esto es tanto más complicado cuanto que las preparaciones en cuestión, la mayoría de las veces, están distribuidas en varios bancos y están descritas con distintos procedimientos y estándares.

En el estado de la técnica, por ejemplo, el documento US 2002/0132343 A1, se desvela que para el tratamiento exitoso de pacientes (con leucemia, etc.) con preparaciones pertinentes de sangre de cordón umbilical es necesario un elevado número de células y una calidad de producto elevada/garantizada (incluyendo certificación de FDA, etc.) y que las mismas adicionalmente se puedan poner a disposición para el uso sencillo y directo en la clínica de trasplantes. Se describe un sistema global (SCBS) para células madre expandidas y "con correspondencia" (no solo sangre de cordón umbilical) que comprende todo el ciclo de vida y de producción (obtención de material fuente, producción, aseguramiento certificado de la calidad y suministro) . El sistema global cumple los requisitos y los estándares de calidad reguladores de acuerdo con FDA etc., tales como: FACT, CGTP, AAB y de una reserva existente (alógena) de sangre de cordón umbilical se seleccionó una preparación que es pertinente en relación con el tejido del paciente (correspondencia) . El documento US 2002/0132343 A1 describe que los métodos conocidos para el tipado (tipado de CPH de al menos seis loci) de las células del donante y del paciente se han de emplear cumpliendo los estándares reguladores. Adicionalmente se describe que se puede emplear un sistema automatizado de trazabilidad para seguir las preparaciones/muestras individuales así como para el seguimiento posterior. Las células de donante (material fuente) proceden de una fuente certificada (banco de sangre de cordón umbilical) que registra las informaciones relevantes (por ejemplo CNT, loci de CPH, cantidad de células CD34+) por muestra de

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manera correspondiente a los estándares de calidad. Según el documento US 2002/0132343 A1 se prepara el material fuente, de tal manera que solamente se pueden continuar procesando las células relevantes y las células deseadas (por ejemplo, células CD34+) se expanden ex vivo. Los productos de células madre producidos de este modo se facilitan para su uso como "kit de tratamiento de paciente". A este respecto incluyen una característica definida y se pueden usar directamente por el médico a cargo del caso. Un producto de SCBS encargado se corresponde con al menos 4/6 antígenos o 3/6 alelos con 2*107 células/kg en niños (ï?12 años) o pacientes con ï?50 kg de peso corporal así como 1*107 células/kg de peso corporal en todos los demás pacientes. El documento US 2002/0132343 A1 describe como elemento central la capacidad del suministro directo de los productos de SCBS a los centros de trasplantes que han encargado el producto. Para esto, los productos de SCBS se envasan en recipientes especiales que se despachan a través de servicios de mensajería. A este respecto se intenta conservar los estándares de calidad. El sistema de SCBS descrito y los métodos no consideran la problemática de la selección automatizada de preparaciones adecuadas. Se describe el estado actual de la técnica para la selección manual de preparaciones de células madre (coincidencia de CPH, correlación de número de células/peso, etc.) . El documento US 2002/0132343 A1 no muestra cómo... [Seguir leyendo]

 


Reivindicaciones:

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1. Procedimiento para la selección de al menos una preparación de sangre de cordón umbilical adecuada para el trasplante alógeno, caracterizado por que el procedimiento comprende las siguientes etapas:

- introducción de datos empíricos de preparaciones de sangre de cordón umbilical en un ordenador y almacenamiento en un medio de memoria, -introducción de datos de consulta de un potencial receptor de la preparación de cordón umbilical y almacenamiento de los mismos en un medio de memoria, -preajuste de criterios de búsqueda, en particular del almacenamiento de los criterios de búsqueda en un medio de memoria y/o una unidad de procesamiento, -búsqueda, comprendiendo la búsqueda una comparación de los datos empíricos con los datos de consulta y comunicándose entre sí un centro de extracción, un depósito, una clínica, un centro de trasplantes y/o una instalación de investigación a través de conexiones cableadas y/o sin cables en una o varias unidades de procesamiento, particularmente ordenadores, sistemas médicos, dispositivos de memoria y/o procesadores especiales y estando unidos entre sí a través de una red compuesta de las varias unidades de procesamiento, a través de las cuales se intercambian datos y -valoración automática del resultado de la búsqueda, creándose una lista de jerarquía (SLsencillo) de las preparaciones identificadas para la selección de al menos una preparación de sangre de cordón umbilical adecuada para el trasplante alógeno mediante el siguiente orden:

