METODO PARA IDENTIFICAR EPITOTES DE CELULAS T Y METODO PARA PREPARAR MOLECULAS CON INMUNOGENICIDAD REDUCIDA.

Un método adecuado para identificar uno o más péptidos posibles epítopes de células T dentro de la secuencia de aminoácidos de una molécula biológica por etapas que incluyen la determinación de la unión de estos péptidos a moléculas de MHC usando técnicas in vitro o in silico o ensayos biológicos,

comprendiendo dicho método las siguiente etapas: (a) seleccionar una región del péptido que tenga una secuencia de restos de aminoácidos conocida; (b) probar secuencialmente segmentos de restos de aminoácidos solapantes de tamaño uniforme predeterminado y constituidos por al menos tres restos de aminoácidos de la región seleccionada; (c) calcular la puntuación de unión de la molécula MHC de clase II para cada uno de dichos segmentos probados mediante la suma de los valores asignados para cada cadena lateral de restos de aminoácidos hidrófobos presente en dicho segmentos de restos de aminoacídicos probados y (d) identificar al menos uno de dichos segmentos adecuados para su modificación, en función de la puntuación de unión calculada a la molécula MHC de clase II de ese segmento, para cambiar la puntuación de unión a MHC de clase II global del péptido sin reducir sustancialmente la utilidad terapéutico del péptido, caracterizado porque la etapa (c) se lleva a cabo usando una función de puntuación de Böhm modificada para incluir el término de repulsión de energía ligando/proteína de van der Vall 12-6 y el término de energía conformacional del ligando (1) proporcionando una primera base de datos de modelos de moléculas MHC de clase II; (2) proporcionando una segunda base de datos de cadenas principales peptídicas permitidas para dichos modelos de moléculas MHC de clase II; (3) seleccionando un modelo a partir de dicha primera base de datos; (4) seleccionando una cadena principal permitida a partir de dicha segunda base de datos; (5) identificando cadenas laterales de restos de aminoácidos presentes en cada segmento probado; (6) determinando el valor de afinidad de unión para todas las cadenas laterales presentes en cada segmento probado; (7) repetir los pasos (1) a (5) para cada una de dichos modelos y cadenas principales.

Tipo: Resumen de patente/invención.

Solicitante: MERCK PATENT GMBH.

Nacionalidad solicitante: Alemania.

Dirección: FRANKFURTER STRASSE 250,64293 DARMSTADT.

Inventor/es: CARR, FRANCIS J., CARTER, GRAHAM, WILLIAMS, STEPHEN, JONES, TIM, HAMILTON,ANITA.

Fecha de Publicación: 16 de Diciembre de 2008.

Fecha Concesión Europea: 2 de Julio de 2008.

Clasificación PCT:

C07K14/415 QUIMICA; METALURGIA. › C07 QUIMICA ORGANICA. › C07K PEPTIDOS (péptidos que contienen β -anillos lactamas C07D; ipéptidos cíclicos que no tienen en su molécula ningún otro enlace peptídico más que los que forman su ciclo, p. ej. piperazina diones-2,5, C07D; alcaloides del cornezuelo del centeno de tipo péptido cíclico C07D 519/02; proteínas monocelulares, enzimas C12N; procedimientos de obtención de péptidos por ingeniería genética C12N 15/00). › C07K 14/00 Péptidos con más de 20 aminoácidos; Gastrinas; Somatostatinas; Melanotropinas; Sus derivados. › de vegetales.
C07K14/47 C07K 14/00 […] › de mamíferos.
C07K14/475 C07K 14/00 […] › Factores de crecimiento; Reguladores de crecimiento.
C07K14/50 C07K 14/00 […] › Factor de crecimiento de fibroblastos (FGF).
C07K14/505 C07K 14/00 […] › Eritropoyetina (EPO).
C07K14/525 C07K 14/00 […] › Factor de necrosis tumoral (TNF).
C07K14/535 C07K 14/00 […] › CSF de granulocitos; CSF de granulocitos-macrófagos.
C07K14/545 C07K 14/00 […] › IL-1.
C07K14/575 C07K 14/00 […] › Hormonas.
C07K14/59 C07K 14/00 […] › Hormona estimulante del folículo (FSH); Gonadotropinas coriónicas, p. ej. HCG; Hormona luteinizante (LH); Hormona estimulante del tiroides (TSH).
C07K16/18 C07K […] › C07K 16/00 Inmunoglobulinas, p. ej. anticuerpos mono o policlonales. › contra materiales animales o humanos.
C07K16/28 C07K 16/00 […] › contra receptores, antígenos celulares de superficie o determinantes celulares de superficie.
C07K16/30 C07K 16/00 […] › de células tumorales.
C12N9/24 C […] › C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA. › C12N MICROORGANISMOS O ENZIMAS; COMPOSICIONES QUE LOS CONTIENEN; PROPAGACION, CULTIVO O CONSERVACION DE MICROORGANISMOS; TECNICAS DE MUTACION O DE INGENIERIA GENETICA; MEDIOS DE CULTIVO (medios para ensayos microbiológicos C12Q 1/00). › C12N 9/00 Enzimas, p. ej. ligasas (6.); Proenzimas; Composiciones que las contienen (preparaciones para la limpieza de los dientes que contienen enzimas A61K 8/66, A61Q 11/00; preparaciones de uso médico que contienen enzimas A61K 38/43; composiciones detergentes que contienen enzimas C11D ); Procesos para preparar, activar, inhibir, separar o purificar enzimas. › actúan sobre compuestos glicosílicos (3.2).
C12N9/54 C12N 9/00 […] › siendo las bacterias del género Bacillus.
C12N9/64 C12N 9/00 […] › que provienen de tejido animal, p. ej. renina.
C12N9/88 C12N 9/00 […] › Liasas (4.).
G06F19/00

METODO PARA IDENTIFICAR EPITOTES DE CELULAS T Y METODO PARA PREPARAR MOLECULAS CON INMUNOGENICIDAD REDUCIDA.

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