PROCEDIMIENTO PARA ALMACENAR ADN USANDO QUITOSANO, Y PRODUCTOS QUE UTILIZAN LOS PROCEDIMIENTOS.

Un procedimiento para almacenar ADN en forma de complejo de quitosano/ADN preparado mezclando una disolución de ADN y una disolución de quitosano hidrosoluble,

en el que el ADN es ADN genómico de animales, plantas, hongos, bacterias y virus, y el quitosano hidrosoluble tiene un grado de desacetilación del 60% o superior, y un peso molecular de 10 kDa a 500 kDa

Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/KR2005/000774.

Solicitante: GOODGENE INC.

Nacionalidad solicitante: República de Corea.

Dirección: 704 SK BLD. 16-4 SEONGSU 1GA-DONG, SEONGDONG-GU SEOUL 133-110 REPUBLICA DE COREA.

Inventor/es: EUM,TAE-HAN, YIM,SU-BIN, OH,MYUNG-RYURL, JEON,BU-IL, MOON,WOO-CHUL, LEE,MI-AE.

Fecha de Publicación: .

Fecha Solicitud PCT: 18 de Marzo de 2005.

Fecha Concesión Europea: 6 de Octubre de 2010.

Clasificación Internacional de Patentes:

  • C12N15/10A
  • C12Q1/68A4

Clasificación PCT:

  • C12N15/10 QUIMICA; METALURGIA.C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA.C12N MICROORGANISMOS O ENZIMAS; COMPOSICIONES QUE LOS CONTIENEN; PROPAGACION, CULTIVO O CONSERVACION DE MICROORGANISMOS; TECNICAS DE MUTACION O DE INGENIERIA GENETICA; MEDIOS DE CULTIVO (medios para ensayos microbiológicos C12Q 1/00). › C12N 15/00 Técnicas de mutación o de ingeniería genética; ADN o ARN relacionado con la ingeniería genética, vectores, p. ej. plásmidos, o su aislamiento, su preparación o su purificación; Utilización de huéspedes para ello (mutantes o microorganismos modificados por ingeniería genética C12N 1/00, C12N 5/00, C12N 7/00; nuevas plantas en sí A01H; reproducción de plantas por técnicas de cultivo de tejidos A01H 4/00; nuevas razas animales en sí A01K 67/00; utilización de preparaciones medicinales que contienen material genético que es introducido en células del cuerpo humano para tratar enfermedades genéticas, terapia génica A61K 48/00; péptidos en general C07K). › Procedimientos para el aislamiento, la preparación o la purificación de ADN o ARN (preparación química de ADN o ARN C07H 21/00; preparación de polinucleótidos no estructurales a partir de microorganismos o con la ayuda de enzimas C12P 19/34).
  • C12Q1/68 C12 […] › C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS, ÁCIDOS NUCLEICOS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas, ácidos nucleicos o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.

Clasificación antigua:

  • C12N15/00 C12N […] › Técnicas de mutación o de ingeniería genética; ADN o ARN relacionado con la ingeniería genética, vectores, p. ej. plásmidos, o su aislamiento, su preparación o su purificación; Utilización de huéspedes para ello (mutantes o microorganismos modificados por ingeniería genética C12N 1/00, C12N 5/00, C12N 7/00; nuevas plantas en sí A01H; reproducción de plantas por técnicas de cultivo de tejidos A01H 4/00; nuevas razas animales en sí A01K 67/00; utilización de preparaciones medicinales que contienen material genético que es introducido en células del cuerpo humano para tratar enfermedades genéticas, terapia génica A61K 48/00; péptidos en general C07K).

Países PCT: Austria, Bélgica, Suiza, Alemania, Dinamarca, España, Francia, Reino Unido, Grecia, Italia, Liechtensein, Luxemburgo, Países Bajos, Suecia, Mónaco, Portugal, Irlanda, Eslovenia, Finlandia, Rumania, Chipre, Lituania.


Fragmento de la descripción:

Procedimiento para almacenar ADN usando quitosano, y productos que utilizan los procedimientos.

