Firma de microARN como indicador del riesgo de recurrencia temprana en pacientes con cáncer de mama.

La presente invención se sitúa en el campo de la oncología y el tratamiento del cáncer. La presente invención incluye métodos para pronosticar el riesgo de recurrencia de tumores de mama empleando la firma de expresión de determinados miARNs. Específicamente, la presente invención se refiere a un procedimiento para determinar el riesgo de recurrencia de cáncer de mama que comprende medir los niveles de expresión de al menos un miARN seleccionado de entre el grupo que consiste en miR-149-5p

(SEQ ID NO: 1), miR-10a-5p, (SEQ ID NO: 2), miR-20b-5p, (SEQ ID NO: 3), miR-30a-3p (SEQ ID NO: 4); y miR-342-5p, (SEQ ID NO: 5) en una muestra del tumor, en el que una alteración del nivel de expresión de al menos un miARN en el tumor, con respecto al nivel de expresión en una muestra control, es indicativa de un elevado riesgo de recurrencia del tumor. Además, la presente invención se refiere a herramientas y kits para llevar a cabo el procedimiento de la presente invención.

Tipo: Patente de Invención. Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: P201430349.

Solicitante: UNIVERSIDAD DE MALAGA.

Nacionalidad solicitante: España.

Inventor/es: LOZANO CASTRO,José, ALBA CONEJO,Emilio, PÉREZ RIVAS,Luis Gustavo, JEREZ ARAGONÉS,José, RIBELLES ENTRENA,Nuria.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • SECCION C — QUIMICA; METALURGIA > BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE;... > PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS... > Procesos de medida, investigación o análisis en... > C12Q1/68 (en los que intervienen ácidos nucleicos)

PDF original: ES-2548299_A1.pdf

 

google+ twitter facebookPin it
Ilustración 1 de Firma de microARN como indicador del riesgo de recurrencia temprana en pacientes con cáncer de mama.
Ilustración 2 de Firma de microARN como indicador del riesgo de recurrencia temprana en pacientes con cáncer de mama.
Ilustración 3 de Firma de microARN como indicador del riesgo de recurrencia temprana en pacientes con cáncer de mama.
Ilustración 4 de Firma de microARN como indicador del riesgo de recurrencia temprana en pacientes con cáncer de mama.
Ilustración 5 de Firma de microARN como indicador del riesgo de recurrencia temprana en pacientes con cáncer de mama.
Ilustración 6 de Firma de microARN como indicador del riesgo de recurrencia temprana en pacientes con cáncer de mama.
Firma de microARN como indicador del riesgo de recurrencia temprana en pacientes con cáncer de mama.

Fragmento de la descripción:

FIRMA DE MICROARN COMO INDICADOR DEL RIESGO DE RECURRENCIA TEMPRANA EN PACIENTES CON CÁNCER DE MAMA

Campo técnico

La presente invención se sitúa en el campo de la oncología y el tratamiento y pronóstico del cáncer. La presente invención incluye métodos para pronosticar el riesgo de recurrencia de tumores de mama empleando la firma de expresión de determinados miARNs.

Introducción

El cáncer de mama constituye un grupo de enfermedades heterogéneas que se pueden clasificar en base tanto a sus características clínicas como moleculares [1-5]. A nivel mundial, el cáncer de mama es el cáncer invasivo más común en las mujeres. Las mejoras en la detección precoz de los tumores primarios y el desarrollo de nuevas terapias, junto con el uso sistemático de la quimioterapia adyuvante, han reducido drásticamente las tasas de mortalidad y aumentado la supervivencia libre de enfermedad (DFS) en el cáncer de mama. Sin embargo, aproximadamente un tercio de los pacientes sometidos a la extirpación del tumor de mama desarrollará metástasis, la mayor amenaza para la supervivencia asociada al tumor, estrechamente asociada con un peor pronóstico [6,7],

Al cáncer se le llama recurrente cuando reaparece después del tratamiento. La recurrencia puede ser local (en el mismo seno o en la cicatriz de la mastectomía) o en un área distante.

El riesgo de recaída (o recurrencia) después de la resección del tumor no es constante en el tiempo. Un detallado examen de los estudios de seguimiento a largo plazo en las últimas dos décadas revela una función de riesgo bimodal con dos picos de recurrencia temprana y tardía que ocurren al cabo de 1,5 y 5 años, respectivamente, seguido de una meseta casi plana en la que el riesgo de recurrencia tiende a cero [ 8-10 ].

