Péptidos y moléculas relacionadas que se unen a TALL-1.

Una composición objeto del presente que comprende una secuencia de aminoácidos de la fórmula

b1b2b3Cb5b6Db8Lb10b11b12b13b14Cb16b17b18 (SEC.

ID. N.º: 104)

donde:

b1 y b2, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido o está ausente;

b3 es D, Q o E;

b5 es un residuo de aminoácido;

b6 es W o Y;

b8 es un residuo de aminoácido;

b10 es T;

b11 es K o R;

b12 y b13, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido;

b14 es V o L; y

b16, b17 y b18, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido o está ausente.

Péptidos y moléculas relacionadas que se unen a TALL-1

Antecedentes de la invención Tras años de estudio de la necrosis de los tumores, los factores de necrosis tumoral (TNF) α y β fueron finalmente clonados en 1984. En los años siguientes presenciamos la aparición de una superfamilia de citoquinas TNGF, incluyendo el ligando de Fas (FasL) , ligando de CD27 (CD27L) , ligando de CD30 (CD30L) , ligando de CD40 (CD40L) , ligando inductor de la apoptosis relacionado con el TNF (TRAIL, también denominado AGP-1) , la proteína de enlace de la osteoprotegerina (OPG-BP o ligando de OPG) , ligando de 4-1BB, LIGHT, APRIL, y TALL-1. Smith et al. (1994) , Cell 76: 959-962; Lacey et al. (1998) , Cell 93:165-176; Chichepotiche et al. (1997) , J. Biol. Chem. 272: 32401-32410; Mauri et al. (1998) , Immunity 8:21-30; Hahne et al. (1998) , J. Exp. Med. 188:1185-90; Shu et al. (1999) , J. Leukocyte Biology 65:680-3. Esta familia está unificada por su estructura, particularmente en el extremo cterminal. Por otra parte, la mayoría de los miembros conocidos hasta la fecha se expresan en compartimentos inmunológicos, aunque algunos miembros también se expresan en otros tejidos y órganos. Smith et al. (1994) , Cell 76:959-62. Todos los miembros de los ligandos, con excepción de LT-a, son proteínas transmembrana de tipo II, que se caracterizan por una región de 150 aminoácidos conservada dentro del dominio extracelular del extremo cterminal. Aunque está limitado a una identidad de tan solo el 20-25%, el dominio conservado de 150 aminoácidos se pliega en un característico beta sándwich de hoja plegada y se trimeriza. Esta región conservada puede ser liberada proteolíticamente, generando así una forma funcional soluble. Banner et al. (1993) , Cell 73:431-445.

Muchos miembros de esta familia de ligandos se expresan en tejidos enriquecidos en linfoides y desempeñan papeles importantes en el desarrollo y la modulación del sistema inmunológico. Smith et al. (1994) . Por ejemplo, el TNFa se sintetiza principalmente por macrófagos y es un mediador importante de respuestas inflamatorias y defensas inmunológicas. Tracey & Cerami (1994) , Ann. Rev. Med. 45:491-503. El Fas-L, expresado predominantemente en células T activadas, modula la apoptosis mediada por TCR de timocitos. Nagata, S. & Suda,

T. (1995) Immunology Today 16:39-43; Castrim et al. (1996) , Immunity 5:617-27. El CD40L, también expresado en células T activadas, proporciona una señal esencial para la supervivencia, la proliferación y el cambio de isotipo de inmunoglobulina de las células B. Noelle (1996) , Immunity 4:415-9.

Se han identificado los receptores cognados de la mayoría de los miembros de la familia del ligando TNF. Estos receptores comparten múltiples repeticiones ricas en castina características dentro de sus dominios extracelulares y no poseen motivos catalíticos dentro de las regiones citoplásmicas. Smith et al. (1994) . Los receptores envían señales mediante interacciones directas con proteínas con dominio de muerte (p. ej. TRADD, FADD y RIP) o con proteínas TRAP (p. ej., TRAF2, TRAF3, TRAF5 y TRAF6) , desencadenando rutas de señalización divergentes y superpuestas, p. ej., apoptosis, activación de NF-kB o activación de JNK. Wallach et al. (1999) , Annual Review of Immunology 17:331-67. Estos eventos de señalización conducen a la muerte, proliferación, activación o diferenciación celular. El perfil de expresión de cada miembro receptor varía. Por ejemplo, TNFR1 se expresa en un amplio espectro de tejidos y células, mientras que el receptor de superficie celular de OPGL se limita principalmente a los osteoclastos. Hsu et al. (1999) Proc. Natl. Acad. Sd. USA 96:3540-5.