Campo técnico

La presente invención se refiere a un procedimiento para almacenar ADN, un procedimiento para analizar el ADN almacenado por el procedimiento anteriormente mencionado y a productos que utilizan los procedimientos. Más concretamente, la invención se refiere a un procedimiento para almacenar ADN en un estado estabilizado a temperatura ambiente durante un tiempo prolongado, a un procedimiento para analizar el ADN almacenado por el procedimiento mencionado anteriormente y a una tarjeta de ID de ADN, tal como una tarjeta de ADN, fabricada de papel o una tarjeta de ADN fabricada de plástico, que se producen usando los procedimientos de almacenamiento y análisis anteriormente mencionados.

Técnica anterior

La suma de todos los genes presentes en los organismos se denomina genomas. Se ha informado que el genoma humano está compuesto por 3 mil millones de bases y que tiene aproximadamente 30.000 genes. Recientemente, se ha completado el proyecto genoma humano, desarrollado para decodificar las secuencias de bases de todo el genoma humano, permitiendo de este modo acceder a trascendentales mejoras en el diagnóstico y tratamiento de enfermedades refractarias a los tratamientos, usando genes. Por así decirlo, ha comenzado la era de la medicina personalizada y de las medicina predictiva.

Los fenómenos de la vida están determinados por tres cuestiones: (1) la información genética del ADN genómico, (2) la transcripción de los genes y (3) las proteínas expresadas. Para entender y analizar los fenómenos de la vida, y para desarrollar procedimientos para diagnosticar y tratar enfermedades, es importante analizar con precisión las tres cuestiones anteriormente mencionadas. La suma de genes de un individuo se denomina genes o genomas y, por consiguiente, la suma de los genes transcritos (es decir, el ADNm) y la suma de las proteínas expresadas en un individuo se denominan transcriptoma y proteoma, respectivamente. Recientemente, los estudios sobre análisis automatizados de tal información integral progresan de manera activa. Para la automatización de los análisis, resulta útil una micromatriz o un biochip en particular, y los ejemplos representativos de los mismos incluyen un chip de ADN y un chip de proteínas.

Como procedimientos generales para el análisis cualitativo y cuantitativo de la información genética del ADN genómico, pueden mencionarse el análisis de hibridación, el análisis de secuenciación, las micromatrices o chips de ADN, o similares, por medio de PCR, PCR-RFLP (PCR de Polimorfismos de Longitud de Fragmentos de Restricción), clonación y producción de bibliotecas, transferencia southern o similares (Sambrook, J. & Russell, D.W., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press, (2001)).

Cuando se analiza el ADN de una persona, es posible comprender la salud de la persona y dar un diagnóstico de si la persona contrajo diversas enfermedades tales como cáncer o infecciones, así como predecir la posibilidad de que en el futuro presente brotes de enfermedades genéticas y la transmisión a los hijos de dicha persona. Además, el análisis de ADN es el modo más exacto para probar la identidad y el parentesco de una persona, tal como la paternidad. También resulta útil para demostrar líneas o árboles genealógicos. Por esa razón, el análisis de ADN se ha utilizado de manera inevitable como medio en la medicina forense y para discriminar la idoneidad en la donación de médula ósea, otros órganos internos o similares. Además, el análisis de polimorfismos de nucleótido único (SNP) puede ayudar a predecir la posibilidad que se presenten en el futuro brotes de enfermedades, reacciones a fármacos o similares.

Cuando se reconoció la necesidad de almacenar el ADN para pruebas de ADN futuras, cada país ha establecido fácilmente bancos de ADN, y el número de muestras en el banco de ADN tiende a aumentar en gran parte debido a el almacenamiento de ADN relacionado con los seguros de viajes o seguros de accidentes, almacenamiento del ADN de las fuerzas armadas de EEUU o similares. Sin embargo, el almacenamiento del ADN personal en una organización nacional o en una organización comercial, puede tener un problema tal como el uso inadecuado de la información genética personal. Por otra parte, para almacenar el ADN de manera segura durante un tiempo prolongado por medio de la tecnología existente, se necesitan congeladores y reactivos específicos y, por consiguiente, el coste para almacenar el ADN es importante.

