MÉTODO DE PREDICCIÓN DE RESPUESTA AL TRATAMIENTO DE LA LEUCEMIA LINFOBLÁSTICA AGUDA.

Método de predicción de respuesta al tratamiento de la leucemia linfoblástica aguda.

La presente invención divulga el uso de los genes de la familia IMP

, para el diagnóstico, el diagnóstico diferencial, y/o predecir o pronosticar la respuesta al tratamiento en individuos con LLA, tanto pediátrica como de adulto.

Tipo: Patente de Invención. Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: P201430452.

Solicitante: SERVICIO ANDALUZ DE SALUD.

Nacionalidad solicitante: España.

Inventor/es: JIMÉNEZ VELASCO,Antonio.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • SECCION C — QUIMICA; METALURGIA > BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE;... > PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS... > Procesos de medida, investigación o análisis en... > C12Q1/68 (en los que intervienen ácidos nucleicos)

PDF original: ES-2549642_A1.pdf

 

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MÉTODO DE PREDICCIÓN DE RESPUESTA AL TRATAMIENTO DE LA LEUCEMIA LINFOBLÁSTICA AGUDA.
MÉTODO DE PREDICCIÓN DE RESPUESTA AL TRATAMIENTO DE LA LEUCEMIA LINFOBLÁSTICA AGUDA.
MÉTODO DE PREDICCIÓN DE RESPUESTA AL TRATAMIENTO DE LA LEUCEMIA LINFOBLÁSTICA AGUDA.

Fragmento de la descripción:

MÉTODO DE PREDICCIÓN DE RESPUESTA AL TRATAMIENTO DE LA LEUCEMIA

LINFOBLÁSTICA AGUDA

CAMPO DE LA INVENCION

La invención se engloba dentro del campo de la medicina, y concretamente en el campo del diagnóstico y el pronóstico médico, y en concreto se refiere a un método para predecir o pronosticar la respuesta al tratamiento de la Leucemia Linfoblástica Aguda (LLA).

ANTECEDENTES DE LA INVENCION

La familia de genes denominada "Insulin-like growth factor 2 mRNA binding protein" (IGF2BP, IMP, CRD-BP ó VICKS) está compuesta por los genes IMP-1, IMP-2 e IMP-3, localizados respectivamente en los cromosomas 17q21, 3q27 y 7p11. Se expresan durante la embriogénesis, desarrollo fetal y en determinadas neoplasias, no detectándose en tejidos sanos adultos, por lo que son consideradas oncoproteínas fetales. Los tres realizan funciones de control de la proliferación celular y regulación de la transcripción mediante su unión al mRNA de genes diana, entre los que se encuentra como eje fundamental de su acción el factor de crecimiento 2 parecido a la insulina (Insulin-like growth factor 2 o IGF2).

La expresión de novo o sobreexpresión de IMP-1 ha sido detectada en una gran variedad de tumores sólidos y se ha relacionado con una mayor probabilidad de progresión y mortalidad en pacientes con carcinoma pulmonar y cáncer de ovario. En un modelo murino transgénico, la expresión inducida de IMP-1 en tejido mamario adulto indujo el desarrollo de tumores. En tejido hematopoyético, la expresión de IMP-1 ha sido estudiada en mRNA procedente de células sanas de médula ósea, sangre periférica y de cordón umbilical, detectándose tan sólo expresión en la fracción celular CD34+ de células de cordón umbilical. No se han publicado estudios que analicen la expresión de IMP-1 en muestras de pacientes con leucemia.

IMP-2 (VICKZ2), también es considerada una oncoproteína fetal cuya expresión está limitada a la etapa embrionaria del desarrollo, si bien algunos tejidos adultos como placenta, testículos, hígado, intestino y útero, pueden expresarla. Una variante de IMP-2 (p62), originada por la pérdida de un exón, está sobreexpresada en distintas neoplasias de origen digestivo y en liposarcomas. En neoplasias hematológicas la expresión de IMP-2 y sus diferentes isoformas, ha sido estudiada principalmente en síndromes linfoproliferativos

crónicos y en algunas muestras de leucemias linfoblásticas agudas (LLA). Se ha observado sobreexpresión de la proteína en el 25% (4 de 13) de las LLA de origen B y en el 29% (4/14) de las de origen T. Su posible correlación con el pronóstico de estos pacientes no ha sido valorada.