Varios grupos de investigación han identificado recientemente ligandos de la familia del TNF con una secuencia igual o sustancialmente similar. El ligando ha recibido varios nombres: neutrocina a (WO 98/18921, publicado el 7 de mayo de 1998) , 63954 (WO 98/27114, publicado el 25 de junio de 1998) , TL5 (EP869180, publicado el 7 de octubre de 1998) , NTN-2 (WO 98/55620 y WO 98/55621, publicados el 10 de diciembre de 1998) , TNRL1-alfa (WO 9911791, publicado el 11 de marzo de 1999) , ligando kay (W099/12964, publicado el 18 de marzo de 1999) , y AGP-3 (Solicitud prov. EE.UU. Nº 60/119.906, presentada el 12 de febrero 1999 y 60/166.271, presentada el 18 de noviembre de 1999, respectivamente) ; y TALL-1 (WO00/68378, publicado el 16 de noviembre de 2000) . En adelante, los ligandos mencionados en el presente se denominan colectivamente TALL-1.

TALL-1 es un miembro de la superfamilia de ligandos del TNF que está funcionalmente implicado en la supervivencia y proliferación de células B. Los ratones transgénicos con una sobreexpresión de TALL-1 experimentaron una severa hiperplasia de células B y una enfermedad autoinmune similar al lupus. Khare et al. (2000) PNAS 97 (7) :3370-3375) . Tanto TACI como BCMA sirven como receptores de la superficie celular de TALL-1. Gross et al. (2000) , Nature 404:995-999; Ware (2000) , J. Exp. Med. 192 (11) : F35-F37; Ware (2000) , Nature 404: 949-950; Xia et al. (2000) , J. Exp. Med. 192 (1) :137-143; Yu et al. (2000) , Nature Immunology 1 (3) :252-256; Marsters et al. (2000) , Current Biology 10:785-788; Hatzoglou et al. (2000) J of Immunology 165:1322-1330; Shu et al. (2000) PNAS 97 (16) :9156-9161; Thompson et al. (2000) J Exp. Med. 192 (1) :129-135; Mukhopadhyay et al. (1999) J. Biol. Chem. 274 (23) : 15978-81; Shu et al. (1999) J. Leukocyte Biol. 65:680-683; Grass et al. (1995) Blood 85 (12) : 33783404; Smith et al. (1994) , Cell 76:959-962; Patente estadounidense Nº 5.969.102, publicada el 19 de octubre de 1999; WO 00/67034, publicado el 9 de noviembre de 2000; WO 00/40716, publicado el 13 de julio de 2000; WO 99/35170, publicado el 15 de julio de 1999. Ambos receptores se expresan en células B y envían señales mediante interacción con las proteínas TRAF. Por otra parte, tanto TACI como BCMA también se unen a otro miembro de la familia de los ligandos del TNF: APRIL. Yu et al. (2000) , Nature Immunology 1 (3) 252-256. También se ha demostrado que APRIL induce la proliferación de células B.

Hasta la fecha no se ha divulgado ninguna proteína recombinante o modificada que emplee péptidos moduladores de TALL-1. Las proteínas recombinantes y modificadas son una clase emergente de agentes terapéuticos. Las

modificaciones útiles de agentes terapéuticos de proteína incluyen la combinación con el dominio "Fc" de un anticuerpo y el enlace a polímeros como el glicol de polietileno (PEG) y el dextrano. Estas modificaciones se debaten detalladamente en una solicitud de patente titulada “Péptidos modificados como agentes terapéuticos”, publicada como WO 00/24782.

Un planteamiento muy diferente al desarrollo de agentes terapéuticos es la investigación de la biblioteca de péptidos. La interacción del ligando de una proteína como su receptor a menudo se produce en una interfaz relativamente grande. No obstante, como se ha demostrado en el caso de la hormona de crecimiento humana y su receptor, solamente unos pocos residuos principales de la interfaz contribuyen de forma importante a la energía del enlace. Clackson et al. (1995) , Science 267:383-6. La mayor parte del ligando de la proteína solamente presenta los epitopes de unión en la topología correcta o está al servicio de funciones no relacionadas con la unión. Por tanto, las moléculas que solamente tienen una longitud de "péptido" (2 a 40 aminoácidos) se pueden unir a la proteína receptora de un determinado ligando de proteína grande. Estos péptidos pueden imitar la bioactividad del ligando de proteína grande (“agonistas del péptido”) o, mediante una unión competitiva, inhibir la bioactividad del ligando de la proteína grande (“antagonistas del péptido”) .

