Polimorfismos de un solo nucleótido que predicen los resultados del tratamiento del VHC.

Método para predecir la respuesta virológica sostenida de un sujeto humano infectado por VHC al tratamiento de interferón,

que comprende: proporcionar una muestra de dicho sujeto humano, detectar la presencia de un un polimorfismo de un solo nucleótido en el cromosoma 4 y determinar que dicho sujeto presenta una elevada probabilidad de respuesta virológica sostenida al tratamiento de interferón en el caso de que se encuentre presente dicho polimorfismo de un solo nucleótido, en el que dicho polimorfismo de un solo nucleótido es una G en rs10023606, que presenta la secuencia ilustrada en SEC ID nº 2.

Polimorfismos de un solo nucleótido que predicen los resultados del tratamiento del VHC

La presente invención se refiere a métodos que resultan útiles para predecir la respuesta de los pacientes infectados 5 por virus de la hepatitis C (VHC) al tratamiento farmacológico.

Antecedentes de la invención

El estándar de cuidado para la hepatitis C crónica es la combinación de peginterferón más ribavirina1. Las tasas 10 globales de respuesta virológica sostenida (RVS) tras el tratamiento con el estándar de cuidado son de aproximadamente 50%2-4, aunque resulta difícil predecir si un paciente individual presentará una RVS.

La probabilidad de conseguir una RVS varía según el paciente y algunos factores víricos. Por ejemplo, los pacientes jóvenes, los pacientes caucásicos y asiáticos, y los individuos con fibrosis hepática avanzada es más probable que 15 eliminen la infección por VHC tras el tratamiento5-8. De manera similar, los pacientes infectados por VHC genotipos 2 ó 3, pero no genotipo 1, y aquellos con niveles de ARN del VHC de línea base en el suero presentan la mejor probabilidad de curación2-4, 6, 8.

Actualmente resulta posible una predicción más precisa de la RVS sólo tras el inicio del tratamiento. Con 20 independencia del genotipo del VHC, los individuos que eliminan el ARN del VHC tras 4 ó 12 semanas de tratamiento presentan una probabilidad mucho mayor de alcanzar una RVS que aquellos que presentan viremia persistente9. La respuesta virológica rápida (RVR, ARN del VHC indetectable en la semana 4) es un factor predictivo fuerte de RVS; a la inversa, la no consecución de una respuesta virológica temprana (RVT, una caída superior a dos log del ARN del VHC en la semana 12) es un factor predictivo fuerte de no respuesta, con independencia de las 25 características previas al tratamiento10.

La capacidad de diferenciar prospectivamente entre respondedores potenciales y no respondedores al estándar de cuidado podría presentar un gran impacto sobre el cuidado de los pacientes con hepatitis C crónica. Las decisiones de tratamiento podrían personalizarse basándose en la probabilidad de los pacientes de respuesta al estándar de 30 cuidado. Por ejemplo, los pacientes con la probabilidad más baja de producir una RVS con el estándar de cuidado actual podrían retrasar el tratamiento hasta disponer de agentes antivíricos de acción directa. A la inversa, los pacientes con una probabilidad elevada de producir una RVS podrían preferir el inicio inmediato de la terapia con un régimen de tratamiento que sea una entidad conocida.

Además de factores del huésped y víricos, la diversidad genética del huésped también influye sobre la respuesta al tratamiento con el estándar de cuidado11. Los últimos datos de estudios de asociación genómica sugieren que los polimorfismos de un solo nucleótido (PSN) en la región promotora del gen IL-28b ejercen una fuerte influencia sobre la probabilidad de RVS en pacientes tratados con peginterferón más ribavirina12-14. Los objetivos del presente análisis eran explorar los PSN asociados tanto a una respuesta virológica temprana (RVT) y la RVS en una cohorte 40 diversa de pacientes que incluía individuos nunca tratados y no respondedores a un curso previo de peginterferón alfa-2b (12KD) más ribavirina que recibieron monoterapia de peginterferón alfa-2a (40KD) o terapia de combinación con peginterferón alfa-2a (40KD) o interferón convencional más ribavirina.

Referencia: Rauch Andri et al., "Genetic variation in IL28B is associated with chronic hepatitis C and treatment 45 failure: a genome-wide association study", Gastroenterology, ELSEVIER; PHILADELPHIA, PA, vol. 138, no. 4, 1 de abril de 2010 (2010-04-01) , páginas 1338 a 1345 informa de un estudio de asociación genómica para el cribado de una respuesta sostenida a terapia de interferón alfa pegilado y ribavirina. El estudio identificó, por ejemplo, la influencia del PSN rs8099917 sobre el control natural e inducido por tratamiento de la infección por el VHC.

