Métodos y composiciones basados en microARN para el diagnóstico de cánceres de mama.

Un método para diagnosticar si un sujeto tiene cáncer de mama, que comprende:

medir los niveles de un grupo de productos génicos de miR que consisten en miR-125b-2

, miR-5 125b-1, miR-10b, miR-181a, miR-140, miR-213, miR-29a prec, miR-199b, miR-29b-1, miR-130a, miR-155, let-7a-2, miR-29c, miR- 224, miR-31, miR-122a, miR-16-2, miR-21, miR-145, miR-205, miR-100, miR-30c, miR-17-5p, miR-210, miR-29b- 2, miR-146 y miR-181b-1 en una muestra de ensayo del sujeto;

en el que una alteración en los niveles del grupo de productos génicos de miR en la muestra de ensayo, en relación a los niveles de los correspondientes productos génicos de miR en una muestra de control, es indicativo de que el sujeto tiene cáncer de mama, y en el que la muestra de ensayo es tejido mamario.

Tipo: Patente Europea. Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: E12154349.

Solicitante: THE OHIO STATE UNIVERSITY RESEARCH FOUNDATION.

Nacionalidad solicitante: Estados Unidos de América.

Dirección: 1524 North High Street Columbus, OH 43201 ESTADOS UNIDOS DE AMERICA.

Inventor/es: CROCE, CARLO, VOLINIA,STEFANO, CALIN,GEORGE.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • SECCION C — QUIMICA; METALURGIA > BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE;... > PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS... > Procesos de medida, investigación o análisis en... > C12Q1/68 (en los que intervienen ácidos nucleicos)
  • SECCION C — QUIMICA; METALURGIA > BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE;... > MICROORGANISMOS O ENZIMAS; COMPOSICIONES QUE LOS... > Técnicas de mutación o de ingeniería genética;... > C12N15/11 (Fragmentos de ADN o de ARN; sus formas modificadas (ADN o ARN no empleado en tecnología de recombinación C07H 21/00))
  • SECCION G — FISICA > METROLOGIA; ENSAYOS > INVESTIGACION O ANALISIS DE MATERIALES POR DETERMINACION... > Investigación o análisis de materiales por métodos... > G01N33/574 (para el cáncer)
  • SECCION C — QUIMICA; METALURGIA > BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE;... > MICROORGANISMOS O ENZIMAS; COMPOSICIONES QUE LOS... > Técnicas de mutación o de ingeniería genética;... > C12N15/113 (Acidos nucleicos no codificantes que modulan la expresión de genes, p.ej. oligonucleótidos antisentido)

PDF original: ES-2531052_T3.pdf

 

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Fragmento de la descripción:

Métodos y composiciones basados en microARN para el diagnóstico de cánceres de mama

Apoyo del gobierno La presente invención fue apoyada, en su totalidad o en parte, por las Subvenciones del Proyecto de Programa Nº P01CA76259, P01CA81534 y P30CA56036 del Instituto de Cáncer Nacional. El Gobierno tiene determinados derechos sobre esta invención.

Antecedentes de la invención El cáncer, el crecimiento incontrolado de células malignas, es un problema de salud importante de la era médica moderna y es una de las principales causas de muerte en los países desarrollados. En los Estados Unidos, una de cada cuatro muertes está provocada por cáncer (Jemal, A. et al., CA Cancer J. Clin. 52: 23-47 (2002) ) . Entre los cánceres, los que surgen de órganos y tejidos sólidos, conocidos como cánceres sólidos, conocidos como cánceres sólidos (por ejemplo, cáncer de colon, cáncer de pulmón, cáncer de mama, cáncer de estómago, cáncer de próstata, cáncer pancreático) están entre los cánceres humanos más habitualmente identificados.

