Métodos para la identificación, evaluación y tratamiento de pacientes con terapia de inhibición del proteasoma.

Un método in vitro para determinar un régimen de terapia de inhibición del proteasoma para tratar un tumor en un paciente que comprende:

a) determinar el nivel de expresión de marcadores en un conjunto de marcadores que comprende al menos dos marcadores de predicción seleccionados del grupo que consiste en los marcadores identificados en la Tabla 1, Tabla 2 y Tabla 3 en una muestra de paciente que comprende células tumorales; y

b) determinar un régimen basado en la inhibición del proteasoma para tratar el tumor basándose en la expresión de los marcadores de predicción, en el que un nivel de expresión significativo es indicativo de que el paciente es tanto un paciente sensible como un paciente no sensible.

REFERENCIAS CRUZADAS A SOLICITUDES RELACIONADAS

La presente solicitud reivindica el beneficio de la solicitud provisional de EE.UU. número 60/431.514, presentada el 6 de diciembre de 2002.

ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN

La inhibición del proteasoma representa una estrategia importante recientemente desarrollada en el tratamiento del cáncer. El proteasoma es un complejo multi-enzimático presente en todas las células que desempeña una función en la degradación de proteínas que participan en la regulación del ciclo celular. Por ejemplo, King et al., demostraron que la vía de la ubiquitina-proteasoma desempeña una función esencial en regular el ciclo celular, crecimiento neoplásico y metástasis. Varias proteínas reguladoras clave, que incluyen p53, ciclinas y las cinasas dependientes de ciclinas p21 y p27KIP1, son temporalmente degradadas durante el ciclo celular por la vía de la ubiquitinaproteasoma. La degradación ordenada de estas proteínas se requiere para que la célula avance a través del ciclo celular y experimente la mitosis. Véase, por ejemplo, Science 274:1652-1659 (1996) . Además, la vía de la ubiquitinaproteasoma se requiere para la regulación transcripcional. Palombella et al., enseñan que la activación del factor de transcripción NF-kB está regulada por la degradación mediada por el proteasoma de la proteína inhibidora IkB. Véase la publicación de solicitud de patente internacional nº WO 95/25533. A su vez, NF-kB desempeña una función central en la regulación de genes que participan en las respuestas inmunitarias e inflamatorias. Por ejemplo, Read et al. demostraron que la vía de la ubiquitina-proteasoma se requiere para la expresión de moléculas de adhesión a células, tales como E-selectina, ICAM-1 y VCAM-1. Véase Immunity 2:493-506 (1995) . Hallazgos adicionales soportan adicionalmente la función para la inhibición del proteasoma en terapia para el cáncer, ya que Zetter encontró que las moléculas de adhesión a células participan en la metástasis y angiogénesis de tumor in vivo, dirigiendo la adhesión y extravasación de células tumorales a y de la vasculatura a sitios de tejido remotos dentro del cuerpo. Véase, por ejemplo, Seminars in Cancer Biology 4:219-229 (1993) . Además, Beg y Baltimore encontraron que NF-kB es un factor antiapoptósico, y la inhibición de la activación de NF-kB hace a las células más sensibles al estrés ambiental y agentes citotóxicos. Véase Science 274:782 (1996) .

Adams et al. han descrito compuestos de ésteres y ácidos borónicos de péptido útiles como inhibidores del proteasoma. Véase, por ejemplo, la patente de EE.UU. nº 5.780.454 (1998) , la patente de EE.UU. nº 6.066.730 (2000) y la patente de EE.UU. nº 6.083.903 (2000) . Describen el uso de los compuestos de ésteres borónicos y ácidos borónicos desvelados para reducir la tasa de degradación de proteína del músculo, para reducir la actividad de NF-kB en una célula, para reducir la tasa de degradación de la proteína p53 en una célula, para inhibir la degradación de ciclina en una célula, para inhibir el crecimiento de una célula cancerosa y para inhibir la adhesión de células dependiente de NF-kB. Adams et al. han descrito uno de los compuestos, ácido N-pirazincarbonil-Lfenilalanina-L-leucinaborónico (PS-341, ahora se conoce como bortezomib) ya que ha demostrado actividad antitumoral en modelos de xenoinjerto de tumor humano. Este compuesto particular se recibido recientemente la autorización para el tratamiento de pacientes que tienen mieloma múltiple resistente al tratamiento recidivante, y está actualmente sometiéndose a ensayos clínicos en indicaciones adicionales, que incluyen cánceres hematológicos adicionales, además de tumores sólidos.