Algunos investigadores han propuesto una relación de causalidad entre la cirugía del tumor y el patrón bimodal de recurrencia (es decir, un efecto iatrogénico) [11], De acuerdo con ese modelo, la extirpación quirúrgica del tumor primario de mama aceleraría el crecimiento de focos metastásicos latentes, alterando el equilibrio entre factores circulantes pro- y anti- angiogénicos [9, 11-14], Esta hipótesis se ve apoyada por el hecho de que los dos picos de recaída se observan independientemente de otros factores, a parte de la cirugía, como el estado de los ganglios axilares, el tipo de cirugía o la administración de terapia adyuvante.

Aunque los tumores negativos para los receptores de estrógeno (ER) se asocian con un mayor riesgo de recurrencia temprana [15], el patrón de distribución bimodal se observa con independencia del estado de los receptores hormonales [16].

Por lo tanto, dde acuerdo con este modelo de función de riesgo bimodal, la recurrencia precoz se puede explicar como un efecto iatrogénico de la extirpación quirúrgica del tumor primario. Las recurrencias tardías, por el contrario, no están sincronizados y, por tanto, se cree que no están influenciadas por el procedimiento quirúrgico. En su lugar, se propone que son el resultado de la expansión repentina de micrometástasis de una sola célula durante la evolución natural de la enfermedad [11]. Siguiendo esta hipótesis, informes anteriores se han centrado en focos de metástasis latentes, el microambiente circundante del tumor o incluso señales presentes en el suero para encontrar factores que podrían explicar los diferentes riesgos de recurrencia.

Otros estudios también sugieren que la dinámica de la recaída del tumor puede ser una consecuencia de la intervención quirúrgica para extirpar el tumor primario, que pudieran alterar los niveles circulantes de VEGF, TNFa y otras citoquinas inflamatorias [17-19]. Sin embargo, aún se requiere evidencia empírica que demuestre un vínculo molecular entre la cirugía del tumor primario de mama y el patrón de recurrencia bimodal.

En general, se ha informado que algunos factores biológicos están implicados en diversos tipos particulares de cánceres, incluyendo las mutaciones somáticas de genes concretos, la expresión alterada de proteínas, la activación alterada de proteínas, y modelos alterados de expresión génica.

La identificación de patrones de expresión distintivos basados en el perfil de expresión génica mediante procedimientos de perfilado génico, tal como una micromatriz (" microarray", en inglés) ha dado lugar a una clasificación de los tumores de mama en cinco subtipos diferentes: luminal A, luminal B, tumores que sobreexpresan HER2 (HER2+), tipo basal y tipo normal [3,4]. Esta clasificación se ha adoptado en la rutina clínica, definiéndose subtipos intrínsecos con características histológicas distintas, respuesta al tratamiento farmacológico y resultados clínicos [3,20-23]. Los subtipos HER2+ y tipo basal se asocian comúnmente con un riesgo de recurrencia más elevado, mientras que los tumores luminales frecuentemente se relacionan con una supervivencia libre de tumor más duradera [24-26].

Un estudio reciente del Consorcio Internacional de la Taxonomía Molecular del Cáncer de

Mama (METABRIC, por sus siglas en inglés, Molecular Taxonomy of Breast Cáncer International Consortium) ha propuesto una nueva clasificación basada en el genoma, mediante la integración tanto de datos genómicos como transcriptómicos. Esta nueva estratificación molecular se basa en el impacto del número de copias somáticas aberrantes (CNAs, por sus siglas en inglés, "copy number aberrations") en el transcriptoma y clasifica los tumores de mama en 10 agrupaciones integradoras (del inglés "integrative clusters", IntClusts 1-10), cada uno asociado con distintos resultados clínicos [27,28],

Los microARN (miARN o "miRNA, en inglés) son pequeñas moléculas de ARN de cadena sencilla que desempeñan un importante papel en la regulación de la expresión génica [29,30], Se transcriben como grandes precursores de ARN (PRI-miARNs o "PRI-miRNAs, en inglés) que se procesan secuencialmente en el núcleo para producir una horquilla de ARN ("RNA hairpirí, en inglés) de 65 nucleótidos (nt), denominada el precursor-miARN (pre- miARN) y en el citoplasma para producir un miARN de 19-23 nt, maduro y activo [31-33],

En general, los miARNs actúan como moduladores negativos de la expresión génica. Los miARNs se unen a una secuencia parcialmente complementaria que generalmente se encuentra en la región no traducida 3 (3'-UTR, por sus siglas en inglés, "untraslated región") de su ARNm diana e inhiben su traducción [34], Debido a esta complementariedad parcial, un único miARN puede dirigirse a múltiples transcritos, por lo tanto, regulando a la baja la expresión de muchas proteínas en la misma o diferente vía [29], Actualmente se han identificado 1.872 precursores de miARNs y 2.578 miARNs maduros en el genoma humano (miRBase 20, www.mirbase.org ) [35], aunque no se conoce en detalle el papel biológico de la mayor parte de ellos.

