METODO PARA IDENTIFICAR EPITOTES DE CELULAS T Y METODO PARA PREPARAR MOLECULAS CON INMUNOGENICIDAD REDUCIDA.

Un método adecuado para identificar uno o más péptidos posibles epítopes de células T dentro de la secuencia de aminoácidos de una molécula biológica por etapas que incluyen la determinación de la unión de estos péptidos a moléculas de MHC usando técnicas in vitro o in silico o ensayos biológicos, comprendiendo dicho método las siguiente etapas:

(a) seleccionar una región del péptido que tenga una secuencia de restos de aminoácidos conocida; (b) probar secuencialmente segmentos de restos de aminoácidos solapantes de tamaño uniforme predeterminado y constituidos por al menos tres restos de aminoácidos de la región seleccionada; (c) calcular la puntuación de unión de la molécula MHC de clase II para cada uno de dichos segmentos probados mediante la suma de los valores asignados para cada cadena lateral de restos de aminoácidos hidrófobos presente en dicho segmentos de restos de aminoacídicos probados y (d) identificar al menos uno de dichos segmentos adecuados para su modificación, en función de la puntuación de unión calculada a la molécula MHC de clase II de ese segmento, para cambiar la puntuación de unión a MHC de clase II global del péptido sin reducir sustancialmente la utilidad terapéutico del péptido, caracterizado porque la etapa (c) se lleva a cabo usando una función de puntuación de Böhm modificada para incluir el término de repulsión de energía ligando/proteína de van der Vall 12-6 y el término de energía conformacional del ligando (1) proporcionando una primera base de datos de modelos de moléculas MHC de clase II; (2) proporcionando una segunda base de datos de cadenas principales peptídicas permitidas para dichos modelos de moléculas MHC de clase II; (3) seleccionando un modelo a partir de dicha primera base de datos; (4) seleccionando una cadena principal permitida a partir de dicha segunda base de datos; (5) identificando cadenas laterales de restos de aminoácidos presentes en cada segmento probado; (6) determinando el valor de afinidad de unión para todas las cadenas laterales presentes en cada segmento probado; (7) repetir los pasos (1) a (5) para cada una de dichos modelos y cadenas principales.

Tipo: Resumen de patente/invención.

Solicitante: MERCK PATENT GMBH.

Nacionalidad solicitante: Alemania.

Dirección: FRANKFURTER STRASSE 250,64293 DARMSTADT.

Inventor/es: CARR, FRANCIS J., CARTER, GRAHAM, WILLIAMS, STEPHEN, JONES, TIM, HAMILTON,ANITA.

Fecha de Publicación: .

Fecha Concesión Europea: 2 de Julio de 2008.

Clasificación PCT:

