COMPOSICIONES PARA EL TRATAMIENTO Y EL DIAGNÓSTICO DE CÁNCER DE MAMA Y MÉTODOS PARA EL USO DE LAS MISMAS.

Un polipeptido aislado que comprende al menos una porci6n de una protefna de tumor de mama,

en que el polipeptido comprende una secuencia de aminoacidos que es codificada por la secuencia polinucleotfdica expuesta en la ID. SEC. nO 175, o una variante de dicho polipeptido en que la variante comprende una secuencia de aminoacidos que es codificada por una secuencia polinucleotfdica que tiene una identidad de al menos 90% con respecto a una secuencia de ID. SEC. nO 175, y la capacidad de la variante para reaccionar con antisueros antigenicamente especfficos esta potenciada, inalterada o disminuida en menos de un 50% con respecto a la de un polipeptido que comprende una secuencia de aminoacidos que es codificada por la ID. SEC. nO 175; con tal de que el polipeptido no tenga la secuencia expuesta en la ID. SEC. nO 176 con la sustituci6n de Val Ile por Asn Ser en las posiciones 316 y 317.

Composiciones para el tratamiento y el diagn6stico de cancer de mama y metodos para el uso de las mismas

Campo tecnico El presente invento se refiere, en general, a composiciones y metodos para el tratamiento del cancer de mama. Mas particularmente, el invento esta relacionado con polipeptidos que comprenden al menos una porci6n de una protefna que se expresa preferentemente en tejido de tumor de mama, y a polinucle6tidos que codifican dichos polipeptidos. Dichos polipeptidos y polinucle6tidos pueden ser utilizados en vacunas para el tratamiento del cancer de mama. Fundamento del invento El cancer de mama es un problema sanitario significativo para las mujeres de los Estados Unidos y de todo el mundo. Aunque se han realizado progresos en la detecci6n y el tratamiento de la enfermedad, el cancer de mama sigue siendo la segunda causa principal de muerte relacionada con el cancer en las mujeres, afectando a mas de 180.000 mujeres cada ano en los Estados Unidos. Para las mujeres de America del Norte, la probabilidad de verse afectadas en su vida por un cancer de mama es de uno entre ocho. No se dispone actualmente de vacuna alguna ni de otro metodo universalmente satisfactorio para la prevenci6n o el tratamiento del cancer de mama. El control de la enfermedad se basa actualmente en una combinaci6n de un diagn6stico precoz (por medio de procedimientos de exploraci6n de mama rutinarios) y un tratamiento agresivo, el cual puede incluir uno o mas de diversos tratamientos tales como cirugfa, radioterapia, quimioterapia y terapia hormonal. El programa de tratamiento para un cancer de mama particular es a menudo seleccionado basandose en una diversidad de parametros de pron6stico, incluyendo un analisis de marcadores tumorales especfficos. Vease, por ejemplo, Porter-Jordan y Lippman, Breast Cancer 8: 73-100 (1994) . Sin embargo, el uso de marcadores establecidos conduce a menudo a un resultado que es diffcil de interpretar, y la elevada mortalidad observada en los pacientes con cancer de mama indica que son necesarias mejorfas en el tratamiento, el diagn6stico y la prevenci6n de la enfermedad. En el Documento EP1144449 se describe un conjunto de secuencias de cDNA parcialmente solapante y de polipeptidos codificados por ellas, transcritas a partir de tejido de mama. Estas secuencias son descritas como utiles para diagnosticar el cancer de mama. En consecuencia, existe en la tecnica la necesidad de metodos mejorados para el tratamiento y el diagn6stico del cancer de mama. El presente invento satisface estas necesidades y proporciona ademas otras ventajas relacionadas.