Descripción resumida de la invención

La presente invención se basa en el descubrimiento de una asociación entre el PSN rs10023606 sobre el cromosoma humano cuatro y la RVS en pacientes tratados con regímenes basados en interferón. En una realización, la invención proporciona un método para predecir una respuesta virológica sostenida de un sujeto 55 humano infectado por el VHC al tratamiento de interferón, que comprende proporcionar una muestra de dicho sujeto humano, detectar la presencia del polimorfismo de un solo nucleótido dentro del cromosoma 4 y determinar que dicho sujeto presenta una elevada probabilidad de respuesta virológica sostenida al tratamiento de interferón en el caso de que se encuentre presente dicho polimorfismo de un solo nucleótido, en el que el polimorfismo de un solo nucleótido es una G en rs10023606. 60

Breve descripción de los dibujos

Figura 1. Resultados de asociación genómica para (a) RVS, (b) RVT y (c) RVS tras el ajuste para rs12979860 según cromosoma en la población global de genotipo 1.

Figura 2. Gráfico cuantil-cuantil de la distribución de estadísticos de ensayo para (a) RVS y (b) RVT. Los círculos grises indican los valores de p esperados y los círculos azules muestran los valores de p observados.

Figura 3. Desequilibrio de ligamiento de PSN significativos (p<10-5) en la región de IL-28 de la población caucásica de genotipo 1. 10

Descripción detallada de la invención

Definiciones 15

Con el fin de facilitar la comprensión de la invención, se definen varios términos a continuación. Los términos definidos en la presente memoria presentan los significados entendidos comúnmente por el experto ordinario en la materia en las áreas relevantes a la presente invención. Algunos términos tales como "un", "una" y "el" y "la" no pretenden referirse a únicamente una entidad singular, sino que incluyen la clase general del que puede utilizarse un ejemplo específico como ilustración. La terminología en la presente memoria se utiliza para describir realizaciones 20 específicas de la invención, aunque su uso no delimita la invención, excepto tal como se indica de manera general en las reivindicaciones.

El término "respuesta" al tratamiento con interferón es una respuesta deseable a la administración de un agente. Los puntos finales virológicos incluyen "respuesta virológica temprana" (RVT) , definida como una caída â¥2-log del ARN 25 del VHC sérico respecto a la línea base hasta la semana 12 (según el ensayo Cobas Amplicor HCV Monitor, v2.0, límite de cuantificación: 600 IU/ml) , definida la RVT (RVTc) como ARN del VHC indetectable en el suero (según el ensayo Cobas Amplicor HCV v2.0, límite de detección: 50 IU/ml) y "respuesta virológica sostenida" (RVS) , definida como ARN del VHC no detectable (<50 IU/ml) al final de un periodo de seguimiento sin tratamiento de 24 semanas.

Las expresiones "muestra" o "muestra biológica" se refieren a una muestra de tejido o líquido aislado de un individuo, que incluye, aunque sin limitarse a ellos, por ejemplo, biopsia de tejido, plasma, suero, sangre completa, líquido espinal, líquido linfático, las secciones externas de la piel, tractos respiratorios, intestinales y genitourinarios, lágrimas, saliva, leche, células sanguíneas, tumores y órganos. También se encuentran incluidas muestras de constituyentes de cultivo celular in vitro (incluyendo, aunque sin limitarse a ellos, medio condicionado resultante del 35 crecimiento de células en medio de cultivo, células putativamente infectadas por virus, células recombinantes y componentes celulares) .

Las expresiones "interferón" e "interferón-alfa" se utilizan intercambiablemente en la presente memoria y se refieren a la familia de proteínas específicas de especie altamente homólogas que inhiben la replicación vírica y la 40 proliferación celular y modulan la respuesta inmunológica. Entre los interferones adecuados típicos se incluyen, aunque sin limitarse a ellos, interferón recombinante alfa-2b, tal como interferón Intron® A disponible de Schering Corporation, Kenilworth, N.J., interferón alfa-2a recombinante, tal como interferón Roferon®-A, disponible de Hoffmann-La Roche, Nutley, N.J., interferón alfa-2C recombinante, tal como interferón Berofor® alfa 2, disponible de Boehringer Ingelheim Pharmaceutical, Inc., Ridgefield, Conn., interferón alfa-n1, una mezcla purificada de alfa-45 interferones naturales, tales como Sumiferon®, disponibles de Sumitomo, Japón, o como interferón alfa-n1 Wellferon® (INS) , disponible de Glaxo-Wellcome Ltd., London, Reino Unido, o un alfa-interferón de consenso, tal como los indicados en las patentes... [Seguir leyendo]

1. Método para predecir la respuesta virológica sostenida de un sujeto humano infectado por VHC al tratamiento de interferón, que comprende: proporcionar una muestra de dicho sujeto humano, detectar la presencia de un un polimorfismo de un solo nucleótido en el cromosoma 4 y determinar que dicho sujeto presenta una elevada 5 probabilidad de respuesta virológica sostenida al tratamiento de interferón en el caso de que se encuentre presente dicho polimorfismo de un solo nucleótido, en el que dicho polimorfismo de un solo nucleótido es una G en rs10023606, que presenta la secuencia ilustrada en SEC ID nº 2.

2. Método según la reivindicación 1, en el que dicho sujeto se encuentra infectado por VHC de genotipo 1. 10

3. Método según las reivindicaciones 1 y 2, en el que dicho tratamiento de interferón comprende un tratamiento seleccionado de entre el grupo que monoterapia con peginterferón alfa-2a, peginterferón alfa-2a con ribavirina o interferón alfa-2b con ribavirina.