ARN de interferencia pequeño, en el que la cadena sentido del mismo se selecciona del grupo que consiste en las secuencias de nucleótidos de SEQ ID NO: 40 y 41 como secuencia diana

CAMPO DE LA INVENCIÓN

La presente invención se refiere al campo de la ciencia biológica, más específicamente al campo de la investigación del cáncer. En particular, se dan a conocer genes novedosos B1194 y A2282, implicados en el mecanismo 5 de proliferación del cáncer de mama, así como polipéptidos codificados por los genes. Los genes y polipéptidos dados a conocer pueden usarse, por ejemplo, en el diagnóstico del cáncer de mama, y como moléculas diana para desarrollar fármacos contra el cáncer de mama. Por tanto, la presente invención se refiere a las realizaciones caracterizadas en las reivindicaciones.

ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN 10

El cáncer de mama, una enfermedad genéticamente heterogénea, es el tumor maligno más común en mujeres. Cada año se notifica una estimación de aproximadamente 800.000 nuevos casos a nivel mundial (Parkin DM, et. al., (1999). CA Cancer J Clin 49:33-64). La mastectomía es aún la primera opción concurrente para el tratamiento médico. A pesar de la extracción quirúrgica de los tumores primarios, puede producirse recidiva en sitios localizados o distantes debido a micrometástasis indetectable en el momento del diagnóstico (Saphner T, et al., (1996). J Clin Oncol, 14, 2738-15 2746). Habitualmente se administran agentes citotóxicos como terapia auxiliar tras la cirugía, lo que tiene como objetivo destruir las células residuales o premalignas. El tratamiento con agentes quimioterápicos convencionales es a menudo empírico y mayormente se basa en parámetros tumorales histológicos, y, en ausencia de un entendimiento mecanístico específico, los fármacos dirigidos a una diana están convirtiéndose por tanto en el tratamiento base para el cáncer de mama. El tamoxifeno y los inhibidores de la aromatasa, dos representantes de su clase, han demostrado tener grandes 20 respuestas cuando se usan como adyuvante o quimioprevención en pacientes con cáncer de mama con metástasis (Fisher B, et al., (1998). J Natl Cancer Inst, 90, 1371-1388; Cuzick J (2002). Lancet 360, 817-824). Sin embargo, la desventaja es que sólo los receptores de estrógenos expresados en los pacientes son sensibles a estos fármacos. Recientemente, incluso surgieron preocupaciones en cuanto a sus efectos secundarios, por ejemplo cáncer de endometrio que resulta de tratamiento con tamoxifeno a largo plazo y fracturas óseas que resultan de la terapia con 25 aromatasa en las mujeres posmenopáusicas (Coleman RE (2004). Oncology. 18 (5 Supl. 3), 16-20).

A pesar del avance reciente en las estrategias de diagnóstico y terapéuticas, el pronóstico de los pacientes con cánceres avanzados sigue siendo muy pobre. Aunque estudios moleculares han revelado la implicación de alteraciones en genes supresores tumorales y/u oncogenes en la carcinogénesis, el mecanismo preciso queda aún por esclarecer.

Tecnologías de micromatrices de ADNc han permitido la construcción de perfiles completos de expresión 30 génica en células normales y malignas, y la comparación de la expresión génica en células malignas y normales correspondientes (Okabe et al., Cancer Res 61:2129-37 (2001); Kitahara et al., Cancer Res 61: 3544-9 (2001); Lin et al., Oncogene 21: 4120-8 (2002); Hasegawa et al., Cancer Res 62:7012-7 (2002)). Este enfoque facilita el entendimiento de la naturaleza compleja de las células cancerosas, y ayuda a esclarecer el mecanismo de la carcinogénesis. La identificación de los genes que se desregulan en tumores puede conducir a un diagnóstico más preciso y exacto de 35 cánceres individuales, y al desarrollo de dianas terapéuticas novedosas (Bienz y Clevers, Cell 103:311-20 (2000)). Para dar a conocer los mecanismos que subyacen a los tumores desde un punto de vista para todo el genoma, y descubrir moléculas diana para el diagnóstico y desarrollo de fármacos terapéuticos novedosos, los presentes inventores han analizado los perfiles de expresión de células tumorales usando una micromatriz de ADNc de 23.040 genes (Okabe et al., Cancer Res 61:2129-37 (2001); Kitahara et al., Cancer Res 61:3544-9 (2001); Lin et al., Oncogene 21:4120-8 40 (2002); Hasegawa et al., Cancer Res 62:7012-7 (2002)).