Sumario del invento El presente invento proporciona compuestos y metodos para el tratamiento y el diagn6stico del cancer, tal como el cancer de mama. En un aspecto, se proporcionan polipeptidos aislados que comprenden al menos una porci6n de una protefna de tumor de mama o una variante de la misma. Ciertas porciones y otras variantes son inmunogenicas, por lo que la capacidad de la variante para reaccionar con antisueros especfficos de protefnas no se ve sustancialmente disminuida. El invento proporciona un polipeptido aislado que comprende al menos una porci6n de una protefna de tumor de mama, en que el polipeptido comprende una secuencia de aminoacidos que es codificada por la secuencia polinucleotfdica expuesta en la ID. SEC. nO 175, o una variante de dicho polipeptido en que la variante comprende una secuencia de aminoacidos que es codificada por una secuencia polinucleotfdica que tiene una identidad de al menos 90% con una secuencia de ID. SEC. nO 175, y la capacidad de la variante para reaccionar con antisueros antigenicamente especfficos esta potenciada, inalterada o disminuida en menos de un 50% con respecto a un polipeptido que comprende una secuencia de aminoacidos que es codificada por la ID. SEC. nO 175; con tal de que el polipeptido no tenga la secuencia expuesta en la ID. SEC. nO 176 con la sustituci6n de Val Ile por Asn Ser en las posiciones 316 y 317. En realizaciones especfficas, los polipeptidos del invento comprenden al menos una porci6n de un antfgeno tumoral que comprende una secuencia de aminoacidos seleccionada del grupo que consiste en la ID. SEC. NO 176. En aspectos relacionados, se proporcionan polinucle6tidos aislados que codifican los polipeptidos anteriores, o una porci6n de los mismos (tal como una porci6n que codifica al menos 15 restos de aminoacido contiguos de una protefna de tumor de mama) . En realizaciones especfficas, dichos polinucle6tidos comprenden una secuencia seleccionada del grupo que consiste en las secuencias proporcionadas en la ID. SEC. nO 175, y variantes de la misma. El presente invento proporciona ademas vectores de expresi6n que comprenden los polinucle6tidos anteriores, junto con celulas huesped transformadas o transfectadas con dichos vectores de expresi6n. En realizaciones preferidas, las celulas huesped son seleccionadas del grupo que consiste en celulas de E. coli,

levadura y mamffero.

En otro aspecto, el presente invento proporciona protefnas de fusi6n que comprenden unos polipeptidos primero y segundo del invento o, alternativamente, un polipeptido del invento y un conocido antfgeno de tumor de mama.

El presente invento proporciona vacunas, para uso profilactico o terapeutico, que comprende al menos uno de los polipeptidos anteriores o un polinucle6tido que codifica dicho polipeptido, en combinaci6n con un agente inmunoestimulante. Se describen composiciones farmaceuticas que comprenden al menos uno de los polipeptidos anteriores o un polinucle6tido que codifica dicho polipeptido, y un vehfculo fisiol6gicamente aceptable. Tambien se proporcionan vacunas y composiciones farmaceuticas que comprenden una o mas de las anteriores protefnas de fusi6n.

Se describen composiciones farmaceuticas que comprenden: (a) un anticuerpo o un fragmento ligante de antfgenos del mismo, que se une especfficamente a una protefna de tumor de mama; y (b) un vehfculo fisiol6gicamente aceptable.

Se describen composiciones farmaceuticas que comprenden: (a) una celula presentadora de antfgeno, que expresa un polipeptido como el anteriormente descrito, y (b) un excipiente o vehfculo farmaceuticamente aceptable. Las celulas presentadoras de antfgeno incluyen celulas dendrfticas, macr6fagos, monocitos, fibroblastos y celulas B.

En aspectos relacionados, el presente invento proporciona vacunas que comprenden: (a) una celula presentadora de antfgeno, que expresa un polipeptido como el anteriormente descrito, y (b) un agente inmunoestimulante.

En aun otro aspecto, se describen metodos para inhibir el desarrollo de un cancer de mama en un paciente, que comprende administrar una cantidad eficaz de al menos una de las composiciones farmaceuticas y/o vacunas anteriores.

El presente invento proporciona ademas, en otros aspectos, metodos para eliminar celulas tumorales de una muestra biol6gica, que comprende poner una muestra biol6gica en contacto con celulas T que reaccionan especfficamente con una protefna de tumor de mama, en que la operaci6n de puesta en contacto se lleva a cabo bajo unas condiciones y durante un tiempo suficientes para permitir la eliminaci6n de las celulas que expresan la protefna, de la muestra.