De hecho, cuando el ADN separado y purificado a partir de una célula se deja en reposo a temperatura ambiente, puede presentarse el problema de la rápida degradación del ADN o la segmentación por desoxirribonucleasa (DNAsa). Por consiguiente, resulta importante un procedimiento para almacenar ADN para estudios de genes. Actualmente, como procedimientos para almacenar o transportar ADN, que se utilizan ampliamente, pueden mencionarse un procedimiento para almacenar ADN en estado líquido purificando el ADN separado del fluido corporal tal como sangre, células o tejidos; un procedimiento de almacenamiento en un congelador; un procedimiento de almacenamiento mediante liofilización; un procedimiento de almacenamiento en alcohol 2-propílico; y similares (por ejemplo, Madisen y col., J. Med. Genetics, 27(2), 1987, páginas. 379-390). Sin embargo, en estos procedimientos hay muchas desventajas desde el punto de vista de costes y de pérdidas. El procedimiento para almacenar el ADN purificado en estado líquido resulta fácil para usar el ADN inmediatamente, pero existe el problema de que el ADN se daña fácilmente cuando se almacena durante un tiempo prolongado. El procedimiento para almacenar en un congelador y el procedimiento de liofilización tienen el problema de que el ADN puede dañarse por la repetida congelación y descongelación en el proceso de utilización de la muestra. Además, el procedimiento de almacenamiento usando un reactivo tal como alcohol también resulta problemático en el proceso de pretratamiento y postratamiento, así como otros procedimientos. Por otra parte, el problema más importante en los procedimientos anteriores es que el ADN debe purificarse primero del fluido corporal, tal como sangre, para el almacenamiento.

Los procedimientos descritos anteriormente para almacenar el ADN requieren equipamientos especiales, costosos, tales como congeladores de temperatura ultra baja, nitrógeno líquido, y similares. Por consiguiente, no resultan ventajosos porque los procedimientos pueden imponer una carga desde el punto de vista económico, los procedimientos requieren procesos de pretratamiento y postratamiento cuando se reutiliza el ADN almacenado para el análisis, y el procedimiento podría dañar el ADN por los repetidos procesos de congelación y descongelación.

Además de los procedimientos mencionados anteriormente, se introducen varios productos comercializados tales como una tarjeta FTA o una tarjeta fabricada por Whatman plc., y similares, con el fin de almacenar ADN de plásmido a temperatura ambiente (por ejemplo, documento US-A-5985327 publicado el 16 de noviembre de 1999). Sin embargo, este procedimiento tiene limitaciones en cuanto a su eficacia, y se sugiere almacenar el ADN a -15ºC o a -20ºC en lugar de a temperatura ambiente, por consiguiente no hay una gran ventaja sobre los procedimientos originales, más bien resulta bastante desfavorable en lo que respecta al aumento de costes.

Por consiguiente, es un objeto importante en el campo de la genética molecular y la medicina desarrollar un posible procedimiento para proteger el ADN de la descomposición por desoxirribonucleasas por medio de la formación de un enlace estable con el ADN, almacenar el ADN en un estado estabilizado a temperatura ambiente, y además para aplicar directamente a los estudios y análisis que usan ADN. Los procedimientos de almacenamiento ideales deben incluir: (1) un procedimiento para almacenar de manera estable a temperatura ambiente sin que se produzca degradación del ADN; (2) un procedimiento que sea simple; (3) un procedimiento que sea rentable; (4) el almacenamiento del ADN no debe ser sólo para el mismo ADN separado y purificado, sino también para muestras que contienen fluido corporal, tal como sangre y ADN diversos, que no tengan daños en el ADN; (5) diversas muestras de ADN deben almacenarse en un espacio limitado; (6) un individuo debe poder almacenar su ADN personal; y (7) no debe haber ningún problema en los análisis de los diversos genes...

 


Reivindicaciones:

1. Un procedimiento para almacenar ADN en forma de complejo de quitosano/ADN preparado mezclando una disolución de ADN y una disolución de quitosano hidrosoluble, en el que el ADN es ADN genómico de animales, plantas, hongos, bacterias y virus, y el quitosano hidrosoluble tiene un grado de desacetilación del 60% o superior, y un peso molecular de 10 kDa a 500 kDa.