IMP-3, originalmente denominado KOC1 (KH domain overexpressed in cáncer), codifica una oncoproteína implicada en la regulación de la transcripción y la estabilidad del mRNA, procesos implicados en el desarrollo, crecimiento, diferenciación celular y carcinogénesis. Como IMP-1 e IMP-2, presenta la característica de ser expresada tan sólo en tejidos neoplásicos y no en los tejidos sanos circundantes, siendo de gran utilidad para el diagnóstico diferencial de lesiones malignas. Así, se ha demostrado en diferentes neoplasias sólidas como en cáncer de páncreas, adenocarcinoma de endometrio, melanoma, o adenocarcinoma pulmonar, relacionándose también con una mayor agresividad clínica. En neoplasias hematológicas los estudios son limitados, con escasos pacientes y centrados en el estudio de la expresión proteica mediante inmunohistoquímica y no a nivel de mRNA.

La Leucemia Linfoblástica Aguda (LLA) representa el 27% de las neoplasias diagnosticadas en menores de 15 años, presenta una probabilidad global de supervivencia a los 5 años del 75% aproximadamente. Sin embargo, ésta puede oscilar entre el 25% y el 95% dependiendo de los factores de riesgo presentes al diagnóstico y del tipo de tratamiento quimioterápico empleado. La incidencia de LLA en adultos se sitúa en torno a 1,5 casos por 100.000 habitantes/año, con una probabilidad global de supervivencia libre de enfermedad a los 5 años entre el 25% y el 52%. Esta supervivencia inferior en la LLA de los adultos respecto a los niños viene determinada principalmente por la detección en adultos de una proporción superior de anomalías genéticas de alto riesgo, como el reordenamiento BCR- ABL1, y por una mayor morbilidad secundaria al tratamiento quimioterápico.

Junto a los factores de riesgo "clásicos" como la edad de presentación, la cifra de leucocitos, el inmunofenotipo, las anomalías cromosómicas o la respuesta inicial al tratamiento, existen nuevos factores pronóstico dependientes del perfil de expresión de genes supresores, oncogenes o de factores epigenéticos que pueden modificar el riesgo establecido por los factores clásicos. Esta nueva estratificación de grupos de riesgo podría permitir adaptar mejor la estrategia terapéutica en cada paciente y establecer nuevas líneas de investigación para el desarrollo de dianas terapéuticas más eficaces y menos agresivas que la quimioterapia convencional.

En la LLA la detección de células residuales leucémicas o de enfermedad mínima residual (EMR) tras la remisión citológica, condiciona el pronóstico y la probabilidad de recaída de los pacientes de forma independiente a otros factores de riesgo conocidos. Los métodos más utilizados para su estudio están basados en el análisis mediante citometría de flujo de marcadores inmunológicos aberrantes (como la expresión de marcadores de estirpe mieloide o de asincronismo madurativo) o en la detección de marcadores genéticos específicos de las células leucémicas mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Estos marcadores genéticos deben identificarse en los pacientes con LLA en el momento del diagnóstico y se monitorizarán en las distintas fases del tratamiento quimioterápico (inducción, consolidación, mantenimiento o trasplante de progenitores hematopoyéticos).

Actualmente en la LLA existen dos estrategias de seguimiento de la EMR mediante PCR, la primera se basa en el estudio de reordenamientos o translocaciones cromosómicas específicas de la clona leucémica (BCR-ABL, ETV6-RUNX1, E2A/PBX, reordenamientos de MLL, etc.), que si bien presenta una alta sensibilidad en la detección de EMR (1 célula leucémica entre 10e5 células normales), tiene el inconveniente de que tan sólo el 25-30% de los pacientes con LLA van a presentar en el momento de su diagnóstico reordenamientos cromosómicos que nos permitan su seguimiento. La segunda estrategia se basa en la detección por PCR de los reordenamientos del gen de las cadenas pesadas de las Inmunoglobulinas y del receptor de la célula T. Más del 90% de los pacientes se puede seguir mediante esta metodología, aunque para ello es necesario la secuenciación individualizada de cada reordenamiento, y el diseño posterior de cebadores específicos para cada paciente. Esto hace que el tiempo, la metodología y el coste económico necesario no estén al alcance de los laboratorios clínicos y sólo se utilice para fines de investigación y no asistenciales.