Las bibliotecas de péptidos que presentan fagos se han revelado como un potente método para identificar estos agonistas y antagonistas de los péptidos. Véase, por ejemplo, Scott et al. (1990) , Science 249:386; Devlin et al. (1990) , Science 249:404; Patente estadounidense Nº 5.223.409, publicada el 29 de junio de 1993; Patente estadounidense Nº 5.733.731, publicada el 31 de marzo de 1998; Patente estadounidense nº 5.498.530, publicada el 12 de marzo de 1996; Patente estadounidense nº 5.432.018, publicada el 11 de julio de 1995; Patente estadounidense nº 5.338.665, publicada el 16 de agosto de 1994; Patente estadounidense nº 5.922.545, publicada el 13 de julio de 1999; WO 96/40987, publicado el 19 de diciembre de 1996; y WO 98/15833, publicado el 16 de abril de 1998. En estas bibliotecas, las secuencias aleatorias de péptidos se despliegan mediante fusión con las proteínas de recubrimiento del fago filamentoso. Típicamente, los péptidos... [Seguir leyendo]

1. Una composición objeto del presente que comprende una secuencia de aminoácidos de la fórmula b1b2b3Cb5b6Db8Lb10b11b12b13b14Cb16b17b18 (SEC. ID. Nº : 104)

donde: b1 y b2, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido o está ausente; b3 es D, Q o E; b5 es un residuo de aminoácido; b6 es W o Y; b8 es un residuo de aminoácido; b10 es T; b11 es K o R; b12 y b13, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido; b14 es V o L; y b16, b17 y b18, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido o está ausente.

2. Una composición objeto del presente que comprende una secuencia de aminoácidos de la fórmula

14Cc16

ccc3Cc5Dc7Lc9ccccccc18 (SEC. ID. Nº : 105) donde:

c1, c2 y c3, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido o está ausente;

c5 es un residuo de aminoácido;

c7 es un residuo de aminoácido;

c9 es T;

c10 es K o R;

c11 y c12, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido;

c13 es I, L o V;

c14 es un residuo de aminoácido;

c16 es un residuo de aminoácido;

c17 es A o L; y

c18 es un residuo de aminoácido o está ausente.

3. Una composición objeto del presente que comprende una secuencia de aminoácidos de la fórmula d1d2d3Cd5d6d7WDd10Ld12d13d14Cd16d17d18 (SEC. ID. Nº : 106)

donde: d1, d2 y d3, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido o está ausente; d5, d6 y d7, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido; d10 es T o I; d13 es un residuo de aminoácido; d14 es un residuo de aminoácido; y d16, d17 y d18, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido o está ausente.

4. Una composición objeto del presente que comprende una secuencia de aminoácidos de la fórmula

eee3Ce5ee7De9Le11Ke13Ce15eee18 (SEC. ID. Nº : 107)

donde: e1, e2 y e3, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido o está ausente; e5, e6, e7, e9 y e13, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido; e11 es T o I; y

e, e, ey e18, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido o está ausente.

5. Una composición objeto del presente que comprende una secuencia de aminoácidos de la fórmula g1g2g3Cg5PFg8Wg10Cg12g13g14 (SEC. ID. Nº : 101)

donde: g1 y g3, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido o está ausente; g2 es G; g5 es W; g8 es P; g10 es E; g12 es un residuo de aminoácido; g13 es un residuo básico; y g14 es un residuo de aminoácido o está ausente.

6. Una composición objeto del presente que comprende una secuencia de aminoácidos de la fórmula h1h2h3CWh6h7WGh10Ch12h13h14 (SEC. ID. Nº : 102)

donde: h1, h2 y h3, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido o está ausente; h6 es un residuo hidrófobo; h7 es un residuo hidrófobo; h10 es un residuo hidrófobo ácido o polar; y h12, h13 y h14, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido o está ausente.

7. La composición objeto de la reivindicación 6, donde: h1 es G; h6 es A; h7 es un residuo hidrófobo neutro; y h10 es un residuo ácido.

