Gen de fusión EML4-ALK.

Polipéptido seleccionado del grupo que consiste en

(1) un polipéptido que comprende la secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 2, 7 ó 130 y que tiene una actividad de cinasa,

(2) un polipéptido que comprende una secuencia de aminoácidos derivada de la secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 2 ó 7 con la deleción, sustitución y/o inserción de 1 a 10 aminoácidos y que tiene una actividad de cinasa,

(3) un polipéptido que comprende una secuencia de aminoácidos con el 90% o más de identidad con la secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 2 ó 7 y que tiene una actividad de cinasa, y

(4) un polipéptido que está constituido por la secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 2, 7 ó 130.

Tipo: Patente Europea. Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: E09006058.

Solicitante: ASTELLAS PHARMA INC..

Nacionalidad solicitante: Japón.

Dirección: 5-1, Nihonbashi-honcho 2-chome, Chuo-ku Tokyo 103-8411 JAPON.

Inventor/es: SHINDO, NOBUAKI, SOGA,TAKATOSHI, MANO,HIROYUKI, KUROMITSU,SADAO, FURUTANI,TAKASHI.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • SECCION C — QUIMICA; METALURGIA > QUIMICA ORGANICA > PEPTIDOS (péptidos que contienen β -anillos lactamas... > Péptidos con más de 20 aminoácidos; Gastrinas;... > C07K14/47 (de mamíferos)

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Ilustración 1 de Gen de fusión EML4-ALK.
Ilustración 2 de Gen de fusión EML4-ALK.
Ilustración 3 de Gen de fusión EML4-ALK.
Ilustración 4 de Gen de fusión EML4-ALK.
Ilustración 5 de Gen de fusión EML4-ALK.
Ilustración 6 de Gen de fusión EML4-ALK.
Gen de fusión EML4-ALK.

Fragmento de la descripción:

Gen de fusión EML4-ALK

ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN

Campo de la invención [0001] La presente invención se refiere a un polipéptido como proteína de fusión novedosa, a un polinucleótido que codifica el polipéptido, a un vector que comprende el polinucleótido, a una célula transformada que comprende el vector, a un procedimiento para detectar la proteína de fusión o polinucleótido, a un procedimiento para cribar un agente terapéutico para el cáncer y a un agente terapéutico para el cáncer.

Técnica anterior

Hasta ahora se conocen varios genes relacionados con el cáncer. En particular, se ha mostrado que los genes de tirosina cinasa, que codifican importantes enzimas que regulan directamente el crecimiento celular, se activan incluso por sustitución o deleción en secuencias de aminoácidos y así provocan carcinogénesis.

Por ejemplo, NPM-ALK, los genes de fusión que codifican NPM fusionada con la tirosina cinasa ALK, se observan en más de la mitad de los casos de linfoma anaplásico de células grandes (LACG) y se ha mostrado que la activación de la cinasa ALK es importante para el crecimiento de células tumorales por NPM-ALK (documentos de no patente 25 y 14) .

Se ha informado la presencia de un nuevo tipo de cinasa anormal que se encuentra en aproximadamente el 10% de los casos de cáncer de pulmón y, sin embargo, este informe no ha hecho referencia a moléculas específicas (documento que no es patente 2) .

En 2000 se informó EML4 (proteína 4 similar a proteína asociada a microtúbulos de equinodermo)

(documento que no es patente 3) . La proteína EML4 tiene una región básica en el extremo amino, y adicionalmente tiene dominios WD en el extremo carboxilo (documento que no es patente 8) . Se conocen poco las funciones fisiológicas de EML4.

Por otra parte, la ALK (cinasa de linfoma anaplásico) (documento que no es patente 4) es tirosina cinasa 35 receptora (documento que no es patente 5) .

La expresión de ALK de longitud completa se ha informado hasta ahora en algunas células cancerosas de origen ectodérmico tales como neuroblastoma, glioblastoma, cáncer de mama y melanoma (no se ha observado la expresión de ALK de longitud completa en células cancerosas de orígenes endodérmicos y mesodérmicos) (documento 40 que no es patente 13) . La ALK de longitud completa se expresa en muchas líneas celulares de neuroblastoma. Sin embargo, la autofosforilación de ALK no se observa en estas líneas celulares de neuroblastoma. Además, a partir del análisis de cohorte de pacientes con neuroblastoma se ha informado que la expresión de ALK está débilmente asociada al cáncer. Se ha sugerido que la expresión de ALK en neuroblastoma puede reflejar su expresión en diferenciación neural normal, en vez de su asociación a cáncer (documento que no es patente 10) . Por otra parte, en casos 45 informados, ligandos tales como pleiotrofina y midcina, además de la amplificación génica de la propia ALK, aumentan la autofosforilación de ALK y movilizan señales intracelulares. También se ha informado que la ALK puede contribuir al crecimiento de células cancerosas (documento que no es patente 12) .