En aspectos relacionados, se describen metodos para inhibir el desarrollo de un cancer en un paciente, que comprenden administrar al paciente una muestra biol6gica tratada del modo anteriormente descrito.

En otros aspectos, se proporcionan ademas metodos para estimular y/o multiplicar celulas T especfficas para una protefna de tumor de mama, que comprenden poner celulas T en contacto con uno o mas de: (i) un polipeptido como el anteriormente descrito; (ii) un polinucle6tido que codifica dicho polipeptido; y/o (iii) una celula presentadora de antfgeno, que expresa dicho polipeptido; bajo unas condiciones y durante un tiempo suficientes para permitir la estimulaci6n y/o multiplicaci6n de las celulas T. Tambien se proporcionan poblaciones aisladas de celulas T que comprenden celulas T preparadas del modo anteriormente descrito.

En otros aspectos, se describen metodos para inhibir el desarrollo de un cancer en un paciente, que comprenden administrar al paciente una cantidad eficaz de una poblaci6n de celulas T como la anteriormente descrita.

Se describen metodos para inhibir el desarrollo de un cancer en un paciente, que comprenden las operaciones de:

(a) incubar celulas T CD4+ y/o CD8+ aisladas de un paciente, con uno o mas de: (i) un polipeptido que comprende al menos una porci6n inmunogenica de una protefna de tumor de mama; (ii) un polinucle6tido que codifica dicho polipeptido; y (iii) una celula presentadora de antfgeno, que expresa... [Seguir leyendo]

1. Un polipeptido aislado que comprende al menos una porci6n de una protefna de tumor de mama, en que el polipeptido comprende una secuencia de aminoacidos que es codificada por la secuencia polinucleotfdica expuesta en la ID. SEC. nO 175, o una variante de dicho polipeptido en que la variante comprende una secuencia de aminoacidos que es codificada por una secuencia polinucleotfdica que tiene una identidad de al menos 90% con respecto a una secuencia de ID. SEC. nO 175, y la capacidad de la variante para reaccionar con antisueros antigenicamente especfficos esta potenciada, inalterada o disminuida en menos de un 50% con respecto a la de un polipeptido que comprende una secuencia de aminoacidos que es codificada por la ID. SEC. nO 175; con tal de que el polipeptido no tenga la secuencia expuesta en la ID. SEC. nO 176 con la sustituci6n de Val Ile por Asn Ser en las posiciones 316 y 317.

2. Un polipeptido aislado de acuerdo con la Reivindicaci6n 1, en que el polipeptido es un polipeptido variante que comprende una secuencia de aminoacidos que es codificada por un polinucle6tido que tiene una identidad de al menos 90% con respecto a la secuencia de ID. SEC. nO 175, y la capacidad de la variante para reaccionar con antisueros antigenicamente especfficos esta disminuida en menos de un 20% con respecto a la de un polipeptido que comprende una secuencia de aminoacidos que es codificada por la ID. SEC. nO 175.

3. Un polipeptido aislado de acuerdo con la Reivindicaci6n 1, en que el polipeptido comprende una secuencia de aminoacidos que es codificada por la secuencia polinucleotfdica expuesta en la ID. SEC. nO 175.

4. Un polipeptido aislado que comprende la secuencia de ID. SEC. nO 176.

5. Un polinucle6tido aislado que codifica un polipeptido de acuerdo con la Reivindicaci6n 1.

6. Un polinucle6tido aislado que codifica una protefna de tumor de mama, en que la protefna tumoral comprende una secuencia de aminoacidos que es codificada por un polinucle6tido que comprende la secuencia expuesta en la ID. SEC. nO 175.

7. Un polinucle6tido aislado que comprende una secuencia expuesta en la ID. SEC. nO 175.

8. Un polinucle6tido aislado que comprende una secuencia que tiene una identidad de al menos 90% con respecto a la secuencia expuesta en la ID. SEC. nO 175, y que codifica un polipeptido que tiene una capacidad para reaccionar con antisueros antigenicamente especfficos que esta potenciada, inalterada o disminuida en menos de un 50% con respecto a la de un polipeptido que comprende una secuencia de aminoacidos que es codificada por la ID. SEC. nO 175.