Estudios diseñados para revelar los mecanismos de la carcinogénesis ya han facilitado la identificación de dianas moleculares para agentes antitumorales. Por ejemplo, se ha demostrado que los inhibidores de la farnesiltransferasa (FTI), que se desarrollaron originalmente para inhibir la ruta de señalización del crecimiento relacionada con Ras y cuya activación depende de la farnesilación postraduccional, son eficaces en el tratamiento de 45 tumores dependientes de Ras en modelos con animales (Sun J, et al., Oncogene. 1998; 16:1467-73.). Ensayos clínicos en seres humanos, usando una combinación de fármacos anticancerígenos y el anticuerpo monoclonal anti-HER2, trastuzumab, para antagonizar el receptor del protooncogén HER2/neu, han estado logrando una respuesta clínica mejorada y la supervivencia global de los pacientes con cáncer de mama (Molina MA, et al., Cancer Res. 2001; 61:4744-9.). Se ha desarrollado un inhibidor de tirosina cinasa, STI-571, que inactiva selectivamente proteínas de fusión 50 bcr-abl, para tratar leucemias mielógenas crónicas en las que la activación constitutiva de la tirosina cinasa de bcr-abl desempeña un papel crucial en la transformación de leucocitos. Se diseñan agentes de estas clases para suprimir la actividad oncogénica de productos génicos específicos (O'Dwyer ME & Druker BJ, Curr Opin Oncol. 2000; 12:594-7.). Por tanto, los productos génicos comúnmente regulados por incremento en células cancerosas pueden servir como dianas potenciales para desarrollar agentes anticancerígenos novedosos. 55

Se ha demostrado que los linfocitos T citotóxicos CD8+ (CTL) reconocen péptidos de epítopos derivados de antígenos asociados a tumores (TAA) presentados en la molécula de clase I del CMH, y células tumorales de lisis. Desde el descubrimiento de la familia MAGE como primer ejemplo de TAA, se han descubierto muchos otros TAA

usando enfoques inmunológicos (Boon, Int J Cancer 54: 177-80 (1993); Boon y van der Bruggen, J Exp Med 183: 725-9 (1996); van der Bruggen et al., Science 254: 1643-7 (1991); Richard et al., J Exp Med 178: 489-95 (1993); Kawakami et al., J Exp Med 180: 347-52 (1994)). Algunos de los TAA descubiertos se encuentran ahora en la fase de desarrollo clínico como dianas de inmunoterapia. Los TAA descubiertos hasta la fecha incluyen MAGE (van der Bruggen et al., Science 254: 1643-7 (1991)), gp100 (Kawakami et al., J Exp Med 180: 347-52 (1994)), SART (Shichijo et al., J Exp Med 5 187: 277-88 (1998)), y NY-ESO-1 (Chen et al., Proc Natl Acad Sci USA 94: 1914-8 (1997)). Por otra parte, se ha mostrado que productos génicos, que se había demostrado que se sobreexpresaban específicamente en células tumorales, se reconocen como dianas que inducen respuestas inmunitarias celulares. Tales productos génicos incluyen p53 (Umano et al., Brit J Cancer 84: 1052-7 (2001)), HER2/neu (Tanaka et al., Brit J Cancer 84: 94-9 (2001)), CEA (Nukaya et al., Int J Cancer 80: 92-7 (1999)), y similares. 10

A pesar del avance significativo en la investigación básica y clínica sobre los TAA (Rosenberg et al., Nature Med 4: 321-7 (1998); Mukherji et al., Proc Natl Acad Sci USA 92: 8078-82 (1995); Hu et al., Cancer Res 56: 2479-83 (1996)), sólo un número limitado de TAA candidatos para el tratamiento de adenocarcinomas, incluyendo cáncer de mama, se encuentran actualmente disponibles. Los TAA expresados abundantemente en células cancerosas, y al mismo tiempo cuya expresión se limita a células cancerosas, serían candidatos prometedores como dianas 15 inmunoterapéuticas. Además, se espera que la identificación de nuevos TAA que inducen respuestas inmunitarias antitumorales potentes y específicas fomente el uso clínico de estrategias de vacunación con péptidos en diversos tipos de cáncer (Boon y van der Bruggen, J Exp Med 183: 725-9 (1996); van der Bruggen et al., Science 254: 1643-7 (1991); Brichard et al., J Exp Med 178: 489-95 (1993); Kawakami et al., J Exp Med 180: 347-52 (1994); Shichijo et al., J Exp Med 187: 277-88 (1998); Chen et al., Proc Natl Acad Sci USA 94: 1914-8 (1997); Harris, J Natl Cancer Inst 88: 1442-55 20 (1996); Butterfield et al., Cancer Res 59: 3134-42 (1999); Vissers et al., Cancer Res 59: 5554-9 (1999); van der Burg et al., J Immunol 156: 3308-14 (1996); Tanaka et al., Cancer Res 57: 4465-8 (1997); Fujie et al., Int J Cancer 80: 169-72 (1999); Kikuchi et al., Int J Cancer 81: 459-66 (1999); Oiso et al., Int J Cancer 81: 387-94 (1999).