Como sucede con la expresión de ARNm, el perfil transcripcional de los miARNs puede variar entre los diferentes tejidos y etapas de desarrollo. Alteraciones de los patrones de expresión del miARN y sus secuencias son comunes en varias enfermedades, incluyendo el cáncer [36,37], Los miARNs están involucrados en muchas rutas desreguladas en las células tumorales, especialmente las relacionadas con los marcadores tumorales [38,39] y a menudo se encuentran regiones de punto de ruptura ("breakpoint regions", en inglés) que en cáncer se encuentran amplificadas, eliminadas o tanslocadas [36], Varios miARNs poseen actividad oncogénica (oncomiRs) o actividad supresora de tumores (TS-MIR) y, por lo tanto, pueden contribuir a la tumorogénesis, a la progresión tumoral y a la metástasis [40-42],

Además, los perfiles de expresión del miARN pueden proporcionar información... [Seguir leyendo]

 


Reivindicaciones:

1. Procedimiento para pronosticar el riesgo de recurrencia de cáncer de mama que comprende medir los niveles todos los miARN del grupo que consiste en:

miR-149-5p (SEQ ID NO: 1) miR-10a-5p, (SEQ ID NO: 2) miR-20b-5p, (SEQ ID NO: 3) miR-30a-3p (SEQ ID NO: 4); y miR-342-5p, (SEQ ID NO: 5)

en una muestra del tumor, en el que una reducción del nivel de todos los miARN en el tumor, con respecto a un control, es indicativo de un elevado riesgo de recurrencia del tumor.

2. Procedimiento para pronosticar la supervivencia de un sujeto con cáncer de mama que comprende medir los niveles de todos los miARN del grupo que consiste en:

miR-149-5p (SEQ ID NO: 1) miR-10a-5p, (SEQ ID NO: 2) miR-20b-5p, (SEQ ID NO: 3) miR-30a-3p (SEQ ID NO: 4); y miR-342-5p, (SEQ ID NO: 5)

en una muestra del tumor, en el que una reducción del nivel de todos los miARN en el tumor, con respecto a un control, es indicativa de una baja supervivencia.

3. El procedimiento de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones anteriores caracterizado por que el nivel de expresión todos los miARN se puede obtener mediante:

a. Un procedimiento de perfilado génico, tal como una micromatriz; y/o

b. Un procedimiento que comprende la PCR, tal como la PCR en tiempo real; y/o

c. Transferencia Northern.

4. El procedimiento de acuerdo con la reivindicación 3, caracterizado por que el nivel de expresión de todos los miARN se puede obtener mediante la PCR cuantitativa en tiempo real.

5. El procedimiento de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones anteriores, caracterizado por que el procedimiento se lleva a cabo in vitro usando una muestra originaria del sujeto humano.

6. El procedimiento de una cualquiera o más de las reivindicaciones anteriores, en el que la expresión de los miARN está normalizada, preferiblemente en relación con la expresión de RNU48 y/o miR-16.

7. Un procedimiento para clasificar un sujeto humano que padece cáncer de mama en uno de dos grupos, en el que el grupo 1 comprende los sujetos identificables como con alto riesgo de recurrencia mediante el procedimiento de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones anteriores, y en el que el grupo 2 representa el resto de sujetos.

8. Un kit que comprende al menos cinco oligonucleótidos, caracterizado por que los cinco oligonucleótidos se seleccionan de entre el grupo que consiste en cinco oligonucleótidos capaces de hibridarse con los miARN o su cADN tal como se ha definido en las SEQ ID NOs: 1 a 5 en condiciones de rigor.

9. Un kit de acuerdo con la reivindicación 8, caracterizado por que los oligonucleótidos están inmovilizados en manchas sobre una superficie, que es preferiblemente la superficie de una micromatriz.

20 10. Uso del kit de acuerdo con la reivindicación 8 en un procedimiento de acuerdo con la

reivindicación 1.