2. El procedimiento según la reivindicación 1, en el que la concentración de una disolución acuosa de quitosano hidrosoluble es del 0,02% (p/v) al 1% (p/v) y la relación de pesos del quitosano hidrosoluble al ADN en la mezcla es de 1:0,5 o superior.

3. El procedimiento según la reivindicación 1, en el que la concentración de una disolución acuosa de quitosano hidrosoluble es del 0,02% (p/v) al 0,25% (p/v), la concentración de una disolución de ADN es de 1 μg/μl o inferior, y la relación de pesos del quitosano hidrosoluble al ADN en la mezcla es de 1:0,5 a 1:3.

4. El procedimiento según la reivindicación 1, en el que el complejo del ADN y el quitosano se almacena a temperaturas desde -70ºC hasta temperatura ambiente.

5. El procedimiento según una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, en el que el complejo de ADN unido a quitosano se almacena en estado líquido.

6. Una tarjeta de ADN de tipo papel para almacenar ADN, en la que la tarjeta de ADN se prepara por inmersión en una composición que comprende quitosano hidrosoluble y ácido úrico y por secado, y el ADN se conserva goteando una disolución de ADN sobre la tarjeta a medida que el ADN se une con el quitosano hidrosoluble, y el ADN es ADN genómico de animales, plantas, hongos, bacterias o virus.

7. Una tarjeta de ADN de tipo papel para almacenar ADN, en la que la tarjeta de ADN se prepara por inmersión en una composición que comprende quitosano hidrosoluble y un tampón de lisis celular que contiene ácido úrico y por secado, y el ADN se almacena goteando muestra biológica que contiene ADN genómico sobre la tarjeta a medida que el ADN se une con el quitosano hidrosoluble.

8. La tarjeta de ADN de tipo papel según la reivindicación 6 ó 7, en la que el papel es para transferencia o cromatografía y el espesor del mismo es de 0,3 a 1,2 mm.

9. La tarjeta de ADN de tipo papel según la reivindicación 6 ó 7, en la que la tarjeta está marcada con 6, 24, 96 ó 384 pocillos que tienen el tamaño de cada pocillo de un diámetro de 12,3 cm x 8,1 cm, y la muestra de ADN o sangre se gotea y almacena en cada pocillo.

10. La tarjeta de ADN de tipo papel según la reivindicación 6, en la que la composición se prepara mezclando 0,1% a 1% (p/v) de quitosano hidrosoluble con 0,5 mM a 20 mM de ácido úrico en la relación de volúmenes 1:1.

11. La tarjeta de ADN de tipo papel según la reivindicación 7, en la que el tampón de lisis celular comprende Tris (8 mM), EDTA (0,5 mM), SDS (al 0,1% p/v) y ácido úrico (2 mM).

12. Un procedimiento para el ensayo de PCR sobre la tarjeta de ADN que comprende las etapas de:

a) añadir un fragmento de una tarjeta de ADN de la reivindicación 6 a un tubo de PCR;

b) añadir un tampón TE (10 mM de Tris-Cl, 0,1 mM de EDTA, pH = 8,0) al tubo y dejar el tubo en reposo durante 5 minutos a temperatura ambiente tras la mezcla, y a continuación desechar el tampón TE usando una pipeta;

c) repetir la etapa b) dos veces;

d) secar el tubo durante 1 hora a temperatura ambiente o durante 10 minutos a 56ºC; y

e) añadir las muestras de PCR al tubo y amplificar a través de PCR.

13. Un procedimiento para el ensayo de PCR sobre la tarjeta de ADN que comprende las etapas de:

a) añadir un fragmento de la tarjeta de ADN de la reivindicación 7 a un tubo de PCR;

b) añadir un tampón de lavado (reactivo de purificación GG; 0,5 mM de EDTA, 8 mM de Tris-Cl, 2 mM de ácido úrico, 1% (p/v) de SDS) al tubo y dejar el tubo en reposo durante 5 minutos a temperatura ambiente tras la mezcla, y a continuación desechar el tampón de lavado usando una pipeta;

c) repetir la etapa b) tres veces;

d) añadir un tampón TE (10 mM de Tris-Cl, 0,1 mM de EDTA, pH = 8,0) al tubo y dejar el tubo en reposo durante 5 minutos a temperatura ambiente tras la mezcla, y a continuación desechar el tampón TE usando una pipeta;

e) repetir la etapa d) dos o tres veces;

f) secar el tubo durante una hora a temperatura ambiente o durante 10 minutos a 56ºC; y

g) añadir las muestras de PCR al tubo y amplificar a través de PCR.