Se ha notificado repetidamente que las células mononucleares de sangre... [Seguir leyendo]

1. ARN de interferencia pequeño, en el que la cadena sentido del mismo se selecciona del grupo que consiste en las secuencias de nucleótidos de SEQ ID NO: 40 y 41 como secuencia diana.

2. Método de selección de un compuesto útil en el tratamiento del cáncer de mama, comprendiendo dicho método las etapas de: 5

(a) poner en contacto un compuesto de prueba con un polipéptido seleccionado del grupo que consiste en:

(1) un polipéptido que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 4, 6 u 8;

(2) un polipéptido que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 4, 6 u 8 en la que uno o más aminoácidos están sustituidos, delecionados, insertados y/o añadidos y que tiene una identidad del 95% con SEQ ID NO: 4, 6 u 8, y una actividad biológica de potenciación de la 10 proliferación celular y la actividad cinasa; y

(3) un polipéptido codificado por un polinucleótido que se hibrida en condiciones rigurosas con un polinucleótido que consiste en la secuencia de nucleótidos de SEQ ID NO: 3, 5 ó 7, en el que el polipéptido tiene una actividad biológica de potenciación de la proliferación celular y la actividad cinasa 15

(b) detectar la actividad de unión entre el polipéptido y el compuesto de prueba; y

(c) seleccionar el compuesto de prueba que se une al polipéptido e inhibe su actividad biológica de potenciación de la proliferación celular y la actividad cinasa.

3. Método de selección de un compuesto útil en el tratamiento del cáncer de mama, comprendiendo dicho método las etapas de: 20

(a) poner en contacto un compuesto de prueba con una célula que expresa uno o más polinucleótidos que comprenden la secuencia de nucleótidos de SEQ ID NO: 3, 5 ó 7; y

(b) seleccionar un compuesto que reduce el nivel de expresión de uno o más polinucleótidos que comprenden la secuencia de nucleótidos de SEQ ID NO: 3, 5 ó 7 en comparación con el nivel de expresión detectado en ausencia del compuesto de prueba. 25

4. Método de selección de un compuesto útil en el tratamiento del cáncer de mama, comprendiendo dicho método las etapas de:

(a) poner en contacto un compuesto de prueba con un polipéptido seleccionado del grupo que consiste en:

(1) un polipéptido que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 4, 6 u 8; 30

(2) un polipéptido que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 4, 6 u 8 en el que uno o más aminoácidos están sustituidos, delecionados, insertados y/o añadidos y que tiene una identidad del 95% con SEQ ID NO: 4, 6 u 8, y una actividad biológica de potenciación de la proliferación celular y la actividad cinasa; y

(3) un polipéptido codificado por un polinucleótido que se hibrida en condiciones rigurosas con un 35 polinucleótido que consiste en la secuencia de nucleótidos de SEQ ID NO: 3, 5 ó 7, en el que el polipéptido tiene una actividad biológica de potenciación de la proliferación celular y la actividad cinasa;

(b) detectar la actividad biológica de potenciación de la proliferación celular y la actividad cinasa del polipéptido de la etapa (a); y 40

(c) seleccionar un compuesto que suprime la actividad biológica del polipéptido en comparación con la actividad biológica detectada en ausencia del compuesto de prueba.

5. Método de selección de un compuesto útil en el tratamiento del cáncer de mama, comprendiendo dicho método las etapas de:

(a) poner en contacto un compuesto de prueba con una célula en la que se ha introducido un vector que 45 comprende la región reguladora de la transcripción de un gen marcador y un gen indicador que se expresa bajo el control de la región reguladora de la transcripción, en el que el gen marcador comprende una cualquiera de las secuencias de nucleótidos seleccionadas del grupo que consiste en SEQ ID:NO 3, 5 y 7,

(b) medir la expresión o actividad de dicho gen indicador; y

(c) seleccionar el compuesto que reduce el nivel de expresión o actividad de dicho gen indicador en comparación con el nivel de expresión o actividad de dicho gen indicador detectado en ausencia del compuesto de prueba.

6. Composición farmacéutica que comprende una cantidad farmacéuticamente eficaz de un polinucleótido 5 antisentido o ARN de interferencia pequeño frente a un polinucleótido que consiste en la secuencia de nucleótidos SEQ ID NO: 3, 5 ó 7 como principio activo, y un vehículo farmacéuticamente aceptable para su uso en el tratamiento del cáncer de mama.

7. Uso de una cantidad farmacéuticamente eficaz de un polinucleótido antisentido o ARN de interferencia pequeño frente a un polinucleótido que consiste en la secuencia de nucleótidos de SEQ ID NO: 3, 5 ó 7 para la 10 preparación de una composición farmacéutica para tratar el cáncer de mama.