UN METODO PARA LA IDENTIFICACION DE LAS SECUENCIAS DESCONOCIDAS DEL VIRUS ADENO-ASOCIADO (VAA) Y UN KIT PARA EL METODO.

Un método de identificar secuencias desconocidas de virus adeno-asociados (VAA) en sospecha que contiene VAA de una infección latente,

dicho método comprendiendo las etapas de:
(a) someter la muestra que contiene el ADN a amplificación por medio de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) utilizando un primer grupo de iniciadores que amplifican específicamente una primera región del VAA que comprende al menos 250 pb de las secuencias de ácido nucleico de la cápside del VAA, dicha primera región teniendo una secuencia variable flanqueada al menos por 18 pares de bases de una secuencia altamente conservada en su extremo 5’ y al menos 18 pares de bases de una secuencia altamente conservada en su extremo 3’, dichos pares de bases estando altamente conservados con relación a un alineamiento de al menos VAA1, VAA2, VAA3, VAA4, VAA5 y VAA6;
(b) opcionalmente someter al ADN a una amplificación adicional utilizando un segundo grupo de iniciadores que amplifican específicamente una segunda región que comprende a la primera región de secuencias de VAA y secuencias que están 5’ de la primera región, de tal manera que se obtienen secuencias de extensión 5’ que se fijan al extremo 5’ de las secuencias del VAA amplificadas por los iniciadores para la primera región;
(c) opcionalmente someter al ADN a una amplificación adicional utilizando un tercer grupo de iniciadores que amplifican específicamente una tercera región que comprende a la primera región de secuencias de VAA y secuencias que están 3’ de la primera región, de tal manera que se obtienen secuencias de extensión 3’ que se fijan al extremo 3’ de las secuencias del VAA amplificadas por los iniciadores para la primera región, cada una de dichas segunda y tercera regiones estando predeterminadas con base en el alineamiento de las secuencias de ácido nucleico de la menos VAA1, VAA2, VAA3, VAA4, VAA5 y VAA6, y cada una de dicha regiones comprendiendo secuencias de ácido nucleico que están altamente conservadas al menos sobre 18 pares de bases en el extremo 5’, opcionalmente secuencias variables en la mitad, y secuencias que están altamente conservadas al menos
sobre 18 pares de bases en el extremo 3’ de las secuencias de la región, con relación a las secuencias de al menos VAA1, VAA2, VAA3, VAA4, VAA5 y VAA6; y cada uno de los grupos de iniciadores consiste de un iniciador 5’ y un iniciador 3’; la presencia de las secuencias amplificadas indicando la presencia de un VAA en la muestra, y una comparación de diferencias entre las secuencias amplificadas y las secuencias de VAA1, VAA2, VAA3, VAA4, VAA5 y VAA6 indicando la presencia de un VAA desconocido.

Tipo: Resumen de patente/invención.

Solicitante: THE TRUSTEES OF THE UNIVERSITY OF PENNSYLVANIA.

Nacionalidad solicitante: Estados Unidos de América.

Dirección: 3160 CHESTNUT STREET, SUITE 200,PHILADELPHIA, PENNSYLVANIA.

Inventor/es: GAO, GUANGPING, WILSON, JAMES M., ALVIRA, MARICIO.

Fecha de Publicación: .

Fecha Concesión Europea: 15 de Febrero de 2006.

Clasificación Internacional de Patentes:

  • C07K14/015 QUIMICA; METALURGIA.C07 QUIMICA ORGANICA.C07K PEPTIDOS (péptidos que contienen β -anillos lactamas C07D; ipéptidos cíclicos que no tienen en su molécula ningún otro enlace peptídico más que los que forman su ciclo, p. ej. piperazina diones-2,5, C07D; alcaloides del cornezuelo del centeno de tipo péptido cíclico C07D 519/02; proteínas monocelulares, enzimas C12N; procedimientos de obtención de péptidos por ingeniería genética C12N 15/00). › C07K 14/00 Péptidos con más de 20 aminoácidos; Gastrinas; Somatostatinas; Melanotropinas; Sus derivados. › Parvoviridae, p. ej. virus de la panleucopenia felina, parvovirus humano.
  • C12N15/10 C […] › C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA.C12N MICROORGANISMOS O ENZIMAS; COMPOSICIONES QUE LOS CONTIENEN; PROPAGACION, CULTIVO O CONSERVACION DE MICROORGANISMOS; TECNICAS DE MUTACION O DE INGENIERIA GENETICA; MEDIOS DE CULTIVO (medios para ensayos microbiológicos C12Q 1/00). › C12N 15/00 Técnicas de mutación o de ingeniería genética; ADN o ARN relacionado con la ingeniería genética, vectores, p. ej. plásmidos, o su aislamiento, su preparación o su purificación; Utilización de huéspedes para ello (mutantes o microorganismos modificados por ingeniería genética C12N 1/00, C12N 5/00, C12N 7/00; nuevas plantas en sí A01H; reproducción de plantas por técnicas de cultivo de tejidos A01H 4/00; nuevas razas animales en sí A01K 67/00; utilización de preparaciones medicinales que contienen material genético que es introducido en células del cuerpo humano para tratar enfermedades genéticas, terapia génica A61K 48/00; péptidos en general C07K). › Procedimientos para el aislamiento, la preparación o la purificación de ADN o ARN (preparación química de ADN o ARN C07H 21/00; preparación de polinucleótidos no estructurales a partir de microorganismos o con la ayuda de enzimas C12P 19/34).
  • C12N15/86 C12N 15/00 […] › Vectores virales.
  • C12N5/10 C12N […] › C12N 5/00 Células no diferenciadas humanas, animales o vegetales, p. ej. líneas celulares; Tejidos; Su cultivo o conservación; Medios de cultivo para este fin (reproducción de plantas por técnicas de cultivo de tejidos A01H 4/00). › Células modificadas por introducción de material genético extraño, p. ej. células transformadas por virus.
  • C12Q1/68 C12 […] › C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS, ÁCIDOS NUCLEICOS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas, ácidos nucleicos o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.
  • C12Q1/70 C12Q 1/00 […] › en los que intervienen virus o bacteriófagos.

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