9. Un polinucle6tido aislado de acuerdo con la Reivindicaci6n 8, en que el polipeptido codificado por ese polinucle6tido tiene una capacidad para reaccionar con antisueros antigenicamente especfficos que esta disminuida en menos de un 20% con respecto a la de un polipeptido que comprende una secuencia de aminoacidos que es codificada por la ID. SEC. nO 175.

10. Un polinucle6tido aislado, complementario de un polinucle6tido de acuerdo con cualquiera de las Reivindicaciones 5-9.

11. Un vector de expresi6n que comprende un polinucle6tido de acuerdo con cualquiera de las Reivindicaciones 5

9.

12. Una celula huesped transformada o transfectada con un vector de expresi6n de acuerdo con la Reivindicaci6n

11.

13. Un vector de expresi6n que comprende un polinucle6tido de acuerdo con la Reivindicaci6n 10.

14. Una celula huesped transformada o transfectada con un vector de expresi6n de acuerdo con la Reivindicaci6n

13.

15. Una vacuna que comprende un polipeptido de acuerdo con la Reivindicaci6n 1, en combinaci6n con un agente inmunoestimulante.

16. Una vacuna que comprende un polinucle6tido de acuerdo con la Reivindicaci6n 5, en combinaci6n con un agente inmunoestimulante.

17. Un anticuerpo aislado, o un fragmento ligante de antfgenos del mismo, que se une especfficamente a la porci6n de una protefna de tumor de mama que comprende una secuencia de aminoacidos que es codificada por la secuencia polinucleotfdica expuesta en la ID. SEC. nO 175.

18. Una vacuna que comprende una celula presentadora de antfgenos que expresa un polipeptido de acuerdo con la Reivindicaci6n 1, en combinaci6n con un agente inmunoestimulante.

19. Una vacuna de acuerdo con la Reivindicaci6n 18, en que la celula presentadora de antfgeno es una celula dendrftica.

20. Un polipeptido de acuerdo con la Reivindicaci6n 1, para uso en un metodo para inhibir el desarrollo de un cancer de mama en un paciente.

21. Un polinucle6tido de acuerdo con la Reivindicaci6n 5, para uso en un metodo para inhibir el desarrollo de un cancer de mama en un paciente.

22. Un anticuerpo o fragmento ligante de antfgenos del mismo de la Reivindicaci6n 17, para uso en un metodo para inhibir el desarrollo de un cancer de mama en un paciente.

23. Una celula presentadora de antfgenos que expresa un polipeptido de acuerdo con la Reivindicaci6n 1, para uso en un metodo para inhibir el desarrollo de un cancer de mama en un paciente.

24. Una celula de acuerdo con la Reivindicaci6n 23, en que la celula presentadora de antfgeno es una celula dendrftica.

25. Una protefna de fusi6n que comprende al menos un polipeptido de acuerdo con la Reivindicaci6n 1.

26. Una protefna de fusi6n de acuerdo con la Reivindicaci6n 25, en que la protefna de fusi6n comprende un potenciador de expresi6n que aumenta la expresi6n de la protefna de fusi6n en una celula huesped transfectada con un polinucle6tido que codifica la protefna de fusi6n.

27. Una protefna de fusi6n de acuerdo con la Reivindicaci6n 26, en que la protefna de fusi6n comprende un epftopo T cooperador que no esta presente en el polipeptido de la Reivindicaci6n 1.

28. Una protefna de fusi6n de acuerdo con la Reivindicaci6n 26, en que la protefna de fusi6n comprende una etiqueta de afinidad.

29. Un polinucle6tido aislado que codifica una protefna de fusi6n de acuerdo con la Reivindicaci6n 25.

30. Una vacuna que comprende una protefna de fusi6n de acuerdo con la Reivindicaci6n 25, en combinaci6n con un agente inmunoestimulante.

31. Una vacuna que comprende un polinucle6tido de acuerdo con la Reivindicaci6n 29, en combinaci6n con un agente inmunoestimulante.

32. Una vacuna de acuerdo con la Reivindicaci6n 15, 16, 18, 30 o 31, en que el agente inmunoestimulante es un adyuvante.

33. Una vacuna de acuerdo con la Reivindicaci6n 15, 16, 18, 30 o 31, en que el agente inmunoestimulante provoca una respuesta predominantemente de Tipo I.