  • SECCION C — QUIMICA; METALURGIA > QUIMICA ORGANICA > PEPTIDOS (péptidos que contienen β -anillos lactamas... > Inmunoglobulinas, p. ej. anticuerpos mono o policlonales > C07K16/28 (contra receptores, antígenos celulares de superficie o determinantes celulares de superficie)
  • SECCION C — QUIMICA; METALURGIA > QUIMICA ORGANICA > PEPTIDOS (péptidos que contienen β -anillos lactamas... > Inmunoglobulinas, p. ej. anticuerpos mono o policlonales > C07K16/18 (contra materiales animales o humanos)
  • SECCION C — QUIMICA; METALURGIA > QUIMICA ORGANICA > PEPTIDOS (péptidos que contienen β -anillos lactamas... > Péptidos con más de 20 aminoácidos; Gastrinas;... > C07K14/47 (de mamíferos)
  • SECCION C — QUIMICA; METALURGIA > QUIMICA ORGANICA > PEPTIDOS (péptidos que contienen β -anillos lactamas... > Péptidos con más de 20 aminoácidos; Gastrinas;... > C07K14/505 (Eritropoyetina (EPO))
  • SECCION C — QUIMICA; METALURGIA > QUIMICA ORGANICA > PEPTIDOS (péptidos que contienen β -anillos lactamas... > Péptidos con más de 20 aminoácidos; Gastrinas;... > C07K14/575 (Hormonas)
  • SECCION C — QUIMICA; METALURGIA > BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE;... > MICROORGANISMOS O ENZIMAS; COMPOSICIONES QUE LOS... > Enzimas, p. ej. ligasas (6.; Proenzimas; Composiciones... > C12N9/54 (siendo las bacterias del género Bacillus)
  • SECCION C — QUIMICA; METALURGIA > BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE;... > MICROORGANISMOS O ENZIMAS; COMPOSICIONES QUE LOS... > Enzimas, p. ej. ligasas (6.; Proenzimas; Composiciones... > C12N9/64 (que provienen de tejido animal, p. ej. renina)
  • SECCION C — QUIMICA; METALURGIA > QUIMICA ORGANICA > PEPTIDOS (péptidos que contienen β -anillos lactamas... > Inmunoglobulinas, p. ej. anticuerpos mono o policlonales > C07K16/30 (de células tumorales)
  • SECCION C — QUIMICA; METALURGIA > QUIMICA ORGANICA > PEPTIDOS (péptidos que contienen β -anillos lactamas... > Péptidos con más de 20 aminoácidos; Gastrinas;... > C07K14/545 (IL-1)
  • SECCION C — QUIMICA; METALURGIA > QUIMICA ORGANICA > PEPTIDOS (péptidos que contienen β -anillos lactamas... > Péptidos con más de 20 aminoácidos; Gastrinas;... > C07K14/475 (Factores de crecimiento; Reguladores de crecimiento)
  • SECCION C — QUIMICA; METALURGIA > BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE;... > MICROORGANISMOS O ENZIMAS; COMPOSICIONES QUE LOS... > Enzimas, p. ej. ligasas (6.; Proenzimas; Composiciones... > C12N9/88 (Liasas (4.))
  • SECCION C — QUIMICA; METALURGIA > QUIMICA ORGANICA > PEPTIDOS (péptidos que contienen β -anillos lactamas... > Péptidos con más de 20 aminoácidos; Gastrinas;... > C07K14/50 (Factor de crecimiento de fibroblastos (FGF))
  • SECCION C — QUIMICA; METALURGIA > QUIMICA ORGANICA > PEPTIDOS (péptidos que contienen β -anillos lactamas... > Péptidos con más de 20 aminoácidos; Gastrinas;... > C07K14/525 (Factor de necrosis tumoral (TNF))
  • SECCION C — QUIMICA; METALURGIA > QUIMICA ORGANICA > PEPTIDOS (péptidos que contienen β -anillos lactamas... > Péptidos con más de 20 aminoácidos; Gastrinas;... > C07K14/415 (de vegetales)
  • SECCION G — FISICA > COMPUTO; CALCULO; CONTEO > TRATAMIENTO DE DATOS DIGITALES ELECTRICOS (computadores... > G06F19/00 (Métodos o equipos para computación digital o procesamiento de datos, especialmente adaptados para aplicaciones específicas (G06F 17/00  tiene preferencia; sistema o métodos de procesamiento de datos especialmente adaptados para propósitos administrativos, comerciales, financieros, de gestión, supervisión o predicción G06Q))
  • SECCION C — QUIMICA; METALURGIA > BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE;... > MICROORGANISMOS O ENZIMAS; COMPOSICIONES QUE LOS... > Enzimas, p. ej. ligasas (6.; Proenzimas; Composiciones... > C12N9/24 (actúan sobre compuestos glicosílicos (3.2))
  • SECCION C — QUIMICA; METALURGIA > QUIMICA ORGANICA > PEPTIDOS (péptidos que contienen β -anillos lactamas... > Péptidos con más de 20 aminoácidos; Gastrinas;... > C07K14/59 (Hormona estimulante del folículo (FSH); Gonadotropinas coriónicas, p. ej. HCG; Hormona luteinizante (LH); Hormona estimulante del tiroides (TSH))
  • SECCION C — QUIMICA; METALURGIA > QUIMICA ORGANICA > PEPTIDOS (péptidos que contienen β -anillos lactamas... > Péptidos con más de 20 aminoácidos; Gastrinas;... > C07K14/535 (CSF de granulocitos; CSF de granulocitos-macrófagos)
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