Composiciones y métodos para el tratamiento y el diagnóstico de síndrome de intestino irritable.

Un método in vitro para detectar y/o monitorizar Síndrome de Intestino Irritable (IBS) en un sujeto,

comprendiendo dicho método:

(a) determinar, en una muestra biológica de dicho sujeto, el nivel de transcripción de gen de al menos el grupoconsistente en:

- Síndrome de Intestino Irritable 1 (IBS1) representado por SEQ ID NO. 15,

- Seudo-ICE inhibidor negativo dominante de caspasa 1 (COP1),

- Subunidad 2 activadora de proteasoma (PA28 beta) (PSME2),

. Factor XIII de coagulación, polipéptido A1 (F13A1),

- Factor 4 citosólico de neutrofilo, 40 kDa (NCF4),

- Receptor de factor-1 de estimulación de colonia (CSFR1),

- Proteína de tipo 1 rica en cisteína receptora limpiadora (M160),

- Canal con puerta de tensión de potasio, rectificador retardado, subfamilia S, miembro 3 (KCNS3)

- V-set y dominio de inmunoglobulina que contiene, 2 (VSIG2).

- Fragmento FC de IgG, lla de baja afinidad, receptor (FCGR2A), y

- Caspasa 1, peptidasa de cisteína relacionada con apoptosis (CASP1),

(b) comparar el nivel de transcripción de gen con el nivel de transcripción de gen de una muestra de controlnormal, y

(c) determinar la presencia de IBS y/o su estado en base al resultado de la etapa (b).

Composiciones y métodos para el tratamiento y el diagnóstico de síndrome de intestino irritable La presente invención se refiere en general al diagnóstico de desórdenes asociados a hipersensibilidad visceral crónica (CVH) , y en particular a síndrome de intestino irritable (IBS) . En particular, esta invención se refiere a polinucleótidos que codifican polipéptidos, en los que se muestra que dichos polipéptidos están asociados a CVH. Estos polipéptidos y polinucleótidos son útiles en el diagnóstico, tratamiento y/o prevención de desórdenes asociados a CVH, en particular en el diagnóstico, tratamiento y/o prevención de desórdenes asociados a IBS.

Antecedentes de la invención El síndrome de intestino irritable (IBS) y la enfermedad inflamatoria del intestino (IBD) , representan dos condiciones caracterizadas por síntomas crónicamente recurrentes de dolor abdominal, molestias (urgencia e hinchazón) y alteraciones en los hábitos intestinales. Sin embargo, estas enfermedades intestinales difieren significativamente en cuanto a etiología y fisiopatología, implicando con ello diferentes métodos de diagnóstico y tratamiento. Cuando la IBD está caracterizada por inflamación o ulceraciones en el intestino delgado y/o grueso, tales cambios estructurales hostiles no han sido asociados a IBS. El IBS está clasificado como un desorden intestinal funcional (en oposición a orgánico) de etiología desconocida. Un desorden funcional se refiere a un desorden o una enfermedad en la que la anormalidad principal es una función fisiológica alterada, en vez de ser una causa estructural o bioquímica identificable. El diagnóstico de IBS se basa normalmente en una agrupación característica de síntomas en ausencia de anormalidades estructurales detectables (Drossman DA, Camilleri M, Mayer EA, Whitehead WE. Revista técnica AGA sobre síndrome de intestino irritable. Gastroenterología. 2002; 123: 2108-31) , que incluyen el dolor abdominal

intermitente y molestias y alteraciones en los hábitos del intestino, tal como movimientos intestinales flojos o con más frecuencia, diarrea, y/o constipación que ocurren en ausencia de enfermedad orgánica detectable en curso. Debido a la falta de especificidad de los síntomas esenciales de dolor abdominal o molestia abdominal, la diagnosis habitual de IBS se aplica a un grupo heterogéneo de pacientes, incluso después de intentos para definir subgrupos basados en hábito intestinal predominante (diarrea predominante, constipación predominante, diarrea y constipación alternos, normal) , El IBS afecta a aproximadamente el 10-20% de la población general. Es la enfermedad más común diagnosticada por gastroenterólogos y uno de los desórdenes más comunes vista por médicos de atención primaria.