En la Leucemia Mieloblástica Aguda (LMA) se ha descrito una nueva estrategia de seguimiento de EMR mucho más simple y al alcance del laboratorio clínico, la monitorización mediante PCR cuantitativa en tiempo real (PCRctr) de la expresión del gen WT1 (gen del tumor de Wilms). El gen WT1 se encuentra sobreexpresado al diagnóstico en aproximadamente el 70-90% de las LMA, sin embargo su expresión en médula ósea o sangre periférica de sujetos sanos es muy baja o ausente, por lo que la cuantificación de sus niveles de expresión en mRNA durante las fases del tratamiento quimioterápico es de gran utilidad clínica para establecer el pronóstico y la probabilidad de recaída de los pacientes.

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Reivindicaciones:

1. El uso de los genes de la familia IMP, para el diagnóstico, el diagnóstico diferencial, y/o para predecir o pronosticar la respuesta al tratamiento en individuos con LLA, tanto pediátrica como de adulto.

2. El uso simultáneo de los genes IMP-1, IMP-2 e IMP-3, para el diagnóstico, el diagnóstico diferencial, y/o para predecir o pronosticar la respuesta al tratamiento con terapia neoadyuvante en individuos con LLA.

3. Un método de obtención de datos útiles para el diagnóstico, el diagnóstico diferencial, y/o para predecir o pronosticar la respuesta al tratamiento en individuos con LLA:

a. Obtener una muestra biológica aislada que comprende células del individuo, y

b. Detectar la cantidad de producto de expresión de los genes IMP-1, IMP-2 e IMP-3 en la muestra aislada de (a).

4. El método según la reivindicación 3, que además comprende:

c. Comparar los niveles de expresión de los genes IMP-1, IMP-2 e IMP-3 en la muestra obtenida en (a), con la cantidad de expresión detectada para dichos genes en una población de individuos de referencia de respuesta patológica conocida.

5. Un método para el diagnóstico, el diagnóstico diferencial, y/o para predecir o pronosticar la respuesta al tratamiento en individuos con LLA que comprende los pasos (a)-(c) según cualquiera de las reivindicaciones 3-4, y además comprende asignar al individuo que presentan un nivel de expresión de los genes IMP-1, IMP-2 e IMP-3 superior a los niveles de expresión de los mismos genes en una población de referencia, al grupo de individuos con LLA.

6. El método según cualquiera de las reivindicaciones 3-5, donde el gen que se encuentra sobre-expresado es IMP-3.

7. El método según cualquiera de las reivindicaciones 3-6, donde la muestra biológica aislada de un individuo del paso (a) se obtiene de sangre periférica, y/o comprende células de sangre periférica, o se obtiene de médula ósea.

8. El método según cualquiera de las reivindicaciones 3-7, donde la detección del producto de expresión de los genes IMP-1, IMP-2 e IMP-3 se realiza mediante RT- PCR.

9. Un kit o dispositivo que comprende las herramientas moleculares necesarias para

5 detectar la expresión de los genes de la familia de genes IMP.

10. El kit o dispositivo según la reivindicación anterior, donde los genes de la familia de genes IMP, son los genes IMP-1, IMP-2 e IMP-3.

11. El kit o dispositivo según cualquiera de las reivindicaciones 9-10, que comprende los cebadores y sondas de secuencias SEQ ID NO: 7 a SEQ ID NO: 15.

10 12. El uso del kit o dispositivo de la invención, para el diagnóstico, diagnóstico

diferencial, o para predecir o pronosticar la respuesta al tratamiento de la LLA.