** (Ver fórmula) **

6: CPHprep y CPHpat se corresponden en 6 de 6 valores y compatibilidad de grupos sanguíneos 5: CPHprep y CPHpat se corresponden en 5 de 6 valores y compatibilidad de grupos sanguíneos NCprep = 4: CPHprep y CPHpat se corresponden en 4 de 6 valores y compatibilidad de grupos sanguíneos Preparación no se tiene en cuenta: resto FCprep = el factor celular define el número de células necesario por kg de peso de paciente con un nivel de correspondencia correspondiente

** (Ver fórmula) **

x 107: NCprep = 6 FCprep:= 4 x 107: NCprep = 5 5 x 107: NCprep = 4

NOprep = número de orden de una preparación con el que se pueden ordenar las preparaciones correspondientemente a CNT y nivel de correspondencia

** (Ver fórmula) **

LCsencillo = lista corta de las preparaciones a tener en cuenta para trasplantes sencillos

** (Ver fórmula) **

y realizándose los órdenes convencionales de las preparaciones en la lista corta según orden 1 u orden 2, donde NCp1> NCp2 Orden 1 (LC) :=

** (Ver fórmula) **

p1ï?LC, p2ï?LC o NCp1 = NCp2 ï NOp1 > NOp2

o NCp1 = NCp2 ï NOp1 = NOp2 ï CD34p1 ï³ CD34p2

NOp1> NOp2 Orden 2 (LC) :=

** (Ver fórmula) **

p1ï?LC, p2ï?LC o NOp1 = NOp2 ï NCp1 > NCp2

o NOp1 = NOp2 ï NCp1 = NCp2 ï CD34+ p1 ï³ CD34+ p2

siendo Prep = preparación de sangre de cordón umbilical Pat = paciente CPHpat = valores de CPH del paciente CPHprep = valores de CPH de una preparación CNTprep = cantidad de las células nucleadas de una preparación PCpat = peso corporal del paciente en kg

5

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CD34+prep = cantidad de las células CD34+ de una preparación parámetros de los datos empíricos y/o de consulta y NCprep = nivel de correspondencia correspondiente a la coincidencia de CPH entre preparación y paciente.

2. Procedimiento de acuerdo con la reivindicación 1, caracterizado por que las potenciales preparaciones de sangre de cordón umbilical se ordenan y seleccionan según una correspondencia de CPH, un peso de paciente, una cantidad de las células nucleadas (CNT) y una cantidad de células hematopoyéticas (CD34+) , determinándose adicionalmente antes y después de un trasplante y/o una terapia de células y/o tejidos biológicos metabolitos de las preparaciones de sangre de cordón umbilical, del receptor y/o del donante y llevándose a cabo análisis de genoma, proteoma, transcriptoma y/o epigenoma.

3. Procedimiento de acuerdo con las reivindicaciones 1 o 2, caracterizado por que los datos empíricos de las preparaciones de sangre de cordón umbilical comprenden los siguientes parámetros:

- nombre e identificación del banco de sangre de cordón umbilical (banco de SCU) de almacenamiento, -estado del banco de SCU de almacenamiento en relación con certificaciones internacionales, preferentemente Fact, -fiabilidad de la tramitación del banco de SCU según la clasificación, -interlocutor en el respectivo banco con datos de contacto, -número de identificación de la preparación, -anamnesis de la madre, del niño y de la familia de acuerdo con formularios de anamnesis del hospital del nacimiento, -etnia de la madre, del padre y/o del niño, -sexo del niño, -momento de almacenamiento de la preparación, -informaciones para el tratamiento de la preparación, -grupo sanguíneo de la preparación, -tipo de CPH de la preparación, -número de células (CNT) de la preparación, -número de células (CD34+) de la preparación, -estado de virus de la preparación, -expresiones alélicas de la preparación y/o -diagnósticos moleculares y análisis del genoma, transcriptoma, proteoma, epigenoma y/o metaboloma, almacenándose los datos empíricos en un medio de memoria y/o una unidad de procesamiento.