Las teorías habituales para explicar la patofisiología del IBS incluyen alteraciones en la percepción visceral, movilidad gastrointestinal o del epitelio intestinal y función inmune. Las evidencias publicadas demuestran que el IBS 30 está asociado a un estado de hipersensibilidad visceral crónica (CVH) que sugiere que el .procesamiento de la información sensorial visceral se altera, pero los cambios moleculares que subyacen en el desarrollo y mantenimiento de CVH en el IBS, no son conocidos. Las evidencias publicadas soportan un papel de agentes agresivos sicosociales y físicos (por ejemplo, infecciones entéricas) como los activadores central y periférico, respectivamente, que pueden inducir la presentación o la exacerbación de síntomas de IBS. Existe, por ejemplo, una 35 evidencia creciente de un papel putativo de inflamación crónica de nivel bajo en la patogénesis de IBS. Como consecuencia, los tratamientos médicos actuales para IBS tienen principalmente como objetivo los síntomas periféricos en vez de las causas subyacentes, y los beneficios terapéuticos del tratamiento con medicamentos son normalmente modestos y las respuestas de placebo son altas (Mertz H, Naliboff B, Munakata J, Niazi N, Mayer EA. La percepción rectal alterada es un marcador biológico de pacientes con síndrome de intestino irritable.

Gastroenterología. 1995; 109: 40-52) . Definir los defectos neurológicos y moleculares subyacentes es por tanto importante para el diseño de estrategias terapéuticas de mayor éxito. Además, existe una necesidad en el estado de la técnica de métodos mejorados para depurar, diagnosticar y tratar IBS y otros desórdenes relacionados con CVH.

En un primer esfuerzo por tratar e identificar los defectos moleculares subyacentes, Pasricha P et al. (Publicación PCT WO 2005/020902) informa del análisis de perfiles de expresión de micro-matriz de ARN de tejido de colon y de 45 ARN de ganglios de raíz dorsal a partir de un modelo de rata de hipersensibilidad visceral crónica tras el tratamiento con CNI-1493.

Park et al. (2005) , Gastroent. Clin. 34, 305-317 divulga las implicaciones genéticas en el diagnóstico y tratamiento de síndrome de intestino irritable (IBS) y revisa unos pocos polimorfismos específicos enlazados a IBS y divulga niveles de mARN bajos de SERT y de triptófano hidroxilasa en biopsias de mucosa de pacientes con IBS. Este artículo 50 divulga además que el IBS tiene la dificultad de ser una enfermedad multifactorial con muchos factores que tienen influencia en, y que potencialmente provocan, la enfermedad. Coates et al. (2004) Gastroenterol. 126, 1657-1664, divulga el establecimiento de genes marcadores para detectar IBS. Olsen et al. (2004) Gastroenterología 126 S2, A335, divulga el análisis de expresión de genes en muestras procedentes de pacientes de IBS, que se utilizan como control y menciona datos procedentes de otros experimentos de expresión en mucosa de colon inflamada. Aersens 55 et al. (2006) , Servicio de información de Biociencias, divulga estudios basados en matriz en un modelo de IBS de ratón. Matrices tales como las “Affymetric Genechip Human Genome U133 plus 2.0 Array” se encuentran disponibles comercialmente.

Sumario de la invención En la presente memoria se informa sobre el análisis de perfiles de expresión de micro-matriz de biopsias de mucosa sigmoidea de colon procedente de pacientes de IBS y de sujetos de control sanos. Este análisis reveló un número de genes expresados diferentemente en pacientes de IBS que apuntan a alteraciones funcionales de componentes específicos del sistema de defensa del anfitrión y de la respuesta inmune. Estos constituyen el soporte de un papel 5 importante para cambios gastrointestinales periféricos que subyacen en la etiología de IBS. Dos conjuntos de sondas genéticas con la expresión más impresionantemente incrementada en biopsias de mucosa de colon de pacientes de IBS, representan un gen que está, hasta el momento, sin caracterizar (DKFZP564O0823) [SEQ ID NO. 15]. Se propone renombrar este gen como IBS1. IBS1 es mencionado con SEQ ID NO. 15 a través de la descripción, y se hace referencia al gen con SEQ ID NON: 15 o a la proteína codificada por SEQ SEQ ID NO. 15. Se describe la identificación de conjuntos específicos de sondas genéticas en la micro-matriz, lo que se denominan signaturas moleculares que permiten la distinción de pacientes de IBS respecto a sujetos de control sanos. Los perfiles de expresión en IBS son uniformes a través de las diferentes posiciones dentro del colon, y son estables con el tiempo. Por lo tanto, las signaturas moleculares identificadas proporcionan la oportunidad de desarrollar biomarcadores que se pueden usar en el diagnóstico y la evaluación de la respuesta a la terapia en (subconjuntos de) pacientes de IBS. Esto representa un avance significativo en base a cambios específicos en actividades biológicas en vez del estándar habitual, que depende exclusivamente del cambio en los síntomas clínicos únicamente.