En algunos casos de linfoma maligno humano y tumor miofibroblástico inflamatorio se ha informado que el 50 gen ALK está fusionado a otros genes (NPM, CLTCL, TFG, CARS, SEC31L1, etc.) como resultado de translocalización o inversión cromosómica y así forma un tipo de fusión de tirosina cinasa (documentos de no patente 9, 11, 14 a 19 y 26 a 28) . Además, se ha informado un procedimiento para identificar una proteína como componente de fusión para ALK usando anticuerpos de ALK (documento que no es patente 6) . Por otra parte, no se ha informado de un gen de fusión de EML4 y ALK. Debido a que la mayoría de las moléculas tienen un dominio de formación de complejos, no se ha 55 pensado que la propia proteína de fusión forme un complejo. Se ha considerado que esta formación de complejos produce la pérdida de control de la actividad de tirosina cinasa de ALK e induce carcinogénesis con señales intracelulares anormalmente activadas (documento que no es patente 10) . De hecho, se ha informado que el uso de ARNhc de ALK o compuesto inhibidor de cinasa ALK para células de linfoma que expresan proteínas de fusión de ALK puede inducir inhibición del crecimiento celular y muerte celular. Por tanto, se ha sugerido que la proteína de fusión ALK

puede servir de diana terapéutica para linfoma y tumor miofibroblástico inflamatorio (documentos de no patente 20 a 22) . También se ha sugerido que la ALK puede servir de diana terapéutica para otros cánceres cuyo crecimiento implica ALK como se describe anteriormente (documentos de no patente 21 a 22) .

Marzec y col. han informado que WHI-P131 y WHI-P154 (ambos, EMD Biosciences) , que se han utilizado

como sustancias inhibidoras de tirosina cinasa JAK3, inhiben la actividad de [0010] NPM-ALK (documento que no es patente 22) . Otro grupo ha informado que el inhibidor de ALK de bajo peso molecular induce la muerte celular de líneas celulares de linfoma que expresan NPM-ALK (documento que no es 5 patente 21) . Además, hasta ahora se han notificado varios compuestos de bajo peso molecular que tienen una actividad

inhibitoria contra ALK (documentos de no patente 23 y 24 y documentos de patente 1 a 3) . [Documento de patente 1] Panfleto de documento WO 2004/080980 [Documento de patente 2] Panfleto de documento WO 2005/009389 [Documento de patente 3] Panfleto de documento WO 2005/016894

[Documento que no es patente 1] “The New England journal of medicine”, (EE.UU.) , 2005, vol. 353, pág. 172-187 [Documento que no es patente 2] Proceedings of the 65th Annual Meeting of the Japanese Cancer Association, O324 (concedida el 28 de agosto de 2006) [Documento que no es patente 3] número de registro de GenBank: NM_019063 [Documento que no es patente 4] número de registro de GenBank: AB209477

[Documento que no es patente 5] Oncogene. 30 de enero de 1997; 14 (4) : 439-49 [Documento que no es patente 6] PNAS 2006 103, 7402-7407 [Documento que no es patente 7] “Seminars in oncology”, (EE.UU.) , 1993, vol. 20, pág. 105-127 [Documento que no es patente 8] “Genomics”, (EE.UU.) , 2000, vol. 68, pág. 348-350 [Documento que no es patente 9] Oncogene 9: 1567-1574, 1994

[Documento que no es patente 10] “Cellular and molecular life sciences”, (Suiza) , 2004, vol. 61, pág. 2939-2953 [Documento que no es patente 11] Am J Patol 160: 1487-1494, 2002 [Documento que no es patente 12] “Journal of cellular physiology”, (EE.UU.) , 2004, vol. 199, pág. 330-358 [Documento que no es patente 13] “International journal of cancer”, (EE.UU.) , 2002, vol. 100, pág. 49-56 [Documento que no es patente 14] “Science”, (EE.UU.) , 1994, vol. 263, pág. 1281-1284