Por ejemplo, el cáncer de próstata es el tumor maligno no cutáneo diagnosticado más frecuentemente entre hombres en países industrializados y, en los Estados Unidos, 1 de cada 8 hombres desarrollarán cáncer de próstata durante su vida (Simard, J. et al., Endocrinoloy 143 (6) : 2029-40 (2002) ) . La incidencia del cáncer de próstata ha aumentado drásticamente durante las últimas décadas y el cáncer de próstata es ahora una causa principal de muerte en los Estados Unidos y en Europa Occidental (Peschel, R. E. y J. W. Colberg, Lancet 4: 233-41 (2003) ;

Nelson, W. G. et al., N. Engl. J. Med 349 (4) : 366-81 (2003) ) . Los hombres con cáncer de próstata están afectados por una reducción media de 40 % en la esperanza de vida. Si se detecta de forma temprana, antes de la metástasis y propagación local más allá de la cápsula, el cáncer de próstata puede con frecuencia curarse (por ejemplo, usando cirugía) . Sin embargo, si se diagnostica después de su propagación y metástasis de la próstata, el cáncer de próstata es normalmente una enfermedad letal con tasas de curación bajas. Aunque la exploración basada en antígeno específico de próstata (PSA) ha ayudado al diagnóstico temprano del cáncer de próstata, no es ni altamente sensible ni específico (Punglia et al., N. Engl. J. Med 349 (4) : 335-42 (2003) ) . Esto significa que se asocia con el ensayo un alto porcentaje de diagnósticos de falso negativo y falso positivo. Las consecuencias son tanto muchos casos de cánceres pasados por alto como biopsias de seguimiento innecesarias para las personas sin cáncer.

El cáncer de mama sigue siendo la segunda causa principal de muertes relacionadas con cáncer en mujeres, afectando a más de 180.000 mujeres en los Estados Unidos cada año. Para las mujeres en Norteamérica, las probabilidades en tiempo de vida de tener cáncer de mama son ahora de una de cada ocho. Aunque el descubrimiento de BRCA1 y BRCA2 fueron etapas importantes en la identificación de factores genéticos clave implicados en cáncer de mama, se ha hecho evidente que las mutaciones en BRCA1 y BRCA2 representan solamente una fracción de la susceptibilidad heredada a cáncer de mama (Nathanson, K. L., et al., Human Mol. Gen. 10 (7) : 715-720 (2001) ; Anglican Breast Cancer Study Group. Br. J. Cancer 83 (10) : 1301-08 (2000) ; y Syrjakoski, K., et al., J. Natl. Cancer Inst. 92: 1529-31 (2000) ) . A pesar de investigación considerable sobre terapias para cáncer de mama, el cáncer de mama sigue siendo difícil de diagnosticar y tratar eficazmente, y la alta mortalidad observada en 45 pacientes con cáncer de mama indica que se necesitan mejoras en el diagnóstico, tratamiento y prevención de la enfermedad.

Excluyendo cáncer de piel, el cáncer colorrectal, es el tercer cáncer diagnosticado con más frecuencia en los Estados Unidos y Canadá (después de pulmón y mama en mujeres, y pulmón y próstata en hombres) . La Sociedad Americana del Cáncer estima que habrá aproximadamente 145.000 casos nuevos de cáncer colorrectal diagnosticados en los Estados Unidos en 2005 (Cancer Facts and Figures 2005. Atlanta, GA: American Cancer Society, 2005. Disponibles en wvw.cancer.org/docroot/STT/stt_0.asp, accedida el 19 de diciembre de 2005) . El cáncer colorrectal es la segunda causa principal de muerte por cáncer entre hombres y mujeres en los Estados Unidos y Canadá (después del cáncer de pulmón) .

La incidencia anual del cáncer pancreático es casi equivalente a la mortalidad anual, que se estima que es de 31.860 y 31.270, respectivamente, en los Estados Unidos en 2004 (Cancer Facts and Figures 2004. Atlanta, GA: American Cancer Society, 2004. Disponible en www.cancer.org/docroot/STT/stt_0_2004.asp, accedida el 21 de agosto de 2005) . Los pacientes con cáncer pancreático localmente avanzado y metastásico tienen diagnósticos negativos, y el diagnóstico generalmente se realiza demasiado tarde para que la cirugía o la radioterapia sea curativa (Burr, H. A., et al., The Oncologist 10 (3) : 183-190, (2005) ) . La quimioterapia puede proporcionar alivio de los síntomas para algunos pacientes con cáncer pancreático avanzado, pero su impacto en la supervivencia ha sido moderado hasta la fecha.