4. Procedimiento de acuerdo con la reivindicación 1 o 2, caracterizado por que se determinan metabolitos del tejido, las mucosas, el pulmón, el hígado, la sangre, el intestino, las heces, el riñón y/o la orina.

5. Procedimiento de acuerdo con al menos una de las reivindicaciones anteriores, caracterizado por que la búsqueda comprende un establecimiento de las preparaciones de sangre de cordón umbilical compatibles con el receptor de forma correspondiente a los siguientes criterios de orden y/o exclusión:

- nombre e identificación de la clínica o del centro de trasplantes, -nombre del coordinador y del médico a cargo del caso con datos de contacto, -estado de la clínica en relación con certificaciones internacionales (por ejemplo Fact) , -cantidad promedio de trasplantes de SCU en la clínica consultante en los últimos tres años, -nombre del paciente, número de seguro y otros datos de contabilidad, -anamnesis del paciente, -indicación y propuesta de terapia del médico a cargo del caso, -urgencia según clasificación definida, -tipo de CPH del paciente, -grupo sanguíneo del paciente, -peso del paciente, -etnia del paciente, -sexo del paciente, -edad del paciente, -expresiones alélicas conocidas del paciente y/o datos de un tipado de ADN y/o -primer tratamiento o tratamiento de repetición, almacenándose los criterios de orden y/o exclusión en un medio de memoria y/o una unidad de procesamiento.

6. Procedimiento de acuerdo con al menos una de las reivindicaciones anteriores, caracterizado por que se recurre a los siguientes criterios de orden y/o criterios de exclusión:

- preparaciones con un número de células CD34+ superior al 10 % del número de células CNT, 24

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- exclusión de preparaciones en las que en el EC (ensayo de colonias) han sobrevivido o se han activado menos del 75 % de las células CD34+, -identidad de grupo sanguíneo, -identidad étnica, -sexo, -edad de la preparación, -estándar de acreditación y/o -ranking del banco de SCU.

7. Procedimiento de acuerdo con al menos una de las reivindicaciones anteriores, caracterizado por que se emplea para la provisión de trasplantes dobles o múltiples (multicordón) .

8. Procedimiento de acuerdo con al menos la reivindicación anterior, caracterizado por que la selección de las preparaciones multicordón se realiza según los siguientes criterios de orden:

NCP1P2 = Compatibilidad de 2 preparaciones entre sí:

** (Ver fórmula) **

6: CPHprep1 y CPHprep2 se corresponden en 6 de 6 valores y compatibilidad de grupos sanguíneos 5: CPHprep1 y CPHprep2 se corresponden en 5 de 6 valores y compatibilidad de grupos sanguíneos NCP1P2 := 4: CPHprep1 y CPHprep2 se corresponden en 4 de 6 valores y compatibilidad de grupos sanguíneos Preparación no se tiene en cuenta: resto LBmulti = lista básica para establecer la lista de selección para preparaciones múltiples

imagen8

LCmulti = lista corta de las preparaciones a tener en cuenta para trasplantes múltiples

imagen9

9. Procedimiento de acuerdo con una o varias de las reivindicaciones anteriores, caracterizado por que para la representación de los resultados obtenidos a través de los criterios de búsqueda se usa una matriz y se representan visualmente los resultados.

10. Procedimiento de acuerdo con una o varias de las reivindicaciones anteriores, caracterizado por que se usa para la valoración del estado del establecimiento de criterios de orden mediante estadísticas acerca de los costes 35 esperados y el tiempo necesario.