34. Una vacuna de acuerdo con la Reivindicaci6n 30 o la Reivindicaci6n 31, para uso en un metodo para inhibir el desarrollo de un cancer de mama en un paciente.

35. Un metodo para eliminar celulas tumorales de una muestra biol6gica, que comprende poner la muestra biol6gica en contacto con celulas T que reaccionan especfficamente con una protefna de tumor de mama, en que la protefna tumoral comprende una secuencia de aminoacidos que es codificada por la secuencia polinucleotfdica expuesta en la ID. SEC. nO 175, en que la operaci6n de puesta en contacto es llevada a cabo bajo unas condiciones y durante un tiempo suficientes para permitir la eliminaci6n de las celulas que expresan el antfgeno, de la muestra.

36. Un metodo de acuerdo con la Reivindicaci6n 35, en que la muestra biol6gica es sangre o una fracci6n de la misma.

37. Un metodo para estimular y/o multiplicar celulas T especfficas para una protefna de tumor de mama, llevado a cabo ex vivo, que comprende poner celulas T en contacto con uno o mas de:

(i) un polipeptido de acuerdo con la Reivindicaci6n 1;

(ii) un polinucle6tido que codifica dicho polipeptido; y/o

(iii) una celula presentadora de antfgenos que expresa dicho polipeptido;

bajo unas condiciones y durante un tiempo suficientes para permitir la estimulaci6n y/o multiplicaci6n de las celulas T.

38. Una poblaci6n aislada de celulas T especffica para una protefna de tumor de mama de acuerdo con la Reivindicaci6n 1, que comprende celulas T obtenibles de acuerdo con el metodo de la Reivindicaci6n 37.

39. Una poblaci6n de celulas T de acuerdo con la Reivindicaci6n 38, para uso en un metodo para inhibir el desarrollo de un cancer de mama en un paciente.

40. Celulas T CD4+ y/o CD8+ proliferadas, aisladas de un paciente con al menos un componente seleccionado del grupo que consiste en:

(i) un polipeptido de acuerdo con la Reivindicaci6n 1;

(ii) un polinucle6tido que codifica dicho polipeptido; o

(iii) una celula presentadora de antfgenos que expresa dicho polipeptido;

e incubadas de modo que las celulas T proliferen para uso en un metodo para inhibir el desarrollo de un cancer de mama en un paciente.

41. Celulas T de acuerdo con la Reivindicaci6n 40 para uso en un metodo para inhibir el desarrollo de un cancer en un paciente, que comprende las operaciones de:

(a) clonar al menos una celula proliferada; y

(b) administrar al paciente una cantidad eficaz de las celulas T clonadas, e inhibir por ello el desarrollo de un cancer de mama en el paciente.

42. Un metodo para determinar la presencia o ausencia de un cancer de mama en un paciente, que comprende las operaciones de:

(a) poner una muestra biol6gica obtenida del paciente en contacto con un anticuerpo, o un fragmento ligante de antfgenos del mismo, que se une especfficamente a la porci6n, de una protefna de tumor de mama, que es codificada por la secuencia polinucleotfdica expuesta en la ID. SEC. nO 175; y

(b) detectar en la muestra una cantidad de un polipeptido que se une especfficamente al anticuerpo y/o al fragmento ligante de antfgenos del mismo, comparar la cantidad de polipeptido con un valor de corte predeterminado y determinar, a partir de la comparaci6n, la presencia o ausencia de un cancer de mama en el paciente.

43. Un metodo para controlar el progreso de un cancer de mama en un paciente, que comprende las operaciones de:

(a) poner una muestra biol6gica que se obtiene del paciente en un primer punto temporal en contacto con un anticuerpo, o un fragmento ligante de antfgenos del mismo, que se une especfficamente a la porci6n, de una protefna de tumor de mama, que es codificada por la secuencia polinucleotfdica expuesta en la ID. SEC. nO 175;

(b) detectar en la muestra una cantidad de un polipeptido que se une especfficamente al anticuerpo o al fragmento ligante de antfgenos del mismo;

(c) repetir las operaciones (a) y (b) usando una muestra biol6gica obtenida del paciente en un punto temporal posterior; y

(d) comparar la cantidad de polipeptido detectada en la operaci6n (c) con la cantidad detectada en la operaci6n (b) y controlar, a partir de la comparaci6n, el progreso del cancer de mama en el paciente.