En los Estados Unidos, se diagnostica a más de 20.000 individuos cáncer de estómago (gástrico) cada año. La Sociedad Americana del Cáncer estima que habrá 22.710 casos nuevos de cáncer colorrectal diagnosticados en los

Estados Unidos en 2004 (Cancer Facts and Figures 2004. Atlanta, GA: American Cancer Society, 2004. Disponible en wwv.cancer.org/ docroot/ STT/stt_0_2004.asp, accedida el 21 de agosto de 2005) . Debido a que el cáncer de estómago puede aparecer sin síntomas, puede estar en estadios avanzados en el momento en que se realice el diagnóstico. Después el tratamiento se dirige a aumentar la comodidad del paciente y mejorar su calidad de vida.

El cáncer de pulmón provoca más muertes en todo el mundo que cualquier otra forma de cáncer (Goodman, G. E., Thorax 57: 994-999 (2002) ) . En los Estados Unidos, el cáncer de pulmón es la causa principal de muerte por cáncer tanto en hombres como en mujeres. En 2002, la tasa de muerte de cáncer de pulmón fue una estimación de 134.900 muertes, que excede el total combinado de cáncer de mama, próstata y colon. Misma referencia. El cáncer de pulmón también es la causa principal de muerte por cáncer en todos los países Europeos, y los números de muertes relacionadas con cáncer de pulmón están aumentando rápidamente también en los países en desarrollo.

La tasa de supervivencia a cinco años entre todos los pacientes de cáncer de pulmón, independientemente del estadio de la enfermedad en el momento de diagnóstico, es solo de aproximadamente 13 %. Esto se diferencia de una tasa de supervivencia a los cinco años de 46 % entre casos detectados cuando la enfermedad aún está localizada. Sin embargo, solamente 16 % de los cánceres de pulmón se descubren antes de que la enfermedad se haya propagado. La detección temprana es difícil ya que los síntomas clínicos con frecuencia no se observan hasta que la enfermedad ha alcanzado un estadio avanzado. A pesar de la investigación sobre terapias para este y otros cánceres, el cáncer de pulmón sigue siendo difícil de diagnosticar y tratar eficazmente.

Claramente, la identificación de marcadores y genes que son responsables de la susceptibilidad a formas particulares de cáncer sólido (por ejemplo, cáncer de próstata, cáncer de mama, cáncer de pulmón, cáncer de estómago, cáncer de colon, cáncer pancreático) es uno de los principales retos a los que se enfrenta la oncología en la actualidad. Existe la necesidad de identificar medios para la detección temprana de individuos... [Seguir leyendo]

 


Reivindicaciones:

1. Un método para diagnosticar si un sujeto tiene cáncer de mama, que comprende:

medir los niveles de un grupo de productos génicos de miR que consisten en miR-125b-2, miR-125b-1, miR-10b, miR-181a, miR-140, miR-213, miR-29a prec, miR-199b, miR-29b-1, miR-130a, miR-155, let-7a-2, miR-29c, miR224, miR-31, miR-122a, miR-16-2, miR-21, miR-145, miR-205, miR-100, miR-30c, miR-17-5p, miR-210, miR-29b2, miR-146 y miR-181b-1 en una muestra de ensayo del sujeto; en el que una alteración en los niveles del grupo de productos génicos de miR en la muestra de ensayo, en relación a los niveles de los correspondientes productos génicos de miR en una muestra de control, es indicativo de que el sujeto tiene cáncer de mama, y en el que la muestra de ensayo es tejido mamario.

2. Un método para diagnosticar si un sujeto tiene cáncer de mama de acuerdo con la reivindicación 1, en el que la alteración en los niveles del grupo de productos génicos de miR comprende:

i) un aumento en los niveles de los productos génicos de miR-181a, miR-213, miR-29a prec, miR-199b, miR-29b1, miR-155, miR-29c, miR-31, miR-122a, miR-21, miR-17-5p, miR-210, miR-29b-2, miR-146 y miR-181b-1 en la muestra de ensayo en relación a los niveles de control del (de los) correspondiente (s) producto (s) génico (s) y ii) una disminución en los niveles de los productos génicos de miR-125b-1, miR-125b-2, miR-10b, miR-140, miR130a, let-7a-2, miR-224, miR-16-2, miR-145, miR-205, miR-100 y miR-30c en la muestra de ensayo en relación a los correspondientes productos génicos.

