Polimorfismos para predecir o pronosticar la respuesta al tratamiento antiviral.

Polimorfismos para predecir o pronosticar la respuesta al tratamiento antiviral.

Método de obtención de datos útiles para predecir o pronosticar la respuesta al tratamiento antiviral con interferón pegilado más ribavirina en pacientes con hepatitis crónica C genotipo 1 que presentan el alelo HLA-DQB1*0301, kit o dispositivo y sus usos.

2Polimorfismos para predecir o pronosticar la respuesta al tratamiento antiviral.CAMPO DE LA INVENCIÓNLa presente invención se encuentra dentro del campo de la biomedicina y la biotecnología, y se refiere a un método de obtención de datos útiles para predecir o pronosticar la respuesta 5al tratamiento con interferón pegilado más ribavirinaen pacientes con hepatitis crónica C genotipo 1 que presentan el alelo HLA-DQB1*0301, estudiando la variabilidad genética del epítopo inmunodominante NS3 del virus de lahepatitis C (VHC) .ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN10El virus de la hepatitis C (VHC) es una de las causas más frecuentes de hepatitis viral crónica, cirrosis hepática y carcinoma hepatocelular, siendo la indicación más común para el trasplante hepático (Lauer et al., 2001. N. Engl. J. Med.345 (1) , 41-52) .Actualmente, la terapia más común consiste en una combinación de interferón pegilado alfa (IFN-peg) y ribavirina (RBV) , que logra una tasa de respuesta del 48-88% (Poynard et al., 152003. Lancet 362, 2095-2100) .Se cree que tanto el huésped como el virus, incluyendo regiones genómicas virales, son de importancia a la hora de generar una respuesta eficaz al tratamiento antiviral (Feld et al., 2005. Nature436: 967-972) . De esta forma, la respuesta al tratamiento depende del genotipo del virus, ya que algunas variedades del virus son resistentes al tratamiento 20 (Hnatyszyn, 2005. Antivir. Ther.10, 1-11) y además, los pacientes infectados con un mismo genotipo, tienen respuesta al tratamiento variable, lo que indica que otros factores como la IL28B o los antígenos leucocitarios humanos (HLA) podrían influenciar en la respuesta a la terapia antiviral (Ali et al., 2010. Journal of General Virology91, 1931-1938) .Determinados trabajos muestran que la respuesta celularinmune al VHC implica a las 25células T CD4+ (Nascimbeni et al., 2003.J. Virol.77, 1107-1124) . Se ha comprobado que los individuos presentan un aclaramiento viral gracias a la estimulación del sistema inmune debido a la respuesta que desencadenan proteínas no estructurales del virus (NS3, NS4 y NS5) . Concretamente, NS3 provoca una respuesta mayor (Lloyd et al., 2007 Immunol. Cell Bio.85, 24-32; Fanning et al., 2001. Hum. Immunol.65, 745-751) . Además, los pacientes 30con el VHC genotipo 1 que presentan el alelo HLA-DQB1*0301 tienen una mayor P20143020517-02-2014 3proliferación de células CD4+, desencadenado por la unión del alelo DQB1*0301 a su epítopo inmunomodulador altamente conservado, situado en la región NS3 del VHC (Lamonaca et al., 1999. Hepatology30 (4) , 1088-1098; Diepolder et al., 1997. J Virol.71, 6011-6019) .Aún así, todos los pacientes que presentan el alelo HLA-DQB1*0301 no tienen una RVS al 5tratamiento viral combinado. Por tanto, se podría deber a modificaciones (mutaciones) en el epítopo inmunodominante de la región NS3 del virus que hacen que el reconocimiento con el HLA no se produzca de manera óptima.Se conoce que los epítopos inmunodominantes son potenciales candidatos para el estudio de las relaciones virus-huésped y el diseño de agentes terapéuticos basados en la 10estimulación de los linfocitos T CD4+y CD8+ (Langet al., 2008. Vaccine26, 6225-6231; Gerlachet al., 2005. J. Virol.79, 12425-12433) .El 23% de los pacientes de nuestra población con Hepatitis Crónica C presentan el alelo HLA-DQB1*0301 (Muñoz de Rueda et al., 2011. Am. J. Gastroenterol. 