Debido a que el proteasoma desempeña una función generalizada en la fisiología normal, además de la patología, es importante optimizar (por ejemplo, evitar la excesiva) inhibición del proteasoma si se usan inhibidores del proteasoma como agentes terapéuticos. Además, uno de los constantes problemas con la terapia en pacientes con cáncer es las diferencias individuales en la respuesta a terapias. Con el estrecho índice terapéutico y el potencial tóxico de muchas terapias para el cáncer disponibles, éste contribuye potencialmente a que muchos pacientes reciban regímenes de terapia ineficaces innecesarios e incluso perjudiciales. Si una terapia diseñada pudiera optimizarse para tratar pacientes individuales, tales situaciones podrían reducirse o incluso eliminarse. Por consiguiente, existe una necesidad de identificar pacientes con cáncer particulares contra los que los inhibidores del proteasoma son particularmente eficaces, tanto solos como en combinación con otras quimioterapias. Por tanto, existe una necesidad de identificar pacientes particulares que respondan bien al tratamiento con un inhibidor del proteasoma (respondedores) frente a aquellos pacientes que no responden al tratamiento del proteasoma (no respondedores) . Por tanto, sería beneficioso proporcionar el diagnóstico, estadificación, pronóstico y monitorización de pacientes con cáncer, que incluyen, por ejemplo, pacientes con cáncer hematológico (por ejemplo, mieloma múltiple, leucemias, linfoma, etc.) , además de pacientes con cáncer de tumor sólido, que se beneficiarían de terapias de inhibición del proteasoma; o para indicar una predisposición de tales pacientes a tales medidas preventivas. La presente invención se dirige hacia estas necesidades.

DESCRIPCIÓN DE LA INVENCIÓN

La presente invención se refiere a los métodos y kit definidos en las reivindicaciones adjuntas. Estos métodos

normalmente incluyen determinar el nivel de expresión de dos o más marcadores de predicción en el tumor de un paciente (por ejemplo, células de cáncer de un paciente) e identificar si la expresión en la muestra incluye un patrón o perfil de expresión de un marcador de predicción seleccionado o conjunto de marcadores que se correlaciona con respuesta o no respuesta a terapia de inhibición del proteasoma.

Los métodos proporcionados de la invención pueden eliminar el uso ineficaz o inapropiado de regímenes de terapia de inhibición del proteasoma.

Los presentes métodos y composiciones se diseñan para su uso en diagnósticos y terapéuticos para un paciente que padece cáncer. El cáncer puede ser del tipo tumor líquido o sólido. Los tumores líquidos incluyen tumores de origen hematológico, que incluyen, por ejemplo, mielomas (por ejemplo, mieloma múltiple) , leucemias (por ejemplo, síndrome de Waldenstrom, leucemia linfocítica crónica, otras leucemias) y linfomas (por ejemplo, linfomas de linfocitos B, linfoma no Hodgkin) . Los tumores sólidos pueden originarse en órganos, e incluyen cánceres tales como pulmón, mama, próstata, ovario, colon, riñón e hígado.

Agentes terapéuticos para su uso en los métodos de la invención incluyen une nueva clase de agentes terapéuticos conocidos como inhibidores del proteasoma. Un ejemplo de un inhibidor del proteasoma que se autorizó recientemente para el tratamiento de pacientes con mieloma múltiple resistente al tratamiento recidivante y está actualmente siendo probado en ensayos clínicos para indicaciones adicionales es bortezomib. Se conocen en la técnica otros ejemplos de inhibidores del proteasoma y se describen en más detalle en el presente documento. Los regímenes de terapia de inhibición del proteasoma también pueden incluir agentes terapéuticos adicionales tales como agentes quimioterapéuticos. Algunos ejemplos de agentes quimioterapéuticos tradicionales se exponen en la Tabla A. Alternativamente o en combinación con estos agentes quimioterapéuticos, las clases más nuevas de agentes quimioterapéuticos también pueden usarse en terapia de inhibición del proteasoma.

Una realización de la invención proporciona métodos para determinar un régimen basado en inhibición del proteasoma para tratar un tumor en un paciente. Tales métodos se definen en las reivindicaciones. Un nivel de expresión significativo del marcador de predicción o marcadores en la muestra de paciente puede ser una indicación de que el paciente es un paciente sensible y se beneficiaría de la terapia de inhibición del proteasoma cuando el marcador de predicción o conjunto de marcadores proporcionado en el presente documento indicara tal sensibilidad. Adicionalmente, un nivel de expresión significativo de un marcador de predicción o marcadores en un paciente puede ser una indicación de que el paciente no es un paciente sensible y no se beneficiaría de la terapia de inhibición del proteasoma cuando el marcador o marcadores proporcionados en el presente documento indicaran tal no sensibilidad.