3. un método para diagnosticar si un sujeto tiene cáncer de mama de acuerdo con la reivindicación 1, en el que medir los niveles del grupo de productos génicos de miR comprende:

(1) transcribir de manera inversa:

miR-125b-2, miR-125b-1, miR-10b, miR-181a, miR-140, miR-213, miR-29a prec, miR-199b, miR-29b-1, miR130a, miR-155, let-7a-2, miR-29c, miR-224, miR-31, miR-122a, miR-16-2, miR-21, miR-145, miR-205, miR100, miR-30c, miR-17-5p, miR-210, miR-29b-2, miR-146 y miR-181b-1 de una muestra de ensayo obtenida del sujeto para proporcionar el oligodesoxinucleótido diana de miR-125b-2, miR-125b-1, miR-10b, miR-181a, miR-140, miR-213, miR-29a prec, miR-199b, miR-29b-1, miR-130a, miR-155, let-7a-2, miR-29c, miR-224, miR-31, miR-122a, miR-16-2, miR-21, miR-145, miR-205, miR-100, miR-30c, miR-17-5p, miR-210, miR-29b2, miR-146 y miR-181b-1 y

(2) hibridar:

el oligodesoxinucleótido diana de ARN de miR-125b-2, miR-125b-1, miR-10b, miR-181a, miR-140, miR-213, miR-29a prec, miR-199b, miR-29b-1, miR-130a, miR-155, let-7a-2, miR-29c, miR-224, miR-31, miR-122a, miR-16-2, miR-21, miR-145, miR-205, miR-100, miR-30c, miR-17-5p, miR-210, miR-29b-2, miR-146 y miR181b-1 a una microserie que comprende oligonucleótidos sonda específicos de miARN que incluyen oligonucleótidos sonda específicos de ARN de miR-125b-2, miR-125b-1, miR-10b, miR-181a, miR-140, miR213, miR-29a prec, miR-199b, miR-29b-1, miR-130a, miR-155, let-7a-2, miR-29c, miR-224, miR-31, miR122a, miR-16-2, miR-21, miR-145, miR-205, miR-100, miR-30c, miR-17-5p, miR-210, miR-29b-2, miR-146 y miR-181b-1 para proporcionar un perfil de hibridación para la muestra de ensayo;

y en el que determinar si hay una alteración en los niveles de los productos génicos de miR-125b-2, miR-125b-1, miR-10b, miR-181a, miR-140, miR-213, miR-29a prec, miR-199b, miR-29b-1, miR-130a, miR-155, let-7a-2, miR29c, miR-224, miR-31, miR-122a, miR-16-2, miR-21, miR-145, miR-205, miR-100, miR-30c, miR-17-5p, miR-210, miR-29b-2, miR-146 y miR-181b-1 en la muestra de ensayo en relación a los niveles de los productos génicos de miR-125b-2, miR-125b-1, miR-10b, miR-181a, miR-140, miR-213, miR-29a prec, miR-199b, miR-29b-1, miR130a, miR-155, let-7a-2, miR-29c, miR-224, miR-31, miR-122a, miR-16-2, miR-21, miR-145, miR-205, miR-100, miR-30c, miR-17-5p, miR-210, miR-29b-2, miR-146 y miR-181b-1 en la muestra de ensayo en relación a los niveles del producto génico de miR-125b-2, miR-125b-I, miR-10b, miR-181a, miR-140, miR-213, miR-29a prec, miR-199b, miR-29b-1, miR-130a, miR-155, let-7a-2, miR-29c, miR-224, miR-31, miR-122a, miR-16-2, miR-21, miR-145, miR-205, miR-100, miR-30c, miR-17-5p, miR-210, miR-29b-2, miR-146 y miR-181b-1 en una muestra de control comprende:

(3) comparar:

el perfil de hibridación de la muestra de ensayo con un perfil de hibridación generado a partir de una muestra de control, en donde una alteración en los niveles de los productos génicos de miR-125b-2, miR-125b-1, miR10b, miR-181a, miR-140, miR-213, miR-29a prec, miR-199b, miR-29b-1, miR-130a, miR-155, let-7a-2, miR29c, miR-224, miR-31, miR-122a, miR-16-2, miR-21, miR-145, miR-205, miR-100, miR-30c, miR-17-5p, miR210, miR-29b-2, miR-146 and miR-181b-1 es indicativo de que el sujeto tiene cáncer de mama.