14. Un procedimiento para análisis, en el que el ADN almacenado según el procedimiento de almacenamiento de la reivindicación 5 o almacenado en una tarjeta de ADN según la reivindicación 6 ó 7 se usa en PCR-RFLP, clonación, síntesis de bibliotecas, análisis de secuenciación o transferencia southern.

15. Un procedimiento para analizar ADN, en el que el ADN separado de un complejo de quitosano/ADN en estado líquido almacenado según el procedimiento de almacenamiento de la reivindicación 5 o el complejo de quitosano/ADN almacenado en la tarjeta de ADN según la reivindicación 6 ó 7 usando una sal catiónica a base de sulfato se usa en el análisis genético.

16. El procedimiento para analizar ADN, según la reivindicación 15, en el que las sales catiónicas a base de sulfato incluyen SDS (dodecilsulfato de sodio), SOS (octilsulfato de sodio) y CTAB (bromuro de cetiltrimetil amonio).

17. Un kit de PCR que comprende un tubo que contiene oligo d(T), un cebador, DNA polimerasa Taq, una disolución de tampón de reacción, dNTP y quitosano hidrosoluble, en el que el tubo contiene además ADN genómico o la muestra de suero, y el tubo se usa para llevar a cabo la PCR.

18. Una tarjeta de ID de ADN, en la que la mezcla de quitosano y ADN genómico de un individuo se almacena en una porción de la misma según el procedimiento de almacenamiento de ADN de la reivindicación 1, y la información genética del individuo se guarda en una barra magnética o en un chip incluido.

19. La tarjeta de ID de ADN según la reivindicación 18, en la que el material básico de la tarjeta de ID de ADN es un plástico.

20. Un procedimiento para la preparación de una tarjeta de ID de ADN que comprende las etapas de:

a) apilar las tarjetas de papel de ADN de la reivindicación 6 ó 7 sobre una capa blanda de PVC;

b) apilar una primera capa núcleo de PVC, que tiene un agujero del mismo tamaño que la tarjeta de papel de ADN, en la tarjeta de papel de ADN;

c) apilar una segunda capa núcleo de PVC, que tiene dos agujeros más pequeños que el agujero de la primera capa núcleo de PVC, sobre el agujero de la primera capa núcleo de PVC;

d) apilar una capa blanda de PVC sobre la segunda capa núcleo de PVC; y

e) añadir calor y presión a las capas apiladas para que se adhieran unas a otras por calor.

21. La tarjeta de ID de ADN según la reivindicación 19, que comprende:

una primera capa blanda de PVC; una tarjeta de papel de ADN; una primera capa núcleo de PVC que tiene un agujero de igual tamaño que el tamaño de la tarjeta de papel de ADN; una segunda capa núcleo de PVC que tiene agujeros a través de los que se gotea el ADN o las muestras biológicas que contienen ADN sobre la tarjeta de papel de ADN; y una segunda capa blanda de PVC,

en la que la barra magnética está ubicada en el lado opuesto al lado en el que se almacena el ADN o la muestra biológica en la tarjeta de papel de ADN.

22. La tarjeta de ID de ADN según la reivindicación 21, en la que la información, el código de enfermedades, el STR o tipo de HLA de un individuo están codificados en la barra magnética.

23. La tarjeta de ID de ADN según la reivindicación 18, en la que la cantidad de ADNg goteado en la tarjeta de ID de ADN es de 1,5 μg o mayor.

24. Un procedimiento para analizar por medio de PCR la tarjeta de ID de ADN, en el que los fragmentos de la tarjeta de ID de ADN de la reivindicación 18 se usan en la amplificación por PCR sin recibir tratamiento con un tampón de lavado.


 

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