106 (7) , 1246-54) . Por tanto, se podría plantear un estudio del papel que juega la variabilidad genética del epítopo 15inmunodominante del VHC en la resistencia al tratamiento antiviral combinado en pacientes con hepatitis crónica C genotipo 1 que presentan el alelo HLA de clase II DQB1*0301, que permita predecir o pronosticar la respuesta.Este estudio solo beneficiaría a un determinado porcentaje de la población, pero además que supondría un ahorro en el gasto sanitario, sería una contribución más al campo de los 20tratamientos personalizados para distintas poblaciones de pacientes infectados por el VHC que son difíciles de tratar.BREVE DESCRIPCIÓN DE LA INVENCIÓNLos autores de la presente invención han localizado una serie de mutaciones que son útiles 25para determinar la respuesta al tratamiento antiviral con interferón pegilado más ribavirina en individuos con hepatitis crónica C genotipo 1 que presentan el alelo HLA-DQB1*0301.Por tanto, un primer aspectode la invención se refiere al uso de las mutaciones L5P, L7P y/o L15S del epítopo inmunodominante de la región NS3para predecir o pronosticar la respuesta al tratamiento antiviral con interferón pegilado más ribavirina en pacientes con 30hepatitis crónica C genotipo 1 que presentan el alelo HLA-DQB1*0301.P20143020517-02-2014 4En una realización preferida, el uso de las mutaciones L5P, L7P y L15S es simultáneo.Un segundo aspectode la invención se refiere a un método, de ahora en adelante primer método de la invención, para predecir o pronosticar la respuesta al tratamiento antiviral con interferón pegilado más ribavirina en pacientes con hepatitis crónica C genotipo 1 que presentan el alelo HLA-DQB1*0301 que comprende:5i) obtener una muestra biológica aislada de un individuoii) detectar la presencia de la mutación: L5P en el epítopo inmunodominante de la región NS3del virus de la hepatitis C.iii) asignar al individuo al grupo de pacientes no respondedores con no respuesta viral sostenida (no-RVS) si se detectan los polimorfismos descritos en ii) comparándolos con una 10muestra control.En una realización preferida de este aspecto de la invención, el paso ii) además comprende la detección de la mutación L7PEn una realización aún más preferida de este aspecto de la invención, el paso ii) además comprende la detección de L15S15En una realización preferida de este aspecto de la invención, el paso ii) comprende la detección de las mutaciones L5P, L7P Y L15S de manera simultánea.En otra realización preferida, la muestra biológica es una muestra de suero sanguíneo.En una realización preferida de este aspecto de la invención, la detección de las mutaciones se realiza por técnicas de PCR o técnicas inmunológicas20En otra realización preferida, la detección de las mutaciones aminoacídicas se realiza mediante secuenciación directa.En otra realización aún más preferida, la detección de las mutaciones se realiza por pirosecuenciación.Un tercer aspectode la invención se refiere a el uso de una composición farmacéutica que 25comprende interferón pegilado, ribavirina, y un inhibidor de proteasa del virus de la hepatitis C, en la elaboración de un medicamento para el tratamiento de un individuo del grupo de pacientes no respondedores clasificados por el método de la invención.P20143020517-02-2014 5En una realización preferida deeste aspecto de la invención, el inhibidor de la proteasa del virus de la hepatitis C se selecciona de la lista que comprende Boceprevir y Telaprevir.Uncuarto aspectode la invención se refiere a un kit o dispositivo que comprende la secuencia nucleotídica SEQ ID NO: 1.En una realización preferida de este aspecto de la invención, el kit o dispositivo además 5comprende las secuencias nucleotídica SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3y/o SEQ ID NO:4, o cualquier combinación de las mismas.Un quinto aspectode la invención se refiere a un microarray, de ahora en adelante microarray de la invención, que comprende la secuencia nucleotídica SEQ ID NO: 1.En una realización preferida de este aspecto de la invención, el microarray además 10comprende las secuencias nucleotídica SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO:3 y/o SEQ ID NO:4, o cualquier combinación de las mismas.Un sexto aspectode la invención se refiere al uso del kit o dispositivo, de la micromatriz, o el microarray de la invención, para predecir o pronosticar la respuesta al tratamiento antiviral con interferón pegilado más ribavirina en pacientes con hepatitis crónica C genotipo 1 que 15presentan el alelo HLA-DQB1*0301.Un séptimo aspectode la invención se refiere a un medio de almacenamiento legible por un ordenador que comprende instrucciones de programa capaces de hacer que un ordenador lleve a cabo los pasos del método de la invención.En una realización preferida de este aspecto de la invención, el