La presente invención está basa en el hallazgo sorprendente de que, a pesar de la ausencia de anormalidades estructurales en el colon de pacientes de IBS, no sólo es posible identificar genes expresados diferencialmente en comparación con tejido normal sino que los genes de los que su expresión diferencial se asocia a IBS tienen un valor diagnóstico, predictivo y/o terapéutico.

Por consiguiente, la presente invención se refiere a la identificación de un número de genes que hasta ahora no habían sido asociados con IBS, mencionados en lo que sigue como genes de signatura molecular de IBS (IBS-MSFs) (Tabla 1) , y por consiguiente proporciona moléculas de ácido nucleico en métodos de diagnóstico para identificar un IBS en un sujeto.

Las moléculas de ácido nucleico pueden ser usadas individualmente, por ejemplo para monitorizar el nivel de expresión de un gen individual, o pueden ser proporcionadas en formato de micro-matriz, para identificar y/o monitorizar IBS en un sujeto. Las moléculas... [Seguir leyendo]

1. Un método in vitro para detectar y/o monitorizar Síndrome de Intestino Irritable (IBS) en un sujeto, comprendiendo dicho método:

(a) determinar, en una muestra biológica de dicho sujeto, el nivel de transcripción de gen de al menos el grupo consistente en:

- Síndrome de Intestino Irritable 1 (IBS1) representado por SEQ ID NO. 15,

- Seudo-ICE inhibidor negativo dominante de caspasa 1 (COP1) ,

- Subunidad 2 activadora de proteasoma (PA28 beta) (PSME2) ,

. Factor XIII de coagulación, polipéptido A1 (F13A1) ,

- Factor 4 citosólico de neutrofilo, 40 kDa (NCF4) ,

- Receptor de factor-1 de estimulación de colonia (CSFR1) ,

- Proteína de tipo 1 rica en cisteína receptora limpiadora (M160) ,

- Canal con puerta de tensión de potasio, rectificador retardado, subfamilia S, miembro 3 (KCNS3.

15. V-set y dominio de inmunoglobulina que contiene, 2 (VSIG2) .

- Fragmento FC de IgG, lla de baja afinidad, receptor (FCGR2A) , y

- Caspasa 1, peptidasa de cisteína relacionada con apoptosis (CASP1) ,

(b) comparar el nivel de transcripción de gen con el nivel de transcripción de gen de una muestra de control normal, y

(c) determinar la presencia de IBS y/o su estado en base al resultado de la etapa (b) .

2. El método de acuerdo con la reivindicación 1, que comprende además determinar el nivel de transcripción de gen de:

- MUC 20 (Mucina 20)

-butirofilina tipo 8 (BTNL8) .

25. V-set y dominio de inmunoglobulina que contiene, 4 (VSIG4) ,

- lisozima (LYZ)

- activador de homólogo 2 de ATPasa de proteína de choque térmico de 90 kDa (AHSA2) ,

- mini-cromosoma deficiente de mantenimiento 5 (MCM5)

-C6ºrf11.

30. 4-dominios que abarcan la membrana, subfamilia A, miembro 4 (MS4A4A) ,

- Factor de crecimiento 1 de tipo insulina (IGF1) ,

- Helicasa, específica de linfoide (HELLS) ,

- Antígeno CD74,

-Supresor 2 de tipo HRAS (HRASLS2) , .

35. UDP-glucoronosil transferasa 2B15 (UGT2B15) .

3. El método de acuerdo con la reivindicación 1, en el que el nivel de transcripción de gen se determina usando una matriz de sondas seleccionadas a partir de las sondas relacionadas en la Tabla 1 o la Tabla 2.

4. Kit de diagnóstico que consiste en:

- un conjunto de sondas que específicamente se enlazan a mARN o a las moléculas de ácido nucleico derivadas del mismo de IBS1 representado por SEQ ID NO. 15, COP1, PSME2, NCF4, CSFR1, M160, KCNS3, VSIG2, FCGR2A y CASP1.

5. Uso de un conjunto de sondas que se enlazan específicamente a mARN o a las moléculas de ácido nucleico derivadas del mismo de los IBS-MSGs que comprenden IBS1 representado por SEQ ID NO. 15, COP1, PSME2, F13A1, NCF4, CSFR1, M160, KCNS3, VSIG2, FCRG2A y CASP1, para la detección de IBS.

6. El uso del conjunto de sondas de la reivindicación 5 en un método según la reivindicación 1.