8. Una composición objeto del presente que comprende una secuencia de aminoácidos de la fórmula i1i2i3Ci5i6i7i8i9i10Ci12i13i14 (SEC. ID. Nº : 103)

donde: i1 está ausente o es un residuo de aminoácido; i2 es residuo W;

i3 es un residuo de aminoácido; i5, i6, i7 e i8, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido; i9 es un residuo ácido; i10 es un residuo de aminoácido; i12 e i13, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido; y i14 es residuo W.

9. Una composición objeto del presente que tiene la fórmula (X1) a-V1- (X2) b y multímeros de la misma, donde:

V1 es una molécula que evita la degradación y/o aumenta la vida media, reduce la toxicidad, reduce la inmunogenicidad, o aumenta la actividad biológica de una proteína terapéutica; X1 y X2 se seleccionan, cada uno de ellos independientemente, de entre - (L1) c -P1, - (L1) c -P1- (L2) d-P2, - (L1) c -

P1, - (L2) d-P2- (L3) e-P3, - (L1) c -P1, - (L2) d -P2- (L3) e-P3, - (L4) f -P4, uno o varios de P1, P2, P3 y P4 comprenden, cada uno de ellos independientemente, una secuencia seleccionada de entre 10Ca12

aaa3CDa6La8aaaa14 (SEC. ID. Nº : 100) ,

b1b2b3Cb5b6Db8Lb10b11b12b13b14Cb16b17b18 (SEC. ID. Nº : 104) , 121011121317

14Cc16

ccc3Cc5Dc7Lc9ccccccc18 (SEC. ID. Nº : 105) ,

d1d2d3Cd5d6d7WDd10Ld12d13d14Cd16d17d18 (SEC. ID. Nº : 106) , 1261617

eee3Ce5ee7De9Le11Ke13Ce15eee18 (SEC. ID. Nº : 107) , g1g2g3Cg5PFg8Wg10Cg12g13g14 (SEC. ID. Nº : 101) , h1h2h3CWh6h7WGh10Ch12h13h14 (SEC. ID. Nº : 102) y i1i2i3Ci5i6i7i8i9i10Ci12i13i14 (SEC. ID. Nº : 103)

donde a1, a2y a3, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido o está ausente; a6 es un residuo de aminoácido; a9 es un residuo básico o hidrófobo; a8 es treonilo o isoleucilo; a10 es un residuo de aminoácido; a12 es un residuo hidrófobo neutro; a13 y a14, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido o está ausente; b1 y b2, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido o está ausente; b3 es un residuo ácido o de amida; b5 es un residuo de aminoácido; b6 es un residuo aromático; b8 es un residuo de aminoácido; b10 es T o I; b11 es un residuo básico; b12 y b13, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido; b14 es un residuo hidrófobo neutro; b16, b17 y b18, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido o está ausente; c1, c2 y c3, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido o está ausente;

c5 es un residuo de aminoácido; c7 es un residuo de aminoácido; c9 es T o I; c10 es un residuo básico; c11 y c12, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido; c13 es un residuo hidrófobo neutro; c14 es un residuo de aminoácido; c16 es un residuo de aminoácido; c17 es un residuo hidrófobo neutro; c18 es un residuo de aminoácido o está ausente; d1, d2 y d3, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido o está ausente; d5, d6 y d7, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido; d10 es un residuo de aminoácido; d12 es T o I; d13 es un residuo de aminoácido; d16, d17 y d18, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido o está ausente. e1, e2 y e3, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido o está ausente; e5, e6, e7, e9 y e13, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido; e11 es T o I;

e, e, ey e18, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido o está ausente; g1, g2 y g3, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido o está ausente; g5 es un residuo hidrófobo neutro; g8 es un residuo hidrófobo neutro; g10 es un residuo ácido; g12 y g13, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido; y g14 es un residuo de aminoácido o está ausente. h1, h2 y h3, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido o está ausente; h6 es un residuo hidrófobo; h7 es un residuo hidrófobo; h10 es un residuo hidrófobo ácido o polar; h12, h13 y h14, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido o está ausente; i1 está ausente o es un residuo de aminoácido; i2 es un residuo hidrófobo neutro; i3 es un residuo de aminoácido; i5, i6, i7 e i8, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido; i9 es un residuo ácido; i10 es un residuo de aminoácido; i12 e i3, cada uno de ellos independientemente, es un residuo de aminoácido; y i14 es un residuo hidrófobo neutro; L1, L2, L3 y L4 son cada uno de ellos independientemente, enlazadores; y a, b, c, d, e y f son, cada uno de ellos independientemente, 0 o 1, siempre que al menos uno de a o b

sea 1.