44. Un metodo de acuerdo con la Reivindicaci6n 42 6 43, en que el anticuerpo es un anticuerpo monoclonal.

45. Un metodo para determinar la presencia o ausencia de un cancer de mama en un paciente, que comprende las

operaciones de:

(a) poner una muestra biol6gica obtenida del paciente en contacto con un oligonucle6tido que se hibrida con un polinucle6tido que codifica una protefna de tumor de mama, en que la protefna tumoral comprende una secuencia de aminoacidos que es codificada por la secuencia polinucleotfdica expuesta en la ID. SEC. nO 175;

(b) detectar en la muestra una cantidad de un polinucle6tido que se hibrida con el oligonucle6tido; y

(c) comparar la cantidad de polinucle6tido que se hibrida con el oligonucle6tido, con un valor de corte predeterminado y determinar, a partir de la comparaci6n, la presencia o ausencia de un cancer de mama en el paciente.

46. Un metodo para controlar el progreso de un cancer de mama en un paciente, que comprende las operaciones de:

(a) poner una muestra biol6gica obtenida del paciente en contacto con un oligonucle6tido que se hibrida con un polinucle6tido que codifica una protefna de tumor de mama, en que la protefna tumoral comprende una secuencia de aminoacidos que es codificada por la secuencia polinucleotfdica expuesta en la ID. SEC. nO 175;

(b) detectar en la muestra una cantidad de un polinucle6tido que se hibrida con el oligonucle6tido;

(c) repetir las operaciones (a) y (b) usando una muestra biol6gica obtenida del paciente en un punto temporal posterior; y

(d) comparar la cantidad del polinucle6tido detectado en la operaci6n (c) con la cantidad detectada en la operaci6n (b) y controlar, a partir de la comparaci6n, el progreso del cancer de mama en el paciente.

47. Un metodo de acuerdo con la Reivindicaci6n 45 6 46, en que la cantidad del polinucle6tido que se hibrida con el oligonucle6tido se determina utilizando una reacci6n en cadena de la polimerasa.

48. Un metodo de acuerdo con la Reivindicaci6n 45 6 46, en que la cantidad del polinucle6tido que se hibrida con el oligonucle6tido se determina usando un ensayo de hibridaci6n.

49. Un kit diagn6stico que comprende:

(a) uno o mas anticuerpos de acuerdo con la Reivindicaci6n 17; y

(b) un reactivo de detecci6n que comprende un grupo informador.

50. Un kit de acuerdo con la Reivindicaci6n 49, en que los anticuerpos estan inmovilizados sobre un soporte s6lido.

51. Un kit de acuerdo con la Reivindicaci6n 50, en que el soporte s6lido comprende nitrocelulosa, latex o un material plastico.

52. Un kit de acuerdo con la Reivindicaci6n 49, en que el reactivo de detecci6n comprende una antiinmunoglobulina, protefna G, protefna A o lectina.

53. Un kit de acuerdo con la Reivindicaci6n 49, en que el grupo informador es seleccionado del grupo que consiste en radiois6topos, grupos fluorescentes, grupos luminiscentes, enzimas, biotina y partfculas colorantes.

54. Un oligonucle6tido que comprende de 10 a 40 nucle6tidos contiguos de un polinucle6tido que codifica una protefna de tumor de mama, en que la protefna tumoral comprende una secuencia de aminoacidos que es codificada por la secuencia polinucleotfdica expuesta en la ID. SEC. nO 175.

55. Un oligonucle6tido de acuerdo con la Reivindicaci6n 54, en que el oligonucle6tido comprende 10-40 nucle6tidos contiguos expuestos en la ID. SEC. nO 175.

56. Un kit diagn6stico que comprende:

(a) un oligonucle6tido de acuerdo con la Reivindicaci6n 54; y

(b) un reactivo diagn6stico para uso en una reacci6n en cadena de la polimerasa o un ensayo de hibridaci6n.