medio de almacenamiento 20legible comprende al menos una secuencia comprendidaen las sondas de secuencia SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3 y SEQ ID NO: 4.En otra realización preferida de este aspecto de la invención que comprende oligonucleótidos o microarreglos de canal único diseñados a partir de al menos una secuencia conocida o un ARNm comprendido cualquiera de las sondas de la invención.25Un octavo aspectode la invención se refiere a una señal transmisible que comprende instrucciones de programa capaces de hacer que un ordenador lleve a cabo los pasos del método de la invención.30P20143020517-02-2014 6DESCRIPCIÓN DE LAS FIGURASFigura... 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34REIVINDICACIONES1. Uso simultáneo de las mutaciones L5P, L7P y L15S del epítopo inmunodominante de la región NS3 para predecir o pronosticar la respuesta al tratamiento antiviral con interferón pegilado más ribavirina en paciente con hepatitis crónica C genotipo 1 que presentan el alelo HLA-DQB1*0301.52. El uso según la reivindicación anterior, donde el uso de las mutaciones L5P, L7P y L15S es simultáneo.3. Un método para predecir o pronosticar la respuesta al tratamiento antiviral con interferón pegilado más ribavirina en pacientes con hepatitis crónica C genotipo 1 que presentan el alelo HLA-DQB1*0301 que comprende:10i) obtener una muestra biológica aislada de un individuoii) detectar la presencia de la mutaciónL5P en el epítopoinmunodominante de la región NS3 del virus de la hepatitis C.iii) asignar al individuo al grupo de pacientes no respondedores con no respuesta viral sostenida (no-RVS) si se detectan los polimorfismos descritos en ii) , en comparación con 15una muestra control.4. El método según la reivindicación anterior, donde enel paso ii) además comprende la detección de la mutación L7Pen el epítopo inmunodominante de la región NS3del virus de la hepatitis C.5. El método según cualquiera de las reivindicaciones 3-4, donde el paso ii) además 20comprende la detección de la mutación L15Sen el epítopo inmunodominante de la región NS3del virus de la hepatitis C.6. El método según las reivindicaciones 3-5, donde la muestra biológica es una muestra de suero sanguíneo.7. El método según cualquiera de las reivindicaciones 3-6, donde la detección de las 25mutaciones se realiza por técnicas de PCRoportécnicas inmunológicas.8. El método según cualquiera de las reivindicaciones 3-7, donde la detección de las mutaciones se realiza por secuenciación directa. 359. El método según cualquiera de las reivindicaciones 3-8, donde la detección de las mutaciones se realiza por pirosecuenciación.10. El uso de una composición farmacéutica que comprende interferón pegilado, ribavirina, y un inhibidor de la proteasa del virus de la hepatitis C, en la elaboración de un medicamento para el tratamiento de un individuo del grupo de pacientes no respondedores 5clasificado por un método según cualquiera de las reivindicaciones 3-9.11. El uso de una composición farmacéutica según la reivindicación anterior, donde el inhibidor de la proteasa del virus de la hepatitis C se selecciona de la lista que comprende boceprevir y telaprevir.12. Un Kit o dispositivo que comprende la secuencia nucleotídica SEQ ID NO: 11013. El kit o dispositivo según la reivindicación anterior, que además comprende una secuencia nucleotídica SEQ ID NO: 2.14. El kit o dispositivo según cualquiera de las reivindicaciones 12-13, que además comprende una secuencia nucleotídica SEQ ID NO: 3..

15. El kit o dispositivo según cualquiera de las reivindicaciones 12-14, que además 15comprende una secuencia nucleotídica SEQ ID NO: 4.16. El uso del kit o dispositivo según cualquiera de las reivindicaciones 12-15, para predecir o pronosticar la respuesta al tratamiento antiviral con interferón pegilado más ribavirina en pacientes con hepatitis crónica C genotipo 1 que presentan el alelo HLA-DQB1*0301 y/o detectar en un individuo el alelo HLA-DQB1*0301.2017. Un medio de almacenamiento legible por un ordenador que comprende instrucciones de programa capaces de hacer que un ordenador lleve a cabo los pasos del método según las reivindicaciones 3-9.18. Una señal transmisible que comprende instrucciones de programa capaces de hacer que un ordenador lleve a cabo los pasos del método según las reivindicaciones 3-9.25