10. La composición objeto de la reivindicación 9 de la fórmula P1- (L1) c-P2- (L2) d-V1.

11. La composición objeto de la reivindicación 9 de la fórmula V1- (L1) c-P1- (L2) d-P2.

12. La composición objeto de la reivindicación 9, donde V1 es un dominio Fc.

13. La composición objeto de la reivindicación 9, donde V1 es un dominio Fc de IgG.

14. La composición objeto de la reivindicación 9, donde V1 es un dominio Fc de IgGl.

15. La composición objeto de la reivindicación 9, donde V1 comprende la secuencia de SEC. ID. Nº : 2.

16. La composición objeto de la reivindicación 9, donde: a9 es un residuo básico. b3 es D, QW o E; b6 es W o Y; b11 es K o R; b14 es V o L; c10 es K o R; c13 es I, L o V; y c17 es A o L.

17. La composición objeto de la reivindicación 9, donde L2 es mayor que 5 aminoácidos.

18. La composición objeto de la reivindicación 17, donde L2 se selecciona de entre GSGSATGGSGSTASSGSGSATx1x2 (SEC. ID. Nº : 193) y GSGSATGGSGSTASSGSGSATx1x2GSGSATGGSGSTASSGSGSATx3x4 (SEC. ID. Nº : 194)

donde x1 y x3 son, cada uno de ellos independientemente, un residuo básico o hidrófobo y x2 y x4 son, cada uno de ellos independientemente, un residuo hidrófobo.

19. La composición objeto de la reivindicación 17, donde L2 se selecciona de entre GSGSATGGSGSTASSGSGSATH (SEC. ID. Nº : 59) , GSGSATGGSGSTASSGSGSATGM (SEC. ID. Nº : 190) , GSGSATGGSGSTASSGSGSATGS (SEC. ID. Nº : 191) , y GSGSATGGSGSTASSGSGSATHMGSGSATGGSGSTASSGSGSATHM (SEC. ID. Nº : 192) .

20. La composición objeto de la reivindicación 9 que comprende una secuencia seleccionada de la tabla 2 (SEC. ID. Nº .

2. 39.

6. 70 .

12. 188) .

21. La composición objeto de la reivindicación 9 que comprende una secuencia seleccionada de la tabla 4 (SEC. ID. Nº .

4. 55) .

22. Un ADN que codifica una composición objeto de la reivindicación 9.

23. Un vector de expresión que comprende el ADN de la reivindicación 22.

24. Una célula hospedadora que comprende el vector de expresión de la reivindicación 23.

25. La célula de la reivindicación 24, donde la célula es una célula de E. coli.

26. Una composición objeto de cualquiera de las reivindicaciones 1, 2, 3, 4, 5, 6 y 8 para el uso en un método de tratamiento de una enfermedad autoinmune mediada por células B, que comprende la administración de dicha composición.

27. Una composición objeto de la reivindicación 26 para el uso en un método de tratamiento del lupus, que comprende la administración de dicha composición.

28. Una composición objeto de cualquiera de las reivindicaciones 1, 2, 3, 4, 5, 6 y 8 para el uso en un método de tratamiento de un cáncer mediado por células B, que comprende la administración de dicha composición.

29. Una composición objeto de la reivindicación 28 para el uso en un método de tratamiento de linfoma de células B, que comprende la administración de dicha composición.

FIG. 1

FIG. 2

FIG. 3

FIG. 4A

FIG. 4B

FIG. 4C

FIG. 4D

FIG. 4E

FIG. 4F

FIG. 5A

FIG. 5B

FIG. 5C

FIG. 5D

FIG. 5E

FIG. 5F

FIG. 5G

FIG. 5H

FIG. 5I

FIG. 5J

FIG. 5K

FIG. 5L

FIG. 6A

FIG. 6B

FIG. 7

226

FIG. 9

FIG.10A

FIG. 10B

FIG. 11A

FIG. 11B

FIG. 12A

FIG. 12B

control no tratadoAGP3 (1 mg/kg)

FIG. 13

FIG. 16A

FIG. 16B