Marcadores de predicción seleccionados para... [Seguir leyendo]

1. Un método in vitro para determinar un régimen de terapia de inhibición del proteasoma para tratar un tumor en un paciente que comprende:

a) determinar el nivel de expresión de marcadores en un conjunto de marcadores que comprende al menos dos marcadores de predicción seleccionados del grupo que consiste en los marcadores identificados en la Tabla 1, Tabla 2 y Tabla 3 en una muestra de paciente que comprende células tumorales; y b) determinar un régimen basado en la inhibición del proteasoma para tratar el tumor basándose en la expresión de los marcadores de predicción, en el que un nivel de expresión significativo es indicativo de que el paciente es tanto un paciente sensible como un paciente no sensible.

2. El método de la reivindicación 1, en el que

a) el nivel de expresión de los marcadores en el conjunto de marcadores de predicción se determina por detección de ARNm o proteína; y/o b) los marcadores de predicción seleccionados de los marcadores identificados en la Tabla 1, Tabla 2 y Tabla 3 comprenden marcadores identificados en cualquiera de la Tabla 4, Tabla 5 o Tabla 6.

3. El método de la reivindicación 1 ó 2, en el que la determinación del nivel de expresión significativo se determina por comparación con un marcador de control o por comparación con un patrón predeterminado.

4. El método de la reivindicación 1 ó 2, en el que el tumor está seleccionado de tumores líquidos o sólidos, opcionalmente en el que el tumor líquido está seleccionado del grupo que consiste en mielomas, mieloma múltiple, linfoma no Hodgkin, linfomas de linfocitos B, síndrome de Waldenstrom, leucemia linfocítica crónica y otras leucemias.

5. El método de la reivindicación 1 a 4, en el que el régimen basado en la inhibición del proteasoma para tratar el tumor que comprende tratamiento con un inhibidor del proteasoma está seleccionado del grupo que consiste en un aldehído de peptidilo, un ácido borónico de peptidilo, un éster borónico de peptidilo, una vinilsulfona, una epoxicetona y un análogo de lactacistina.

6. El método de cualquier reivindicación precedente, en el que el régimen basado en inhibición del proteasoma para tratar el tumor comprende tratamiento con bortezomib.

7. El método de cualquier reivindicación precedente, en el que la muestra de paciente que comprende células tumorales se obtiene del sujeto en cualquier momento seleccionado de antes de la terapia contra el tumor, simultáneamente con la terapia contra el tumor o después de la terapia contra el tumor.

8. El método de la reivindicación 1, en el que los marcadores de predicción están seleccionados de los marcadores identificados en la Tabla 1 o Tabla 2 asociados a una función biológica seleccionada del grupo que consiste en adhesión celular, señalización apoptósica, antígeno del cáncer, ciclo celular, metabolismo del fármaco, resistencia al fármaco, control de crecimiento, hematopoyesis, señalización mitogénica, señalización de mieloma, translocalización de mieloma, vía de NF-kB, oncogenes, señalización oncogénica, homeostasis de proteínas, ruta supresora de tumor y la vía de la ubiquitina/proteasoma.

9. Un conjunto de marcadores para su uso en el método de la reivindicación 1, en el que el conjunto de marcadores comprende al menos dos marcadores de predicción seleccionados del grupo que consiste en los marcadores identificados en la Tabla 1, Tabla 2 y Tabla 3 y se construye usando el método de voto ponderado o la combinación del modelo de distintivos umbral.

10. Un kit para su uso en determinar una terapia de inhibición del proteasoma para tratar un tumor en un paciente que comprende reactivos para evaluar la expresión de al menos un marcador de predicción, e instrucciones para su uso, en el que los reactivos comprenden

a) una pluralidad de sondas de ácido nucleico, en el que las sondas se unen específicamente a los marcadores en un conjunto de marcadores de predicción que comprende al menos dos marcadores identificados en cualquiera de la Tabla 1, Tabla 2 o Tabla 3; y/o b) una pluralidad de reactivos de detección seleccionados del grupo que consiste en un anticuerpo, un derivado de anticuerpo, un fragmento de anticuerpo y sonda de péptido, en el que los reactivos de detección se unen específicamente a las proteínas codificadas por marcadores de predicción en un conjunto de marcadores de predicción que comprende al menos dos marcadores identificados en cualquiera de la Tabla 1, Tabla 2 o Tabla 3.

11. El método de la reivindicación 1, en el que el conjunto de marcadores de predicción comprende marcadores seleccionados de la Tabla 7.