[Documento que no es patente 15] “Blood”, (EE.UU.) , 1995, vol. 86, pág. 1954-1960 [Documento que no es patente 16] “Blood”, (EE.UU.) , 2000, vol. 95, pág. 3204-3207 [Documento que no es patente 17] “Blood”, (EE.UU.) , 1999, vol. 94, pág. 3265-3268 [Documento que no es patente 18] “Laborator y investigation; a journal of technical methods and pathology”, (EE.UU.) , 2003, vol. 83, pág. 1255-1265

[Documento que no es patente 19] “International journal of cancer”, (EE.UU.) , 2006, vol. 118, pág. 1181-1186 [Documento que no es patente 20] “Blood”, (EE.UU.) , 2006, vol. 107, pág. 689-697 [Documento que no es patente 21] “Blood”, (EE.UU.) , 2006, vol. 107, pág. 1617-1623 [Documento que no es patente 22] “Laborator y investigation; a journal of technical methods and pathology”,... [Seguir leyendo]

 


Reivindicaciones:

1. Polipéptido seleccionado del grupo que consiste en

(1) un polipéptido que comprende la secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 2, 7 ó 130 y que tiene una actividad de cinasa,

(2) un polipéptido que comprende una secuencia de aminoácidos derivada de la secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 2 ó 7 con la deleción, sustitución y/o inserción de 1 a 10 aminoácidos y que tiene una actividad de cinasa,

(3) un polipéptido que comprende una secuencia de aminoácidos con el 90% o más de identidad con la secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 2 ó 7 y que tiene una actividad de cinasa, y

(4) un polipéptido que está constituido por la secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 2, 7 ó 130.

2. Polipéptido, según la reivindicación 1, en el que el polipéptido comprende la secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 2 y que tiene una actividad de cinasa.

3. Polipéptido, según la reivindicación 1, en el que el polipéptido comprende la secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 7 y que tiene una actividad de cinasa.

4. Polipéptido, según la reivindicación 1, en el que el polipéptido comprende la secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 130 y que tiene una actividad de cinasa.

5. Polipéptido, según la reivindicación 1, en el que el polipéptido comprende una secuencia de aminoácidos con el 90%

o más de identidad con la secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 2 ó 7 y que tiene una actividad de cinasa.

6. Polipéptido, según la reivindicación 1, en el que el polipéptido está constituido por la secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 2.

7. Polipéptido, según la reivindicación 1, en el que el polipéptido está constituido por la secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 7.

8. Polipéptido, según la reivindicación 1, en el que el polipéptido está constituido por la secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 130.

9. Polinucleótido que codifica el polipéptido, según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8.

10. Vector de expresión que comprende el polinucleótido, según la reivindicación 9.

11. Célula transformada con el vector de expresión, según la reivindicación 10.

12. Procedimiento para producir el polipéptido, según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8, que comprende cultivar la célula transformada, según la reivindicación 11, en condiciones adecuadas para la expresión del polipéptido y la recogida del polipéptido de la célula.

13. Uso de 5-cloro-N4-[2- (isopropilsulfonil) fenil]-N2-{2-metoxi-4-[4- (4-metilpiperazin-1-il) piperidin-1-il]fenil}pirimidin-2, 4diamina ó 2-[ (5-bromo-2-{[2-metoxi-4- (4-metilpiperazin-1-il) fenil]amino) pirimidin-4-il) amino]-N-metilbencenosulfonamida para la fabricación de una composición farmacéutica para el tratamiento del cáncer de pulmón que se muestra positivo para un gen de fusión del gen de la proteína 4 similar a proteína asociada a microtúbulos de equinodermo (EML4) y el gen de cinasa de linfoma anaplásico (ALK) .

14. Sustancia para utilizar en el tratamiento del cáncer de pulmón que se muestra positivo para un gen de fusión del gen de EML4 y el gen de ALK, en la que la sustancia es 5-cloro-N4-[2- (isopropilsulfonil) fenil]-N2-{2-metoxi-4-[4- (4metilpiperazin-1-il) piperidin-1-il]fenil}pirimidin-2, 4-diamina ó 2-